Rapport scientifique, 26 janvier 2021

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Résumé

La Suisse est confrontée à un nombre élevé, mais en légère diminution de nouvelles infections, d’hospitalisations et de décès liés au SARS-CoV-2 enregistrés quotidiennement. Le système de soins de santé a été fortement mis à contribution en ces derniers mois, ce qui a rendu plus problématique le traitement des personnes souffrant à la fois de COVID-19 et d’autres problèmes de santé. Avec une nouvelle augmentation du nombre d’infections, les limites de capacité du système de soins de santé pourraient être rapidement à nouveau atteintes, voire dépassées. Cela signifierait également que des traitements non liés au COVID-19 devront être à nouveau reportés.

Dans cette situation, les variantes du SARS-CoV-2 avec des taux de transmission accrus présentent un risque. Ces variantes ont été identifiées au Royaume-Uni (501.V1, également appelé B.1.1.7), en Afrique du Sud (501.V2) et au Brésil (501.V3). Les variantes B.1.1.7 et 501.V2 ont également été détectées en Suisse. La propagation de ces variantes en Suisse comporte le risque d’une nouvelle augmentation des infections et, de ce fait, des maladies graves et des décès; elle implique également que l’épidémie devienne beaucoup plus difficile à maîtriser.

La proportion relative des infections causées par B.1.1.7 est en augmentation en Suisse. Les données les plus récentes reflètent l’incidence des infections jusqu’à la 3e semaine de 2021. Jusqu’à ce moment, le pourcentage de B.1.1.7 par rapport à toutes les infections a doublé environ une fois par semaine. Nous prévoyons que B.1.1.7 sera la souche dominante du SARS-CoV-2 en Suisse en mars.

Les infections par B.1.1.7 sont également en hausse en nombre absolu. Jusqu’à la fin de la 3e semaine de 2021, nous constatons pour chaque semaine un doublement du nombre absolu estimé d’infections causées par B.1.1.7. Si le nombre absolu d’infections par B.1.1.7 continue à augmenter, la tendance risque de s’inverser pour la situation épidémiologique : dès que B.1.1.7 deviendra la souche SARS-CoV-2 dominante, le nombre d’infections – et, par la suite, d’hospitalisations et de décès également – augmentera continuellement si les mesures d’endiguement restent inchangées.

Une diminution continue, rapide et forte du nombre d’infections réduit les risques pour la Suisse. Il importe d’obtenir non seulement une diminution du nombre total de cas confirmés, mais aussi un recul du nombre absolu d’infections par B.1.1.7. Une forte limitation des contacts et de la mobilité, ainsi qu’une mise en œuvre cohérente des mesures de protection, ralentiront la propagation de toutes les variantes SARS-CoV-2 . Avec un nombre plus faible de cas, il sera en outre possible de tester à grande échelle et de procéder à un traçage efficace des contacts.

1. Situation épidémiologique en Suisse

1.1. Développement des paramètres épidémiologiques À l’échelle nationale, l’épidémie de SARS-CoV-2 montre une tendance à la baisse pour le début du mois de janvier, et une tendance stable ou légèrement en baisse pour la mi-janvier. Les estimations du taux de reproduction effectif R_e sont de¹:

0,93 (intervalle de confiance de 95% IC : 0,79-1,08) sur la base des cas confirmés (au 15.01.2021).
0,65 (95% IC : 0,48-0,83) sur la base des hospitalisations (au 10.01.2021). Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 0,93 (95% IC : 0,82-1,04).
0,84 (95% IC : 0,68-1,02) sur la base des décès (au 03.01.2021). Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 0,77 (95% IC : 0,67-0,87). Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 0,85 (95% IC : 0,75-0,95).

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des délais de présentation d’une notification et de fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs de Re reflètent les incidences d’infection survenus il y a 10 jours à plusieurs semaines en raison du délai entre l’infection et l’apparition d’un événement (confirmation du cas, hospitalisations, décès). Une observation des sept grandes régions de Suisse montre que, partout les tendances y sont stables, voire en baisse. Cette analyse est étayée par la période de doublement ou de division par deux² des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours. La variation du nombre de cas confirmés est de -20% (IC: -9% à -30%) par semaine, le nombre d’hospitalisations de -35% (IC : -27% à -41%) et le nombre de décès de -17% (IC : -4% à -28%). Ces valeurs reflètent les incidences des infection survenues il y a plusieurs semaines. 1.2. Situation dans les hôpitaux Le nombre de patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs³ était, au cours des 14 derniers jours, de 320-400 personnes. La variation était en moyenne de -12% (IC : -7% à -16%) par semaine. Depuis l’automne 2020, les unités de soins intensifs ont connu des taux d’occupation élévés, voire par moments extrêmes, tant par les patients Covid-19 que par les patients non Covid-19. Dans la policy brief «Les conséquences de la saturation des unités de soins intensifs»⁴, nous attirons l’attention sur le fait que cela aurait pu se traduire par des pertes de qualité des soins aux patients, et cela de deux manières. D’une part, de nombreuses interventions ont été reportées. C’est le cas, selon les estimations que présente la policy brief, d’environ 19 000 patients à compter du début de la deuxième vague. De tels retards peuvent avoir un impact négatif sur la santé des patients, selon la nature de l’affection et la nature de l’intervention prévue. De l’autre, le pourcentage de patients COVID-19 hospitalisés qui ont été admis aux soins intensifs a baissé, passant de 22% en été à 10% lors de la deuxième vague. On peut donc supposer que la saturation des services hospitaliers génère une situation de triage informel dans laquelle certains patients ne bénéficient pas des soins intensifs nécessaires.

2. Les variantes B.1.1.7 et 501.V2 en Suisse

2.1. Caractéristiques de ces variantes et conséquences épidémiologiques possibles Au cours des derniers mois, de nouvelles variantes du SARS-CoV-2 ont été identifiées pour lesquelles un taux de transmission accru a été démontré ou suspecté : également appelée B.1.1.7, la variante est dénommée 501.V1 au Royaume-Uni, 501.V2 en Afrique du Sud, et 501.V3 au Brésil. Nous utilisons ici la dénomination B.1.1.7. Ces variantes ont évolué indépendamment les unes des autres et présentent un nombre inhabituellement élevé de mutations dans la protéine Spike (voir le rapport scientifique du 29.12.2020 ⁵). Pour B.1.1.7, l’avantage de transmission est estimé entre 39% et 71% ⁶,⁷ , et environ 56% pour la variante 501.V2 (95% IC 50-74% ; ⁸). Les variantes qui se répandent plus rapidement sont une menace pour la santé et le système de soins de santé. Sans interventions supplémentaires, une propagation rapide entraîne davantage d’infections, de maladies et de décès. Les résultats provisoires soulèvent la question de savoir si, en plus d’un taux de transmission accru, ces souches pourraient également présenter des variations dans la gravité de l’évolution de la maladie ou dans l’effet de la réponse immunitaire. Pour B.1.1.7, on étudie actuellement si la mortalité – dans ce cas le taux de létalité – pourrait être accrue⁹. Pour les variantes 501.V2 et 501.V3, il existe des indications non encore validées que la réponse immunitaire chez l’homme à la suite d’une infection antérieure par des souches conventionnelles du SARS-CoV-2 pourrait être moins à même d’inactiver ces variantes. Toutefois, les études scientifiques sur ce sujet n’ont pas encore été confirmées par les experts (¹⁰ ,¹¹). 2.2. Situation actuelle des variantes en Suisse En Suisse, les deux variantes B.1.1.7 et 501.V2 ont été identifiées pour la première fois fin 2020, alors que la variante 501.V3 n’a pas été détectée pour le moment (au 25.1.2021). La détection de ces variantes est effectuée (i) par l’analyse ciblée d’échantillons humains ayant un lien avec le Royaume-Uni et l’Afrique du Sud, ii) par la caractérisation génétique systématique des tests positifs, et iii) par la caractérisation des échantillons positifs, qui présentaient un «S-dropout» au moment du diagnostic primaire. Pour une caractérisation génétique systématique, soit tous les tests positifs sont analysés, soit un échantillon aléatoire de tous les tests positifs est prélevé¹². Les données issues de la caractérisation génétique systématique sont largement représentatives, et permettent donc d’estimer l’évolution dans le temps de l’incidence relative et du nombre absolu de ces variantes. Toutefois, il est vraisemblable qu’il y ait une certaine surestimation de l’incidence de ces variantes parmi les tests positifs ; par exemple, si davantage de tests sont effectués dans l’entourage des personnes infectées par ces variantes. Dans le développement ci-après, nous nous concentrons sur B.1.1.7 car le 501.V2 est actuellement (au 23.1.2021) rare en Suisse¹³ . L’incidence relative de B.1.1.7 augmente actuellement rapidement en Suisse, avec un temps de doublement d’environ une semaine (figure 1, ¹⁴). Nous désignons par incidence relative le pourcentage de cas confirmés causés par B.1.1.7. La situation en Suisse suit l’évolution en Grande-Bretagne et au Danemark avec un décalage d’environ 5-6 semaines par rapport à la Grande-Bretagne, et de 1 à 2 semaines (par rapport au Danemark). Dans les autres pays européens, peu de données sont actuellement disponibles sur l’incidence de B.1.1.7, de sorte que de telles comparaisons ne sont pas possibles.

Figure 1 : Evolution de l’incidence relative (en pourcentage) de tous les tests positifs attribuables à la variante B.1.1.7 au Royaume-Uni (en noir), au Danemark (en gris) et en Suisse (en bleu). Les mêmes données sont présentées sur une échelle linéaire (en haut) et une échelle logarithmique (en bas). Le deuxième graphique montre que l’augmentation dans les trois pays est, initialement, à peu près exponentielle à un rythme similaire.

Traductions
Relative Häufigkeit = incidence relative
Kalenderwoche = semaine calendaire

Nous nous attendons à ce que B.1.1.7 devienne dominant en Suisse. En raison de l’augmentation du taux de transmission de B.1.1.7 par rapport aux autres variantes du SARS-CoV-2, une augmentation constante de l’incidence relative est attendue (en supposant que d’autres variantes avec des taux de transmission plus élevés ne surviennent pas en Suisse). Tant que B.1.1.7 est rare, cette augmentation est à peu près exponentielle. Avec l’augmentation de l’incidence, l’augmentation s’aplanit, puisque l’incidence ne peut pas dépasser 100%. L’augmentation prévue est donc en forme de S (croissance logistique ; voir figure 1, données pour le Royaume-Uni, et la figure 2A). Cette croissance en forme de S ou croissance logistique de l’incidence relative est généralement attendue, indépendamment du fait que, le nombre total de cas augmente ou diminue. L’augmentation relative peut cependant être ralentie à l’aide de tests intensifs et d’un traçage ciblé des contacts de B.1.1.7, ce qui sous-entend aussi l’isolement et la quarantaine en cas de suspicion d’infection par B.1.1.7. Ces mesures ciblées présentent un très bon rapport coût-efficacité¹⁵, ce qui justifie ces efforts supplémentaires de traçage de contacts. En outre, les mesures à la frontière peuvent réduire de nouveaux apports de B.1.1.7, 501.V2 et 501.V3. Cependant, compte tenu de la propagation déjà ample de la variante B.1.1.7 en Suisse, nous partons du principe qu’il ne sera pas possible d’empêcher que celle-ci devienne dominante en Suisse.

Figure 2 : Cet exemple numérique simple entend illustrer le changement d’incidence relative et de nombre absolu d’une variante avec une transmission accrue. Dans les quatre panneaux, deux variantes sont présentées, une ancienne variante (en vert) et une nouvelle variante (en bleu) avec un taux de transmission de 50% plus élevé. A) Variation de l’incidence relative dans le temps de la nouvelle variante (en bleu). L’évolution de la fréquence relative est la même pour tous les scénarios ci-dessous, indépendamment du fait que le nombre total de cas augmente ou diminue. B) Nombre absolu d’infections par les deux variantes par jour (ancienne variante en vert, nouvelle variante en bleu) dans une situation où la valeur R de l’ancienne variante est de 0,6. C’est une situation dans laquelle des mesures efficaces et dûment mises œuvre peuvent rapidement réduire les infections. C) Nombre absolu d’infections avec les deux variantes par jour (ancienne variante en vert, nouvelle variante en bleu) dans une situation où la valeur R de l’ancienne variante est de 0,8. D) Nombre absolu d’infections avec les deux variantes par jour (ancienne variante en vert, nouvelle variante en bleu) dans une situation où la valeur R de l’ancienne variante est de 0,9. Cet exemple fait un certain nombre d’hypothèses simplificatrices – raison pour laquelle il ne sert qu’à illustrer les considérations exprimées dans le texte et ne doit pas être interprété comme une prévision de l’évolution réelle des infections en Suisse. En particulier, cet exemple ne tient pas compte de l’immunisation par la vaccination ou par une infection récente. Vous trouverez davantage de détails sur cet exemple dans le rapport scientifique du 29.12.2020¹⁶ . Traductions Transmissions-Vorteil neue Variante = avantage de transmission de la nouvelle variante R-Wert bekannte Variante= valeur R de l’ancienne variante Jan-Mai = Janvier, Février, Mars, Avril, Mai Absolute Anzahl = nombre absolu

Une question essentielle qui se pose est de savoir si le nombre absolu d’infections par B.1.1.7 augmente également en Suisse. Actuellement, d’autres variantes sont dominantes en Suisse, et l’on observe une diminution des infections (état au 26.1.2021). Si le nombre absolu d’infections par B.1.1.7 augmente avec le temps, on s’attend à une transition vers un nombre croissant de cas dans un avenir proche, même si les mesures d’endiguement et leur respect ne changent pas (Fig. 2). Pour répondre à cette question, nous estimons le nombre absolu d’infections par B.1.1.7 en multipliant la proportion relative de B.1.1.7 dans tous les cas confirmés (sur la base de la caractérisation génétique d’un échantillon aléatoire) par le nombre total de cas confirmés.

Nous observons que le nombre absolu estimé d’infections par B.1.1.7 augmente et qu’il double actuellement environ une fois par semaine. La figure 3 montre l’évolution du nombre absolu estimé de cas par semaine en Suisse imputables à B.1.1.7 ¹⁷. Comme cette estimation est basée sur les cas confirmés, elle ne tient pas compte du nombre de cas non déclarés (personnes infectées par le SARS-CoV-2 mais non testées). Cela signifie que le nombre réel de personnes qui sont infectées par le B.1.1.7 chaque semaine est plus susceptible d’être significativement plus élevé que celui estimé ici.

Figure 3 : Estimation du nombre absolu d’infections par la variante B.1.1.7 par semaine en Suisse. Il est à noter que les axes horizontal et vertical sont mis à l’échelle différemment que dans la figure 2.

Traduction
Absolute Anzahl pro Woche = nombre absolu par semaine

Ces données montrent que la combinaison de mesures générales et de traçage des contacts mise en place jusqu’à la fin de la première semaine calendaire 2021 n’a pas suffi à empêcher une augmentation du nombre d’infections par B.1.1.7 en Suisse (les nombres de cas signalés au cours de la troisième semaine calendaire reflètent l’incidence de l’infection vers la fin de la première semaine). Si le nombre d’infections par B.1.1.7 continue à augmenter substantiellement, il existe un risque de renversement de tendance dans le nombre de cas : dès que la proportion relative de B.1.1.7 dans la population totale dépasse une limite critique, le nombre total d’infections par jour recommence à augmenter, ce qui, par la suite, se traduirait à nouveau aussi par une augmentation le nombre d’hospitalisations et de décès par jour. Pour prévenir ce scénario, il est très important de diminuer rapidement les infections en réduisant les contacts et la mobilité, et de procéder de manière intensive à des tests et au traçage des contacts.

3. Nouvelles Policy Briefs de la ncs-tf

Pourquoi, dans la situation actuelle, des mesures politique de santé de grande envergure ont un sens d’un point de vue macroéconomique (Lien)

Des mesures de politique sanitaire de grande envergure doivent également être soutenues d’un point de vue macroéconomique : les capacités hospitalières pourraient être à nouveau saturées par l’augmentation des variantes plus infectieuses du virus, la surmortalité est marquée – entraînant des coûts élevés –, et la vaccination relativement rapide, d’abord des personnes vulnérables, puis de l’ensemble de la population, est en vue. L’accélération des vaccinations a une haute efficience économique. Ainsi la durée de mesures de politique sanitaire de grande envergure est limitée, et celles-ci présentent un rapport coût-efficacité particulièrement bon. Les coûts des mesures de politique sanitaire sont d’autant plus faibles que la perte de revenus est compensée.

Les conséquences de la saturation des unités de soins intensifs (Lien)

Les unités de soins intensifs sont proches de la saturation depuis novembre 2020. Chez un grand nombre de patients – nous l’estimons jusqu’à environ 19 000 –, une intervention médicale prévue a dû être reportée. La proportion de patients COVID-19 transférés aux soins intensifs a diminué en automne. Ceci pourrait refléter le succès des traitements ou la pratique d’une forme de triage informel des patients.

Évaluation des mesures dans les écoles (Lien)

Il existe un vaste éventail de mesures ; certaines d’entre elles sont sous-utilisées, et leur sélection dépend de la situation épidémiologique et du degré scolaire. Si la situation épidémiologique se détériore, il existe un certain nombre de mesures qui peuvent être prises par étapes et de manière coordonnée.

L’impact de la pandémie de COVID-19 sur la santé mentale en Suisse (Lien)

Tant la menace que représente la pandémie pour la santé physique que les mesures visant à lutter contre la pandémie constituent des facteurs de stress qui peuvent affecter la santé mentale. Une forte augmentation de la proportion de personnes présentant des symptômes dépressifs sévères a été constatée lors de la deuxième vague de la pandémie en novembre par rapport à la première vague au moment du confinement en avril 2020. Les personnes les plus touchées par les problèmes de santé mentale sont les jeunes, ceux qui ont souffert financièrement pendant la pandémie et les habitants de la Suisse romande, qui a été la plus affectée par la deuxième vague de la pandémie. Le personnel soignant travaillant en soins intensifs est également plus exposé aux problèmes de santé mentale. Si la situation épidémiologique exige des mesures restrictives, il est nécessaire d’envisager des contre-mesures appropriées pour prévenir et contrer les problèmes potentiels de santé mentale.

Protéger les personnes âgées en soins de longue durée et préserver leur qualité de vie (Link)

Cette policy brief répond aux questions clés concernant les mesures prises dans les EMS. Il est important que ces mesures tiennent compte de la santé mentale et physique ainsi que du bien-être des personnes résidant en EMS. Ce document explique également comment traiter les infections par le SARS-CoV-2 dans les EMS, et comment transmettre les connaissances nécessaires sur la prévention des infections aux résidents des EMS et au personnel soignant dans un délai utile.