Caractérisation génomique

Depuis mars 2020, de nombreux efforts ont été déployés afin de caractériser les génomes du SARS-CoV-2 circulant en Suisse. Cela nous permet d’observer l’évolution et de déterminer l’épidémiologie du SARS-CoV-2. Nous présentons ci-après des chiffres permettant de suivre le pourcentage des variants préoccupants en Suisse, à la suite de quoi nous montrons l’arbre phylogénétique illustrant l’évolution globale de ce virus depuis mars.

Variantes préoccupantes du SARS-CoV-2 en Suisse

Différents laboratoires en Suisse effectuent une caractérisation génétique d’échantillons de SARS-CoV-2 pris au hasard. Tous ces échantillons proviennent de prélèvements effectués sur des personnes infectées. L’objectif est d’estimer la fréquence des variants préoccupants que sont B.1.1.7 (décrit pour la permière fois au Royaume-Uni), B.1.351 (décrit pour la première fois en Afrique du Sud), P.1 (décrit pour la première fois au Brésil) et B.1.617 (décrit pour la première fois en Inde). Les laboratoires effectuent un séquençage du génome entier et indiquent le nombre d’échantillons par variant. Puis nous nous appuyons sur une distribution binomiale et sur les intervalles d’incertitude de Wilson pour estimer la fréquence des variantes. Compte tenu du délai entre l’infection et le prélèvement de l’écouvillon, les estimations de fréquence pour une semaine donnée reflètent la situation épidémique environ 1 à 2 semaines plus tôt. Les données brutes sont publiées sur [GISAID], les statistiques agrégées sont disponibles sur [CoV-Spectrum].

### B.1.1.7 en Suisse ### B.1.351 en Suisse ### P.1 en Suisse ### B.1.617 (et sous-types) en Suisse

L'arbre phylogénétique

Nous présentons ci-dessous l’arbre phylogénétique des échantillons suisses de SARS-CoV-2. Cet arbre permet d’examiner visuellement l’évolution et la propagation épidémique du virus. Pour explorer plus en détail les séquences suisses, cliquer sur le lien.

L’arbre phylogénétique montre les relations de parenté évolutive des virus du SRAS-CoV-2 qui ont été séquencés en Suisse et ailleurs durant la pandémie de COVID-19. Notre objectif est d’inclure un maximum de génomes issus de Suisse. L’arbre phylogénétique comporte également des génomes des virus issus d’autres pays européens et du reste du monde afin de placer les virus suisses dans une perspective internationale. Cette perspective est importante, car elle permet de comprendre les liens entre les différents foyers de la maladie. À noter toutefois qu’une relation de parenté directe dans l’arbre phylogénétique n’implique pas nécessairement un lien épidémiologique direct entre deux cas. Le séquençage des génomes du foyer de la maladie ne couvre pas tous les génomes et est hétérogène. En outre, des mutations apparaissent en moyenne toutes les deux semaines seulement. Il n’est donc pas rare d’avoir des périodes plus longues sans mutation. Et il n’est pas possible de déduire uniquement à partir de l’arbre les liens directs entre cas ou le sens d’une transmission.

Des informations de fond sur l’épidémiologie génomique et sur l’interprétation des arbres phylogénétiques sont disponibles sur le site nextstrain.org.

Nous avons préparé une explication interactive des données suisses afin de faciliter leur interprétation. Si vous souhaitez sonder vous-même les données en détail, visitez nextstrain.org.

Les données suisses sont issues des groupes suivants :

  • groupe de recherche « Computational Evolution » au D-BSSE (département des biosystèmes) de l’ETH Zurich à Bâle. Les échantillons ont été mis à disposition par Viollier SA, séquencés à l’aide de la technologie Illumina par le Centre génomique de Bâle (Genomic Facility Basel, dirigé par C. Beisel) et analysés au moyen du pipeline V-Pipe d’assemblage de virus (Ivan Topolsky, Pedro Ferreira, Philipp Jablonski, Susana Posada-Céspedes, Niko Beerenwinkel) ;
  • Hôpital universitaire de Bâle, virologie clinique et microbiologie clinique;
  • laboratoire de virologie (Hôpitaux universitaires de Genève, HUG). Les échantillons proviennent de divers cantons. Ils ont été séquencés avec le système de séquençage HiSeq4000 sur la plateforme génomique iGE3 de l’Université de Genève (dirigée par M. Docquier) et analysés par le laboratoire de virologie des HUG (Florian Laubscher, Samuel Cordey et Laurent Kaiser).
  • Institut de virologie médicale de l’Université de Zurich. Les échantillons ont été mis à disposition par l’Hôpital universitaire de Zurich, l’hôpital Triemli et la clinique Hirslanden à Zurich. Ils ont été séquencés à l’aide de la technologie Illumina et analysés au moyen du pipeline VirMet spécialisé pour la métagénomique virale (Stefan Schmutz, Maryam Zaheri, Verena Kufner, Gabriela Ziltener, Jürg Böni, Michael Huber, Alexandra Trkola).

Toutes les données que nous utilisons (suisses et internationales) proviennent de la base de données GISAID. Nous remercions les nombreux scientifiques du monde entier qui partagent des génomes du virus et des métadonnées au travers de cette base. Notre travail ne serait pas possible sans leurs contributions.