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Rapport scientifique, 7 septembre 2021

Texte en attente de traduction - Texte original en allemand 

Résumé

Après une forte progression de l’épidémie dans la première moitié du mois d’août, le nombre de cas a stagné à un niveau élevé, soit environ 2500 cas par jour. Le nombre de nouvelles hospitalisations est en légère baisse depuis quelques jours. L’occupation des lits de soins intensifs a atteint un niveau très élevé avec près de 300 patients COVID-19.

Si un nouveau doublement du taux d’occupation des lits de soins intensifs se produit, l’occupation maximale de la deuxième vague serait dépassée. Les unités de soins intensifs de certains hôpitaux sont déjà fortement sollicitées en ce moment. Parmi les patients hospitalisés, environ 90 % ne sont toujours pas vaccinés. On sait qu’actuellement environ un quart des personnes nouvellement hospitalisées sont de retour d’un voyage ; cette proportion est en train de diminuer, tandis que le nombre des personnes hospitalisées qui se sont infectées sur place reste à un niveau constant.

Le nombre de cas est actuellement en augmentation chez les enfants et les adolescents. Bien que le nombre de tests effectués ait également fortement augmenté, le taux de positivité d’environ 15 % dans ces groupes d’âge laisse penser que le nombre de cas non signalés est très élevé. Dans la mise à jour scientifique du 17.8.21, nous soulignons que les flambées épidémiques qui se multiplient et leurs conséquences provoquent, chez les enfants et les adolescents, aussi bien des problèmes sur le plan psychique et social que des problèmes dus à l’infection. Étant donné qu’environ 1,1 million d’enfants de moins de 12 ans ne peuvent pas être protégés au moyen de la vaccination, il est d’autant plus important d’assurer une protection par des mesures aussi peu invasives que possible et ne limitant pas les interactions sociales. 

En Suisse, la campagne de vaccination accuse un certain retard par rapport à la plupart des pays d’Europe occidentale. Au rythme actuel de la vaccination, nous n’atteindrions qu’à partir de décembre un degré de couverture vaccinale similaire à celui qu’ont aujourd’hui des pays comme l’Espagne, le Danemark, l’Irlande, la Finlande, la Belgique, la France, l’Italie, Malte ou le Royaume-Uni. Et il faudrait attendre le printemps 2022 pour que la Suisse atteigne une couverture vaccinale semblable à celle dont bénéficie le Portugal actuellement.

Les vaccins continuent d’offrir une protection fiable contre l’hospitalisation. Dans chaque groupe d’âge, la vaccination évite au moins 9 hospitalisations sur 10. C’est ce que montrent également les données internationales lorsqu’elles sont corrigées en fonction de l’âge. Sans cette correction, un biais statistique peut amener à des conclusions selon lesquelles le vaccin ne protègerait qu’à 60 % contre les formes graves de la maladie. 

La protection que donnent les vaccins contre l’infection est partielle, et elle diminue avec le temps. Mais d’une manière générale, il est plus probable qu’une personne testée négativement transmette le virus qu’une personne vaccinée qui n’a pas été testée. Les vaccins offrent une protection de 40 à 80 % contre l’infection1. Cela signifie que, si les vaccins sont très efficaces pour protéger contre le risque d’hospitalisation, ils le sont moins pour protéger contre les formes légères de la maladie, ou contre les infections asymptomatiques. Chez les personnes asymptomatiques, les tests antigéniques ont une sensibilité inférieure à 50 %  [2], [3]. Par conséquent, tant que l’efficacité de la vaccination est supérieure à 50 %, une personne testée négativement risque davantage d’être infectée qu’une personne vaccinée (mais non testée). En outre, en cas d’infection, la personne testée est plus infectieuse que la personne vaccinée [4], [5].

Le port de masques, la distanciation, une bonne ventilation et un dépistage à large échelle par des tests répétitifs restent des dispositifs généraux importants pour freiner les transmissions. Ceci pour protéger le système de santé et toutes les personnes qui ne peuvent actuellement pas être vaccinées – dont 1,1 million d’enfants – ou pour lesquelles la vaccination n’est pas efficace. Au moyen de capteurs de CO2, la ventilation peut être déclenchée en fonction des besoins, ce qui sera particulièrement efficace pendant les mois d’hiver pour réduire la transmission par aérosols. Des dépistages réguliers permettent de détecter rapidement les foyers épidémiques et de briser les chaînes de transmission. Ces dispositifs permettent de ralentir la transmission tant chez les personnes non vaccinées que chez les personnes vaccinées.

1. Situation épidémiologique

1.1 Situation générale

L’épidémie de SARS-CoV-2 est actuellement causée presque exclusivement par le variant Delta (B.1.617.2), qui a remplacé les autres variants circulant en Suisse au cours des deux derniers mois. Le nombre de cas et d’hospitalisations a enregistré une nette hausse entre fin juin et mi-août, puis s’est stabilisé à un niveau élevé.

1.2. Dynamique

L’épidémie de SARS-CoV-2 a fortement augmenté entre fin juin et mi-août 2021. Depuis lors, le nombre de nouvelles infections s’est stabilisé à un niveau élevé : au cours des deux dernières semaines, une moyenne d’environ 2500 nouveaux cas par jour ont été diagnostiqués. La moyenne sur sept jours du nombre de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,09 (intervalle de confiance, IC 95 % : 0,98-1,2), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 21.08. – 27.08.2021[6].

Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de :

  • 1,09 (IC 95 % : 0,97-1,21) sur la base des cas confirmés au 27.08.2021.               
  • 0,81 (IC 95 % : 0,65-0,97) sur la base des hospitalisations au 21.08.2021. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,06 (IC 95 % : 0,97-1,16) pour le même jour.               
  • 1,2 (IC 95 % : 0,79-1,71) sur la base des décès (au 15.08.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 0,87 (IC 95 % : 0,75-1) pour le même jour. Sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,02 (IC 95 % : 0,92-1,13) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs Re reflètent le niveau de circulation du virus avec un décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs Re basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès.

En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours[7]. Le nombre des cas confirmés a reculé de -4 % (IC : 6 % à -14 %) par semaine, le nombre d’hospitalisations de -19 % (IC : -9 % à -28 %) et le nombre de décès a augmenté de 19 % (IC : 76 % à -19 %). Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.

Notre dashboard permet de suivre la variation des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge[8]. Le nombre de cas est stable ou en légère diminution dans tous les groupes d’âge, sauf chez les enfants de moins de 10 ans et chez les personnes âgées de 70 à 80 ans, où l’on observe une augmentation importante. Les nombres d’hospitalisations sont stables dans la plupart des groupes d’âge. Dans les groupes des 20 à 30 ans, des 40 à 50 ans et des 50 à 60 ans, les hospitalisations ont sensiblement diminué au cours des deux dernières semaines observées.

1.3. Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 428 pour 100 000 habitants. La positivité est de 7,1 % (au 03.09.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).

Le nombre de personnes atteintes de COVID-19 hospitalisées dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 225 et 289 [9] (la variation était de 13 % (IC : 21 % à 6 %) par semaine).

Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 3 et 11 par jour [10].

1.4. Nouvelles variantes

Depuis la semaine 26, Delta (B.1.617) est le variant viral dominant en Suisse. Cette variante, décrite à l’origine en Inde, avait une fréquence de 1 % au cours de la semaine 19, de 24 % au cours de la semaine 24, et une fréquence de 99 % au cours de la semaine 34 parmi les cas séquencés[11]. À partir de cette augmentation de la fréquence du variant Delta, on peut calculer un avantage de transmission de 62-70 % par rapport au variant Alpha, ce qui correspond aux estimations de l’avantage de transmission de 56 % (IC 95 % : 34 %-81 %) en Angleterre[12]. En raison de cet avantage de transmission, le variant Delta est désormais dominant dans de nombreuses régions du monde.

Delta cause des évolutions plus sévères de la maladie que les souches précédemment dominantes en Suisse. Dans une vaste étude menée en Angleterre, les patients atteints par la variante Delta présentaient un risque d’hospitalisation plus de deux fois supérieur à celui des patients atteints par la variante Alpha[13]. Une augmentation similaire du risque a été observée en Écosse[14] et au Canada[15].

1.5. Variant Delta et efficacité des vaccins

Infection : des études quantifiant l’efficacité des vaccins à ARNm contre l’infection par le variant Delta (même asymptomatique) sont en cours. Le vaccin de Pfizer/BioNtech a une efficacité de 39 % (IC 95 % : 9-59 %) selon les données fournies par Israël [16], et de 79 % (IC 95 % : 75-82 %) selon les données récoltées en Écosse [17]. Un nouveau rapport de l’étude REACT a calculé que l’efficacité du vaccin contre l’infection était de 49 % (IC 95 % : 22-67 %)[18] (ce rapport n’opère pas de distinction entre les vaccins utilisés en Angleterre).

Infection symptomatique : La protection vaccinale contre les infections symptomatiques de Delta est réduite. Selon un rapport de Public Health England[19], l’efficacité est passée de 89 % (IC 95 % : 87-90 %) contre le variant Alpha, à 79 % (IC 95 % : 78-80 %) contre la variante Delta (voir également [20], [21]; Pfizer/BioNtech). D’après les données canadiennes, l’efficacité contre les infections symptomatiques par la variante Delta est de 85 % (IC 95 % : 78-89 %) [22] (Pfizer/BioNtech et Moderna). Des études menées par Israël [23] estiment l’efficacité à 40 % seulement (IC 95 % : 9-61 %). Un facteur important expliquant la faible efficacité de la vaccination contre le variant Delta en Israël est que le temps écoulé depuis la vaccination est plus long que dans d’autres pays[24].

Évolution grave de la maladie / hospitalisation : En tout état de cause, la protection vaccinale contre une évolution grave de la maladie demeure élevée. L’efficacité est d’environ 96 % [91-98 %] selon les données récoltées au Royaume-Uni [25], [26] et de 88 % (IC 95 % : 78,9-93,2 %) selon les données concernant Israël [27], [28]. (Ces estimations se réfèrent à la protection dont bénéficient les vaccinés par rapport aux non-vaccinés et ne sont pas ventilées en fonction des différents vaccins utilisés dans ces pays.) En d’autres termes, environ 9 hospitalisations sur 10 peuvent être évitées par une vaccination complète.

Transmission : Comme décrit ci-dessus, la vaccination permet d’éviter – à hauteur de 40 % au moins – qu’une personne vaccinée ne contracte une infection. La vaccination réduirait vraisemblablement la transmission à partir d’une personne vaccinée infectée (parce que la phase infectieuse est plus courte [29], [30], et que les symptômes sont plus légers[31]). L’ampleur exacte de cette réduction ne peut pas encore être quantifiée. Si d’une part un nouveau rapport du CDC[32] indique que la charge virale de la variante Delta chez les personnes vaccinées est similaire à celle des personnes non vaccinées, de l’autre les données de l’étude REACT en Angleterre[33] indiquent que les personnes vaccinées ont une charge virale plus faible. Des données de Singapour résolues dans le temps[34] suggèrent que la charge virale chez les personnes vaccinées commence à un niveau aussi élevé que chez les non vaccinées, mais qu’elle diminue ensuite plus rapidement. Selon des données provenant des Pays-Bas, les personnes vaccinées sont moins susceptibles d’être porteuses de virus infectieux, même avec des charges virales similaires[35]. Quoi qu’il en soit, ces données suggèrent que les personnes vaccinées infectées par Delta peuvent transmettre le virus, mais moins fréquemment – la charge virale étant un corrélat important de la transmissibilité.

1.6 Situation des enfants et des jeunes

Actuellement, c’est chez les enfants de 0 à 9 ans que le nombre de cas augmente le plus rapidement (Fig. 1). En même temps, c’est également chez les enfants et chez les adolescents que le nombre de tests a augmenté le plus[36]. Ce groupe de population fait état d’une positivité nettement plus élevée que les autres :  elle est d’environ 11 % dans la tranche d’âge 10-19 ans et d’environ 13,5 % dans la tranche d’âge 0-9 ans (Fig. 2). Ces données laissent penser que le nombre de cas non signalés est élevé. C’est chez les 10-19 ans que l’incidence[37] est actuellement la plus élevée. En d’autres termes, le virus circule actuellement fortement chez les enfants et les adolescents.

Figure 1 : Évolution du nombre de cas confirmés en laboratoire stratifiés par âge. Données au 06.09.2021, les 3 derniers jours ne seront pas affichés en raison des inscriptions tardives attendues.

[Tendances épidémiologiques du SARS-CoV-2 en Suisse.

Ordonnée : Proportion (de tous les résultats) avec un test positif
Abscisse : 4 juillet 11 juillet 18 juillet 25 juillet 1er août 8 août  15 août 22 août 29 août
A gauche : groupes d’âge]

Figure 2 : Nombre de cas normalisé par le nombre de tests effectués (positivité). Les couleurs sont les mêmes que sur la figure 1.

2. Situation dans les hôpitaux

Le nombre de nouvelles hospitalisations est actuellement en légère baisse (Fig. 3-4). Cette diminution semble être due à la baisse du nombre de personnes de retour de voyage (Fig. 5-6). Le nombre de personnes hospitalisées qui ont été infectées sur place est à un niveau constant. En outre, la majeure partie des personnes hospitalisées pour une infection au COVID-19 ne sont pas vaccinées (Fig. 3-4). Depuis le 23.08.2021, 683 personnes ont été hospitalisées; parmi celles-ci, 60 étaient complètement vaccinées et 96 avaient un statut vaccinal inconnu. Autrement dit, parmi les personnes dont le statut vaccinal est connu, près de 90 % ne sont pas complètement vaccinées.

Actuellement, la charge des unités de soins intensifs est inférieure de moins d’un doublement à la charge maximale qu’elles ont connue lors de la deuxième vague. La progression du nombre de cas s’étant arrêtée en ces derniers jours[38], l’occupation des unités de soins intensifs devrait également se stabiliser peu à peu. Rappelons toutefois que, même lorsque les nouvelles hospitalisations diminuent, le taux d’occupation des USI reste élevé pendant une période plus longue, étant donné que le traitement en soins intensifs dure parfois plusieurs semaines. À cela s’ajoutent les opérations reportées qui doivent être rattrapées.

Lorsque des mesures sont introduites pour protéger le système hospitalier, leur effet ne se reflète dans les données des hospitalisations qu’au bout de 2 à 3 semaines, et de 3,5 semaines voire davantage pour ce qui est des taux d’occupation des USI – cela est dû au décalage temporel entre l’infection et le séjour à l’hôpital/USI et la notification[39]. En 2020, avec l’arrivée de l’automne, l’épidémie s’est rapidement propagée, le nombre de cas doublant chaque semaine. Il faut éviter qu’une telle dynamique s’installe aussi rapidement, car l’effet produit par les mesures prises serait trop tardif pour empêcher une surcharge – ce qui est révélateur de la situation très tendue dans le secteur de soins de santé.

 

[Ordonnée : Hospitalisations par jour (moyenne 7 jours)
Abscisse :  juillet    août    septembre    octobre novembre]

Figure 3 : Nombre de nouvelles hospitalisations par jour en 2021 (trait rouge plein) par rapport à l’année dernière 2020 (trait rouge pointillé). Les données de cette année sont divisées en patients entièrement vaccinés (qui ont reçu deux doses ; vert foncé), patients partiellement vaccinés (qui ont reçu une dose ; vert clair), patients non vaccinés (orange) et patients dont le statut vaccinal est inconnu (bleu). Données de l’OFSP (état au 6.9.2021), les 9 derniers jours (à partir du 28.8.2021) n’étant pas indiqués, car toutes les notifications n’ont pas encore été reçues.

Figure 4 : Nombre de nouvelles hospitalisations par jour en 2021 (trait rouge plein) par rapport à l’année dernière 2020 (trait rouge pointillé), stratifié par âge. Pour plus de détails, voir la légende de la figure 3.

Figure 5. Proportion de patients hospitalisés indiquant comme lieu de contamination « Suisse » (bleu), « suite à un voyage » (vert), dont >80 % en provenance d’Europe du Sud-Est et « inconnu » (jaune). Source : OFSP

Figure 6 :  Proportion de patients hospitalisés indiquant comme lieu d’infection « Suisse » (bleu), « suite à un voyage » (vert) et « inconnu » (jaune) stratifiée par âge.

3. Progrès de la vaccination

Ces derniers jours, la campagne de vaccination a connu une nouvelle accélération. Actuellement, environ 1 % de la population est vaccinée par semaine –  soit 25 % de la vitesse la plus élevée enregistrée jusqu’ici (environ 4 % au cours de la semaine du 2 au 9 juin 2021). En Suisse, environ 58 % des personnes ont été vaccinées au moins une fois. De nombreux pays d’Europe occidentale ont une couverture vaccinale supérieure à 70 % (notamment l’Italie, la France, l’Espagne, le Portugal, le Royaume-Uni). Au rythme actuel (1 % par semaine), la Suisse n’atteindrait pas une telle couverture vaccinale avant fin décembre 2021.

 

[En haut : vaccination inférieure à la moyenne UE – vaccination supérieure à la moyenne UE
A gauche : vaccination plus rapide par rapport à la moyenne UE – vaccination plus lente par rapport à la moyenne UE ]

Fig. 7 : Le nombre de personnes vaccinées (en abscisse) et le taux hebdomadaire de couverture vaccinale (en ordonnée) par rapport à la moyenne de l’UE. À la vitesse de vaccination actuelle, nous atteindrons la couverture vaccinale à Noël, comme l’indique la ligne pointillée. Source OWID (07.09.2021)

Représentation animée dans le temps (seuls la Suisse et un petit nombre de pays comparables sont marqués).

 [En haut : vaccination inférieure à la moyenne CH – vaccination supérieure à la moyenne CH
A gauche : vaccination plus rapide par rapport à la moyenne CH – vaccination plus lente par rapport à la moyenne CH  ]

Fig. 8 : Nombre de personnes vaccinées (en abscisse) et taux hebdomadaire de couverture vaccinale (en ordonnée) des différents cantons. Source OFSP (www.covid19.admin.ch, 06.09.2021).

Animation des campagnes de vaccination cantonales

La figure 8 montre l’évolution par cantons de la vaccination en Suisse. Actuellement, la progression de la vaccination varie entre 0,15 %/semaine et 1,88 %/semaine. Les différences entre les cantons sont donc considérables, mais aucun n’a atteint le niveau d’immunisation des pays d’Europe occidentale susmentionnés.

4. Interprétation des études sur l’efficacité de la vaccination

Alors que la protection contre l’infection symptomatique diminue avec le temps, la protection contre une évolution grave de la maladie semble bien résister à ce jour, et demeurer aux alentours de 90 % ou plus selon le groupe d’âge. Toutefois, au cours des dernières semaines, de plus en plus de cas ont été constatés où la protection vaccinale diminuait, cependant que les études aboutissent parfois à des résultats très différents, ce qui conduit à une incertitude quant à l’effet protecteur de la vaccination. Cela dit, la grande majorité des études confirme que les vaccins offrent une protection très robuste contre les évolutions graves de la maladie, y compris face aux variantes actuellement en circulation. L’objectif de cette section n’est pas de résumer les résultats des études sur l’efficacité des vaccins, mais plutôt de discuter de divers aspects importants de l’interprétation de ces études.

Contrairement aux études d’efficacité des vaccins menées l’an dernier (études de phase III en cours d’approbation), la plupart des études actuelles utilisent des données issues de la pratique clinique quotidienne et comparent des variables telles que l’incidence, les infections des personnes de contact et les taux d’hospitalisation entre les groupes vaccinés et non vaccinés. Alors que dans les essais de phase III, le vaccin et le placebo sont attribués de manière aléatoire aux participants, de sorte qu’en dehors du statut vaccinal, il n’y a pas de différences significatives entre les vaccinés et les non-vaccinés, les groupes de vaccinés et de non-vaccinés diffèrent par de nombreuses caractéristiques dans la vie quotidienne. Notamment par l’âge : les personnes vaccinées sont dans l’ensemble plus âgées et, dans le cas des groupes à risque, la vaccination a eu lieu il y a un certain temps (puisque les groupes à risque ont été vaccinés en premier). De telles différences dans la composition des groupes de comparaison peuvent fausser considérablement les résultats.

Biais des résultats de l’étude

Les études minutieuses sur l’efficacité des vaccins tiennent compte de ce que l’on appelle les « facteurs de confusion », c’est-à-dire les différences systématiques entre les groupes de comparaison qui peuvent fausser les résultats. Cependant, sur fond de pandémie qui se propage rapidement, on publie aussi des chiffres provisoires et non corrigés, qui font l’objet de discussions auprès du grand public. Les chiffres d’Israël, par exemple, ont été interprétés comme montrant une baisse de 67 % de la protection contre l’évolution grave de l’infection. En fait, il s’agit d’un exemple de distorsion[40]. Dans cet exemple, 214 hospitalisations ont été observées chez 1,3 million de non-vaccinés contre 301 hospitalisations chez 5,6 millions de vaccinés. Cela correspond à un taux d’hospitalisation de Hg=5,3/100k chez les vaccinés et de Hu= 16,4/100k chez les non vaccinés. Il en résulte une efficacité de vaccination de

E = 1 – HG/HU=67.5%

Toutefois, la valeur réelle de la protection vaccinale est nettement plus élevée. Pour expliquer cela, nous reproduisons une analyse des données israéliennes du blog de Jeff Morris[41]. Dans l’exemple suivant (voir tableau), l’efficacité de la vaccination dans les données agrégées, à 67,5 % seulement, apparaît faible, bien que l’efficacité dans les deux groupes d’âge soit supérieure à 85 %. Comment cela est-il possible ?

Âge

Couverture vaccinale [%]

Hosp. vaccinés

Hosp. non vaccinés

Hosp./ 100k vaccinés

Hosp./ 100k non vaccinés

Efficience E [%] *

total

78.7

301

214

5.3

16.4

67.5

<50

73

11

43

0.3

3.9

92

>50

90

290

171

13.6

92

85

* L’efficacité du vaccin est calculée ici comme étant égale à 1 moins le ratio des taux d’hospitalisation chez les vaccinés et les non-vaccinés – voir la formule dans le texte.

Ce résultat non intuitif – l’efficacité des données agrégées est bien inférieure à celle des groupes d’âge individuels – est connu sous le nom de paradoxe de Simpson[42]. Dans ce cas, cela résulte du fait que les taux d’hospitalisation et les taux de vaccination augmentent avec l’âge. La figure 9 illustre cette distorsion en forçant le trait.

Figure 9 : Les deux panneaux supérieurs représentent la population de moins de 50 ans (à gauche) et de plus de 50 ans (à droite). Le panneau inférieur représente la population totale. Par panneau, la population est stratifiée schématiquement en non vaccinés (à gauche en bleu/rouge) et vaccinés (à droite en vert/orange), et hospitalisés (en bas en rouge/orange) et non hospitalisés (en haut en bleu/vert). Le graphique n’est pas basé sur des données réelles, mais force le trait pour illustrer le paradoxe de Simpson.

Visualisation alternative :

[A droite : en bonne santé – malade

En bas : vaccinés – non-vaccinés – vaccinés – non-vaccinés]

Dans cette figure, pour les moins de 50 ans (à gauche) et les plus de 50 ans (à droite), la proportion de personnes malades est beaucoup plus élevée chez les non-vaccinés que chez les vaccinés. Pour l’efficacité représentée de 90 %, la zone rouge est 10 fois plus élevée que la zone orange. Mais si l’on réunit les groupes <50 et >50 ans, la zone rouge n’est que deux fois plus haute que la zone orange. Cela s’explique par le fait que les malades dominent parmi les nombreuses personnes de plus de 50 ans qui ont été vaccinées. On pourrait donc en conclure – si l’on fait abstraction de la correction pour l’âge – que la vaccination ne protège qu’à hauteur de 50 % au lieu de 90 % !

Au lieu de combiner les données de tous les groupes d’âge, il est nécessaire de représenter l’âge (ou d’autres facteurs) dans un modèle statistique ou de calculer séparément les efficacités pour chaque groupe pertinent, puis de les condenser de manière appropriée.

Nous constatons également cet effet dans les données depuis le début de la quatrième vague en Suisse, qui est dominée par Delta (voir tableau 1), bien qu’il soit moins prononcé que dans les données ci-dessus. Dans les groupes d’âge où le plus grand nombre d’hospitalisations a été observé (49-59 et 60-79), l’efficacité est de 95 % ou plus, mais l’efficacité agrégée de tous les groupes d’âge n’est que de 89 %.

Tableau 1 : Efficacité de la vaccination contre l’hospitalisation (période du 1er juillet au 6 septembre). Une vaccination complète signifie 2 doses, plus 14 jours après la date de la deuxième vaccination si celle-ci est documentée.

Classe d’âge

Nombre de personnes

Entièrement vaccinés

Hospitalisés non entièrement vaccinés

Hospitalisés entièrement vaccinés

Hospitalisés non entièrement vaccinés (pour 100 000)

Hospitalisés entièrement vaccinés (pour 100 000)

Protection vaccinale contre l’hospitalisation (%)

0-19

1’717’198

160562

81

1

5.204

 [4.187, 6.467]

0.623

 [0.110, 3.528]

88.031

 [14.000, 98.334]

20-39

2’274’526

1065736

340

9

28.127

[25.293, 31.280]

0.844

 [0.444, 1.605]

96.998

 [94.180, 98.451]

49-59

2’491’162

1517299

771

28

79.169

 [73.777, 84.956]

1.845

 [1.277, 2.667]

97.669

 [96.602, 98.401]

60-79

1’669’477

1317175

498

85

141.356

 [129.482, 154.318]

6.453

 [5.219, 7.979]

95.435

 [94.254, 96.373]

80+

453’670

378543

140

66

186.351

 [157.954, 219.842]

17.435

[13.706, 22.179]

90.644

 [87.464, 93.017]

Total

8’606’033

4’439’315

1830

189

43.919

[41.953, 45.978]

4.257

 [3.692, 4.909]

90.306

 [88.740, 91.654]

 

 

Classe d’âge

Nombre de personnes

Entièrement vaccinés

Hospitalisés non entièrement vaccinés

Hospitalisés entièrement vaccinés

Hospitalisés non entièrement vaccinés (pour 100 000)

Hospitalisés entièrement vaccinés (pour 100 000)

Protection vaccinale contre l’hospitalisation (%)

<50

5’190’049

1’912’819

774

20

23.618

[22.011, 25.341]

1.046

 [0.677, 1.615]

95.573

[93.099, 97.160]

>50

3’415’984

2’526’496

1056

169

118.720

 [111.776, 126.095]

6.689

 [5.754, 7.776]

94.366

[93.372, 95.210]

Total

8’606’033

4’439’315

1830

189

43.919

[41.953, 45.978]

4.257

 [3.692, 4.909]

90.306

 [88.740, 91.654]

 

Autres raisons expliquant les différences d’efficacité vaccinale signalées

L’âge, comme expliqué ci-dessus, est un facteur qui fausse les résultats s’il n’est pas corrigé. Mais il existe également de nombreuses autres caractéristiques dont la fréquence est différente chez les vaccinés et les non-vaccinés, mais qui sont souvent beaucoup plus difficiles à quantifier. Par exemple, tous les facteurs de risque d’évolutions sévères ne sont pas connus ou disponibles dans les données. Par conséquent, les nouvelles études, en particulier celles dont les résultats sont surprenants, doivent être passées au crible afin de détecter d’éventuelles distorsions.

En outre, les critères qu’utilisent les diverses études diffèrent lorsqu’il s’agit de définir les formes légères, sévères ou critiques de la maladie – il n’est donc pas surprenant que les résultats varient.

En outre, l’immunité de la population due aux infections par le SARS-CoV-2 augmente également de manière constante, de sorte que le groupe de personnes vaccinées n’est plus comparé à un groupe presque totalement naïf, mais à un groupe dans lequel 20, 30, voire 40 % ont connu une infection. Cela se traduit par une sous-estimation de l’efficacité de la vaccination.

En résumé, nous constatons toujours que la protection contre l’hospitalisation atteint environ 90 % et plus (selon la tranche d’âge) en Suisse. Dans la section suivante, nous examinons les résultats des études qui traitent de la diminution de la protection contre l’infection ou l’hospitalisation.

5. Considérations sur le déclin de l’immunité

Les vaccins protègent à la fois contre les infections légères et les hospitalisations. La protection du vaccin contre les infections légères a diminué avec la nouvelle variante Delta. Parallèlement, la réponse immunitaire générale diminue avec le temps après la vaccination. Nous discutons ci-après des changements constatés pour les deux aspects de la protection et abordons le rôle du variant Delta et la baisse de la réponse immunitaire d’une personne vaccinée.

Protection contre les infections légères

La protection contre les infections symptomatiques (légères) et asymptomatiques diminue sensiblement avec le temps. On estime que la protection vaccinale contre les infections asymptomatiques et symptomatiques légères par le variant Delta a une efficacité de 40 % à 85 %, selon l’étude (voir section 1). Selon Tartof et al., l’immunité diminue au fil du temps ; l’efficacité de la vaccination avec le vaccin BioNTech/Pfizer contre l’infection par le variant Delta était élevée au cours du premier mois (93 % (IC 95 %:85-97)), mais a diminué à 53 % (IC 95 % : 39-65) en 4 mois .[43] En outre, une nouvelle étude, qui n’a pas encore été examinée par des pairs, [44], suggère que la réponse immunitaire diminue avec le temps. Il n’est pas encore possible de se prononcer sur l’effet protecteur des vaccinations contre les infections légères ou asymptomatiques pour la Suisse, car ces données ne sont pas obligatoirement déclarées et ne sont donc pas recueillies systématiquement.

Sur le plan immunologique, il faut s’attendre à une diminution de la protection contre les infections légères, car les anticorps neutralisants, qui sont en bonne corrélation avec la protection, diminuent après la vaccination avec une demi-vie d’environ 100 jours[45]. Une étude portant sur près de 34 000 adultes vaccinés avec BioNTech/Pfizer a montré que le risque d’une infection post-vaccinale (caractérisée par un test PCR positif plus de 2 semaines après la seconde vaccination) augmente de manière significative dans différents groupes d’âge si la vaccination a eu lieu plus de 146 jours auparavant. Chez les personnes âgées de plus de 60 ans, ce risque a approximativement triplé (odds ratio, OR 3,00 ; IC à 95 % 1,86-5,11), chez les personnes âgées de 40 à 59 ans, il a doublé (OR 2,29 ; IC à 95 % 1,67-3,17), et chez les personnes âgées de moins de 39 ans, il a augmenté d’environ 75 % (OR 1,74 ; IC à 95 % 1,27-2,37)[46]. Dans une autre analyse des données concernant 1,35 million de personnes vaccinées avec BioNTech/Pfizer, le risque d’infection post-vaccinale par le variant Delta a approximativement doublé (OR 2,26, IC 95 % 1,70-3,01) en un peu moins de 4 mois (deuxième dose en janvier contre avril 2021)[47].

En résumé, la protection contre une infection légère ou même asymptomatique diminue avec le temps. D’une part, les anticorps présents dans les muqueuses disparaissent et de l’autre, le virus mute, et devient plus difficilement reconnaissable. C’est pour les mêmes raisons que nous sommes régulièrement infectés par des virus responsables des refroidissements. Toutefois, en cas d’infection, les anticorps peuvent être rapidement produits à nouveau chez les individus vaccinés ou guéris, et les cellules T reconnaissent d’autres parties du virus ou de la protéine spike. Par conséquent, la protection de la vaccination contre les formes graves devrait subsister plus longtemps chez la plupart des gens.

Protection contre l’hospitalisation

La protection contre les formes graves de COVID par le variant Delta reste élevée 6 mois après une vaccination complète avec des vaccins à ARNm. Comme le montrent les données sur les hospitalisations en Suisse, plus de 90 % des personnes hospitalisées ne sont pas complètement vaccinées (voir ci-dessus). La protection contre l’hospitalisation est proche de 90 % ou plus dans tous les groupes d’âge (tableau 1). Les données préliminaires du canton de Genève indiquent qu’une partie des personnes âgées doublement vaccinées, infectées et hospitalisées, présentant diverses maladies sous-jacentes, notamment cardiovasculaires et pulmonaires, ne présentent pas les symptômes typiques de formes graves du COVID-19 avec pneumonie bilatérale et insuffisance respiratoire, mais que les symptômes spécifiques au COVID ne sont pas très prononcés et que l’infection par le SARS-CoV-2 est plutôt interprétée comme déclenchant une aggravation des maladies sous-jacentes existantes.

Des études internationales montrent que les personnes infectées par le variant Delta continuent d’être bien protégées contre l’hospitalisation. Selon les études, l’efficacité se situe entre 88 % et 96 % (voir section 1). Cependant, une première étude révèle une efficacité moindre et décroissante contre l’hospitalisation après l’infection, avec des variants Delta de 75 % et 81 %, respectivement, après plus de 6 mois (vaccin de Moderna) : 81 %, IC 95 % : 33-96,3 % ; vaccin de BioNTech/Pfizer : 75%, IC 95 % : 24-93.9%)[48]. Cependant, le nombre absolu d’hospitalisations après une infection post-vaccinale reste faible, ce qui conduit à des intervalles de confiance très amples.

Les premières données suggèrent une augmentation du risque d’hospitalisation au fil du temps après une infection par le variant Delta chez les personnes âgées de plus de 60 ans. Une analyse de près de 4,8 millions de personnes vaccinées avec BNT162b2 en Israël a été réalisée. Chez les personnes âgées de plus de 60 ans, il a été démontré que le risque d’hospitalisation augmentait significativement de 1,7 fois (IC : [1,0, 2,7]) si la vaccination BNT162b2 était administrée en janvier 2021 (6 mois avant l’infection) par rapport à la vaccination en mars (4 mois avant l’infection)[49]. Par rapport aux personnes de plus de 60 ans non vaccinées, la protection contre une évolution grave du COVID est passée de 91 % [85, 95] (vaccination 4 mois auparavant) à 86 % [82, 90] (vaccination 6 mois auparavant) après l’infection par le variant Delta. Avec l’étude de Puranik et al.[50], qui a également constaté une réduction de la protection contre l’hospitalisation pour le variant Delta à 75 % (pour BNT162b2) et 81 % (pour mRNA1273) dans les 6 mois, cela montre que pour une proportion de personnes vaccinées, l’effet protecteur contre une évolution grave de la maladie après infection au variant Delta diminue déjà après 6 mois. Il est nécessaire de préciser quelles personnes de plus de 60 ans sont concernées précisément par ce recul. Enfin, il est important de souligner que l’effet protecteur est actuellement encore supérieur à 80 %.

Concentrations d’anticorps

Pour la neutralisation du variant Delta, des concentrations d’anticorps neutralisants plus élevées sont nécessaires. Diverses études ont démontré que des concentrations d’anticorps 3 à 6 fois plus élevées sont nécessaires pour une activité de neutralisation identique dans le sérum des patients pour le variant Delta que pour la neutralisation du type naturel ou Alpha[51],[52],[53]. Peu après deux vaccinations par ARNm, des concentrations élevées d’anticorps neutralisants sont atteintes chez la grande majorité des individus immunocompétents, de sorte que la protection contre les infections par le variant Delta est également élevée (90-95 %)[54]. Les anticorps neutralisants diminuent au cours des 6 premiers mois, avec une demi-vie d’environ 100 jours[55], ce qui correspond à la diminution de la protection contre l’infection par Delta au fil du temps [56], [57].

La réponse immunitaire des personnes âgées après une vaccination par ARNm est réduite. C’est un fait reconnu, la quantité et la qualité de la réponse immunitaire adaptative par les cellules B et T sont réduites après la vaccination chez les personnes âgées[58]. Même après une vaccination par ARNm contre le SARS-CoV-2, diverses analyses immunologiques montrent que la réponse en anticorps neutralisants est réduite en fonction de l’âge[59]. Cela s’observe d’autant plus pour ce qui concerne la neutralisation de divers VOC chez les personnes âgées de plus de 80 ans[60].

Des concentrations d’anticorps spécifiques du SARS-CoV-2 plus élevées sont obtenues après la vaccination avec le vaccin de Moderna qu’après la vaccination avec le vaccin de BioNTech/Pfizer. Cela correspond à une protection légèrement supérieure ou plus durable après la vaccination avec le vaccin de Moderna [61]. Dans les essais d’homologation, les deux vaccins à ARNm disponibles en Suisse ont démontré un excellent effet protecteur à court terme d’environ 95 % contre l’infection par le SARS-CoV-2 et contre une évolution grave du COVID[62], [63]. Les données actuelles de la Suisse montrent que la protection contre les évolutions graves nécessitant une hospitalisation reste d’environ 90 % (voir ci-dessus). Des études individuelles de comparaison directe ont maintenant montré que la concentration d’anticorps spécifiques à la protéine spike du SARS-CoV-2 est 2 à 3 fois plus élevée après une vaccination complète avec le vaccin Moderna qu’après une vaccination avec le vaccin BioNTech/Pfizer (titre moyen géométrique [GMT], 3836 U/mL [IC 95 %, 3586-4104] contre 1444 U/mL [IC 95 %, 1350-1544] ; P < 0,001)[64].

En ce qui concerne la protection contre l’infection par le variant Delta, les différences suivantes entre les vaccins de Moderna et de BioNTech/Pfizer ont été constatées lors d’une étude menée dans plusieurs cliniques Mayo aux États-Unis. L’efficacité dans la prévention des évolutions graves de la maladie était comparable (mRNA-1273 (Moderna) : 81%, IC 95 % : 33-96,3 % ; BNT162b2 (BioNTech) : 75%, IC 95 % : 24-93,9 %), tandis que l’efficacité en ce qui concerne les infections asymptomatiques ou légères était moins diminuée avec l’ARNm1273 qu’avec le BNT162b2 (ARNm-1273 : 76%, IC 95 % : 58-87 %; BNT162b2 : 42%, IC 95 % : 13-62 %). Dans l’ensemble, le risque relatif d’infection asymptomatique ou d’infections post-vaccinales légères après l’ARNm-1273 était environ deux fois moins élevé qu’après la vaccination par BNT162b2 (IRR = 0,50, IC 95 % : 0.39-0.64) 61. Ces différences pourraient être liées à la quantité d’ARNm utilisée(ARNm1273 : 100ug contre BNT162b2 : 30ug), avec la composition lipidique différente des deux vaccins et avec l’intervalle légèrement plus long entre les deux doses de vaccin (mRNA1273 : 28 jours par rapport à BNT162b2 : 21 jours).

6. Nouvelles Policy Briefs de la ncs-tf

Efficacité des médicaments contre le COVID-19[65]

Les résultats du nombre croissant d’études cliniques sur les thérapies du COVID-19 ne changent pas fondamentalement leur évaluation. La dexaméthasone réduit la mortalité et représente le traitement standard en Suisse pour les personnes hospitalisées et nécessitant de l’oxygène. Le remdésivir semble raccourcir la durée d’hospitalisation et peut être prescrit dans certaines situations, mais son positionnement n’est pas encore établi. Des études confirment l’intérêt du tocilizumab pour réduire la mortalité des malades gravement atteints. À noter que ce document ne constitue pas de directives, qui sont publiées par différentes sociétés médicales nationales.

Références:

[1] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-24-aout-2021/

[2] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00565-8/fulltext

[3] https://www.inselgruppe.ch/de/aktuell/details/news/antigen-schnelltests-erkennen-nur-2-von-3-ansteckungen/

[4] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.20.21262158v1

[5] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.28.21261295v1.full.pdf

[6] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/ : Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[7] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends:  Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.

[8] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/, Dashboard Time Series

[9] https://icumonitoring.ch

[10] https://www.covid19.admin.ch

[11] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[12] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/993358/s1288_Warwick_RoadMap_Step_4.pdf

[13] https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00475-8/fulltext

[14] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01358-1/fulltext

[15] https://doi.org/10.1101/2021.07.05.21260050

[16] https://www.gov.il/BlobFolder/reports/vaccine-efficacy-safety-follow-up-committee/he/files_publications_corona_two-dose-vaccination-data.pdf

[17] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01358-1/fulltext

[18] https://spiral.imperial.ac.uk/bitstream/10044/1/90800/2/react1_r13_final_preprint_final.pdf

[19] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1010472/Vaccine_surveillance_report_-_week_32.pdf

[20] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2108891

[21] https://doi.org/10.1101/2021.07.05.21260050

[22] https://www.alberta.ca/stats/covid-19-alberta-statistics.htm#vaccine-outcomes

[23] https://www.gov.il/BlobFolder/reports/vaccine-efficacy-safety-follow-up-committee/he/files_publications_corona_two-dose-vaccination-data.pdf

[24] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.24.21262423v1

[25] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1010472/Vaccine_surveillance_report_-_week_32.pdf

[26] https://khub.net/web/phe-national/public-library/-/document_library/v2WsRK3ZlEig/view_file/479607329?_com_liferay_document_library_web_portlet_DLPortlet_INSTANCE_v2WsRK3ZlEig_redirect=https%3A%2F%2Fkhub.net%3A443%2Fweb%2Fphe-national%2Fpublic-library%2F-%2Fdocument_library%2Fv2WsRK3ZlEig%2Fview%2F479607266

[27] https://www.gov.il/BlobFolder/reports/vaccine-efficacy-safety-follow-up-committee/he/files_publications_corona_two-dose-vaccination-data.pdf

[28] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.24.21262423v1

[29] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.28.21261295v1.full.pdf

[30] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.28.21261295v1.full.pdf

[31] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.28.21261295v1.full.pdf

[32] https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7031e2.htm?s_cid=mm7031e2_w

[33] https://spiral.imperial.ac.uk/bitstream/10044/1/90800/2/react1_r13_final_preprint_final.pdf

[34] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.28.21261295v1.full.pdf

[35] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.20.21262158v1

[36] https://www.covid19.admin.ch/fr/epidemiologic/test?demoView=graph

[37] https://www.covid19.admin.ch/fr/epidemiologic/case?demoView=graph

[38] https://www.covid19.admin.ch/fr/hosp-capacity/icu

[39] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-3-aout-2021/

[40] https://www.covid-datascience.com/post/israeli-data-how-can-efficacy-vs-severe-disease-be-strong-when-60-of-hospitalized-are-vaccinated

[41] https://www.covid-datascience.com/post/israeli-data-how-can-efficacy-vs-severe-disease-be-strong-when-60-of-hospitalized-are-vaccinated

[42] https://fr.wikipedia.org/wiki/Paradoxe_de_Simpson

[43] https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3909743

[44] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.24.21262423v1.full.pdf

[45] https://www.nature.com/articles/s41591-021-01377-8

[46] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.03.21261496v1

[47] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.29.21261317v1

[48] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.06.21261707v2.full.pdf

[49] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.24.21262423v1.full.pdf

[50] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.06.21261707v2.full.pdf

[51] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01290-3/fulltext

[52] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMc2107799

[53] https://www.nature.com/articles/s41586-021-03777-9

[54] https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3909743

[55] https://www.nature.com/articles/s41591-021-01377-8

[56] https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3909743

[57] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.24.21262423v1.full.pdf

[58] https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0264410X20314262?via%3Dihub

[59] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01290-3/fulltext

[60] https://www.nature.com/articles/s41586-021-03739-1

[61] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.06.21261707v2

[62] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/nejmoa2034577;

[63] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/nejmoa2035389

[64] https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2783797

[65] https://sciencetaskforce.ch/fr/policy-brief/efficacite-des-medicaments-contre-le-covid-19//