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Rapport scientifique, 7 décembre 2021

Texte en attente de traduction - Texte original en allemand 

Actuellement, le nombre de cas déclarés de SARS-CoV-2 en Suisse augmente d’environ 16%, le taux d’occupation des unités de soins intensifs d’environ 20% et le nombre de décès d’environ 40% par semaine. L’estimation du nombre quotidien d’hospitalisations, dans le cas présent, n’est pas fiable en raison des décalages temporels de notification; l’augmentation réelle est très probablement sous-estimée. Le taux de positivité, actuellement de 15,6%, dénote un nombre élevé de cas d’infections non signalés. L’épidémie en Suisse est dominée par la variante Delta depuis fin juin 2021. Le variant Omicron, que l’OMS a classé comme préoccupant le 26.11.2021, a été détecté à plusieurs reprises en Suisse ces dernières semaines.

Alors qu’en Suisse, les infections continuent d’augmenter, en Allemagne et en Autriche le nombre de cas signalés diminue. De mi-octobre à mi-novembre, la situation épidémiologique en Suisse a évolué de manière similaire à celle de l’Autriche et de l’Allemagne, avec un décalage temporel d’environ 3 à 5 semaines par rapport à l’Autriche et – en ce qui concerne le nombre de cas – sans décalage temporel par rapport à l’Allemagne. L’Autriche et l’Allemagne, qui ont mis en place des mesures rigoureuses pour réduire les contacts, constatent maintenant un recul du nombre des nouveaux cas notifiés (section 1 ci-dessous). En Suisse, le nombre d’infections signalées continue d’augmenter. Les effets des mesures prises le 6.12.2021 se manifesteront à partir de la semaine du 13.12.2021 dans les chiffres concernant les cas confirmés.

Cette évolution épidémiologique comporte un risque élevé de dépassement des seuils critiques en ce qui concerne l’occupation des lits en soins intensifs. Sur la base de l’évolution du nombre de cas, il est possible d’établir une projection sur le nombre de patientes et patients COVID-19 nécessitant des soins intensifs pour les semaines à venir. Normalement, un nombre jusqu’à 200 patientes et patients COVID-19 occupant les unités de soins intensifs est maîtrisable[1]. Ce seuil a été franchi fin novembre 2021[2]. Si le nombre d’infections continue de croître au rythme actuellement observé, on s’attend à ce que les patientes et patients COVID-19 nécessitant des soins intensifs dépassent le nombre critique de 300 puis 400 en décembre, continuant de croître sans relâche (figure 2). Si le seuil de 300 patientes et patients COVID-19 hospitalisés dans les unités de soins intensifs est dépassé, il faut s’attendre à un report des interventions dans toute la Suisse et, au niveau local, à un triage possiblement silencieux[3]. Si le seuil de 400 patientes et patients COVID-19 hospitalisés dans les unités de soins intensifs est dépassé, cela signifie que les capacités des USI sont épuisées dans toute la Suisse, et on s’attend à un triage à grande échelle, et éventuellement silencieux[4].

Les données de l’automne et de l’hiver 2020-21 montrent que la qualité du traitement médical peut diminuer considérablement dans une telle situation, et que cela peut entraîner une augmentation de la mortalité . Durant l’automne et l’hiver 2020/21, la forte charge de travail qui a pesé sur les hôpitaux et les unités de soins intensifs a entraîné le report d’environ 19 000 opérations, ce qui a affecté le traitement médical des patientes et patients non COVID-19[5]. Dans le même temps, la proportion de patientes et patients COVID-19 ayant reçu des soins intensifs lors d’une hospitalisation a été divisée par deux[6]. Cela indique qu’un triage silencieux a eu lieu lors de l’accès au traitement intensif et que la qualité du traitement des patientes et patients atteints de COVID-19 a dû être nettement réd e en raison de la pression élevée qui pèse sur les hôpitaux. Des études menées en Suisse montrent que plus les unités de soins intensifs sont occupées, plus la mortalité des patientes et patients hospitalisés atteints de COVID-19 augmente[7], et que leur mortalité dans les unités de soins intermédiaires et intensifs est plus élevée durant la période de l’automne-hiver 2020/21 qu’au printemps 2020 [8]. Ces analyses permettent de constater qu’une surcharge du système de santé, comme ce fut le cas à l’automne et à l’hiver 2020/21, a des conséquences négatives directes pour un grand nombre de patientes et patients.

En raison du nombre encore élevé de personnes non immunisées en Suisse, la vague épidémique actuelle peut largement excéder les capacités hospitalières du pays. Actuellement, environ 900 000 personnes en Suisse ne sont ni vaccinées ni immunisées par guérison d’une infection (sur la base de [9], mis à jour). En outre, la protection contre l’hospitalisation a également quelque peu diminué chez une partie des personnes vaccinées, en particulier dans les classes d’âge plus élevées, qui ont été vaccinées il y a plus de six mois. Dans le cas le plus défavorable, si la plupart de ces personnes étaient infectées au lieu de se faire vacciner ou, selon le cas, de recevoir une troisième dose de vaccin, environ 20 000 à 40 000 hospitalisations supplémentaires seraient à prévoir (sur la base des chiffres du 23.11.2021;1). Ce chiffre est du même ordre de grandeur que le nombre total d’hospitalisations enregistré depuis le début de la pandémie (le nombre total d’hospitalisations jusqu’à présent s’élevait à environ 36 000[10] ; une étude allemande [11] donne des estimations similaires). Près de la moitié (16 000) des hospitalisations à ce jour se sont produites en l’espace de trois mois, entre mi-octobre 2020 et mi-janvier 2021 [12]. Comme nous l’avons mentionné plus haut, au cours de cette période la qualité des traitements a significativement subi les conséquences de la pression qu’a connu le système de santé. Si une grande partie des 20 000 à 40 000 hospitalisations supplémentaires maximales attendues se produisait en l’espace de quelques mois, la charge du système de santé pourrait être à peu près aussi considérable, voire plus encore, que le pic actuel, et les effets négatifs sur les traitements pourraient ainsi être tout aussi importants, si ce n’est plus important encore qu’en automne et hiver 2021-22.

Afin d’éviter une surcharge importante des unités de soins intensifs, il est nécessaire que les contaminations par le SARS-CoV-2 soient réduites fortement et dans les meilleurs délais. Avec un taux de reproduction réduit à 0,8 dès le 6 décembre 2021, on pourrait s’attendre à ce que l’occupation des unités de soins intensifs augmente encore pendant environ deux semaines et que le seuil critique de 300, voire 400, patientes et patients COVID-19 nécessitant des soins intensifs soit dépassé. Un Re de 0,8 correspond à la situation actuelle en Autriche avec des mesures d’endiguement très strictes (fig. 2). Si par contre l’on ne parvient que plus tard à réduire le nombre des contaminations, ou que cette réduction est moins importante qu’espéré, le seuil critique pour le système de santé suisse sera vraisemblablement plus largement et plus longuement dépassé. Ainsi, plus la réduction de Re est importante, plus elle sera en mesure d’enrayer la progression attendue du nombre de patientes et patients COVID-19 nécessitant des soins intensifs. Par exemple, si Re est réduit à 0,7 le 11 décembre 2021, il subsiste un risque de dépasser le seuil critique de 400 patientes et patients COVID-19 nécessitant des soins intensifs, mais le pic attendu serait moins élevé et de plus courte durée qu’avec une plus faible réduction des infections. Comparé à l’estimation la plus récente du Re de 1,19 (IC 95% : 1,04-1,33), qui reflète les infections au 26.11.2021, une réduction à 0,8 du Re correspond à une situation où il faudrait éviter environ un tiers des contacts infectieux par rapport à la situation de fin novembre.

Une réduction des hospitalisations appelle une diminution des contacts, en particulier des contacts à haut risque de transmission et des contacts entre personnes non protégées contre les évolutions graves de la maladie. Les moyens efficaces pour réduire les contaminations ont déjà été discutés à plusieurs reprises (par ex. section 3.1 [13]). Une réduction des contacts à l’intérieur et des contacts avec des personnes qui ne bénéficient pas d’une protection immunitaire élevée contre les complications grâce à la vaccination ou à la guérison est particulièrement efficace. Pour éviter les contaminations, il est judicieux de combiner des mesures telles que le port de masques, la distanciation, une bonne ventilation, les certificats et les tests faits régulièrement. Compte tenu de l’incidence élevée actuelle, le risque que les manifestations dites «3G» entraînent des contaminations est important : en effet, comme une partie des personnes participant aux manifestations 3 G (vaccinées, guéries, testées négatives) n’est pas immunisée, il existe un risque de contamination et de contagion conduisant à une évolution grave de la maladie. Ce risque peut être réduit par l’obligation de porter un masque en permanence et par d’autres concepts de protection, malgré la règle des 3G, ou par des manifestations n’impliquant que des personnes vaccinées ou guéries (2G). En raison de la diminution de l’efficacité de la vaccination et de la circulation actuellement très élevée du virus, des infections se produisent également parmi les personnes vaccinées et guéries (section 1 ci-dessous). Lors de grandes manifestations 2G en intérieur avec des activités à risque et sans possibilité de port de masque, une obligation générale de test pour tous ceux et celles qui n’ont pas encore reçu de troisième dose de vaccin permettrait de réduire encore le risque de transmission.

Une réduction significative et rapide du nombre de cas implique également l’application de mesures visant à réduire les transmissions chez les enfants et les adolescents. C’est dans les groupes d’âge qui n’ont pas encore eu accès à la vaccination (moins de 12 ans) ou dans ceux qui présentent la couverture vaccinale la plus faible de tous les groupes d’âge ayant accès à la vaccination (12-19 ans ; [14]) que l’incidence des nouvelles infections par le virus Delta est la plus élevée. Ces jeunes personnes ont énormément de contacts entre eux à l’école et lors des loisirs, mais aussi des contacts très étroits avec leurs parents et parfois leurs grands-parents, mêlant les différentes générations. Les derniers mois ont montré qu’en Suisse, les mesures prises jusqu’à présent n’ont pas suffi pour contrôler l’incidence dans ces groupes d’âge[14]. Avec le variant Delta, les chaînes de transmission occasionnées par des enfants sont désormais plus fréquentes[14]. Alors que ces derniers ne subissent que très rarement des évolutions graves de la maladie, chez les adultes contaminés, il en va de même seulement s’ils sont vaccinés et que la dernière vaccination remonte à moins de six mois. Une révision des concepts de protection dans les écoles, les structures d’accueil et les activités de loisirs organisées permet de les adapter à la transmissibilité accrue du variant Delta. Davantage de distanciation, une obligation élargie de porter un masque, une aération régulière à l’aide de capteurs de CO2 et une généralisation des tests répétitifs avec une fréquence accrue (au moins 2 fois par semaine) et un retour rapide des résultats sont les mesures les moins restrictives pour atteindre cet objectif. Les vacances scolaires qui approchent offrent une occasion de revoir les concepts de protection. Pendant les vacances de Noël, le risque de contagion dans la famille élargie est plus élevé en raison des contacts étroits et intergénérationnels. Procéder au préalable à un rappel de la protection vaccinale des parents et des grands-parents réduit le risque de contagion et de maladie.

En plus de la réduction des contacts, la prompte mise en place d’une vaste couverture vaccinale contribue également à protéger la santé de chacun, ainsi que le système sanitaire. Si la plupart des personnes doublement vaccinées recevaient une troisième dose de vaccin avant d’être infectées, cela permettrait, en Suisse, d’éviter environ 10 000 à 20 000 hospitalisations chez les personnes de plus de 70 ans (sur la base des données du 23.11.2021;[1]). L’urgence de ces troisièmes vaccinations est illustrée par la figure 2 dans1 : la proportion de personnes doublement vaccinées et hospitalisées a augmenté ces dernières semaines sans que la couverture vaccinale ait progressé de manière significative. La double vaccination de toutes les personnes non encore vaccinées avant qu’elles ne soient infectées réduit également la charge de morbidité de 10 000 à 20 000 hospitalisations (selon les données du 23.11.2021;[1]). Si seule une partie des troisièmes ou, selon le cas, des premières et deuxièmes vaccinations peut être administrée, la réduction attendue des hospitalisations est d’autant plus faible. Pour que la campagne de troisième vaccination puisse enrayer sensiblement la vague épidémique actuelle, il faudrait que, chaque jour, environ 1% de la population en Suisse reçoive le booster [1],[15].

Il est important de réduire fortement et au plus vite le nombre de nouvelles infections – et ainsi de ralentir la vague épidémique en Suisse –, et ce pour plusieurs raisons. Premièrement, c’est une condition nécessaire pour éviter une surcharge importante et prolongée du système de santé suisse. Deuxièmement, cela permet à la population de Suisse de se vacciner avec une troisième dose avant d’être infectée, et donc d’être beaucoup mieux protégée contre la maladie et l’hospitalisation. Troisièmement, pour la Suisse cela signifie que le nombre de maladies et d’hospitalisations attendues n’est pas simplement retardé, mais réduit durablement. Quatrièmement, cela augmente la probabilité que l’enseignement puisse se dérouler normalement et donne aux enfants qui le souhaitent la possibilité de se faire vacciner avant d’être infectés. Enfin, une réduction des contaminations mettrait la Suisse dans une meilleure position pour réagir à l’évolution rapide de la situation avec Omicron, par exemple en libérant des capacités hospitalières, des capacités de dépistage et des capacités de traçage des contacts.

Explications détaillées

1. Situation épidémiologique

L’épidémie de SARS-CoV-2 est actuellement causée presque exclusivement par le variant Delta, qui a supplanté les variants qui circulaient durant l’été. Depuis mi-octobre 2021, les cas augmentent significativement. Depuis deux semaines, l’occupation des unités de soins intensifs par des patientes et patients COVID-19 augmente également de manière significative, avec un taux de 22% (IC 95 % : 5-29%) par semaine. Il y a deux semaines a déjà été franchi le premier seuil critique de 200 lits de soins intensifs occupés – au-delà duquel il faut s’attendre régulièrement à des transferts régionaux et suprarégionaux réguliers de patientes et patients, et à un report des interventions moins urgentes[1]. Depuis la semaine dernière, le nombre des décès augmentent également de manière significative, de 42% par semaine (IC 95 % : 12-82%). Cette nouvelle et rapide augmentation notable des cas et, de ce fait, des hospitalisations et de l’occupation des unités de soins intensifs sera très difficile à gérer pour le système de santé, très sollicité.

Le 26 novembre 2021, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré le nouveau variant, dénommé Omicron, comme préoccupant – ce variant déjà été détecté à plusieurs reprises également en Suisse.

1.1. Dynamique

Depuis fin octobre 2021, l’estimation de la valeur R est à nouveau nettement supérieure à 1. La moyenne sur sept jours du nombre de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,19 (intervalle de confiance, IC 95 % : 1,04-1,33), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 20.11. au 26.11.2021[16].

Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de :

  • 1,19 (IC 95 % : 1,05-1,32) sur la base des cas confirmés au 26.11.2021.
  • 1,05 (IC 95% : 0,92-1,19) sur la base des hospitalisations, au 20.11.2021. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,18 (IC 95% : 1,06-1,3) pour le même jour.
  • 1,27 (IC 95% : 1-1,58) sur la base des décès (au 14.11.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 1,07 (IC 95% : 0,94-1,2) pour le même jour. Sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,31 (IC 95 % : 1,17-1,45) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs Re reflètent le niveau de circulation du virus avec un décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs Re basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès.

En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours[17]. Le nombre des cas confirmés a augmenté de 16% (IC : 29% à 5%) par semaine, le nombre d’hospitalisations de 8% (IC : 20% à -2% – ces données n’étant toutefois pas fiables, voir l’explication ci-après) et le nombre de décès de 42% (IC : 82% à 12%). Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.

Notre dashboard permet de suivre l’évolution des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge[18]. Le nombre de cas augmente de manière significative dans tous les groupes d’âge, à l’exception des tranches d’âge 60-69 ans, 70-79 ans, et plus de 80 ans. C’est dans les groupes d’âge des 0-9 ans que cette augmentation est la plus forte, avec 22% (IC 95% : 11-34%) par semaine.

Le nombre d’hospitalisations signalées est actuellement très peu fiable en raison des décalages temporels de notification. Contrairement à il y a deux semaines, les hospitalisations signalées n’ont augmenté de manière significative que dans le groupe d’âge des 50-59 ans, avec un taux de 37% (IC 95% : 3-83%) par semaine au cours des 14 derniers jours enregistrés. Cependant, ces données sont faussées en raison des décalages temporels de notification. Par exemple, pour Genève, aucune hospitalisation n’est notifiée pour la période du 22.11.2021 au 05.12.2021[19]. Les chiffres transmis directement par les Hôpitaux universitaires de Genève montrent toutefois que le nombre de patientes et patients atteints de COVID-19 a connu une augmentation continue au cours de cette période[20].

1.2. Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 1282 pour 100 000 habitantes et habitants. La positivité est de 15,6% (au 03.12.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).

Le nombre de personnes nouvellement hospitalisées chaque jour est d’environ 80 sur une moyenne sur 7 jours. Comme nous le disions plus haut, ce chiffre est faussé par des retards de notification et doit vraisemblablement être revu à la hausse. Actuellement, la majorité des personnes hospitalisées ont contracté la maladie en Suisse[21].

Le nombre de personnes atteintes de COVID-19 et hospitalisées dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 171 et 260[22]( la variation était de 22% (IC : 29% à 15%) par semaine).

Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 6 et 22 par jour[23].

1.3. Nouveaux variants

Depuis la semaine 26 de 2021, Delta est le variant viral dominant en Suisse. Ce variant, décrit à l’origine en Inde, a une fréquence de 100 % parmi les cas séquencés depuis la semaine 38[24]. À partir de cette augmentation de la fréquence du variant Delta en Suisse, on peut calculer un avantage de transmission de 58% (IC 95 %: 56-60%) par rapport au variant Alpha, ce qui correspond aux estimations de l’avantage de transmission de 56 % (IC 95 % : 34 %-81 %) en Angleterre[25]. En raison de cet avantage de transmission, le variant Delta est désormais dominant dans de nombreuses régions du monde.

La variante Delta cause des évolutions plus sévères de la maladie que les souches précédemment dominantes en Suisse. Dans une vaste étude menée en Angleterre, on a observé que les patientes et les patients atteints par le variant Delta présentaient un risque d’hospitalisation plus de deux fois supérieur par rapport à ceux et celles qui ont été infectés par le variant Alpha[26]. Une augmentation similaire du risque a été observée en Écosse[27] et au Canada[28].

1.4. Omicron

Le 23 novembre 2021, un nouveau variant du SARS-CoV-2 a été décrit pour la première fois en Afrique du Sud et au Botswana. Il se caractérise par une forte accumulation de modifications dans la protéine de pointe, ou protéine spike. Le 26 novembre 2021, l’Organisation mondiale de la santé a classé ce variant comme préoccupant, le désignant sous le nom d’« Omicron »[29]. Depuis lors, ce variant a été détecté dans plusieurs pays d’Europe, en Australie, au Canada et à Hong Kong[30],[31],et cette détection est généralement associée à des voyages en provenance de pays d’Afrique australe. En Suisse, le variant a été identifié plusieurs fois[32] (à Bâle, Zurich, Berne et Genève). Il a d’abord été détecté chez les personnes revenant d’un voyage. Entre-temps, le variant a été détecté dans le séquençage de routine d’échantillons aléatoires (3 cas Omicron sur près de 600 échantillons ; prélèvement 22-24.11.2021).

C’est des variants qui ont circulé au cours du premier semestre 2020 qu’Omicron est le génétiquement le plus proche ; il n’est pas directement issu d’un autre variant préoccupant[33]. Il se distingue des variants circulant à l’origine par une trentaine de mutations dans la protéine spike[32]. Ces mutations ont considérablement modifié des parties importantes de la protéine spike. Cela pourrait signifier que les anticorps neutraliseraient peut-être moins bien ce variant (ce qui entraînerait une protection moindre par la vaccination, ou une protection immunitaire moindre à la suite d’une infection) et que le virus se lierait plus efficacement aux cellules humaines (ce qui pourrait déterminer un taux de transmission plus élevé).

En Afrique du Sud, depuis début novembre, Omicron s’est rapidement propagé dans plusieurs régions[34]. Dans ces régions, le variant Delta dominait, lequel, contrairement à Omicron, ne s’est pas propagé davantage. Sur la base de ces observations épidémiologiques et des modifications de la protéine spike décrites ci-dessus, on peut craindre qu’Omicron ait un avantage de transmission par rapport à Delta et que la vaccination ou l’immunité acquise à la suite d’une infection protège moins bien contre Omicron (évasion immunitaire). On ne dispose toutefois pas encore d’informations quantitatives concrètes sur le taux de transmission d’Omicron, l’ampleur de l’évasion immunitaire ou la gravité des maladies. En particulier, on ne sait pas si une évasion immunitaire partielle détériore la protection contre l’infection ou si elle détériore également la protection contre les formes graves chez les personnes vaccinées et guéries.

Afin de pouvoir évaluer les effets de ces changements sur la protéine de pointe d’Omicron, des tests de laboratoire, des études cliniques et des analyses épidémiologiques sont nécessaires. Des laboratoires à travers le monde travaillent sur la question de savoir s’il existe une évasion immunitaire – au moins partielle – des anticorps. On s’attend à ce que cela se produise en raison de la séquence, mais il n’est pas encore possible de le quantifier. De plus, la situation épidémiologique est suivie de près par les expertes et les experts en Afrique du Sud et l’analyse des premières informations concernant les infections post-vaccinales sont en cours [35].

Protection vaccinale dans le temps avec deux doses de vaccin

La vaccination a plusieurs effets : elle protège contre l’infection, contre la transmission de l’infection, contre les évolutions graves et contre les décès dus au COVID-19. Il est important de bien faire la distinction entre ces effets, car ceux-ci diminuent à des rythmes différents dans le temps et selon les groupes d’âge. Les vaccins permettent donc de réduire à la fois la propagation et la charge de morbidité. Le choix de l’un ou l’autre de ces deux objectifs est déterminant pour la stratégie de vaccination, à savoir quels groupes d’âge l’on vaccine et à quel moment, ainsi que de l’opportunité de recourir à une troisième injection.

Dans ce qui suit, nous présentons brièvement ce que l’on sait de ces effets de la vaccination et de leur diminution dans le temps :

Protection par deux doses de vaccin contre l’infection (symptomatique et asymptomatique)

L’efficacité de la vaccination sur les infections, y compris les infections asymptomatiques, est difficile à évaluer, car la détection des infections asymptomatiques est particulièrement malaisée. Les preuves convergent vers une efficacité réduite des vaccins à ARNm contre les infections au variant Delta du SARS-CoV-2, y compris les infections asymptomatiques. Selon les données fournies par Israël, le vaccin de BioNTech/ Pfizer a une efficacité contre l’infection de 39 % (IC 95 % : 9-59 %)[36], et de 79 % (IC 95 % : 75-82 %) selon les données récoltées en Écosse[37]. Un rapport de l’étude REACT a calculé que l’efficacité du vaccin contre l’infection était de 49 % (IC 95% : 22-67 %)[38] (ce rapport n’opère pas de distinction entre les vaccins utilisés en Angleterre).

Protection par deux doses de vaccin contre l’infection symptomatique

La protection vaccinale contre les infections symptomatiques par le variant Delta est réduite par rapport aux infections par les variants viraux dominants en 2020 et par Alpha. Dans les études pivots, l’efficacité contre les variants viraux dominants en 2020 a été estimée à 95 % (IC 95 % : 90-98 %) pour BioNTech/ Pfizer[39] et à 94 % (IC 95 % : 89-97 %) pour Moderna[40]. Selon un rapport de Public Health England[41], l’efficacité est passée de 89 % (IC 95 % : 87-90 %) contre le variant Alpha, à 79 % (IC 95 % : 78-80 %) contre le variant Delta (voir également[42],[43] ; BioNTech/ Pfizer). D’après les données canadiennes, l’efficacité contre les infections symptomatiques par le variant Delta est de 85 % (IC 95 % : 78-89 %)[44] (BioNTech/ Pfizer et Moderna). Une étude réalisée en Californie [45] estime à 87 % (IC 95 % : 84-89 %) l’efficacité du vaccin Moderna contre l’infection par le virus Delta, et à 98 % (IC 95 % : 97-99 %) contre l’infection par le virus Alpha. Selon cette étude, l’efficacité contre le variant Delta est tombée à 80 % (IC 95 % : 70-87 %) après cinq mois. Des études menées en Israël estiment que l’efficacité de BioNTech/Pfizer n’est que de 40% (IC 95% : 9-61%) six mois après la deuxième dose de vaccin[46], et que la probabilité d’infections post-vaccinales est plus de deux fois plus élevée après trois mois[47]. Une nouvelle étude réalisée en Suède[48] estime que, pour le vaccin BioNTech/Pfizer, la protection contre l’infection symptomatique passe de 92 % (IC 95 % : 92-93 %) deux à quatre semaines après la vaccination, à 0 % après 210 jours. Pour le vaccin Moderna, la protection est passée de 96 % (IC 95 % : 94-97 %) deux à quatre semaines après la vaccination, à 59 % (IC 95 % : 18-79 %) après 180 jours. Les estimations de cette étude se réfèrent principalement au variant Delta. En résumé, cela signifie que 6 mois après une double vaccination avec un vaccin à ARNm, on estime que le risque de contracter le variant Delta est réduit de moitié par rapport aux personnes non vaccinées.

Protection par deux doses de vaccin contre les évolutions graves/l’hospitalisation

La protection vaccinale contre une évolution grave de la maladie demeure initialement élevée pour le variant Delta également. L’efficacité est d’environ 96% (IC 95 % : 91-98 %) selon les données récoltées en Grande-Bretagne [49] ,[50], et de 88 % (IC 95 % : 78,9-93,2 %) selon les données concernant Israël[51] . Ces estimations se réfèrent à la protection dont bénéficient les vaccinés par rapport aux non-vaccinés et ne sont pas ventilées en fonction des différents vaccins utilisés dans ces pays. Selon une prépublication[52] basée sur des données provenant de Californie, le vaccin de Moderna offre une protection de 98 % (IC 95 % : 93-99 %) contre l’hospitalisation suite à une infection par le variant Delta. Selon une prépublication parue en Israël[53] , des analyses effectuées par Public Health England[54] et une étude menée en Suède[55], la protection contre les évolutions graves de la maladie semble diminuer avec le temps.

Dans les données suisses, nous avons constaté que le vaccin protégeait contre l’hospitalisation à hauteur d’environ 90 % voire davantage dans tous les groupes d’âge en juillet, août et septembre 2021[56]. Cependant, depuis le mois d’octobre en Suisse, nous constatons une baisse de l’efficacité chez les plus de 80 ans, celle-ci passant de 89-94 % en septembre à 73-87 %[57]. Cette baisse de l’efficacité du vaccin correspond aux données d’autres pays.

Cela signifie que les personnes jeunes doublement vaccinées sont encore environ 20 fois mieux protégées contre l’hospitalisation que les personnes non vaccinées (ce qui correspond à une protection de 95 %). Si la protection a diminué chez les personnes âgées doublement vaccinées, elles sont encore environ 5 fois mieux protégées (soit une protection de 80 %).

Protection par deux doses de vaccin contre la transmission du virus

La vaccination prévient la propagation du SARS-CoV-2 par au moins deux mécanismes : premièrement, en réduisant les infections, tant symptomatiques qu’asymptomatiques, et donc le nombre de personnes infectées (voir ci-dessus) ; et deuxièmement, en réduisant la propagation par les personnes qui sont infectées malgré la vaccination. En effet, même lorsqu’elle est infectée, une personne vaccinée est moins susceptible de transmettre le virus qu’une personne non vaccinée. Une prépublication [58] fait état d’une étude selon laquelle le risque de transmission d’une infection post-vaccinale par le variant Delta est environ 66% plus faible après deux injections du vaccin ARNm de Pfizer/BioNtech que chez les personnes non vaccinées – cela signifie que les personnes infectées non vaccinées transmettent le virus 3 fois autant que les personnes infectées vaccinées. Les raisons exactes de cette protection ne sont pas connues, mais elle pourrait s’expliquer, par exemple, par le fait que la phase infectieuse est plus brève [59] ou que les personnes vaccinées délivrent une plus petite quantité de particules infectieuses du virus[60] . La protection diminue pour atteindre environ 20 % au cours des trois mois et demi qui suivent l’administration de deux doses de vaccin.

Effet de la troisième dose de vaccination

Protection de la troisième dose de vaccination contre l’infection

Plusieurs études montrent qu’une troisième dose de vaccin améliore la protection contre l’infection. Avec une troisième dose de vaccin, la protection contre l’infection passe d’environ 50 % à au moins 95 % dans tous les groupes d’âge [61], y compris chez les plus de 60 ans [62]. Selon un nouveau preprint effectué en Angleterre, une troisième dose du vaccin de BioNTech/Pfizer augmente à 94% (IC 95% : 93-95%) [63] la protection contre l’infection symptomatique chez les plus de 50 ans. Cette amélioration va dans le même sens que deux prépublications [64], [65], qui décrivent qu’une troisième dose de vaccination multiplie par 10 le niveau d’anticorps neutralisants (par rapport au niveau immédiatement avant la troisième dose de vaccination). En même temps, en cas d’infection, la charge virale est réduite [66] et donc probablement aussi la transmission de l’infection après une troisième dose de vaccination.

En résumé, la protection contre l’infection passe d’un multiple de 2 à un multiple de 20 voire davantage chez les personnes ayant reçu une troisième dose de vaccin par rapport aux personnes non vaccinées, et ce, dans tous les groupes d’âge.

Protection contre l’hospitalisation

La protection contre l’hospitalisation par une troisième dose de vaccin a été estimée à 93 % chez les personnes de plus de 40 ans par rapport à un groupe témoin qui avait reçu sa deuxième dose de vaccin il y a plus de 5 mois, et à 95 % [68] chez les personnes de plus de 60 ans. Chez les plus de 80 ans en particulier, la protection passe de 80 % à 95 % [69]. Pour la Suisse, cela signifie qu’une troisième dose de vaccination dans cette catégorie d’âge peut prévenir jusqu’à 10 000 hospitalisations (calculs de la task force du 21.9.2021 : annexe A de [70]).

Objectifs d’une campagne de vaccination

La campagne de vaccination suisse avait pour objectif premier de mettre en place rapidement une protection de la population contre les formes graves de la maladie. Par conséquent, deux doses de vaccin ont été administrées à un intervalle très rapproché (généralement 3-4 semaines). Pour d’autres vaccins non réplicatifs, l’immunisation de base n’est considérée comme complète qu’avec une troisième dose après 6-12 mois (par exemple, hépatite A et B, MEVE, Haemophilus influenzae type B, poliovirus, diphtérie, tétanos ou coqueluche). Une troisième dose de vaccination n’a donc rien d’exceptionnel ; elle pourrait conduire à une protection plus durable dans tous les groupes d’âge, rendant les vaccinations de rappel annuelles optionnelles pour l’ensemble de la population. À long terme, après un schéma vaccinal à trois doses, les infections naturelles bénignes pourraient potentiellement générer une large protection également contre les nouveaux variants et faciliter la transition vers l’endémicité du SARS-CoV-2.

Si l’objectif principal de la campagne de vaccination est de réduire le risque individuel d’hospitalisation, des troisièmes doses de vaccination pour la population plus âgée sont actuellement indiquées sur la base des données internationales ainsi que des données suisses (voir également les calculs de la task force du 21.9.2021) : annexe A de [71]).

Si l’objectif est de réduire les infections, une troisième vaccination (6 mois après la deuxième dose de vaccination) est indiquée dans tous les groupes d’âge, sur la base des données (voir également le chapitre conclusions de la policy brief du 25.6.2021[72]). Ces troisièmes doses de vaccination seraient un outil efficace pour réduire le nombre d’infections cet hiver. (La protection contre l’infection, passe d’un multiple de 2 à 20 après la troisième dose par rapport aux personnes non vaccinées, voir ci-dessus). Dans un document de synthèse[73], des scientifiques allemands – s’appuyant sur des simulations – affirment qu’une campagne de vaccination de rappel à un taux de vaccination de 7 % par semaine pourrait déjà montrer les premiers effets sur la propagation des infections après un mois. Cette réduction des infections permet de limiter la circulation du virus et donc la pression sur le système de santé. En même temps, les personnes qui ne peuvent pas se protéger par la vaccination (les enfants de moins de 12 ans, par exemple) peuvent être protégées par la troisième vaccination des parents ou des personnes qui s’occupent d’eux : en effet ces personnes, bénéficiant d’une protection 20 fois plus élevée contre l’infection après la troisième vaccination, réduisent donc le risque d’être porteur du virus. Le fait d’éviter les infections peut réduire davantage la prévalence des conséquences tardives ou à long terme du COVID-19 (syndrome post-COVID-19, ou COVID long) sur la santé.

[En rouge : Suisse, en vert, Autriche, en bleu, Allemagne

En haut : A. Cas par jour et par million B. Patient·e·s hospitalisé·e·s par million C. Occupation des lits en  USI par million

Échelle verticale : moyenne sur sept jours

Mois    août – sept. – oct. – nov. – déc.

En bas, échelle verticale, à gauche : En pour cent – au milieu : moyenne sur sept jours

  1. Oxford Stringency Index E. Tests par millier F. Nouvelles vaccinations par million]

Figure 1 : En haut : Évolution du nombre de cas (à gauche), du nombre de patientes et patients COVID-19 hospitalisés (au centre ; en raison des décalages temporels des notifications, les données pour la Suisse pourraient encore être revues à la hausse) et du nombre de patientes et patients COVID-19 en soins intensifs (à droite) en Suisse, en Autriche et en Allemagne, représentés sur une échelle verticale logarithmique. Dans cette représentation, le nombre logarithmique de cas et d’hospitalisations de mi-octobre à mi-novembre pour l’Autriche, l’Allemagne et la Suisse suit en grande partie des lignes droites et parallèles. Cela signifie que dans ces trois pays, le nombre de nouveaux cas confirmés par jour et d’hospitalisations par jour augmente à un rythme exponentiel tout aussi rapide. Depuis mi-novembre, le nombre de cas confirmés est en baisse en Autriche et en Allemagne. En bas : Mesure de la sévérité des restrictions dans les trois pays (à gauche), du nombre de tests par millier d’habitantes et d’habitants (moyenne sur 7 jours) et du nombre de vaccins quotidiens (y compris la 3e dose) par million d’habitantes et d’habitants. Données sur la sévérité des restrictions en Suisse de [74]. Autres données de Our World in Data[75] ; les données d’hospitalisation pour l’Allemagne ne sont pas disponibles dans cette source de données.

3. Scénarios d’occupation des unités de soins intensifs

Sur la base du nombre de cas déclarés, il est possible de faire la projection de l’occupation des unités de soins intensifs pour les quelques semaines à venir. Ces projections sont basées sur le nombre de cas notifiés, la probabilité d’hospitalisation, la probabilité d’être transféré de l’unité normale vers l’unité de soins intensifs et la durée de séjour en USI.

Ces projections font plusieurs hypothèses simplificatrices. Les projections ne sont pas basées sur un modèle qui estime le nombre de contacts infectieux en fonction des mesures d’endiguement. Au lieu de cela, elles se basent sur des scénarios simples pour ce qui est du taux d’infections. Dans un premier scénario, on suppose que les contaminations continuent d’augmenter à un taux constant ; cela équivaut à une situation dans laquelle le nombre de reproduction Re reste constant à sa valeur actuelle de 1,19 (IC 95% : 1,04-1,33). Dans d’autres scénarios, nous étudions comment l’occupation des unités de soins intensifs change si, à une date donnée, le nombre de reproduction Re se réduit à une valeur inférieure en une étape à une certaine date, puis y reste. Ces scénarios représentent donc des situations dans lesquelles le nombre de contacts est abaissé à une valeur inférieure en une seule étape, par des mesures ou des changements de comportement. 

Les projections reposent sur l’hypothèse que les probabilités d’hospitalisation ou de transfert en soins intensifs restent constantes. Plus précisément, elles supposent que la probabilité d’hospitalisation d’un cas notifié reste constante à la valeur observée à la semaine 47 et que la probabilité d’être transféré de l’unité normale à l’unité de soins intensifs après une hospitalisation est la même que celle que nous avons observée entre juillet et août 2021 et reste constante au cours des prochaines semaines. Sur la base des données de l’automne et de l’hiver 2021/22, nous savons que plus les unités de soins intensifs sont occupées, moins nombreuses sont les personnes transférées des unités normales vers les unités de soins intensifs[76]. Notre projection ne tient pas compte de ces effets (qui peuvent indiquer un triage silencieux). De ce fait, ce n’est pas le taux d’occupation réel des unités de soins intensifs que nous évaluons, mais plutôt le nombre de patientes et patients qui auraient besoin de soins intensifs. La possibilité d’administrer des soins intensifs à ces personnes peut alors dépendre du taux d’occupation des  USI. Les probabilités sur lesquelles reposent les projections (d’une hospitalisation d’un cas déclaré ou celles d’un transfert aux soins intensifs lors d’une hospitalisation) peuvent également changer si les répartitions par âge des personnes infectées changent. Comme nos projections ne portent que sur quelques semaines, nous ne tenons pas compte de ces effets, mais supposons que les contaminations augmentent dans chaque classe d’âge avec la valeur R actuelle.

Les projections montrent un risque élevé de dépassement des seuils critiques en ce qui concerne l’occupation des lits en soins intensifs. Actuellement, la moyenne du nombre de reproduction sur 7 jours est de 1,19 (intervalle d’incertitude, IC 95% : 1,04-1,33). Si le nombre de reproduction ne change pas dans les semaines à venir, la majorité des projections suggèrent que le nombre de patientes et patients COVID-19 nécessitant des soins intensifs dépassera le seuil critique de 300 puis 400 en décembre encore, et continuera d’augmenter sans relâche (figure 2A). Au-delà de cette limite, la capacité des USI est épuisée dans toute la Suisse et l’on s’attend à un triage à grande échelle, possiblement à un triage silencieux[77].

Figure 2 :

 [En haut : A. Re inchangé, début de la projection B. Re réduit à 0,8 au 06.12.21 En rouge, occupation effective, orange, occupation estimée
Échelle verticale : Patientes et patients COVID-19 nécessitant des soins intensifs
Encadré : – Capacité des lits  USI épuisée

              – Mise en place de lits ad hoc

              – Triage inévitable

              – Soins optimaux limités

Mois        oct. – nov. – déc.- janv.

En bas : Échelle verticale : Patientes et patients COVID-19 nécessitant des soins intensifs

Horizontal : Date de la réduction

  1. Re réduit à 0,9 au 06.12.21 D. Re réduit à 0,8 au 13.12.21 E. Re réduit à 0,7 au 13.12.21]

Projection du nombre de patientes et patients nécessitant des soins intensifs dans différents scénarios d’évolution du nombre de reproduction effectif Re. En rouge, l’occupation réelle jusqu’au 6.12.21 et en orange, l’occupation que nous avons estimée pour les différents scénarios (la ligne en pointillé est la moyenne sur 300 projections par scénario et la zone orange l’intervalle d’incertitude de 95%). En haut à gauche (A) scénario avec augmentation progressive des contaminations et Re inchangé. En haut au centre (B) scénario avec une réduction de Re le 6.12.21 à une valeur de 0,8. En bas à gauche (C) scénario avec une réduction de Re le 6.12.21 à une valeur de 0,9. En bas au centre (D) scénario avec une réduction de Re le 13.12.21 à une valeur de 0,8. En bas à droite (E) scénario avec une réduction de Re le 13.12.21 à une valeur de 0,7.

Selon ces projections, une réduction des contaminations diminue l’ampleur et la durée du dépassement des seuils critiques. Dans un premier scénario, nous avons examiné une situation dans laquelle le nombre de reproduction chute à une valeur de 0,8 le 6.12.2021 et y reste ensuite (fig. 2B). Comparé à la dernière estimation en date de Re 1,19 (IC 95% : 1,04-1,33), qui reflète les infections au 26.11.2021, une réduction à un Re de 0,8 correspond à une situation où il faudrait éviter environ un tiers des contacts infectieux par rapport à la situation de fin novembre. Un Re de 0,8 correspond à peu près à la situation actuelle en Autriche avec des restrictions très importantes (voir figure 2D ; Re estimé à 0,79 (IC 95% : 0,68-0,91), pour la dynamique de l’infection au 21.11.2021). Il semble donc peu probable que les mesures mises en place le 6 et 21 décembre – et éventuellement les changements de comportement associés – se traduisent par une baisse aussi importante de Re en Suisse. L’ampleur réelle d’une réduction potentielle de Re à partir du 6.12.21 ne sera visible dans les données que dans la semaine qui suit le 13.12.21. Cela s’explique par le laps de temps entre la contamination et le résultat positif d’un test. Dans ce scénario, on s’attend à ce que l’occupation des unités de soins intensifs augmente encore pendant environ deux semaines et que le seuil critique de 300, voire 400, patientes et patients COVID-19 nécessitant des soins intensifs soit dépassé. Si une réduction des contaminations est moins importante (figure 2C) ou si elle n’est obtenue que plus tard (figure 2D), on s’attend à un dépassement encore plus important et plus long. 

Ainsi, une réduction de Re plus importante aura pour effet de freiner considérablement la progression attendue des patientes et patients COVID-19 nécessitant des soins intensifs. Par exemple, si Re est réduit à 0,7 le 13.12.2021 (fig. 2E), il existe toujours un risque de dépasser le seuil critique de 300 patientes et patients COVID-19, voire même celui des 400 patientes et patients COVID-19 nécessitant des soins intensifs, mais le pic attendu serait moins élevé et de plus courte durée que si la réduction des contaminations était plus faible (fig. 4). Par rapport au Re estimé d’environ 1,2 à fin novembre 2021, une réduction de Re à 0,7 signifie qu’environ 40 % des contacts infectieux devraient être évités.

Appendice

In response to request from: FOPH

Experts involved: all

Input to FOPH questions, October 2021

Date of request: 22/10/2021

Date of response: 02/11/2021

Contact person: Tanja Stadler (tanja.stadler@bsse.ethz.ch)

1) Effectiveness of the Covid certificate?

Considérations générales

Les certificats Covid peuvent influencer positivement le cours de l’épidémie, et ce, de trois façons :

premièrement, en réduisant la proportion des personnes présentes à des manifestations ou dans des lieux accessibles au public qui sont infectées au SARS-CoV-2 ;
deuxièmement, ils peuvent réduire la proportion des personnes sensibles à une infection au SARS-CoV-2 ;
troisièmement, ils peuvent réduire la proportion des personnes qui, infectées, sont à risque d’évolution grave de la maladie COVID-19 et pourraient nécessiter une hospitalisation voire une admission dans une unité de soins intensifs.

Les personnes testées négativement ont contribué au point 1 ci-dessus. Les personnes vaccinées et guéries contribuent aux points 1-3. Dans l’ensemble, les certificats Covid peuvent donc réduire le nombre total d’infections dans une situation donnée, et réduire également la proportion des infections qui ont des répercussions néfastes pour l’individu et, potentiellement, pour le système de santé.

Nous n’avons pas connaissance de preuves directes quant à l’efficacité globale des certificats Covid sur l’épidémie dans une région ou un pays. Cependant, il existe des preuves directes et détaillées de la manière dont le dépistage, la vaccination et le rétablissement réduisent l’infectiosité. En outre, pour les personnes vaccinées et guéries, il existe des preuves directes que la susceptibilité et la probabilité d’une évolution grave de la maladie sont réduites. En particulier :

Il existe des preuves directes que l’infectiosité est réduite chez les personnes

–  qui ont été vaccinées (par rapport aux personnes non vaccinées ; les études suggèrent une protection d’environ 50 % contre l’infection et, pour les personnes infectées, une protection d’environ 66 % contre la transmission (toutefois avec une grande incertitude dans les deux cas)[78]),

–  qui sont guéries du COVID-19 (par rapport aux personnes non vaccinées ; la protection des personnes guéries devrait être similaire à celle des personnes vaccinées[79]), ou

–  qui ont été testées avec une réponse négative (par rapport aux personnes non testées ; les tests antigéniques détectent les personnes infectées avec une sensibilité allant jusqu’à 50 %[80]).

Ce qui précède signifie que les personnes vaccinées ou guéries sont également moins sensibles.

Il existe également des preuves directes que le risque d’évolution grave de la maladie, et plus particulièrement de la probabilité d’hospitalisation, est réduit, chez les personnes

–  qui ont été vaccinées (par rapport aux personnes non vaccinées ; les données de la Suisse montrent une efficacité vaccinale de plus de 90 % dans toutes les classes d’âge sauf les 80+ ;[81]),

–  qui sont guéries du COVID-19 (par rapport aux non-vaccinés ;[82])

Surtout, la protection post-vaccination contre l’infection et l’hospitalisation s’estompe avec le temps – par conséquent le certificat perd de son efficacité (par exemple [83],[84]).

Efficacité des certificats lors d’événements particuliers

Au-delà de la question concernant l’efficacité des certificats Covid sur l’évolution générale de l’épidémie, il est également intéressant de se demander comment l’utilisation obligatoire de certificats affecte le nombre d’infections lors d’une manifestation particulière. À notre connaissance, aucune étude empirique n’a été publiée qui établisse une comparaison entre les nouvelles infections au SARS-CoV-2 à la suite d’événements exigeant des participantes et participants qu’ils présentent leur certificat Covid, d’une part, et de l’autre les infections à la suite d’événements où les participantes et participants n’étaient pas tenus d’avoir un certificat. La réalisation d’études sur l’efficacité comparative du certificat posant plusieurs défis méthodologiques, on ne dispose que d’exemples (p. ex.[85]). La portée de l’étude, la répartition aléatoire entre les différents groupes, le suivi et la vérification du statut de l’infection sont autant de facteurs compliqués.

En général, ce qui précède considère la comparaison des événements avec certificat à des événements sans certificat, toutes choses étant égales par ailleurs. Lorsque l’on assouplit les mesures d’hygiène générale – dont il est prouvé qu’elles limitent très efficacement la transmission (masque, distanciation, ventilation) – lors de manifestations avec certificat, par rapport au fait de ne pas assouplir les mesures d’hygiène générale lors de manifestations sans certificat, l’efficacité du certificat diminue.

2) Peut-on faire une distinction en fonction du contexte d’utilisation ?

On peut faire des distinctions sur l’efficacité des certificats Covid en fonction des caractéristiques de l’événement, et des éléments contextuels.

D’une manière générale, les grandes flambées épidémiques sont plus probables lors de manifestations présentant certaines caractéristiques, et l’effet de la réduction du nombre de personnes infectieuses et sensibles présentes lors de tels événements est donc susceptible d’être le plus important. Ces caractéristiques sont :

  1. un nombre élevé de participants ;
  2. une forte densité (peu de distance entre les participants) ;
  3. de multiples va-et-vient ;
  4. la ventilation ;
  5. le fait de chanter ou de parler à haute voix.

C’est là que l’effet de la réduction du nombre de personnes infectées présentes est le plus important.

Les facteurs affectant l’efficacité dans le monde réel comprennent également des éléments contextuels, tels que :

  1. l’acceptation par la population, son adhésion ;
  2. la mise en œuvre par les autorités concernées ;
  3. le niveau de SARS-CoV-2 circulant dans la population ;
  4. l’utilisation complémentaire d’autres mesures de prévention lors d’événements nécessitant un certificat, par exemple le port du masque, la distanciation, une bonne ventilation (prévention combinée) ;
  5. la proportion relative de personnes ayant obtenu un certificat grâce à un test négatif et étant donc tout à fait vulnérables à l’infection. Comme indiqué dans la réponse à la question 1), la sensibilité des personnes vaccinées ou guéries est moindre.

Ces caractéristiques dépendantes du contexte peuvent bien sûr se traduire par des niveaux de risque différents lors de domaines d’utilisation spécifiques. Par exemple, les manifestations se dérouleront dans des zones particulières présentant des niveaux spécifiques de circulation du SARS-CoV2 ; la manifestation sera susceptible d’attirer des populations présentant des proportions différentes de personnes vaccinées, rétablies et testées négativement ; lors de certaines manifestations, telles que les repas en intérieur, des mesures préventives supplémentaires telles que les masques ne peuvent pas être utilisées pendant l’activité prévue.

3) Comment assouplir à nouveau les règles d’utilisation du certificat ? Selon quels principes ?

Il convient de choisir le moment pour assouplir l’utilisation obligatoire de certificats en fonction de facteurs tels que le niveau d’immunité protectrice de la population, le niveau de virus circulant et le taux d’occupation des lits d’hôpital. En ce qui concerne la question de savoir pour quelles manifestations l’exigence de certificat peut être assouplie, notons que le fait de conserver les certificats plus longtemps pour les événements présentant un risque élevé de circulation du virus (réponse à la question 2) réduit le risque pour la santé publique et le système de soins de santé.

D’un point de vue épidémiologique, il est moins risqué de retirer la protection des certificats de manifestations spécifiques si, au cours de celles-ci, les certificats peuvent être remplacés par d’autres mesures de protection telles que le port du masque, la distanciation et la ventilation.

 

4) En combien de temps une prolongation des règles d’utilisation du certificat est-elle susceptible d’avoir un impact positif sur les hospitalisations ?

Entre le moment du renforcement des mesures et l’effet sur les hospitalisations signalées, le délai est estimé à environ 2-3 semaines[86].

5) Comment utiliser les hospitalisations comme prédicteur de l’occupation des lits de soins intensifs ? Comment utiliser les hospitalisations et l’incidence par âge ?

Notre réponse se compose de quatre parties, A-D.

A) Estimation de l’admission en USI sur la base des données des cas confirmés : Sur la base des données du formulaire de déclaration clinique, nous connaissons la probabilité, stratifiée par âge, qu’une personne récemment testée positive soit hospitalisée ([87]Time Series). De plus, les données du CH-SUR (fig. 1) contiennent la probabilité qu’une personne hospitalisée soit admise en unité de soins intensifs pendant la période de circulation de Delta (stratifiée par âge). En multipliant les données relatives aux cas confirmés par les probabilités d’hospitalisation et d’admission en soins intensifs pour chaque groupe d’âge, on peut calculer combien de personnes testées positives aujourd’hui devraient être admises en soins intensifs à terme. Figure 1 : Pourcentages de patientes et de patients hospitalisés admis en USI, par classe d’âge, sur la base des données de la période du 1er juillet 2021 au 31 août 2021. Extrait du rapport CH-SUR du 27.10.2021.

Figure 1 : Pourcentages de patientes et de patients hospitalisés admis en USI, par classe d’âge, sur la base des données de la période du 1er juillet 2021 au 31 août 2021. Extrait du rapport CH-SUR du 27.10.2021.

[Ensemble des patient·e·s

Groupes d’âge

Âge non spécifié]

B) Si l’incidence augmente à un rythme constant pendant quelques semaines, le nombre d’hospitalisations par jour et le nombre d’admissions en soins intensifs par jour augmenteront au même rythme. En ce moment, fin octobre 2021, nous nous trouvons à deux semaines de la résurgence de l’incidence, qui a recommencé à augmenter après une baisse plus longue. Les hospitalisations et les admissions en soins intensifs devraient commencer à augmenter au même rythme après un décalage temporel caractéristique. Si l’incidence continue d’augmenter à peu près au rythme actuel, le nombre quotidien d’hospitalisations et d’admissions en soins intensifs commencera donc à augmenter au même rythme. Ce fait permet d’estimer l’évolution du nombre d’hospitalisations et d’admissions aux soins intensifs par jour.

C) Il est également possible d’estimer le nombre total d’hospitalisations et d’admissions en USI attendues selon le scénario le plus pessimiste, sans vaccinations supplémentaires et avec toutes les personnes en Suisse infectées par le SARS-CoV-2. Nous pouvons estimer le nombre de personnes dans chaque classe d’âge qui n’ont aucune protection contre l’hospitalisation en cas d’infection (fig. 2, graphique de gauche). Cette estimation est basée sur le nombre de personnes vaccinées, à partir de la proportion estimée dans chaque classe d’âge immunisée à la suite d’une infection (basée sur des études de séroprévalence), et sur la base de la part estimée de personnes qui ne sont pas protégées contre une évolution sévère de l’infection même si elles ont été vaccinées ou qu’elles en sont guéries (voir les détails[88]). En multipliant ces chiffres dans chaque classe d’âge par la probabilité d’admission en USI spécifique à la classe d’âge en cas d’hospitalisation, on obtient le nombre total d’admissions en USI dans le cas le plus défavorable (figure 2, graphique de droite).

Avec la durée des séjours en USI pour les différentes classes d’âge (voir ci-dessous), il sera également possible d’estimer la durée totale de l’hospitalisation en USI, autrement dit le nombre de jours que les patientes et patients COVID-19 – dans l’ensemble – passent en USI dans le pire des scénarios.

[graphique de gauche : Hospitalisations attendues

Graphique de droite : Admissions en USI attendues

à droite : exposition aux antigènes préalable (par une infection naturelle ou par la vaccination En rouge : non

En bleu : oui]

Figure 2 :  Estimation du nombre total de patientes et de patients qui seront hospitalisés ou traités dans une unité de soins intensifs en Suisse dans l’hypothèse la plus pessimiste selon laquelle i) aucune vaccination supplémentaire n’est administrée et ii) tout le monde est infecté par le SARS-CoV-2. Ces estimations ne représentent donc pas des projections plausibles de la charge de morbidité future, mais doivent simplement être considérées comme un plafond de la charge de morbidité (généralement selon les paramètres actuellement connus ; seul le risque d’hospitalisation est calculé sur la base des données de la pandémie dans son ensemble, alors qu’il aurait pu doubler avec la circulation de Delta ; davantage de détails[89]).

D) Un autre objectif est d’estimer le taux d’occupation des unités de soins intensifs (plutôt que de se limiter à l’admission aux unités de soins intensifs par jour) sur la base du nombre quotidien de tests positifs stratifiés par âge. Afin d’estimer l’occupation des soins intensifs, il faut également tenir compte de la répartition de la durée pendant laquelle les patientes et patients COVID de différentes classes d’âge restent dans les unités de soins intensifs. Nous avons reçu les données sur la durée des séjours en USI le vendredi 29 octobre 2021 (ICU-RISC-19[90]), et nous utiliserons ces données pour projeter l’occupation des unités de soins intensifs prochainement.

6) Toutes les questions techniques relatives à la détection des anticorps ont-elles été résolues ?

Si un test sérologique positif peut prouver qu’une personne (non vaccinée) a déjà été infectée par le SARS-CoV-2, il ne peut pas indiquer à quel moment l’infection s’est produite. Trois interrogations demeurent au sujet des tests d’anticorps : les tests sérologiques sont de mauvais corrélats de l’immunité, les seuils ne sont pas unifiés, et l’identification de la meilleure façon d’utiliser la sérologie pour les certificats. Les tests sérologiques sont de mauvais corrélats de l’immunité : La spécificité des tests d’anticorps est bonne et peut être utilisée comme preuve de guérison, mais l’interprétation des valeurs quantitatives par rapport à la protection n’est toujours pas claire. La présence d’anticorps fixant les nucléoprotéines atteste d’une infection antérieure, la présence d’anticorps fixant les spike atteste d’une infection ou d’une vaccination antérieure, mais aucun d’entre eux n’informe sur la présence d’anticorps neutralisants, bien que ceux-ci puissent être mesurés directement, y compris de manière spécifique à un variant (les tests d’anticorps se liant aux spike couramment utilisés, par exemple le test Elecsys de Roche, utilisent une protéine provenant d’une souche précoce de SARS-CoV-2). Les tests sérologiques actuellement utilisés ont été développés pour identifier une infection passée, et non pour mesurer le niveau actuel de protection. La FDA américaine a mis en garde à plusieurs reprises contre l’utilisation du test sérologique SARS-CoV2 comme moyen d’évaluer la protection actuelle chez un individu[91]. Les tests sérologiques ne fournissent pas non plus d’informations sur le moment de l’infection, ils ne peuvent donc pas être utilisés pour évaluer indirectement le niveau probable de protection en fonction de ce moment. Par exemple, une personne ayant une sérologie positive en octobre 2021 pourrait avoir été infectée en été 2020, soit plus d’un an auparavant. La détermination des corrélats de la protection nécessitera de vastes études qui, à notre connaissance, n’ont été publiées dans aucun pays à ce jour. Les tests varient et les seuils ne sont pas unifiés : La dénomination « tests des anticorps » est peu précise. Maints tests actuellement disponibles utilisent diverses techniques et présentent des seuils différents signalant la présence d’une infection passée. Là encore, aucun des tests actuellement utilisés ne renseigne sur la présence d’anticorps neutralisants et donc directement sur la protection individuelle. De plus, aucune étude longitudinale n’a encore été menée pour évaluer quel titre exact d’anticorps neutralisants est en corrélation avec la protection. Les seuils peuvent en outre différer en ce qui concerne la protection contre i) l’infection, ii) l’infectiosité, iii) la susceptibilité à une évolution grave de la maladie et iv) le COVID long. Utilisation de la sérologie pour les certificats : Nous l’avons dit plus haut, un test sérologique positif peut prouver qu’une personne (non vaccinée) a déjà été infectée par le SARS-CoV-2. L’attribution d’un certificat COVID uniquement sur la base d’une sérologie positive – sans que l’on connaisse le niveau de protection ou la date d’infection – est un pari quelque peu risqué, car certains individus présenteront une sérologie positive plus d’un an après l’infection, alors que leur niveau de protection est inconnu à ce stade. Ce risque augmente avec le possible décalage temporel entre l’infection et la sérologie positive. Pour réduire ce risque, des hypothèses peuvent être formulées lors de l’utilisation d’une sérologie positive pour les certificats. Une option pourrait être de fixer la date d’infection à octobre 2020, avant la deuxième vague, lorsque la plupart des personnes avaient encore une sérologie négative. On pourrait également supposer une date d’infection (quelque peu arbitraire) de 9 mois avant le test sérologique, indiquant que la sérologie positive peut être utilisée une fois pour documenter une infection au cours des 12 derniers mois, ce qui donne accès à un certificat non renouvelable d’une durée de 3 mois. L’utilisation de la sérologie pour les certificats implique la clarification des aspects techniques. Plus précisément : quelle valeur des titres d’anticorps liants sera considérée comme donnant accès à un certificat, d’autant plus que les différents tests disponibles dans le commerce n’utilisent pas les mêmes échelles et unités ? Avec des certificats délivrés sans les hypothèses supplémentaires décrites ci-dessus et pouvant donc être renouvelés, il est nécessaire dans ce cas de clarifier la procédure pour les personnes guéries ou vaccinées après 12 mois – autrement dit, peuvent-elles toutes prolonger leur certificat avec une sérologie ? Une telle procédure correspondrait à un « passeport immunitaire ». On manque pour cela de données scientifiques solides[92] (voir aussi ci-dessus au sujet des corrélats de l’immunité). D’une manière générale, l’application de règles moins strictes en matière de certificats augmentera le risque qu’un plus grand nombre de certificats ne soit pas corrélé à la protection contre l’infection ou la contagiosité.

7) Combien de personnes guéries sont susceptibles de bénéficier des nouveaux certificats ?

Nous interprétons cette question comme portant sur le nombre de personnes qui a une sérologie positive. Corona-immunitas[93] collecte ces données et nous partons du principe que l’OFSP a accès à ces informations. Nous serions très reconnaissants si les données les plus récentes pouvaient être partagées régulièrement avec la task force scientifique.

Sources :

[1] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-23-novembre-2021/

[2] https://www.covid19.admin.ch/fr/hosp-capacity/icu

[3] https://www.covid19.admin.ch/fr/hosp-capacity/icu

[4] https://www.covid19.admin.ch/fr/hosp-capacity/icu

[5] https://sciencetaskforce.ch/wp-content/uploads/2021/01/59_Double_burden_Summary_FR_tvb_2-1.pdf

[6] https://sciencetaskforce.ch/wp-content/uploads/2021/01/59_Double_burden_Summary_FR_tvb_2-1.pdf

[7] https://osf.io/qvcwy/

[8] https://smw.ch/article/doi/smw.2021.w30105

[9] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[10] https://www.covid19.admin.ch/en/overview

[11] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.10.21266166v1.full.pdf

[12] https://www.covid19.admin.ch/fr/overview

[13] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-17-aout-2021/

[14] https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.44.2100977

[15] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.10.21266166v1.full.pdf

[16] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/ : Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[17] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends:  Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.

[18] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/,  Dashboard Time Series

[19] https://www.covid19.admin.ch/en/epidemiologic/hosp?geoView=table&geo=GE&rel=abs&time=14d

[20] https://www.hug.ch/covid/situation-aux-hug

[21] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[22] https://icumonitoring.ch

[23]https://www.covid19.admin.ch

[24]https://cov-spectrum.ethz.ch/

[25]https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/993358/s1288_Warwick_RoadMap_Step_4.pdf

[26]https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00475-8/fulltext

[27]https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01358-1/fulltext

[28]https://doi.org/10.1101/2021.07.05.21260050

[29]https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern

[30]https://bnonews.com/index.php/2021/11/omicron-tracker/

[31]https://www.gisaid.org/hcov19-variants/

[32] https://www.gisaid.org/hcov19-variants/

[33]https://nextstrain.org/

[34]https://www.nicd.ac.za/frequently-asked-questions-for-the-b-1-1-529-mutated-sars-cov-2-lineage-in-south-africa/

[35]https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.11.21266068v2

[36]https://www.gov.il/BlobFolder/reports/vaccine-efficacy-safety-follow-up-committee/he/files_publications_corona_two-dose-vaccination-data.pdf

[37] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01358-1/fulltext

[38]https://spiral.imperial.ac.uk/bitstream/10044/1/90800/2/react1_r13_final_preprint_final.pdf

[39]https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa2034577

[40]https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa2035389

[41]https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1010472/Vaccine_surveillance_report_-_week_32.pdf

[42] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2108891

[43]https://doi.org/10.1101/2021.07.05.21260050

[44]https://www.alberta.ca/stats/covid-19-alberta-statistics.htm#vaccine-outcomes

[45]https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.09.29.21264199v1.full.pdf

[46]https://www.gov.il/BlobFolder/reports/vaccine-efficacy-safety-follow-up-committee/he/files_publications_corona_two-dose-vaccination-data.pdf

[47]https://www.nature.com/articles/s41467-021-26672-3.pdf

[48]https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3949410

[49]https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1010472/Vaccine_surveillance_report_-_week_32.pdf

[50]https://khub.net/web/phe-national/public-library/-/document_library/v2WsRK3ZlEig/view_file/479607329?_com_liferay_document_library_web_portlet_DLPortlet_INSTANCE_v2WsRK3ZlEig_redirect=https%3A%2F%2Fkhub.net%3A443%2Fweb%2Fphe-national%2Fpublic-library%2F-%2Fdocument_library%2Fv2WsRK3ZlEig%2Fview%2F479607266

[51]https://www.gov.il/BlobFolder/reports/vaccine-efficacy-safety-follow-up-committee/he/files_publications_corona_two-dose-vaccination-data.pdf

[52]https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.09.29.21264199v1.full.pdf

[53]https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2114228

[54] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1017309/S1362_PHE_duration_of_protection_of_COVID-19_vaccines_against_clinical_disease.pdf

[55] https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3949410

[56] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[57] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[58]https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.09.28.21264260v1.full.pdf

[59] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.28.21261295v1.full.pdf

[60] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.20.21262158v1

[61] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02249-2/fulltext

[62] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2114255

[63] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.11.15.21266341v1.full.pdf

[64]https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.09.29.21264089v1.full

[65]https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.10.10.21264827v2.full.pdf

[66]https://www.nature.com/articles/s41591-021-01575-4

[67]https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02249-2/fulltext

[68]https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2114255

[69]https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2114255

[70] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[71] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[72] https://sciencetaskforce.ch/fr/policy-brief/duree-de-la-protection-apres-une-vaccination-contre-le-covid-19-ou-apres-une-guerison 

[73]https://arxiv.org/abs/2111.08000

[74]https://kof.ethz.ch/en/forecasts-and-indicators/indicators/kof-stringency-index.html

[75] https://ourworldindata.org/coronavirus

[76]https://sciencetaskforce.ch/wp-content/uploads/2021/01/Double_burden_of_operating_near_intensive_care_saturation12Jan21-EN-2.pdf https://sciencetaskforce.ch/wp-content/uploads/2021/01/59_Double_burden_Summary_FR_tvb_2-1.pdf

[77] https://www.covid19.admin.ch/fr/hosp-capacity/icu

[78] https://sciencetaskforce.ch/fr/evaluation-de-la-situation-epidemiologique-18-octobre-2021/

[79]  https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-21-septembre-2021/

[80]  https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-7-septembre-2021/

[81] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[82] https://g-f-v.org/2021/09/30/4411/

[83] https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3949410

[84] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2114228

[85] https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.31.2100707

[86] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-3-aout-2021/

[87] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/

[88] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[89] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[90] https://www.risc-19-icu.net/

[91] https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2785530

[92] https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2785530

[93] https://www.corona-immunitas.ch/