Évaluation de la situation épidémiologique

Évaluation de la situation épidémiologique, 12 avril 2021

Texte en attente de traduction - Texte original en allemand 

Situation générale

Différentes souches de SARS-CoV-2 circulent en Suisse; parmi celles-ci, la variante B.1.1.7 est dominante. Les paramètres épidémiologiques généraux – nombre de cas, d’hospitalisations, taux d’occupation des unités de soins intensifs, nombre de décès – donnent une vue d’ensemble sans faire la distinction entre les souches individuelles. Dans l’ensemble, tous ces indicateurs montrent une hausse de l’épidémie au cours des dernières semaines. Cependant, la quantification exacte est difficile en ce moment en raison du changement de pratiques en ce qui concerne les tests durant le week-end de Pâques, ainsi que des vaccinations progressives, en particulier dans la tranche d’âge des 75 ans et plus. Des poussées épidémiques sont identifiables dans les pays voisins, qui pour certains ont pris des mesures plus strictes.

Dynamique

Selon nos estimations basées sur les données actuelles, l’épidémie de SARS-CoV-2 connaît une croissance exponentielle. La moyenne sur sept jours du taux de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,11 (0,95-1,26), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 27.03.-02. 04.2021. Une tendance vers cette dynamique peut être observée dans toutes les grandes régions de la Suisse, à l’exception du Tessin1.

Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de2 :

  • 1,14 (intervalle de confiance – IC, 95% : 0,99-1,3) sur la base des cas confirmés (au 02.04.2021).
  • 0,99 (IC 95% : 0,84-1,14) sur la base des hospitalisations (au 28.03.2021). Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Reest estimé à 1,03 (IC 95% : 0,89-1,17) pour le même jour.
  • 1,16 (IC 95% : 0,79-1,59) sur la base des décès (au 21.03.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 1,07 (IC 95%  : 0,93-1,22) pour le même jour. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,08 (IC 95% : 0,96-1,2) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs de Re reflètent le niveau de circulation du virus il y a au moins 10 jours (pour les nombres de cas) jusqu’à 23 jours (pour les décès) en raison du délai entre l’infection et l’apparition d’un événement.

Notre dashboard permet de suivre la variation des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge 3. Nous observons – conformément aux prévisions et par l’effet des vaccinations – un ralentissement de la dynamique dans le groupe d’âge des plus de 75 ans en ce qui concerne le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès par rapport aux groupes d’âge plus jeunes. Alors que le groupe des 75 ans et plus représentait environ 50% des hospitalisations lors de la deuxième vague, cette part s’est réduite à 25% environ. Les hospitalisations des moins de 65 ans sont passées, quant à elles, de moins de 30 % lors de la deuxième vague à plus de 50 % aujourd’hui. Depuis le début du mois de mars, les admissions à l’hôpital des moins de 75 ans sont en hausse. Pour les plus de 75 ans, on relève que la tendance est à nouveau à la hausse depuis la fin du mois de mars. Avec la vaccination progressive des groupes à risque, nous nous attendons à ce que, dans les semaines à venir, le taux de reproduction basé sur les hospitalisations et les décès sous-estime la dynamique de la transmission.

En parallèle, nous déterminons la période de doublement ou de division par deux des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours4. Le nombre des cas confirmés a varié de 7% (IC : 32% à -13%) par semaine, le nombre d’hospitalisations de -1% (IC : 11% à -12%) et le nombre de décès de 16% (IC : 57% à -14%). Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.

Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 300 pour 100 000 habitants. La positivité est de 7,6% (au 09.04.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).

Le nombre de patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 166 et 2075 personnes (la variation était de 14% (IC : 23% à 5%) par semaine).

Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 4 et 13 par jour6. Depuis le 1er octobre 2020, l’Office fédéral de la santé publique a enregistré 7’993 décès confirmés en laboratoire.7 Les cantons ont fait état de 8’509 décès pendant cette même période.8 Les statistiques de mortalité de l’Office fédéral de la statistique montrent une surmortalité dans le groupe d’âge des 65 ans et plus entre la 43e semaine de 2020 et la 3e semaine de l’année 20219. Au total, environ 8 400 décès supplémentaires ont été enregistrés au cours de cette période par rapport aux années précédentes.

Nouvelles variantes

En Suisse, les variantes B.1.1.7 et B.1.351, initialement décrites au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, ont été identifiées pour la première fois au cours de la 51e semaine de 2020. La variante P.1 détectée à l’origine au Brésil a été identifiée pour la première fois en Suisse au cours de la sixième semaine de 2021. B.1.1.7 est devenue la variante virale dominante; l’épidémie en Suisse est une épidémie de B.1.1.710,11. La fréquence de B.1.351 et P.1 est inférieure à 1%.

La variante B.1.1.7, qui a un taux de transmission plus élevé, est celle qui domine désormais. Des recherches menées au Royaume-Uni fin 2020 ont révélé que le taux de transmission de B.1.1.7 est nettement plus élevé que celui des souches de SARS-CoV-2 connues jusque là12. La caractérisation génétique d’échantillons aléatoires provenant de personnes testées positives en laboratoire en Suisse, ainsi que la caractérisation génétique systématique des échantillons dans le laboratoire de référence à Genève, permet de confirmer ce taux de transmission accru également sur la base des données suisses13,14 (43-52% sur la base de 15 (et 42-60% sur la base de 16).

Le risque d’une évolution sévère due à une infection B.1.1.7 est observé dans plusieurs études.  Une nouvelle étude17 menée au Royaume-Uni suggère que la mortalité due à l’infection par B.1.1.7 est augmentée de 50%, tous les groupes d’âge confondus. D’autres études menées au Royaume-Uni corroborent ce constat de risque accru inhérent au B.1.1.718,19. Les résultats d’une étude20 menée au Danemark indiquent que, en cas d’infection par B.1.1.7, le risque d’hospitalisation est également accru. Par ailleurs, une nouvelle étude – qui toutefois ne porte que sur les personnes hospitalisées – ne constate aucune augmentation de la mortalité. Dans une autre étude évaluant les données d’une «COVID symptom study App», aucun passage à des formes plus sévères n’a été observé avec la propagation de B.1.1.7.

Dans les données suisses, on observe une tendance à l’augmentation du risque d’hospitalisation lorsqu’un patient est infecté par B.1.1.7. En conséquence, avec la diffusion de B.1.1.7, les probabilités d’hospitalisation pour un résultat de test positif ont augmenté. Par exemple, une personne âgée de 55 à 64 ans testée positive avait un risque de 4,3 % (moyenne de 28 jours) de devoir être hospitalisée au 31.12.2020 (lorsque B.1.1.7 était faible). Au 31.03.2021 (date à laquelle B.1.1.7 était dominant), le risque était de 6,75%[3]. Les autres groupes d’âge de plus de 35 ans ont connu une évolution similaire (dans les groupes d’âge plus jeunes, les chiffres absolus sont trop faibles pour permettre des déclarations fiables). Les chiffres de décès des suites d’une infection par B.1.1.7 pour la Suisse sont trop faibles pour que nous puissions exprimer notre avis au sujet de la situation dans notre pays.

On s’attend à ce que les vaccins à ARNm actuellement utilisés en Suisse soient également efficaces contre ces trois variantes 21.

Sur la base des données issues de la caractérisation génétique, nous pouvons estimer la variation du nombre absolu de cas causés par B.1.1.7. Depuis début janvier, ce nombre absolu n’a cessé d’augmenter alors que les autres variantes ont diminué22. Dans l’ensemble, le nombre de cas a diminué jusqu’à la mi-février; depuis lors, B.1.1.7 est désormais dominant et le nombre total de cas est de nouveau en hausse. Toutes nos modélisations suggèrent que le nombre actuel de personnes ayant une immunité due à la vaccination ou à une infection antérieure est encore bien trop faible pour ralentir cette tendance à la hausse au cours des prochaines semaines ; en outre, on s’attend à ce que toute augmentation des contacts ou de la mobilité entraîne une nouvelle augmentation de l’infection.


Liens

[1] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/  et  https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[2] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[3] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/ , dashboard Time Series

[4] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends :: Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.

[5] https://icumonitoring.ch

[6] https://www.covid19.admin.ch

[7] https://www.covid19.admin.ch

[8] https://github.com/openZH/covid_19 et https://github.com/daenuprobst/covid19-cases-switzerland

[9] https://www.bfs.admin.ch/bfs/fr/home/statistiques/sante/etat-sante/mortalite-causes-deces.html

[10] https://cevo-public.github.io/Quantification-of-the-spread-of-a-SARS-CoV-2-variant/

[11] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[12] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-9-janvier-2021/

[13] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.05.21252520v2

[14] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[15] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.05.21252520v2

[16] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[17] https://www.nature.com/articles/s41586-021-03426-1

[18] https://www.bmj.com/content/bmj/372/bmj.n579.full.pdf

[19] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.04.21252528v2.full.pdf

[20] https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3792894

[21] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-7-avril-2021/

[22] https://cevo-public.github.io/Quantification-of-the-spread-of-a-SARS-CoV-2-variant/

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