ETH Hönggerberg, Werner, fotografiert am Montag (13.11.2017) Bild: Christoph Kaminski, kellenbergerkaminski

Évaluation de la situation épidémiologique, 27 décembre 2021

Texte en attente de traduction - Texte original en allemand

Situation générale

Le variant Delta a dominé la situation épidémiologique au cours des derniers mois. Le 26.11.2021, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a classé le nouveau variant Omicron comme préoccupant. En Suisse, ce variant a été détecté pour la première fois dans un prélèvement du 22.11.2021 et s’est propagé très rapidement au cours des cinq dernières semaines, si bien qu’il est désormais à l’origine de la majorité des nouvelles infections. Depuis cette semaine, nous constatons une nouvelle augmentation du nombre de cas et la valeur R est significativement supérieure à 1 dans trois grandes régions.

Si la fréquence des contacts demeure inchangée, la propagation d’Omicron entraînera une augmentation de plus en plus rapide du nombre absolu de cas. Dans ce scénario, on s’attend en janvier 2022 à ce que le nombre de cas se multiplie par plus de deux chaque semaine. L’augmentation du nombre de cas serait nettement plus rapide qu’avec les variants précédents et entraînerait de nombreux cas de maladie et donc des arrêts de travail dans des domaines critiques, tels que le système de santé, et surchargerait les capacités de test. En réduisant les contacts, on peut ralentir cette augmentation absolue du nombre de cas. La mise à disposition d’autotests peut garantir que toutes les personnes puissent continuer à se tester, rendant ainsi les contacts nécessaires plus sûrs.

Le port systématique et permanent de masques en intérieur réduit, de plus, très efficacement le nombre de nouvelles infections. Dans une situation d’exposition donnée durant 20 minutes, une étude de laboratoire a montré un risque de transmission du SARS-CoV-2 de plus de 90% sans masque, de 10% avec des masques médicaux correctement portés et de 0,14% avec des masques FFP2 correctement portés[1]. Les auteurs considèrent que dans la vie quotidienne – à l’extérieur du laboratoire – la probabilité d’infection est de 10 à 100 fois plus faible[2]. Le risque résiduel d’infection avec un masque médical est donc encore réduit de 0,1-1% pour atteindre 0,001-0,014% avec un masque FFP2, ce qui offre une protection supplémentaire, notamment dans les situations d’exposition accrue. Comme la respiration est plus gênée par un masque FFP2 correctement porté que par un masque médical correctement porté[3], les masques FFP2 sont particulièrement indiqués dans les situations où l’activité physique est nulle ou légère (dans les transports publics, lors d’événements publics, etc.). Il convient également de veiller à une bonne aération.

En plus de la réduction des contacts, une mise à disposition rapide de la troisième dose de vaccin peut augmenter la protection individuelle contre l’infection d’environ 20-30% pour atteindre, du moins à court terme, environ 70-80%. La troisième dose constitue donc un autre outil efficace pour ralentir l’augmentation du nombre de cas. Actuellement, 22% de la population suisse ont été vaccinés trois fois. Comme il s’agit principalement de personnes âgées, cela permet d’éviter les hospitalisations. Si la propagation d’Omicron doit être ralentie à l’aide de la troisième dose, il faut que le reste de la population reçoive rapidement une troisième vaccination.

Dynamique

Depuis fin octobre 2021 et jusqu’à début décembre 2021, le taux de reproduction estimé était significativement supérieur à 1. Après une brève chute en dessous de 1 la semaine dernière, le taux de reproduction est à nouveau supérieur à 1 cette semaine. Dans les grandes régions de Genève, du Tessin et de Zurich, il est significativement supérieur à 1.

La moyenne sur 7 jours du taux de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,08 (intervalle de confiance IC de 95%: 1-1,16); ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 11 au 17.12.2021[4].

Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de:

  • 1,1 (IC 95%: 1,02-1,18) sur la base des cas confirmés au 17.12.2021.
  • 0,86 (IC 95%: 0,76-0,97) sur la base des hospitalisations au 11.12.2021. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le taux Re est estimé à 0,99 (IC 95%: 0,92-1,05) pour le même jour.
  • 0,8 (IC 95%: 0,59-1,02) sur la base des décès au 05.12.2021. Pour une comparaison sur la base des cas d’hospitalisation, le Re est estimé à 0,89 (IC 95%: 0,8-1) pour le même jour. Sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 0,97 (IC 95%: 0,86-1,07) pour le même jour.

Les estimations sont sujettes à rectification en raison des décalages temporels des notifications et de fluctuations dans les données. Les déclarations d’hospitalisation étaient notamment incomplètes ces dernières semaines et les chiffres seront donc probablement revus à la hausse. Nous rappelons que les valeurs de Re reflètent le niveau de circulation du virus avec un certain décalage puisque plusieurs jours s’écoulent entre l’infection et le résultat du test ou le décès éventuel. Pour les valeurs de Re établies d’après le nombre de cas, ce décalage est de 10 jours au moins, tandis qu’il peut aller jusqu’à 23 jours pour les valeurs basées sur le nombre de décès.

Nous évaluons par ailleurs le taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès sur les 14 derniers jours[5]. Les cas confirmés ont diminué de -2% (IC: 10% à -13%) par semaine, les hospitalisations de -16% (IC: -8% à -23%) par semaine et celui des décès, de -18% (IC: -1% à -32%) par semaine. Ces valeurs reflètent les infections survenues il y a plusieurs semaines.

Notre tableau de bord permet de suivre l’évolution du nombre de cas, d’hospitalisations et de décès par tranche d’âge[6]. Au cours des 14 derniers jours, le nombre de cas a diminué de manière significative dans les tranches d’âge de 0 à 9 ans, de 10 à 19 ans, de 70 à 79 ans et de plus de 80 ans, et a augmenté de manière significative dans la tranche d’âge de 20 à 29 ans. Les hospitalisations ne diminuent significativement que dans la tranche d’âge des plus de 80 ans. Le nombre d’hospitalisations pourrait être sous-estimé, comme la semaine dernière[7].

Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 1456 pour 100 000 habitants et habitantes. La positivité est de 19% (au 24.12.2021; c’est le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).

Le nombre de patients et patientes COVID-19 dans les unités de soins intensifs a varié, au cours des 14 derniers jours, entre 292 et 330[8] personnes (la variation était de 6% (IC: 11% à 0%) par semaine).

Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours était de 16 à 32 par jour[9].

Variants

Delta

Depuis la semaine 26 de 2021, le variant Delta était majoritaire en Suisse. Parmi les cas référencés de la semaine 38 à la semaine 46 de 2021, ce variant avait une fréquence de 100%. A partir de la semaine 47, nous observons de plus en plus souvent les séquences du variant Omicron[10].

La vaccination est très efficace contre les formes graves de Delta (80% chez les personnes âgées, 95% chez les plus jeunes; respectivement 6 mois après la deuxième dose de vaccin; [11]) et offre une certaine protection contre l’infection (environ 50% après 6 mois). Une troisième dose de vaccin renforce à nouveau la protection contre l’infection et l’hospitalisation à au moins 95%. Vous trouverez d’autres explications dans l’Epi. Mise à jour du 07.12.2021.[12].

Omicron

Le 23 novembre 2021, un nouveau variant du SARS-CoV-2 a été décrit pour la première fois en Afrique du Sud et au Botswana, qui se caractérise par de nombreuses modifications de la protéine spike («spike protein»). Génétiquement, ce variant se rapproche le plus des variants qui ont circulé au cours du premier semestre 2020 et n’est pas une évolution directe d’un autre variant préoccupant[13]. Ce nouveau variant diffère des variants circulant à l’origine par une trentaine de mutations dans la protéine spike[14]. Ces mutations ont considérablement modifié des parties importantes de la protéine spike.

Le 26 novembre 2021, l’Organisation mondiale de la santé a classé ce variant comme préoccupant et l’a nommé «Omicron» [15].

Propagation épidémiologique

Entre-temps, le variant a été détecté dans 89 pays (au 16 décembre 2021) [16],[17],[18], initialement le plus souvent lié à l’arrivée sur le territoire de personnes en provenance de pays du sud de l’Afrique. En Suisse, le variant a été détecté 469 fois jusqu’à présent et représentait, au cours de la semaine 50, 24,5% de tous les prélèvements séquencés et 8% des prélèvements séquencés déclarés sur GISAID comme faisant partie du programme de surveillance[19]. Les données dites «S gene target failure» provenant de laboratoires de Genève[20], Zurich et du Tessin indiquent qu’à partir de Noël, plus de 50% des cas dans ces régions sont dus à Omicron. Comme Omicron se multiplie de 2 à 3 fois par semaine, les fréquences issues du séquençage et des laboratoires sont compatibles.

Sur la base de la fréquence d’Omicron, il est possible d’estimer le taux relatif de croissance logistique d’Omicron par rapport à Delta[21]. La croissance relative en Suisse est estimée à 0,19 (0,18-0,21) par jour sur la base de toutes les données de séquençage disponibles. Des estimations indépendantes basées sur les données de «S gene target failure» de Genève s’élèvent à 0,26-0,32[22]. Des estimations basées sur des prélèvements d’eaux usées atteignent 0,23 (0,19-0,28) pour Zurich et 0,27 (0,20-0,34) pour Genève [23].

En Grande-Bretagne [24] et au Danemark,[25] la proportion d’Omicron a augmenté très rapidement (multipliée par deux tous les 2 à 4 jours), ce qui suggère un avantage de croissance dans les populations majoritairement vaccinées. Les données d’Afrique du Sud permettent d’estimer le taux de croissance logistique d’Omicron par rapport à Delta à 0,32 (IC 95%: 0,09-0,55) par jour[26], ce qui correspond à une multiplication par deux de la proportion d’Omicron dans les nouvelles infections environ tous les 2 à 8 jours. Un rapport de l’Imperial College[27] estime le taux de croissance exponentiel d’Omicron en Angleterre à 0,34 par jour (IC 95%: 0,33-0,35), ce qui correspond à un temps de doublement de 2 jours.

Pour la Suisse, les valeurs estimées du taux de croissance sont proches de celles de l’Afrique du Sud[28]. La croissance relative en Suisse semble être un peu plus lente qu’au Royaume-Uni, peut-être en raison d’une vaccination accrue de Moderna et d’aucune vaccination d’Oxford/AstraZeneca en Suisse.

Scénarios de propagation épidémiologique en Suisse

Avec le taux de croissance actuellement estimé pour la Suisse sur la base des prélèvements séquencés du 24.11.2021 au 27.12.2021, des scénarios de l’évolution future du nombre de cas peuvent être prévus sur la base d’une valeur R = 0,9 de Delta jusqu’au 20.12.2021, de la fréquence d’Omicron début décembre et du taux de croissance relatif d’Omicron par rapport à Delta (fig. 1). Dans ces scénarios, on s’attend à ce que le nombre de cas augmente à nouveau au cours de la deuxième quinzaine de décembre. En effet, le nombre de cas augmente à nouveau depuis quelques jours (fig. 1, ligne noire).

En réduisant les contacts et en mettant rapidement la troisième dose à disposition, il est possible de ralentir la dynamique et de retarder la propagation d’Omicron. A partir du 20.12.2021, de nouvelles mesures ont été mises en place. Concernant la valeur R de Delta après le 20.12.2021, nous émettons trois hypothèses différentes: scénario 1: la valeur R de Delta reste à 0,9; scénario 2: la valeur R de Delta diminue à 0,7; scénario 3: la valeur R de Delta diminue à 0,5. Dans ces scénarios, il est plausible que le nombre de cas dépasse 20 000 par jour durant la première quinzaine de janvier 2022.

Les calculs sont réalisés de la même manière que nos calculs pour Alpha en janvier 2021 [29] et sont expliqués en détail dans [30].

Le scénario présenté ignore les incertitudes de la valeur R du variant Delta et de la fréquence d’Omicron pendant la semaine 49 de 2021. L’incertitude du taux de croissance logistique d’Omicron par rapport à Delta est indiquée par la zone orange plus foncée. Sur la base des prélèvements cliniques séquencés, nous supposons une croissance d’Omicron par rapport à Delta de 0,19 (0,18-0,21) par jour. Dans l’ensemble, ce taux de croissance estimé en Suisse est inférieur aux estimations de la Grande-Bretagne et de l’Afrique du Sud (voir ci-dessus). Si nous sous-estimons actuellement le taux de croissance basé sur les données suisses disponibles, alors la rapidité de propagation d’Omicron dans la figure 1 et la vitesse à laquelle le nombre absolu de cas augmente sont également une sous-estimation.

Figure 1. Scénarios d’évolution du nombre de cas jusqu’au 09.01.2022. Nous supposons qu’au début de la semaine 49 de 2021, la valeur R de Delta était de 0,9 et n’a pas changé jusqu’au 20 décembre 2021. Dans le scénario 1, la valeur R de Delta reste à 0,9 après le 20 décembre 2021, dans le scénario 2, elle diminue à 0,7 et dans le scénario 3, à 0,5. Le nombre de cas attendus dus à Delta est représenté en bleu dans la figure 1. Nous supposons également que la fréquence d’Omicron parmi les cas confirmés au début de la semaine 49 était d’environ 4%. Le taux de croissance logistique d’Omicron par rapport à Delta est estimé à 0,19 (0,18-0,21) par jour. Le nombre de cas dus à Omicron ainsi attendu est représenté en orange (en trait plein avec une croissance de 0,19 par jour; en pointillés avec une croissance de 0,18 et 0,21 par jour).

Effet protecteur du vaccin

Les analyses de laboratoire des deux dernières semaines de sérums de personnes vaccinées et guéries (par ex. [31],[32],[33],[34],[35]) montrent une forte diminution de la neutralisation d’Omicron. Les études sur la neutralisation d’Omicron sont rassemblées et présentées en contexte dans un document[36] constamment mis à jour. D’une manière générale, les sérums de personnes à la fois guéries et vaccinées sont plus neutralisants que les sérums de personnes doublement vaccinées. Une troisième dose de vaccin entraîne une forte augmentation de la neutralisation.

Sur la base de données épidémiologiques en provenance d’Angleterre, une prépublication[37] a estimé l’efficacité des vaccins d’Oxford/AstraZeneca et de BioNTech/Pfizer contre une infection symptomatique par Omicron: la protection de BioNTech/Pfizer est passée de 88%, 2 à 9 semaines après la deuxième vaccination, à environ 35% (IC 95%: 10-50%) après 4 mois. Dans cette étude également, une troisième dose de vaccin entraîne un grand renforcement de la protection à 60-85%, du moins à court terme. Une autre étude de l’Imperial College aboutit à des estimations similaires concernant l’efficacité du vaccin de BioNTech/Pfizer[38]: une troisième vaccination augmente la protection contre l’infection symptomatique par Omicron de 19% (IC 95%: 13-24%) à 77% (72-80%). Cela correspond à peu près à la protection contre Delta des personnes doublement vaccinées. La protection à long terme ne peut pas encore être évaluée.

Les données actuelles suggèrent donc qu’une troisième dose de vaccin pourrait réduire la charge de morbidité attendue des infections dues à Omicron. Il est important que la troisième dose de vaccin soit administrée très rapidement à toutes les personnes dont la deuxième vaccination remonte à 4 mois, afin que la protection soit établie avant qu’elles ne contractent le variant Omicron.

Il existe encore peu de données sur l’effet protecteur de la vaccination contre les formes graves de l’infection due à Omicron. Une étude basée sur les données d’une des plus grandes assurances maladie d’Afrique du Sud[39] estime que les personnes ayant reçu deux doses du vaccin de BioNTech/Pfizer sont protégées à 70% contre les formes graves de l’infection due à Omicron.

Gravité de l’infection

L’évaluation de la gravité d’une infection par Omicron par rapport à une infection par un variant antérieur est rendue difficile par le fait qu’Omicron provoque davantage de contaminations chez les personnes vaccinées ou guéries, qui sont protégées par leur immunité, du moins partiellement, contre les évolutions graves de la maladie. Séparer statistiquement la virulence intrinsèque de la virulence observable constitue un défi particulier, surtout dans les pays où de nombreuses personnes ont été immunisées par une infection, comme l’Afrique du Sud. En effet, l’immunité due à une infection est rarement enregistrée.

Si l’on ne corrige pas pour le statut vaccinal, on arrive à la conclusion que les infections à Omicron entraînent moins souvent une hospitalisation. Dans une étude menée en Afrique du Sud,[40] l’odds ratio (ajusté en fonction des cofacteurs démographiques et cliniques et de la guérison documentée, mais pas du statut vaccinal) de l’hospitalisation après une infection probable par Omicron (sur la base des données «S gene target failure»; comparé aux infections Delta) est de 0,2 (IC 95%: 0,1-0,3).

Après une correction concernant le statut vaccinal, l’étude d’assurance sud-africaine mentionnée ci-dessus[41] estime que le taux d’hospitalisation suite à des infections par Omicron est inférieur de 29% à celui de la première vague en 2020, mais supérieur de 20% chez les enfants. Selon une étude du UK HSA [42], le taux de risque d’hospitalisation après une infection par Omicron est de 0,62 (IC 95%: 0,55 à 0,69), ce qui correspond à un taux d’hospitalisation de 38% moins élevé. Selon une étude[43] de l’Imperial College (basée sur des sources de données similaires[44]), le taux de risque est de 0,8 (IC 95%: 0,75-0,85). Ces estimations ne sont pas corrigées pour les infections non diagnostiquées. On s’attend à ce qu’une telle correction réduise les différences entre Delta et Omicron.

Toutes ces données et analyses sont encore provisoires. Les taux de risque estimés dépendent également de la définition exacte de l’hospitalisation[45],[46]. Il est important de souligner que le taux d’hospitalisation potentiellement plus faible d’Omicron au niveau de la population sera rapidement compensé par la forte augmentation de la propagation. D’autres études plus détaillées, avec des prélèvements plus importants, sur la gravité de l’infection par Omicron sont attendues dans les prochaines semaines.

Dans l’annexe A, nous discutons des scénarios de l’évolution de l’épidémie d’Omicron au cours de l’hiver 2021/22. Ce document a été finalisé le 11.12.2021 et partagé avec les mandants. Les données ci-dessus indiquent que les scénarios 1 et 2 sont plus probables que le scénario 3. Il convient donc de se concentrer sur les scénarios 1 et 2.

Anhang A

Type of document: FOPH Request
In response to request from: FOPH

Experts involved: Tous

Evaluation des «scénarios possibles de l’évolution de l’épidémie de covid-19 en automne/hiver»

Date of request: 08/12/2021
Date of response: 11/12/2021

Contact: covid19@snf.ch

Nous abordons ci-dessous les connaissances scientifiques actuelles sur Omicron (situation au 11 décembre 2021) et les scénarios pouvant en découler dans les semaines à venir. Le niveau d’information évolue très rapidement en ce moment (début décembre 2021) et l’évaluation peut éventuellement devoir être modifiée rapidement et significativement.

Les données montrent un échappement immunitaire d’Omicron en termes d’infection. La propagation d’Omicron en Afrique du Sud[47],[48], en Grande-Bretagne[49] et au Danemark[50] est très rapide, et les chiffres doublent tous les deux à cinq jours. Cette propagation rapide peut être due à une éventuelle augmentation du taux de transmission, ainsi qu’à une protection plus faible contre les infections après la vaccination ou la guérison. Les données de neutralisation indiquent que la vaccination ne protège que partiellement contre l’infection[51],[52],[53]. Deux doses de vaccin semblent protéger à moins de 60% contre l’infection symptomatique, ce qui est significativement plus faible que la protection contre le variant Delta[54]. Une troisième dose de vaccin protège à court terme à environ 70% contre l’infection ([55]; les intervalles d’incertitude sont très importants en raison du manque de données disponibles). Cela est nettement plus faible qu’avec Delta, où la protection est supérieure à 90%.

On ne dispose pas encore de données sur le niveau de transférabilité par rapport à Delta. De même, on ne dispose pas encore de données sur la gravité de l’évolution chez les personnes non vaccinées (voir également l’annexe A2) ni sur l’efficacité du vaccin contre les évolutions graves.

Implications de l’échappement immunitaire d’Omicron en termes d’infection et de propagation rapide d’Omicron dans d’autres pays

Nous nous attendons à ce qu’Omicron soit dominant dans environ deux à trois semaines. Sans réduction supplémentaire des contacts, nous nous attendons à ce que le taux R passe alors à 2-3 et que le nombre de cas double en conséquence tous les deux à cinq jours. Jusqu’à présent, nous n’avons constaté une hausse aussi rapide qu’au début du mois de mars 2020. La conséquence en serait un grand nombre de malades en l’espace de peu de temps. Il en résulterait un pic de charge important dans le secteur de la santé, ainsi qu’une perturbation de la vie économique et sociale et du fonctionnement des écoles.

La question centrale est de savoir si la vaccination ou la guérison protègent moins bien contre une maladie grave en cas d’infection par Omicron par rapport à une infection par Delta. Nous distinguons trois scénarios: Scénario 1: bonne protection inchangée du vaccin contre les évolutions graves, scénario 2: protection réduite du vaccin contre les évolutions graves et scénario 3: aucune protection ou protection faible du vaccin contre les évolutions graves. Il semble plausible que les vaccins continuent à prévenir une partie des évolutions graves grâce à la réponse cellulaire. Pour l’instant, on ne sait pas dans quelle mesure les évolutions graves sont évitées. C’est pourquoi nous ne pouvons pas prévoir aujourd’hui lequel des trois scénarios se réalisera et nous envisageons les trois scénarios.

Dans ce qui suit, nous posons l’hypothèse que pour les personnes non immunisées (c’est-à-dire ni vaccinées ni guéries), l’évolution du variant Omicron est aussi grave que l’évolution du variant Delta. Sur la base des données disponibles à ce jour, il n’est pas possible de se prononcer sur la gravité de l’évolution chez les personnes non immunisées. Si la gravité des infections par le variant Omicron chez les personnes non vaccinées est plus faible (ou respectivement plus élevée) que celle des infections par le variant Delta, la charge dans les hôpitaux sera plus faible (ou respectivement plus élevée) dans les scénarios 1 à 3 suivants. Voir également l’annexe A2.

Objectifs

Du point de vue de la STF, une stratégie COVID-19 peut en principe avoir les objectifs suivants (sur la base des considérations exposées dans [56],[57]):

I) permettre à la population de se protéger contre la maladie COVID-19 en se faisant vacciner avant d’être infectée

II) éviter une surcharge du système de santé;

III) minimiser les séquelles dues à la pandémie pour les 0-12 ans;

IV) protéger les personnes de plus de douze ans qui ne peuvent pas être vaccinées ou chez qui la vaccination protège mal contre l’hospitalisation ou le covid long.

Développements épidémiologiques, objectifs et mesures pour les scénarios 1-3

Scénario 1): la vaccination protège toujours aussi bien contre une évolution grave après une infection par le variant Omicron.

Développement épidémiologique attendu Dans ce scénario, nous nous attendons à un grand nombre d’infections en peu de temps, et en conséquence à une surcharge des capacités de dépistage. Il y aurait de nombreux arrêts de travail pour cause de maladie et de quarantaine dans le secteur de la santé. La charge de morbidité potentielle totale serait similaire à celle d’une situation dominée par le variant Delta. Cependant, en raison de la propagation rapide, le système de santé atteindrait rapidement ses limites. Si la grande majorité des personnes étaient infectées avant que la couverture vaccinale puisse être encore augmentée, on s’attendrait à un total d’environ 20 000 à 40 000 hospitalisations[58] (calculs de novembre 2021).

Objectifs Dans ce scénario, l’objectif I) ci-dessus seraient encore largement réalisé. Mais il faudrait des efforts plus importants pour réaliser les objectifs II-IV, car nous nous attendrions à davantage de contaminations et de maladies en peu de temps.

Mesures Pour éviter de surcharger le système de santé, il faudrait réduire la vitesse des contaminations. Pour cela, une réduction plus importante des contacts qu’avec le Delta serait nécessaire.

En accompagnement d’une campagne active de sensibilisation aux risques, les mesures suivantes ont un fort effet de frein:

Vacciner:

  • Une augmentation massive de la vitesse à laquelle la troisième dose de vaccin est administrée. Une troisième dose de vaccin trois à quatre mois après la vaccination de base offre une protection à court terme contre l’infection par le variant Omicron[59][60] (voir aussi [61]), il n’existe pas encore de données sur la protection à long terme. Actuellement, moins de 50 000 personnes par jour en Suisse reçoivent la troisième dose de vaccin. Une augmentation massive de la vitesse de vaccination permettrait à une plus grande partie des personnes vaccinées de recevoir leur troisième dose avant de contracter l’Omicron.
  • Mettre le vaccin rapidement et à grande échelle à disposition des moins de douze ans. Cette classe d’âge présente déjà actuellement – dans une situation dominée par le Delta – la deuxième incidence la plus élevée. Une mise à disposition rapide du vaccin permettrait aux enfants qui le souhaitent de se faire vacciner avant d’être contaminés.

Tester:

  • Une augmentation massive et rapide de la capacité d’autotests. Une vague épidémique très rapide et importante peut rapidement dépasser la capacité du système de dépistage (et aussi de suivi des contacts). Un développement massif et rapide de la capacité de tests rapides peut contribuer à l’identification rapide des contaminations et à la prévention des contaminations par auto-isolement.

Mesures prescrites:

  • Masques dans tous les espaces intérieurs; fermeture de tous les lieux où le port du masque est impossible.
  • Manifestations avec certificat 2G et masque
  • Limitations de capacité
  • Travail à domicile
  • Enseignement en ligne dans l’enseignement supérieur
  • Ecoles: tests deux fois par semaine, masques pour tous les écoliers / toutes les écolières, détecteurs de CO2
  • Limitation des contacts privés à deux ménages au maximum

En raison de la propagation rapide d’Omicron, ces mesures dépassent largement celles proposées pour Delta (annexe A1).

Scénario 2) la protection du vaccin contre les formes graves est légèrement réduite.

Développement épidémiologique attendu Dans ce scénario, nous nous attendons à un grand nombre d’infections en peu de temps, et en conséquence à une surcharge des capacités de dépistage. Il y aurait de nombreux arrêts de travail pour cause de maladie et de quarantaine dans le secteur de la santé. La charge de morbidité potentielle totale serait plus élevée que celle d’une situation dominée par le variant Delta, car un plus grand nombre de personnes vaccinées et contaminées seraient hospitalisées. En raison de la propagation rapide, le système de santé atteindrait rapidement ses limites. Si la grande majorité des personnes étaient infectées avant que la couverture vaccinale puisse être encore augmentée, on s’attendrait à plus de 20 000 à 40 000 hospitalisations[62] en raison de la protection vaccinale plus faible contre les formes graves.

Objectifs Dans ce scénario, l’objectif I) (voir ci-dessus) ne pourrait être que partiellement réalisé en l’absence d’efforts supplémentaires. Des efforts nettement plus importants seraient également nécessaires pour réaliser les objectifs II-IV, car en plus de la concentration des contaminations sur une période plus courte, une plus grande partie des contaminations conduirait à une hospitalisation.

Mesures Voir scénario 1. Il convient ici de souligner qu’une accélération massive de la troisième vaccination pour tous les groupes d’âge, allant de pair avec une réduction des contaminations, permettrait aux personnes de mieux se protéger. L’objectif I pourrait alors être plus réalisable.

Scénario 3) la protection de la vaccination contre les formes graves est fortement réduite.

Développement épidémiologique attendu Dans ce scénario, nous nous attendons à un grand nombre d’infections en peu de temps, et en conséquence à une surcharge des capacités de dépistage. Il y aurait de nombreux arrêts de travail pour cause de maladie et de quarantaine dans le secteur de la santé. Si la grande majorité des personnes étaient infectées avant d’être à nouveau bien protégées d’une évolution grave par un vaccin actualisé, on s’attendrait à bien plus que 20 000 à 40 000 hospitalisations[63].

Objectifs Dans ce scénario, il faudrait endiguer Omicron rapidement et efficacement afin de permettre aux personnes de se protéger par un vaccin (actualisé) avant d’être infectées sans immunité contre Omicron (objectif I). Un endiguement rapide et efficace serait également nécessaire pour réaliser les objectifs II-IV.

Mesures Si le vaccin ne protège plus bien contre les évolutions graves, Omicron ne peut être endigué que par des mesures très poussées de réduction des contacts (mesures du scénario 1; de plus, fermetures complètes au lieu de 2G avec masque), jusqu’à ce qu’un vaccin actualisé soit disponible. Nous nous attendons à un grand nombre d’infections par Omicron dès le mois de décembre, mais les vaccins actualisés ne sont pas attendus avant le printemps. Il s’agirait donc d’endiguer le virus en l’espace de quelques mois et d’éviter qu’un grand nombre d’infections graves ne se produisent en peu de temps, exposant les personnes sans protection au risque d’une évolution grave et surchargeant le système de santé.

Procédure possible face aux incertitudes concernant Omicron

De nombreuses questions centrales sur les propriétés d’Omicron demeurent aujourd’hui sans réponse. Comme nous l’expliquons ci-dessus, nous n’avons pas encore de réponse à la question centrale: dans quelle mesure la vaccination ou la guérison protègent-elles contre les évolutions graves suivant une contamination par Omicron (scénarios 1-3)? Pour l’instant, on ignore également si Omicron provoque des maladies plus graves, identiques ou plus légères, y compris chez les personnes non vaccinées. De plus, on ignore l’ampleur du COVID long chez les personnes vaccinées après une infection par Omicron. Pour les raisons suivantes, tous les scénarios exigent un ralentissement de la propagation d’Omicron. Premièrement, c’est la seule façon d’éviter une surcharge du système de santé: même avec le scénario optimiste 1, le nombre de maladies graves sera en forte hausse. Deuxièmement, cela permettrait de gagner du temps pour mieux comprendre les caractéristiques d’Omicron. Comme nous l’expliquons ci-dessus, la stratégie à moyen terme qui s’impose dépend fortement de la protection offerte par le vaccin contre les évolutions graves de la maladie suivant une contamination par Omicron. Si la propagation d’Omicron pouvait être nettement ralentie (par rapport à la dynamique actuelle observée en Grande-Bretagne et au Danemark), on gagnerait du temps pour pouvoir réagir de manière plus adéquate. Troisièmement, un ralentissement permettrait à davantage de personnes d’augmenter leur immunité par la vaccination (y compris la troisième dose et la vaccination des enfants) avant d’entrer en contact avec Omicron. Quatrièmement, un ralentissement permettrait d’adapter la capacité et la stratégie de test à la nouvelle situation, comme nous l’expliquons ci-dessus. Pour stopper la propagation d’Omicron, il faudrait réduire les contacts par trois environ. Le Danemark et le Royaume-Uni présentent actuellement un nombre de cas de Delta à peu près constant dans le temps (un taux R proche de 1,[64]), mais en arrière-plan, l’incidence d’Omicron double tous les deux ou trois jours environ[65],[66] (on s’attend à ce que le nombre total de cas confirmés augmente également en l’espace de quelques jours). Cela signifie, selon une estimation très grossière, qu’une personne infectée par Omicron dans ces pays contamine actuellement en moyenne environ trois autres personnes (un taux R de 3 signifie que les chiffres doublent tous les 2,7 jours). Pour stopper la propagation d’Omicron, il faudrait donc réduire le nombre de contacts infectieux par 3 environ. Si Omicron se propage en Suisse aussi rapidement qu’en Grande-Bretagne et qu’au Danemark (ce qui est à prévoir) et si la vitesse de propagation se maintient pendant une longue période, on s’attend à une vague épidémique rapide et élevée en Suisse dans les semaines à venir. Même avec le scénario optimiste 1, des efforts nettement plus importants sont nécessaires pour ralentir la circulation du virus (voir les mesures du scénario 1). Les mesures plus fortes du scénario 3 permettent de gagner du temps pour agir et préparer le pire des cas.

Annexe A1: mesures que nous considérons comme efficaces contre le variant Delta (au 23 novembre 2021)

Vacciner

  • Troisième vaccination le plus rapidement possible
  • Vacciner rapidement les enfants
  • Décider d’une éventuelle obligation vaccinale

Communication

  • Sensibiliser davantage au port du masque, à une bonne aération, à la distanciation sociale et à l’évitement des rassemblements de personnes à l’intérieur.
  • Recommandation de réunions réduites dans un cadre privé (par ex. deux ménages maximum).

Mesures prescrites

  • Espace public sans certificat: masques partout à l’intérieur.
  • Certificats: 2G avec masque ou 2G plus (c.-à-d. test ou booster) [au 23 novembre, nous avions encore indiqué l’option 3G avec masque ou 2G, mais nous l’avons ensuite jugée trop faible vu l’évolution dans les hôpitaux]. Les fermetures sont une alternative.
  • Limitations de capacité
  • Travail à domicile
  • Ecoles: tests réguliers, masques pour tous les écoliers / toutes les écolières, détecteurs de CO2

Annexe A2: considérations en cas de changement de la virulence d’Omicron

Il n’existe actuellement aucune preuve d’éventuels changements de la virulence (c’est-à-dire de la gravité des évolutions) d’Omicron qui pourraient réduire la charge de morbidité attendue. D’éventuels changements de la virulence d’Omicron sont actuellement discutés dans différents médias. Certains médias soulèvent la question de savoir si les infections par Omicron pourraient avoir tendance à être moins graves (par ex. [67],[68],[69]) que les infections par Delta. Il convient d’interpréter ces rapports avec prudence, car les résultats varient fortement suivant les caractéristiques des personnes infectées.

La charge de morbidité attendue en cas de forte vague épidémique d’Omicron dépend de l’évolution de la maladie chez les personnes non vaccinées et chez les personnes vaccinées. Jusqu’à présent, aucune information n’indique que les infections par Omicron entraînent des évolutions moins graves que les infections par Delta chez les personnes non vaccinées. Mais même si c’était le cas, cela ne signifierait pas pour la Suisse qu’une propagation d’Omicron réduirait la morbidité potentielle de la maladie: en Suisse, environ 66% des personnes sont doublement ou triplement vaccinées[70]. Chez les personnes vaccinées, en cas d’échappement immunitaire partiel, il est possible que les infections par Omicron aient entraîné plus d’hospitalisations que les infections par Delta (voir ci-dessus). Même si Omicron avait tendance à entraîner une évolution moins grave chez les personnes non vaccinées (ce qui n’est pas encore prouvé par des données), il serait donc possible que la charge de morbidité totale attendue dans une population majoritairement vaccinée comme la Suisse augmente malgré tout avec une propagation d’Omicron. Actuellement (au 11 décembre 2021), il n’existe donc pas encore d’éléments permettant d’évaluer précisément l’impact d’une propagation d’Omicron sur la charge potentielle de morbidité et la charge prévisible pour le système de santé. Les estimations du texte principal supposent que la virulence est inchangée.

Liens:

[1] https://www.pnas.org/content/118/49/e2110117118

[2] https://www.mpg.de/17915640/corona-risiko-maske-schutz

[3] https://medcraveonline.com/JLPRR/effects-of-long-duration-wearing-of-n95-respirator-and-surgical-facemask-a-pilot-study.html

[4]https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations. Ces fluctuations se produisent en particulier dans les petites régions, lors d’une dynamique changeante ou lors d’un faible nombre de cas.

[5]https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends: du fait des décalages temporels de notification, nous ignorons respectivement les 3 et 5 derniers jours en ce qui concerne le nombre de cas confirmés et le nombre d’hospitalisations/de décès.

[6]https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/, Dashboard Time Series

[7]https://sciencetaskforce.ch/en/scientific-update-of-07-december-2021/

[8]https://icumonitoring.ch

[9]https://www.covid19.admin.ch

[10]https://cov-spectrum.ethz.ch/

[11] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-23-novembre-2021/

[12]https://sciencetaskforce.ch/en/scientific-update-of-07-december-2021/

[13]https://nextstrain.org/

[14]https://www.gisaid.org/hcov19-variants/

[15] https://www.who.int/fr/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern

[16] https://bnonews.com/index.php/2021/11/Omicron-tracker/

[17] https://www.gisaid.org/hcov19-variants/

[18] https://www.who.int/publications/m/item/enhancing-readiness-for-Omicron-(b.1.1.529)-technical-brief-and-priority-actions-for-member-states

[19] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[20] https://www.hug.ch/laboratoire-virologie

[21] https://sciencetaskforce.ch/en/overview-and-evolution-of-the-situation-20-december-2021/#_edn18

[22] https://twitter.com/C_Althaus/status/1475404257155297281

[23] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.22.21262024v1

[24]https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1040076/Technical_Briefing_31.pdf

[25]https://files.ssi.dk/covid19/Omicron/statusrapport/rapport-Omicronvarianten-11122021-uy12

[26]https://www.mcid.unibe.ch/unibe/portal/fak_vetmedizin/vetsuisse_kzen/micro_mcidi/content/e1047007/e1047011/e1047016/e1153060/e1155633/files1155634/MCID-OmicronEvent_Althaus_eng.pdf

[27]https://spiral.imperial.ac.uk/bitstream/10044/1/93038/32/2021-12-16%20COVID19%20Report%2049.pdf

[28]https://cov-spectrum.org/explore/Switzerland/Surveillance/Past6M/variants/chen-2021-fitness?pangoLineage=B.1.1.529*

[29]https://sciencetaskforce.ch/wissenschaftliches-update-26-januar-2021/

[30]https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1755436521000335?via%3Dihub.

[31]https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.08.21267417v1.full.pdf

[32]https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.07.21267432v1.full.pdf

[33]https://drive.google.com/file/d/1CuxmNYj5cpIuxWXhjjVmuDqntxXwlfXQ/view

[34] https://drive.google.com/file/d/1zjJWsybGaa3egiyn5nQqTzBtl0kmvMUu/view

[35] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.10.21267534v1.full.pdf

[36] https://docs.google.com/presentation/d/13NFT3GjMluTbDQZRSl7VIua6G3FvwSHYgbU9gMoWI4U/edit#slide=id.g1075171e1cf_6_372.

[37] https://khub.net/documents/135939561/430986542/Effectiveness+of+COVID-19+vaccines+against+Omicron+variant+of+concern.pdf/f423c9f4-91cb-0274-c8c5-70e8fad50074

[38]https://spiral.imperial.ac.uk/bitstream/10044/1/93038/32/2021-12-16%20COVID19%20Report%2049.pdf

[39]https://www.bmj.com/content/375/bmj.n3104

[40]https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.21.21268116v1.full.pdf

[41] https://www.bmj.com/content/375/bmj.n3104

[42] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1043807/technical-briefing-33.pdf

[43]https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disease-analysis/covid-19/report-50-severity-omicron/

[44] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1043807/technical-briefing-33.pdf

[45] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1043807/technical-briefing-33.pdf

[46] https://www.imperial.ac.uk/mrc-global-infectious-disease-analysis/covid-19/report-50-severity-omicron/

[47] https://www.covid19sa.org/

[48] https://www.youtube.com/watch?v=Vh4XMueP1zQ

[49] https://twitter.com/AlastairGrant4/status/1469058678129053697

[50] https://files.ssi.dk/covid19/podepind-sekventering/variant-pcr-test-december2021/opgoerelse-variantpcr-covid19-11122021-jul5

[51] https://twitter.com/CiesekSandra/status/1468465347519041539 et https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.07.21267432v1.full.pdf

[52] https://twitter.com/BenjMurrell/status/1468341478363746310 et https://drive.google.com/file/d/1CuxmNYj5cpIuxWXhjjVmuDqntxXwlfXQ/view

[53] https://twitter.com/sigallab/status/1468325162860826634?s=21 et https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.08.21267417v1.full.pdf

[54] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1040076/Technical_Briefing_31.pdf

[55] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1040076/Technical_Briefing_31.pdf

[56] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-17-aout-2021/

[57] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-18-mai-2021/

[58] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-23-novembre-2021/

[59] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1040076/Technical_Briefing_31.pdf

[60] https://twitter.com/erlichya/status/1467887299753287680

[61] https://www.ema.europa.eu/en/news/ema-ecdc-recommendations-heterologous-vaccination-courses-against-covid-19

[62] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-23-novembre-2021/

[63] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-23-novembre-2021/

[64] https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/

[65] https://covid19.ssi.dk/virusvarianter/delta-pcr

[66] https://archive.uea.ac.uk/~e130/SGTplus_percent.pdf

[67] https://www.nytimes.com/2021/12/06/world/africa/omicron-coronavirus-research-spread.html

[68] https://www.economist.com/graphic-detail/2021/12/11/early-data-on-omicron-show-surging-cases-but-milder-symptoms

[69] https://www.axios.com/covid-omicron-mild-cdc-director-d53c7a2f-864d-426e-9711-57f8a4f28396.html

[70] https://www.covid19.admin.ch/fr/vaccination/persons