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Le taux de reproduction Re

Le taux de reproduction effectif Re indique combien de personnes quelqu’un de contaminé infecte en moyenne. Nous estimons le nombre effectif de reproduction Re en Suisse sur la base des dernières données disponibles de l’OFSP. Les estimations individuelles de Re ne doivent pas être considérées isolément (voir également le lien et le lien pour plus d’explications). La Task Force scientifique combine les estimations du taux de reproduction avec d’autres indicateurs et analyses pour faire une évaluation de la situation épidémiologique lien. Les valeurs de Re sont disponibles en format csv à l’adresse https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/.

La valeur de Re la plus récente calculée aujourd’hui reflète la dynamique épidémique d’il y a 10 à 13 jours pour la Suisse et 14 à 17 jours pour les cantons, en raison du décalage entre infections et résultats des tests. Nous mettons à jour les estimations à chaque fois que des nouvelles données sont mises en ligne par l’OFSP. Cependant, les mardis, mercredis et jeudis, nous ne publions pas d’estimations de Re pour des jours additionnels à cause du plus faible nombre de tests réalisés le week-end. Par conséquent, chaque vendredi, quatre nouveaux jours d’estimations de Re sont disponibles d’un coup. La valeur la plus récente de Re est marquée d’un astérisque sur le graphe.

IMPORTANT: En général, l’estimation de Re faite sur les derniers jours est susceptible d’être consolidée les jours suivants. Cette consolidation est notamment importante dans le cas de régions de plus petites taille, en particulier lorsque des changements de dynamique de l’épidémie surviennent, ou lorsque le nombre de cas observés est faible. Pour les méthodes et les mises en garde https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/.

 

Une synthèse de la situation épidémique actuelle basée sur le taux de reproduction Re et d’autres indicateurs est disponible ici. Des rapports plus complets sur la situation épidémique sont publiés par la Science Task Force sous la forme de Policy Briefs.

Plus d’informations et des outils additionnels pour l’évaluation de la situation épidémique basée sur le Re sont disponibles ici. En particulier, des estimations sont disponibles par canton, par grandes régions suisses ainsi que pour d’autre pays. Ces estimations et les taux d’incidence par pays sont aussi affichées sur une carte du monde. De plus, on peut visualiser les changements de Re suivant l’introduction ou le relâchement de mesures de santé publique. Enfin, le nombre d’infections estimé en fonction du nombre de cas observés est lui aussi disponible. C’est ce nombre d’infections, au cours du temps, qui nous permet d’estimer Re. Toutes les estimations de Re sont disponibles librement au format .CSV.

MISE A JOUR (25.1.2021): Nous déterminons maintenant les intervalles de confiance à 95% en utilisant une méthode de bootstrap par blocs. Dans les simulations, nous constatons que cette nouvelle méthode reflète mieux l’incertitude des estimations des paramètres par rapport à la méthode précédente. Un document sur la nouvelle méthode est en cours d’élaboration et sera disponible ici une fois terminé. Actuellement, notre méthode peut être consultée via notre code de programmation. Nos calculs généraux (à l’exception de la méthode du bootstrapping) sont expliqués ici.

Mise à jour (15/02/2021) : Nous utilisons désormais l’estimation de Re basée sur les données originales comme estimateur ponctuel de Re au lieu de la moyenne des répliques bootstrap comme auparavant. L’objectif est de rendre l’estimateur ponctuel plus stable.

Nous utilisons en outre l’intervalle de confiance de l’outil EpiEstim s’il est plus grand que l’intervalle bootstrap pour obtenir une estimation prudente de l’incertitude.
Le code est disponible [ici].