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Rapport scientifique, 7 avril 2021

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Résumé

L’endiguement efficace du SARS-CoV-2 a nombre d’effets positifs d’ordre sanitaire, sociétal et économique. Avec des taux d’infection plus bas, il y a moins d’hospitalisations et de décès dus au COVID-19, ce qui assure le bon fonctionnement du système de soins de santé.  Il y a également moins de ces séquelles persistantes dont souffrent certaines des personnes infectées; une faible incidence contribue également à protéger la santé mentale. Un endiguement réussi facilite également la mise en œuvre d’une campagne de vaccination rapide et simplifie la surveillance génétique des souches virales en Suisse afin de détecter plus tôt les variantes problématiques. En outre, de faibles taux de contagion réduisent le risque de générer des effets yo-yo, néfastes pour l’économie.

Il est important de rechercher une conjonction d’efforts aptes à interrompre efficacement les contagions et ayant le meilleur rapport coût-avantages possible. Les infections peuvent être évitées grâce à des mesures visant à réduire les contacts et la mobilité, à briser les chaînes d’infection par des tests et par le traçage des contacts, et grâce au comportement de chacun pour se protéger et protéger les autres. Or, ces efforts entraînent inévitablement des coûts économiques et sociaux. Parce que les chaînes d’infection peuvent être interrompues de manière plus ciblée lorsque le nombre de cas est faible, la gestion globale de l’épidémie est alors plus aisée et plus avantageuse. Tant sur le plan humain que sur le plan économique, les efforts pour contenir l’épidémie sont d’autant plus justifiés par la perspective d’une amélioration prochaine de la situation grâce à la campagne de vaccination. 

Après une baisse du nombre des cas confirmés, des hospitalisations et des décès enregistrée en début d’année, les infections sont reparties à la hausse depuis début mars 2021. L’incidence à 14 jours pour 100 000 habitants en Suisse, qui était d’environ 170 au début du mois de mars, atteint actuellement environ 280. Par conséquent, elle est presque deux fois inférieure au pic atteint début novembre 2020. La couverture vaccinale de la population n’est pas encore suffisamment élevée pour éviter une augmentation des hospitalisations à mesure que le nombre de cas augmente.

L’épidémie en Suisse est maintenant dominée par la variante B.1.1.7. La souche B.1.1.7 a un taux de transmission plus élevé que les souches de SARS-COV-2 qui ont dominé en Suisse jusqu’à présent et peut donner lieu à des évolutions plus sévères de la maladie. Deux autres variantes, B.1.351 et P.1, ont actuellement une fréquence inférieure à 1%. Ces variantes montrent des signes d’évasion immunitaire : les personnes rétablies d’une infection par les souches virales précédemment dominantes n’ont vraisemblablement qu’une faible immunité contre B.1.351 et P.1. Les vaccins à ARNm autorisés en Suisse semblent toutefois être efficaces contre ces trois variantes.

Il est essentiel de procéder à une surveillance génétique intensive du SARS-CoV-2. Ce qui comprend, outre le séquençage de routine d’une partie des échantillons de SARS-CoV-2, l’analyse génétique ciblée de virus infectant des personnes vaccinées ou convalescentes. Relevons aussi l’important fait que de nouvelles variantes apparaissent constamment, en particulier dans les zones à forte incidence. Ainsi, pour réduire autant que possible le risque d’introduction et de propagation locale de nouvelles variantes, il faut se focaliser non seulement sur les pays dont les « Variants of Concern » sont connus, mais aussi sur les régions où la surveillance génétique du SARS-CoV-2 est peu développée.

Outre les effets aigus du COVID-19, les conséquences sanitaires à long terme des infections par le SARS-CoV-2 captent de plus en plus l’attention. Chez certaines personnes infectées, les problèmes de santé persistent après plusieurs semaines, voire après plusieurs mois – un phénomène que l’on désigne souvent par « COVID long ». L’incidence et l’apparition de ces symptômes à long terme, ainsi que l’impact social et économique, font l’objet d’études en cours. Cependant, les données actuelles suggèrent qu’une partie des personnes touchées connaissent des limitations fonctionnelles affectant leur vie sociale et leur capacité à travailler. L’endiguement de l’épidémie en Suisse et la vaccination rapide produiront également un effet positif à cet égard.

 

1. Effets positifs d’un endiguement efficace du SARS-CoV-2

Les infections par le SARS-CoV-2 peuvent être réduites grâce à une série d’efforts conjugués. Il s’agit notamment de mesures visant à réduire les contacts et la mobilité, de l’interruption délibérée des chaînes d’infection par la stratégie TTIQ1, et du comportement adopté par chacun pour se protéger soi-même et protéger les autres2.

Ces efforts pour réduire les infections par le SARS-CoV-2 ont un coût économique et sociétal.  C’est pourquoi il importe de rechercher une conjonction d’efforts susceptibles d’interrompre efficacement les contagions avec le meilleur rapport coût-avantages possible. Parce que les chaînes d’infection peuvent être interrompues de manière plus ciblée – et donc avec des coûts moindres pour l’économie et la société – lorsque le nombre de cas est faible, la gestion globale de l’épidémie est alors plus aisée et plus avantageuse 3.

Comme exposé dans des documents précédents, l’endiguement efficace du SARS-CoV-2 a nombre d’effets positifs d’ordre sanitaire, sociétal et économique. Voici un aperçu des effets positifs de l’endiguement efficace de l’épidémie en Suisse dans le contexte de la situation actuelle.

Le confinement efficace du SARS-CoV-2 protège la santé des individus tout en préservant le fonctionnement du système de santé. À l’automne 2020, le système de santé suisse a été très fortement sollicité en raison du grand nombre de personnes hospitalisées pour le COVID-194. Cette situation a créé un double fardeau : d’une part, il est devenu plus malaisé de traiter les patients COVID-19, et de l’autre les possibilités de traitement pour les patients non-COVID-19 se sont considérablement réduites. Actuellement, le nombre de patients hospitalisés par jour est à peine plus de deux fois inférieur à la situation du mois de novembre.5 La marge de sécurité du système de santé suisse est donc faible : en effet, une éventuelle augmentation soudaine des infections ne serait détectée (en raison du décalage temporel entre l’infection et le test) que lorsqu’un grand nombre de personnes seraient déjà infectées.

Grâce à un endiguement efficace, moins de patients souffriront des symptômes à long terme après une infection par le SARS-CoV-2. Les séquelles post-aiguës et à long terme de l’infection par le SARS-CoV-2 ont fait l’objet de plusieurs études. Les estimations quant à la nature et à la fréquence de ces séquelles divergent nettement d’une étude à l’autre, entre autres en raison des différences dans les groupes de patients et la durée d’observation. Toutefois, ces enquêtes montrent qu’une part importante de personnes font état de limitations fonctionnelles après une infection, ce qui peut avoir un impact sur la vie sociale et professionnelle. Un endiguement efficace réduit l’incidence, et donc la charge sociale et économique, de ces troubles à long terme (voir ci-dessous la section sur le syndrome post-COVID-19, ou COVID long). 

Une incidence plus faible de l’infection par le SARS-CoV-2 contribue à accélérer la campagne de vaccination et en facilite la réussite. Afin d’atténuer les retombées négatives de l’épidémie en Suisse et de les résorber à plus long terme, il est essentiel de mettre en place une campagne de vaccination dans les meilleurs délais. Une incidence faible facilite une campagne de vaccination rapide sous plusieurs angles : tout d’abord, parce qu’une faible incidence signifie une moindre pression sur les autres domaines du secteur de la santé. Ensuite, parce que, ainsi, moins de personnes à vacciner et de vaccinateurs sont en isolement ou en quarantaine, et enfin parce que le risque d’émergence de nouveaux variants chez les personnes partiellement vaccinées est réduit (ce dernier étant un enjeu planétaire). À l’heure actuelle, d’autres essais cliniques sont en cours pour vacciner les enfants et les adolescents, et l’approbation de vaccins pour des groupes d’âge plus jeunes adviendra vraisemblablement dans les mois à venir. Parvenir à circonscrire l’épidémie peut empêcher l’apparition d’une infection à grande échelle des enfants et des adolescents avant qu’une campagne de vaccination puisse être évaluée et, si nécessaire, mise en œuvre dans ces groupes d’âge.

Une incidence plus faible facilite la stratégie TTIQ et réduit ainsi les coûts sociétaux et économiques. L’interruption ciblée des chaînes d’infection par la réalisation de tests, le traçage des contacts, l’isolement et la quarantaine (stratégie TTIQ) présente un excellent rapport avantages-bénéfices6. À l’automne 2020, le nombre excessivement élevé de cas a rendu la stratégie TTIQ est devenu largement inopérante en Suisse7. Le maintien et la réussite de l’endiguement du SARS-CoV-2 sont nécessaires pour que la campagne de dépistage puisse être menée à bien. Lorsque le nombre de cas est plus faible, le traçage des contacts a une capacité suffisante pour permettre à la fois la recherche en aval à partir d’un nouveau cas index (pour trouver les individus infectés par le cas index) et la recherche en amont (pour identifier la source de l’infection, et donc éventuellement un cluster d’infections).

Une incidence plus faible facilite la surveillance génomique des virus circulant en Suisse. Régulièrement, de nouvelles souches de SARS-CoV-2 sont identifiées dans diverses régions du monde. Certaines de ces souches ont des caractéristiques qui rendent la maitrise de l’épidémie plus difficile (taux de transmission plus élevés, virulence supérieure, évasion immunitaire – voir section « Variants of concern » ci-dessous). En ce qui concerne la Suisse, si l’incidence est plus faible l’émergence de nouveaux variants est réduite, le suivi des variants simplifié, et la détection et l’endiguement ciblé des variantes problématiques importées en Suisse sont facilités. 

L’endiguement réussi contribue à la santé mentale de la population de Suisse. Ces 14 derniers mois ont entraîné beaucoup de problèmes de santé mentale8, qui étaient une conséquence à la fois des mesures d’endiguement et de la pandémie elle-même. L’automne dernier, la proportion de personnes souffrant de problèmes de santé mentale était particulièrement élevée dans les régions de Suisse à forte incidence (lien). Un nombre de cas réduit contribue donc à protéger la santé mentale. Un confinement réussi permet également aux écoles et aux établissements de formation de rester ouverts, ce qui, en plus de permettre l’accès à l’éducation, contribue à la bonne santé mentale des enfants et des jeunes.

Un confinement réussi réduit les risques économiques. Si la situation épidémiologique en Suisse se détériore de manière significative et que, par conséquent, de nouvelles mesures sévères d’endiguement doivent être introduites (à l’instar d’autres pays européens à l’heure actuelle), le produit intérieur brut risque d’en pâtir considérablement. Par exemple, un scénario analysé par le Centre de recherches conjoncturelles (KOF) de l’EPFZ estime à plus de 2 milliards de francs suisses la perte potentielle de valeur économique dans un tel cas 9. Ces risques sont réduits si la propagation peut être empêchée.

Tant sur le plan humain que sur le plan sociétal et économique, les efforts pour contenir l’épidémie sont d’autant plus justifiés par la perspective d’une importante amélioration prochaine de l’épidémie en Suisse grâce à la campagne de vaccination. 

2. Situation épidémiologique

2.1. Vue d’ensemble

Différentes souches de SARS-CoV-2 circulent en Suisse; parmi celles-ci, la variante B.1.1.7 est dominante. Les paramètres épidémiologiques généraux – nombre de cas, d’hospitalisations, taux d’occupation des unités de soins intensifs, nombre de décès – donnent une vue d’ensemble sans faire la distinction entre les souches individuelles. Dans l’ensemble, tous ces indicateurs montrent une hausse de l’épidémie au cours des dernières semaines, qui pourrait avoir ralenti ces derniers jours. Cependant, la quantification exacte est difficile en ce moment en raison du changement de pratiques envers les tests durant le week-end de Pâques, les éventuelles notifications tardives d’hospitalisations, et les vaccinations progressives, en particulier dans la tranche d’âge des 75 ans et plus. En outre, les chiffres actuels ne reflètent pas encore la dynamique de transmission pendant la période de Pâques, qui ne sera pas observable dans les données avant environ 2 semaines.  Des poussées épidémiques sont identifiables dans les pays voisins, qui pour certains ont pris des mesures plus strictes.

2.2. Dynamique

La moyenne sur sept jours du taux de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,04 (0,92-1,15), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 20.03.-26. 03 .2021. Une tendance vers cette dynamique peut être observée dans toutes les grandes régions de la Suisse10.

Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de11 :

  • 1,03 (intervalle de confiance / IC 95% : 0,91-1,14) sur la base des cas confirmés (au 26.03.2021).
  • 0,97 (IC 95% : 0,81-1,13) sur la base des hospitalisations (au 22.03.2021). Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,05 (IC 95% : 0,93-1,17) pour le même jour.
  • 1,08 (IC 95% : 0,7-1,55) sur la base des décès (au 15.03.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 1,02 (IC 95%  : 0,87-1,18) pour le même jour. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,14 (IC 95% : 1,03-1,24) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs de Re reflètent le niveau de circulation du virus il y a au moins 10 jours (pour les nombres de cas) jusqu’à 23 jours (pour les décès) en raison du délai entre l’infection et l’apparition d’un événement.

En parallèle, nous déterminons la période de doublement ou de division par deux des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours12. Le nombre des cas confirmés a varié de 2% (IC : 21% à -14%) par semaine, le nombre d’hospitalisations de -3% (IC : 16% à -18%) et le nombre de décès de 24% (IC : 74% à -12%). Ces valeurs reflètent les incidences des infections survenues il y a plusieurs semaines.

2.3. Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 285 pour 100 000 habitants. La positivité est de 5,6% (au 03.04.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).

Le nombre de patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 166 et 188 13 personnes (la variation était de -2% (IC :-10% à -6%) par semaine).

Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 4 et 12 par jour 14. Depuis le 1er octobre 2020, l’Office fédéral de la santé publique a enregistré 7’924 décès confirmés en laboratoire.15 Les cantons ont fait état de 8’448 décès pendant cette même période.16 Les statistiques de mortalité de l’Office fédéral de la statistique montrent une surmortalité dans le groupe d’âge des 65 ans et plus entre la 43e semaine de 2020 et la 3e semaine de l’année 202117. Au total, environ 8 400 décès supplémentaires ont été enregistrés au cours de cette période par rapport aux années précédentes.

2.4. Analyse par âge

Les ratios de cas confirmés, d’hospitalisations, d’occupation des lits de soins intensifs et de décès vont changer au cours de la période à venir. Jusqu’à présent, ces ratios sont restés majoritairement constants, et les changements dans le nombre de cas confirmés ont entraîné, avec un décalage dans le temps, des variations de même envergure dans les nombres d’hospitalisations et de décès. Trois raisons permettent d’affirmer que ces ratios vont changer prochainement. La première est que l’on s’attend à une diminution de la part de personnes qui ont été testées positives tombe gravement malade et doive être hospitalisée ou décède à la faveur de la progression de la vaccination des groupes à risque. À cela s’ajoute que la nouvelle stratégie de dépistage vise à identifier particulièrement les infections asymptomatiques. Enfin, la variante B.1.1.7, devenue dominante en Suisse au cours des trois derniers mois, peut entraîner une évolution plus sévère de la maladie ou un risque accru de décès18.

Pour mieux comprendre la dynamique actuelle, nous analysons la dynamique dans le groupe de personnes le plus vacciné (75 ans et plus) par rapport aux autres groupes de population. Dans le groupe des 75 ans et plus, le nombre de cas a diminué depuis le début du mois de mars, alors qu’il a augmenté dans tous les autres groupes de population. Le nombre de nouvelles hospitalisations dans le groupe des plus de 75 ans a également diminué depuis le début du mois de mars (figure 1). Par contre, les hospitalisations dans les groupes d’âge 35-44, 45-54, 55-64 et 65-74 ans ont montré une tendance à augmenter en mars (figure 1). Alors que le groupe des 75 ans et plus représentait environ 50% des hospitalisations lors de la deuxième vague, cette part s’est réduite à 25% environ. Les hospitalisations chez les moins de 65 ans sont passées, quant à elles, de moins de 30% lors de la deuxième vague à plus de 50% aujourd’hui (figure 2 ; des chiffres actualisés en permanence peuvent être consultés ici et (Dashboard, Time Series). En d’autres termes, la proportion d’hospitalisations dans la tranche d’âge des 75 ans et plus a diminué de moitié depuis le début de la campagne de vaccination. Toutefois la campagne de vaccination n’est pas encore suffisamment avancée pour éviter l’augmentation en mars des hospitalisations de nouveaux cas. La tendance en mars était en hausse en particulier pour la population mobile et non encore vaccinée.

Figure 1. Nombre total d’hospitalisations par groupe d’âge (lissage sur 14 jours).
(Légendes : Groupes d’âge (en haut) – Nombre total d’hospitalisations (éch. gauche) – 3 janv. 17 janv. 14 févr. 28 févr. 14 mars 28 mars (en bas))

Figure 2. Proportion d’hospitalisations des différents groupes d’âge (lissage sur 14 jours).
(Légendes : Groupes d’âge (en haut) – Proportion d’hospitalisations (éch. gauche) –
mars 2020, mai 2020, juillet 2020, sept. 2020, nov. 2020, janv. 2021, mars 2021 (en bas))

 

Afin de pouvoir corréler l’évolution des hospitalisations et des décès avec la progression de la vaccination, il est urgent de disposer de données sur le nombre de personnes ayant reçu deux – ou une – doses de vaccin dans toute la Suisse, ventilées par âge.

 

D’une manière générale, on s’attend à ce que les hospitalisations augmentent pour la population non vaccinée à mesure que le nombre de cas s’accroît. Le risque d’hospitalisation ou de décès à la suite d’une infection confirmée par le SARS-CoV-2 par groupe d’âge peut être consulté ici (Dashboard, Time Series), sur la base des données de la Suisse. Le variant B.1.1.7, dominant en Suisse depuis mars, semble présenter un risque d’hospitalisation ou de décès accru d’environ 50% par rapport aux variants connus jusqu’alors19, ainsi qu’un taux de transmission d’environ 50% plus élevé 20. Par conséquent, les probabilités d’hospitalisation ou de décès à la suite d’une infection confirmée par le SARS-CoV-2 vont s’accroître au cours des prochaines semaines, à moins que nous n’augmentions le nombre de personnes présentant des infections confirmées, mais sans symptômes, en testant davantage de personnes asymptomatiques.

3. « Variants of concern »

Le SARS-CoV-2 a muté régulièrement depuis le début de la pandémie, accumulant une moyenne d’environ 2 mutations par mois. Jusqu’à l’automne dernier, ces mutations (à l’exception de la mutation D614G dans la protéine spike) n’entraînaient pas de changements majeurs dans le taux de transmission, l’évolution de la maladie ou la réponse du système immunitaire. Toutefois, à la fin de l’année dernière, plusieurs variantes ont été signalées, qui présentaient un nombre inhabituellement élevé de mutations altérant des acides aminés importants de la protéine spike. Désignées par B.1.1.7, B.1.351 et P.1 (lien) dans la nomenclature Pango, elles ont été signalées pour la première fois au Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil respectivement.

Ces trois variantes (B.1.1.7, B.1.351, P.1) ont remplacé les souches originales du SARS-CoV-2 dans les pays où elles ont été observées pour la première fois et se sont depuis répandues dans le monde entier. B.1.1.7 est maintenant la variante dominante dans la plupart des pays d’Europe continentale, Suisse comprise, tandis que B.1.351 circule à une fréquence significative dans plusieurs pays européens (notamment en Autriche, en Belgique et en Turquie). La variante P.1 a été observée plutôt sporadiquement dans toute l’Europe, mais circule localement dans certains pays (Belgique et Italie). En Suisse, nous observons actuellement les variants B.1.351 et P.1 par séquençage génétique dans un peu moins de 1% de chacun des échantillons.

B.1.1.7, B.1.351 et P.1 ont un avantage de transmission par rapport aux souches de SARS-CoV-2 qui étaient dominantes l’année dernière. L’avantage de transmission de B.1.1.7 est estimé entre 40 et 90% (Davies et coll.), ce qui correspond aux observations faites en Suisse et dans d’autres pays 21, 22. L’avantage de transmission de B.1.351 et P.1 est moins bien caractérisé, mais des études récentes suggèrent que leur avantage de transmission est similaire à celui de B.1.1.7 23, 24. On ignore pour l’heure quelles sont précisément les circonstances qui ont favorisé l’émergence des variantes B.1.351 et P.1. Parmi les explications plausibles, citons les infections persistantes chez les hôtes immunodéprimés et les taux élevés de propagation dans les populations où la séroprévalence est déjà élevée.

Alors que l’avantage de transmission de B.1.1.7 semble résulter principalement d’une transmission accrue de manière intrinsèque (durée plus longue ou infectivité plus élevée, plus grande sensibilité des cellules hôtes), une évasion immunitaire significative a été constatée pour B.1.351 et P.1 25, 26, 27.  Le plasma des personnes qui sont guéries d’une infection par les souches virales précédemment dominantes présente des titres de neutralisation contre le B.1.351 et le P.1 qui sont 10 fois inférieurs à ceux des souches virales circulantes originales, 25 26. Cela favorise vraisemblablement une réinfection par B.1.351 ou P.1.

Le sérum de personnes vaccinées ayant reçu des vaccins à ARNm présente également des titres de neutralisation réduits contre B.1.351 et P.1 – mais les titres restent généralement élevés et la protection devrait subsister26, 28. En ce qui concerne les futures mises à jour des vaccins, il est encourageant de constater que le sérum convalescent des personnes infectées par B.1.351 neutralise efficacement le virus de la première vague et le P.129. On ignore pour le moment dans quelle mesure B.1.351 et P.1 provoquent plus fréquemment des infections secondaires chez les convalescents après des infections primaires avec B.1.1.7 et des infections par vaccination par ARN, respectivement.

Le séquençage de tous les isolats de virus provenant de personnes atteintes d’infections secondaires ou de percées est essentiel pour évaluer l’influence des variantes susmentionnées ou des nouvelles variantes sur l’incidence de l’infection et pour pouvoir adapter les interventions de manière proactive.

Il est important de garder à l’esprit que les trois CoV qui font la une des journaux ne sont en aucun cas les seuls variants viraux résolument mutés à apparaître. De nombreux variants tout aussi inquiétants ont été signalés ces dernières semaines, souvent dans des régions où une bonne surveillance génomique fait défaut30 – ce qui signifie que l’accent ne peut pas être mis uniquement sur les régions où les CoV sont connus. Afin de réduire autant que possible le risque d’introductions en nombre et de propagation locale de nouveaux variants, il est judicieux d’utiliser systématiquement le test négatif et la quarantaine d’entrée pour toutes les régions où il n’y a pas de surveillance génétique systématique. 

4. Le syndrome post-COVID-19, ou COVID long

Ce chapitre se fonde sur une étude systématique en cours, menée par Milo Puhan (Université de Zurich) avec d’autres membres de la Swiss School of Public Health (SSPH+).

Outre les conséquences aiguës du COVID-19, les conséquences sanitaires à long terme des infections par le SARS-CoV-2 focalisent de plus en plus l’attention31. Les connaissances au sujet de ces nouveaux syndromes progressent. Comprendre l’incidence et les manifestations de ces conséquences à long terme est important, et ce pour plusieurs raisons : afin de mieux évaluer les conséquences sanitaires, sociétales et économiques de l’épidémie de SARS-CoV-2, mais aussi pour répondre aux besoins des personnes touchées et les soutenir.

Plusieurs articles de synthèse résument l’état actuel des connaissances sur les séquelles post-aiguës et à long terme du SARS-CoV2. À ce jour, il n’existe pas de terme ou de définition faisant l’unanimité pour décrire ces dommages indirects. On trouve le terme de « COVID long », qui est utilisé couramment. Au sens large, le COVID long peut-être défini comme « l’absence de guérison pendant plusieurs semaines ou mois après l’apparition de symptômes indiquant un COVID-19, indépendamment des tests antérieurs de COVID-19 ». Cette définition large inclut donc aussi bien les cas cliniquement confirmés que les suspicions de cas. Selon d’autres définitions, ce syndrome est associé à l’existence d’au moins un symptôme, d’un ensemble de symptômes ou à la non-guérison à un moment donné après l’infection.

Les diverses études menées à ce sujet parviennent à des estimations très différenciées quant à la fréquence du COVID long. Cette dissemblance est due aux différences dans les méthodes adoptées pour les études primaires, les méthodes de recrutement (par exemple, hôpital, ambulatoire, autosélection), les périodes de suivi et la définition du COVID long utilisée. Pour les patients initialement hospitalisés, les estimations de la prévalence varient de 51 à 89% dans les trois premiers mois suivant l’infection et de 47 à 76% après trois mois. Dans les études portant sur des patients initialement traités en ambulatoire ou en hospitalisation, les estimations de la prévalence varient de 13 à 36% dans les trois premiers mois suivant l’infection et de 3 à 53% après trois mois. Ces estimations doivent être considérées avec prudence pour plusieurs raisons. Premièrement, la prévalence de certains symptômes est rarement liée à leur prévalence chez les personnes non infectées par le SARS-CoV-2 avant ou pendant la pandémie. Deuxièmement, la plupart des estimations rapportées ne sont actuellement pas basées sur des échantillons de population sélectionnés au hasard. Troisièmement, certains sous-groupes de population, comme les personnes âgées ou les enfants, continuent d’être sous-représentés. Enfin, la plupart des estimations sont basées sur des échantillons recrutés au cours du premier semestre de 2020.

Les études effectuées dans le cadre des évaluations systématiques ont dénombré et décrit plus de 50 symptômes. Parmi les symptômes les plus fréquemment rapportés, on compte la fatigue, suivie des maux de tête, des difficultés respiratoires, des troubles olfactifs et gustatifs, des troubles cognitifs, des troubles du sommeil et de l’anxiété. Certaines personnes ne ressentent que de la fatigue ou des troubles des voies respiratoires supérieures, tandis que d’autres ont des symptômes apparaissent dans différentes parties du corps. Certaines études font également état d’une pathologie dans laquelle des phases d’amélioration alternent avec des rechutes, des hauts et des bas, en montagnes russes, d’où le terme de « coronacoaster ». Chez les enfants, le COVID long a rarement été démontré, mais il existe des preuves du développement d’un syndrome inflammatoire multisystémique ainsi que d’une série de symptômes que l’on retrouve aussi fréquemment chez les adultes. Mais la plupart des articles de synthèse existants ne classaient pas la gravité de la maladie et des symptômes en fonction d’indicateurs tels que le nombre de consultations médicales ou l’incapacité de travailler.

En leur état actuel, les données à disposition n’ont pas encore une qualité suffisante pour fournir une base solide à l’identification fiable des facteurs de risque. Certaines des études suggèrent que le sexe (féminin), l’âge avancé, les comorbidités, la gravité de la maladie dans sa phase aiguë et l’obésité sont associés à un COVID long. Le seul facteur possiblement protecteur décrit est l’activité physique.

Les données actuelles, qui sont encore limitées, donnent un aperçu de l’impact social et économique du COVID long. Une proportion considérable des personnes atteintes de la maladie de COVID-19 font état de limitations fonctionnelles, nécessitant souvent des changements de mode de vie, de mener une vie sociale restreinte, et qui ont une incidence sur la vie familiale, et réduisent la capacité à s’occuper d’autrui. Certaines études suggèrent que le COVID long peut avoir un impact négatif sur la vie professionnelle, ce qui entraîne des difficultés financières. Toutefois, les estimations de la proportion de personnes qui ne peuvent pas reprendre leur travail – ou ne peuvent le reprendre que partiellement –, qui connaissent des difficultés financières varient considérablement et nécessitent des recherches plus spécifiques au contexte, notamment pour la Suisse. On ignore pour l’heure quelle est l’ampleur exacte des retombées économiques du COVID long.

Plusieurs pays sont allés au-devant des plaintes médicales et sociales de personnes atteintes du COVID long. Au Royaume-Uni32 ont été ouvertes des cliniques multidisciplinaires traitant le COVID long, et une plateforme en ligne d’information et d’orientation sur l’autogestion ainsi que des services de soins et des soins à distance pour les personnes à risque ou atteintes de COVID long ont été mis en place.

Dans l’ensemble, au vu des données actuelles on peut constater que le COVID long revêt une importance considérable en ce qui concerne la santé publique. Cependant, la littérature actuelle offre encore une image fragmentaire, raison pour laquelle les résultats ne sont à considérer que comme des observations préliminaires. Les connaissances sont encore très lacunaires, notamment en ce qui concerne la prévalence, les facteurs de risque, les facteurs de protection et l’impact socio-économique du COVID long. Les études futures devraient idéalement être globales et inclure plus amplement les aspects médicaux, de santé publique et socio-économiques du COVID long afin d’éclairer les décisions concernant les interventions sanitaires et politiques.

5. Stratification du risque socio-économique

La pandémie et les mesures ont des effets socialement stratifiés. Abstraction faite des différences en ce qui concerne le respect des mesures de protection, certaines personnes courent un risque plus élevé que les autres de contracter le SARS-COV-2 33. Les exemples suivants illustrent ce propos :

  • Les clusters d’infections par le SARS-CoV-2 persistent plus longtemps dans les quartiers défavorisés sur le plan socio-économique34.
  • Le risque de contracter le COVID-19 varie en fonction de l’activité professionnelle. Entre autres, les personnes ayant un niveau d’éducation et des revenus moindres n’ont ordinairement pas autant la possibilité de se protéger en travaillant à distance (COVID-19 Social Monitor35). C’est pourquoi la mise en œuvre cohérente des mesures de protection sur les lieux de travail est particulièrement importante.
  • Dans le même temps, les personnes à faibles revenus subissent davantage de pertes économiques36 pendant la pandémie, et craignent davantage de perdre leur emploi (COVID-19 Social Monitor37).
  • En même temps, les groupes dont les revenus sont plus élevés se montrent actuellement plus disposés à se faire vacciner 38.
  • L’impact de la pandémie et des mesures varie également en fonction de la tranche d’âge. Les jeunes et les personnes âgées dépendent de l’application de concepts de protection spécifiques pour les activités qui sont importantes pour leur groupe d’âge, comme ceux qui ont été développés et mis en œuvre pour différentes activités économiques. Prolonger une situation où ce n’est pas le cas, ou seulement dans une mesure limitée, peut entraîner des difficultés dans les relations entre les générations, et mettre en péril l’équité intergénérationnelle, comme le souligne la Commission nationale d’éthique39.

Vous trouverez de plus amples informations dans le rapport scientifique du 24.03.21 40.

6. Nouvelles Policy Briefs de la ncs-tf

Les avantages économiques d’une vaccination plus rapide41
L’accélération de la couverture vaccinale a un impact macroéconomique très positif. Selon une estimation prudente, chaque jour gagné en accélérant la campagne de vaccination équivaut, pour la Suisse, à un gain de valeur économique de 25 millions de francs suisses. Selon les calculs du scénario épidémiologique, l’inclusion du nombre inférieur de cas dans une évaluation globale permettrait même de doubler approximativement la valeur sociétale. Même des mesures apparemment coûteuses pour accélérer la campagne de vaccination peuvent donc avoir un bon rapport coût-avantages.

Assurer la sécurité des employés au travail42

Les employeurs ont l’obligation légale de protéger la santé de leurs employées et employés.  Ils doivent notamment mettre en place des plans de protection contre les transmissions du Covid-19, les appliquer et les faire respecter.  Les employés peuvent signaler les manquements, mais s’exposent alors à un risque de licenciement.  Une analyse de la situation sur le plan juridique nous amène à formuler cinq recommandations.

Liens:

[1] https://sciencetaskforce.ch/wp-content/uploads/2020/11/46_Scalability-TTIQ-NCSTF_FR.pdf

[2] https://www.bag.admin.ch/bag/fr/home/krankheiten/ausbrueche-epidemien-pandemien/aktuelle-ausbrueche-epidemien/novel-cov/empfehlungen-fuer-den-alltag.html

[3] http://sciencetaskforce.ch/wp-content/uploads/2020/10/Comment_controler_lepidemie_du_Covid-19_en_minimisant_les_couts_economiques_et_sociaux.pdf

[4] https://sciencetaskforce.ch/wp-content/uploads/2021/01/59_Double_burden_Summary_FR_tvb_2-1.pdf

[5] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/

[6] http://sciencetaskforce.ch/wp-content/uploads/2020/10/Aspects_conomiques_de_la_stratgie_DIIQ.pdf

[7] https://sciencetaskforce.ch/fr/policy-brief/pourquoi-soutenir-davantage-les-tests-et-le-tracage-des-contacts/

[8] https://sciencetaskforce.ch/fr/policy-brief/limpact-de-la-pandemie-de-covid-19-sur-la-sante-mentale-en-suisse/

[9] https://doi.org/10.3929/ethz-b-000476386

[10] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/ : Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[11] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[12] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends : Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.

[13] https://icumonitoring.ch

[14] https://www.covid19.admin.ch

[15] https://www.covid19.admin.ch

[16] https://github.com/openZH/covid_19 et https://github.com/daenuprobst/covid19-cases-switzerland

[17] https://www.bfs.admin.ch/bfs/fr/home/statistiques/sante/etat-sante/mortalite-causes-deces.html

[18] https://www.bmj.com/content/bmj/372/bmj.n579.full.pdf et https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.04.21252528v2.full.pdf et https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3792894

[19] https://www.bmj.com/content/bmj/372/bmj.n579.full.pdf et https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.04.21252528v2.full.pdf et https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3792894

[20] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-9-janvier-2021/ et https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.05.21252520v1?rss=1

[21] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[22] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.05.21252520v2

[23] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.02.26.21252554v1

[24] https://www.nature.com/articles/s41586-021-03402-9

[25] https://www.nature.com/articles/s41586-021-03471-w

[26] https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.03.12.435194v1.full

[27] https://www.nature.com/articles/s41591-021-01318-5

[28] https://www.nature.com/articles/s41591-021-01270-4

[29] https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.03.06.434193v2

[30] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.30.21254323v1

[31] https://www.google.com/url?q=https://www.ons.gov.uk/peoplepopulationandcommunity/healthandsocialcare/conditionsanddiseases/bulletins/prevalenceofongoingsymptomsfollowingcoronaviruscovid19infectionintheuk/1april2021&sa=D&source=editors&ust=1617724790127000&usg=AOvVaw3g0vb82Ke7pgjx0pgXDvSL

[32] https://www.ons.gov.uk/peoplepopulationandcommunity/healthandsocialcare/conditionsanddiseases/bulletins/prevalenceofongoingsymptomsfollowingcoronaviruscovid19infectionintheuk/1april2021

[33] https://covid-norms.ch/wp-content/uploads/2021/03/Covid-Norms_Fachgespraech_20210112_Friemel-Geber_webseite.pdf

[34] https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33614571/

[35] https://covid19.ctu.unibe.ch/

[36] https://kof.ethz.ch/fr/news-et-manifestations/medias/communiques-de-presse/2021/02/La-crise-du-coronavirus-exacerbe-les-inegalites-en-Suisse.html

[37] https://covid19.ctu.unibe.ch/

[38] https://kof.ethz.ch/fr/news-et-manifestations/medias/communiques-de-presse/2021/02/La-crise-du-coronavirus-exacerbe-les-inegalites-en-Suisse.html

[39] https://www.nek-cne.admin.ch/fr/qui-sommes-nous/actualites/news-details/translate-to-francais-nek-veroeffentlicht-stellungnahme-zu-den-massnahmen-des-bundesrates/

[40] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-24-mars-2021/

[41] https://sciencetaskforce.ch/fr/policy-brief/les-avantages-economiques-dune-vaccination-plus-rapide/

[42] https://sciencetaskforce.ch/fr/policy-brief/assurer-la-securite-des-employes-au-travail/