Rapport scientifique, 9 février 2021

Résumé

Deux types de virus du SARS-CoV circulent en Suisse, qui suivent chacun une tendance opposée. Les infections dues aux types précédemment dominants diminuent selon un temps de réduction de moitié qui équivaut à environ 28 jours. À l’opposé, les infections par la variante B.1.1.7, plus contagieuse, augmentent, avec un temps de doublement d’environ 10 jours.

Dès le moment où la proportion d’infections par B.1.1.7 dépasse un seuil critique, on s’attend à un renversement de tendance dans l’évolution épidémiologique ainsi qu’à une nouvelle augmentation du nombre total d’infections. La propagation de ces variantes en Suisse comporte donc le risque d’une nouvelle augmentation des infections et, de ce fait, des maladies graves et des décès ; elle implique également que l’épidémie devienne plus difficile à maîtriser.

Une nouvelle réduction rapide et substantielle des infections réduit les risques pour la Suisse. Une forte limitation des contacts et de la mobilité, de même qu’une mise en œuvre cohérente des mesures de protection, et que le recours intensif aux tests et au traçage des contacts, ralentiront la propagation de toutes les variantes SARS-CoV-2. La perspective d’une amélioration de la situation grâce à la vaccination rend la prévention des infections d’autant plus intéressante et avantageuse.

La mise en œuvre de mesures de protection par la population est l’un des facteurs essentiels pour maîtriser l’épidémie. Nous examinons deux indicateurs qui donnent un aperçu de la mise en œuvre et du respect des mesures par la population. Les analyses de mobilité montrent que la distance moyenne parcourue par jour en Suisse a baissé au cours des deux derniers mois, mais que cette diminution atteint moins de 10%. Tant cette distance que la proportion de pendulaires – travailleurs salariés ou apprenant·e·s – sont nettement plus élevées qu’au printemps 2020. Des enquêtes directes menées en Suisse montrent que le respect des mesures de protection a augmenté régulièrement parmi les personnes interrogées depuis juin 2020, et que plus de 90% d’entre elles respectent désormais les instructions relatives au port du masque et au maintien de la distance.

1. Situation épidémiologique en Suisse

1.1. Développement des paramètres épidémiologiques

Différentes souches de SARS-CoV-21 circulent en Suisse¹. Les paramètres épidémiologiques généraux – nombre de cas, d’hospitalisations et de décès – donnent une vue d’ensemble sans distinguer entre les souches individuelles. Dans cette section nous nous penchons sur le thème des paramètres épidémiologiques généraux, pour ensuite examiner, dans la section suivante, la dynamique des différentes souches.

À l’échelle nationale, l’épidémie de SARS-CoV-2 montre une tendance à la baisse pour la première quinzaine de janvier, et une tendance stable ou légèrement en baisse pour la seconde quinzaine. Les estimations du taux de reproduction effectif Re sont de :

1,00 (intervalle de confiance de 95% IC : 0,86-1,14) sur la base des cas confirmés, au 29.01.2021.
0,84 (95% UC : 0,63-1,02) sur la base des hospitalisations, au 24.01.2021. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 0,95 (95% IC : 0,84-1,07) pour le même jour.
0,68 (95% IC : 0,52-0,84) sur la base des décès (au 17.01.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 0,83 (95% IC : 0,72-0,95) pour le même jour. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 0,94 (95% IC : 0,83-1,05) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs de Re reflètent les infections survenues il y a 10 jours à plusieurs semaines en raison du délai entre l’infection et l’apparition d’un événement (confirmation du cas, hospitalisations, décès). Une observation des sept grandes régions de Suisse montre que les tendances y sont stables, voire en baisse.

Cette analyse est étayée par le temps de doublement ou de réduction de moitié du nombre de cas confirmés, d’hospitalisations et de décès au cours des 14 derniers jours³. Le nombre des cas confirmés reculé de -16% (IC : -4% à -27%) par semaine, le nombre d’hospitalisations de -21% (IC : -10% à -30%) et le nombre de décès de -35% (IC : -24% à -45%). Ces valeurs reflètent les infections survenues il y a plusieurs semaines.

2. Les variantes B.1.1.7 et 501.V2 en Suisse

2.1. Caractéristiques de ces variantes et conséquences épidémiologiques possibles

Au cours des derniers mois, de nouvelles variantes du SARS-CoV-2 ont été identifiées pour lesquelles un taux de transmission accru a été démontré ou suspecté : Également appelée B.1.1.7, la variante est dénommée 501.V1 au Royaume-Uni, 501.V2 en Afrique du Sud, et 501.V3 au Brésil. Nous utilisons ici la dénomination B.1.1.7. Ces variantes sont apparues indépendamment les unes des autres et présentent un nombre élevé de mutations dans la protéine Spike (voir le rapport scientifique du 29.12.2020)⁴. Pour B.1.1.7, l’avantage de transmission est situé, selon les estimations, entre 39% et 71% ^{5, 6}, et à environ 56% pour la variante 501.V2 (95% IC 50-74 % ; ⁷). Les variantes qui se répandent plus rapidement représentent une menace pour la santé et le système de santé. Sans interventions supplémentaires, une propagation rapide entraîne davantage d’infections, de maladies et de décès. Des études scientifiques sont en cours pour savoir si, en plus d’un taux de transmission accru, ces variantes pourraient également se différencier dans la gravité de l’évolution de la maladie ou dans l’effet de la réponse immunitaire.

2.2. Situation actuelle des variantes en Suisse

En Suisse, les deux variantes B.1.1.7 et 501.V2 ont été identifiées pour la première fois fin 2020. La variante 501.V3 (P.1) a été identifiée pour la première fois au cours de la semaine 6 de 2021 dans un échantillon prélevé la dernière semaine de janvier. La détection de ces variantes est effectuée (i) par l’analyse ciblée d’échantillons humains ayant un lien avec le Royaume-Uni, l’Afrique du Sud et le Brésil, ii) par la caractérisation génétique systématique des tests positifs, et iii) par la caractérisation des échantillons positifs présentant une anomalie dans le test PCR caractéristique de ces variantes. Pour une caractérisation génétique systématique, soit tous les tests positifs sont analysés, soit un échantillon aléatoire de tous les tests positifs est prélevé ⁸. Les données issues de la caractérisation génétique systématique sont largement représentatives, et permettent donc d’estimer l’évolution dans le temps de la fréquence relative et du nombre absolu de ces variantes. Toutefois, il est vraisemblable qu’il y ait une certaine surestimation de la fréquence de ces variantes parmi les tests positifs ; par exemple, si davantage de tests sont effectués dans l’entourage des personnes infectées par ces variantes. Dans la discussion ci-après, nous nous concentrons sur la variante B.1.1.7. La variante 501.V2 présente elle aussi une fréquence de plus en plus élevée en Suisse ; or, jusqu’à maintenant (jusqu’au 3.2.2021), elle est nettement moins fréquente que la variante B.1.1.7 ⁹.

Actuellement, la fréquence relative du B.1.1.7 augmente rapidement en Suisse, avec un temps de doublement d’environ huit jours ¹⁰, malgré les efforts déployés pour réduire sa propagation par la réalisation intensive de tests et le traçage des contacts. Nous désignons par fréquence relative le pourcentage de cas confirmés causés par la variante B.1.1.7. Cela signifie que la situation en Suisse – avec un décalage temporel – suit plus ou moins l’évolution au Royaume-Uni et au Danemark, deux pays où de nombreuses données sur la fréquence du B.1.1.7 sont également collectées ¹¹. Dans les autres pays européens, peu de données sont actuellement disponibles sur la fréquence de B.1.1.7, de sorte que de telles comparaisons ne sont pas possibles.

Nous nous attendons à ce que la variante B.1.1.7 devienne dominante en Suisse. En raison de l’augmentation du taux de transmission de B.1.1.7 par rapport aux autres variantes du SARS-CoV-2, une augmentation constante de la fréquence relative est attendue (en supposant que d’autres variantes avec des taux de transmission plus élevés ne surviennent pas en Suisse) ¹². Que le nombre total de cas augmente ou diminue, on s’attend d’une manière générale à cette augmentation de la fréquence relative. Or, la réalisation intensive de tests et le traçage ciblé des contacts de B.1.1.7 peuvent ralentir la progression relative, et ces mesures présentent un rapport coût-efficacité particulièrement bon ¹³. En outre, les mesures à la frontière peuvent réduire de nouveaux apports de B.1.1.7, 501.V2 et 501.V3. Cependant, compte tenu de la diffusion déjà ample de la variante B.1.1.7 en Suisse, nous supposons qu’il ne sera pas possible d’empêcher que celle-ci devienne dominante en Suisse.

Nous observons que non seulement le nombre relatif, mais aussi le nombre absolu d’infections par B.1.1.7 augmente et qu’il double actuellement tous les 10 jours environ. La figure 1A montre l’évolution du nombre absolu de cas par semaine en Suisse pour les variantes dominantes jusqu’ici, et pour B.1.1.7 sur la base d’un modèle simple. Dans ce modèle, nous supposons que le nombre de reproduction effectif pour les variantes dominantes à ce jour (en vert dans la figure 1) est de 0,84. Cela correspond à la valeur observée en Suisse au cours de la première semaine de janvier. Une nouvelle variante (en bleu dans la figure 1) a un taux de transmission accru de 50%. À ce jour, ce modèle correspond bien aux données disponibles (figures 1B, 1C). La nouvelle variante – B.1.1.7 – progresse avec un temps de doublement d’environ 10 jours. Les autres souches diminuent avec un temps de réduction de moitié d’environ 28 jours. Comme cette estimation est basée sur les cas confirmés, elle ne tient pas compte du nombre de cas non déclarés (personnes infectées par le SARS-CoV-2 mais non testées). De ce fait, il est vraisemblable que le nombre réel de personnes qui sont infectées par le B.1.1.7 chaque semaine soit significativement plus élevé que celui estimé ici.

Figure 1 : Modification du nombre absolu d’une variante avec augmentation de la transmission. Deux variantes sont présentées, une ancienne variante (en vert) et une nouvelle variante (en bleu) avec un taux de transmission de 50% plus élevé. A) Exemple numérique simple : Nombre absolu d’infections par les deux variantes par jour dans une situation où la valeur R de l’ancienne variante est de 0,84 (correspondant à la valeur observée en Suisse au cours de la première semaine de janvier). Les graphiques montrent les nombres de cas modélisés des anciennes variantes et de la nouvelle variante. La zone verte rejoint la zone bleue. La ligne rouge clair est donc la somme des nombres de cas avec les anciennes et les nouvelles variantes. Cet exemple numérique simple fait un certain nombre d’hypothèses simplificatrices ; il ne doit pas être interprété comme une prévision de l’évolution réelle des infections en Suisse. Il ne tient pas compte, notamment, de l’immunisation par la vaccination ou par une infection récente. Vous trouverez davantage de détails sur cet exemple dans le rapport scientifique du 29.12.2020 ¹⁴. Traductions : Nombre de cas du modèle (total), anciennes variantes, nouvelle variante, 1^er janvier 15 janvier 15 février 1^er mars. B) Estimations basées sur des données : L’évolution estimée des infections réelles par B.1.1.7 parmi les cas confirmés (en bleu, estimée sur la base des données décrites sous ¹⁵) et les souches dominantes en Suisse (en vert) jusqu’au 6.02.2021. Traductions : Nombre de cas – estimation autres souches, 1^er janvier 15 janvier 15 février 1^er mars. C) Comparaison du modèle et des données : Les zones sombres indiquent les nombres de cas de B.1.1.7 (bleu) et de toutes les autres souches (vert). Les zones claires indiquent les numéros du modèle (comme pour A). Les zones vertes rejoignent les zones bleues. La ligne rouge foncé est donc la somme du nombre de cas avec l’ancienne et la nouvelle variante estimée à partir des données. La ligne rouge vif est la somme des nombres de cas avec l’ancienne et la nouvelle variante du modèle. Au cours de la période observée, l’évolution des infections réelles correspond essentiellement à la dynamique de ce modèle simple. Traductions : Nombre de cas – estimation/modèle (total), Modèle et données modèle , Autres souches / anciennes variantes / nouvelle variante, 1^er janvier 15 janvier 15 février 1^er mars

Ces données montrent que même avec les mesures supplémentaires mises en œuvre en janvier, il n’a pas encore été possible d’empêcher une augmentation des infections par B.1.1.7 en Suisse. Si le nombre d’infections par B.1.1.7 continue à augmenter de manière substantielle, il existe un risque de renversement de tendance dans le nombre de cas : dès que le nombre relatif de B.1.1.7 dans la population totale dépasse une limite critique, le nombre total d’infections par jour recommence à augmenter (figure 1), ce qui, par la suite, se traduirait également par une nouvelle hausse du nombre d’hospitalisations et de décès par jour. Pour prévenir ce scénario, il est très important que les infections diminuent rapidement en réduisant fortement les contacts et la mobilité, et de procéder de manière intensive à des tests et au traçage des contacts.

3. Mise en œuvre des mesures d’endiguement en Suisse

Plusieurs facteurs sont essentiels pour réduire l’infection, notamment les mesures générales d’endiguement qui réduisent les contacts et la mobilité ; celles visant à interrompre les chaînes de transmission par la réalisation de tests, par l’isolement, le traçage des contacts et la quarantaine ; et la mise en œuvre et le respect des mesures par la population. Dans cette section, nous examinons deux indicateurs qui éclairent ce troisième facteur. Le premier indicateur est celui des données sur la mobilité, qui permet d’analyser l’évolution de la mobilité au fil du temps. Le deuxième est le résultat des enquêtes sur le comportement de la population en Suisse.

3.1. Mobilité

En collaboration avec la NCS-TF et l’Office de la statistique du canton de Zurich, le KOF – Centre de recherches conjoncturelles de l’EPF de Zurich – utilise notamment les données de téléphonie mobile collectées par Intervista ¹⁶ pour mieux comprendre comment a évolué la mobilité des citoyens suisses, ainsi que les motifs de cette mobilité. Les données d’Intervista les plus récentes se terminent au 31 janvier 2021 ; elles nous permettent de comparer différentes dimensions de la mobilité sur différentes périodes. Vous trouverez ci-après une comparaison entre le premier confinement de la seconde moitié de mars/avril 2020, la période de novembre/décembre 2020, que nous appelons ici la période précédant Noël, et la seconde quinzaine de janvier. La période des festivités de Noël et de Nouvel An est associée à un volume de déplacements professionnels nettement plus faible et, dans le même temps, à une mobilité liée aux loisirs plus importante que d’habitude. Cette circonstance particulière rend la comparaison de la période de Noël avec les semaines qui précèdent et qui suivent moins significative.

Figure 2 : La moyenne arithmétique (moyenne, échelle de gauche) et la médiane (échelle de droite) de la distance parcourue quotidiennement par la population suisse. Trois périodes sont mises en évidence en gris : la période du premier confinement en Suisse, la période précédant Noël et la seconde moitié de janvier 2021 (voir le texte principal). Traductions : Distance parcourue quotidiennement (moyenne) (éch. de gauche), Distance parcourue quotidiennement (médiane) (éch. de droite)

Au cours de la seconde quinzaine de janvier, la distance médiane (moyenne) parcourue par les citoyens suisses était de 11,5 km (30 km) par jour. Ce qui signifie une baisse par rapport à la période précédant Noël, où ce chiffre atteignait presque 15 km (plus de 33 km), mais toujours nettement supérieur à celui du premier confinement. Pendant la première période de confinement de mars-avril, la distance médiane (moyenne) parcourue par les citoyens suisses n’était que de 7 km (20 km) environ par jour. Si l’on compare la période précédant Noël avec les dernières semaines, on constate que la distance médiane parcourue a diminué de plus de 20%. La distance moyenne, en revanche, a diminué de moins de 10%. Cela indique que la répartition des distances parcourues par la population suisse est redevenue un peu plus asymétrique : une minorité d’entre eux parcourent des distances plus longues que pendant la période de novembre/décembre, ce qui dans une certaine mesure compense en termes de moyenne la majorité de ceux qui ont réduit leurs distances de déplacement.

Pendant le temps libre, une moyenne d’environ 15 km par jour a été parcourue au cours des dernières semaines. C’est environ 50% de plus que lors du premier confinement. Pour se rendre au travail, les citoyennes et citoyens parcourent un peu plus de 9 km par jour en moyenne. C’est environ un tiers de plus que lors du premier confinement, mais toujours bien en dessous de la moyenne prépandémique de 14 km par jour. Si la distance moyenne parcourue n’a pas diminué de manière significative par rapport à la période précédant Noël, la part des déplacements domicile-travail – la part des personnes qui pendulent vers et d’un lieu de travail ou de formation fixe un jour donné – a diminué de 29% à 23% ; avant la pandémie, elle était de 36%. La répartition selon les régions linguistiques montre que la population de Suisse romande a moins réduit ses déplacements pendulaires que la population de Suisse alémanique. Alors que dans la zone germanophone, la proportion de travailleurs salariés et d’apprenants pendulaires est tombée à 22%, soit une baisse de plus de 6 points de pourcentage par rapport à la période précédant Noël, en Suisse romande, cette proportion n’a diminué que de 4,5 points de pourcentage pour se chiffrer à un peu moins de 26%.

Figure 3 : La part de pendulaires, c’est-à-dire la proportion de personnes qui se pendulent vers et d’un lieu de travail ou de formation fixe un jour donné, pour l’ensemble de la Suisse, de la Suisse romande et de la Suisse alémanique, et la distance moyenne quotidienne parcourue par les pendulaires. Les des trois mêmes périodes sont en gris, comme dans la figure 2. Traductions : Part de pendulaires – Suisse, Part de pendulaires – Suisse alémanique, Part de pendulaires – Romandie, Distance parcourue quotidiennement par les pendulaires (éch. de droite).

3.2. Respect des mesures

Si les analyses menées à ce sujet donnent un aperçu de la mobilité de la population en Suisse, les enquêtes directes peuvent donner une image encore plus précise au sujet du respect des mesures par la population. Depuis fin juin, Corona Immunitas ¹⁷ étudie dans quelle mesure les participants aux études de séroprévalence dans la population respectent les dispositions de la Confédération en matière de comportement préventif. Le suivi hebdomadaire portera sur le port du masque, la distanciation sociale, le fait de rester à la maison et l’évaluation personnelle du risque de contracter un coronavirus. Les données de Fribourg (en noir), du Tessin (en rouge) et de Zurich (en bleu) sont présentées ici comme représentatives des trois grandes régions linguistiques. Il convient de noter que les participants à l’étude sont susceptibles de mieux respecter les règles que la population en général.

Dans les trois cantons, le pourcentage de personnes qui portent habituellement ou toujours un masque lorsque cela est approprié ou obligatoire a fortement augmenté de fin juillet à octobre et, depuis, dépasse largement les 90% pour les personnes âgées de 20 à 64 ans et de plus de 65 ans (figure 4).

Figure 4 : Nombre de personnes ayant toujours ou souvent porté un masque lorsque cela était approprié ou obligatoire, pour trois cantons, de début juillet 2020 à fin janvier 2021.

Fribourg, Tessin, Zurich

Plus de 90% des participants à l’étude respectent également les exigences en matière de distanciation sociale. Chez les personnes âgées de 65 ans et plus, le respect des mesures sanitaires était élevé sur toute la période d’observation, et il a régulièrement augmenté chez les jeunes (figure 5).

Figure 5 : Proportion de personnes ayant respecté la distanciation sociale pour trois cantons entre début juillet 2020 et fin janvier 2021.

Fribourg, Tessin, Zurich

La proportion de personnes qui suivent la recommandation de rester chez elles la plupart du temps ou tout le temps est un peu plus faible, surtout dans la tranche d’âge des 20 à 64 ans, mais elle augmente aussi régulièrement depuis la fin du mois de juin (figure 6).

Figure 6 : Proportion de personnes ayant respecté la distanciation sociale pour deux cantons entre début juillet 2020 et fin janvier 2021.

Fribourg, Zurich

L’estimation des participants quant à leur risque d’être infectés par le coronavirus présente des différences considérables entre les cantons. À Zurich, ce risque est considéré comme nettement plus faible qu’au Tessin et à Fribourg (figure 7).

Figure 7 : Estimation des participants de leur risque d’être infectés par le SARS-CoV-2, pour trois cantons, de début juillet 2020 à fin janvier 2021.

Fribourg, Tessin, Zurich

Dans l’ensemble, ces données suggèrent que le respect des consignes de la Confédération en matière de comportement préventif a augmenté dans diverses régions du pays et dans différentes tranches d’âge depuis juin 2020 et qu’il est maintenant généralement élevé.

4.Nouvelles Policy Briefs de la ncs-tf

L’utilisation d’écrans faciaux comme équipement de protection individuelle pendant la pandémie de SARS-CoV-2 ¹⁸

Les écrans faciaux n’offrent pas la même protection contre les agents pathogènes aéroportés que les masques faciaux ou les masques de protection respiratoire, car ils n’ont pas assez d’efficacité pour empêcher le passage des gouttelettes inhalées ou exhalées par la personne portant le masque. En revanche, ces écrans protègent les yeux, ce qui peut aider à prévenir l’infection dans certaines situations. Par conséquent, s’ajoutant aux masques faciaux et à la distanciation sociale, ces écrans faciaux peuvent servir de protection supplémentaire. Utilisés seuls, toutefois, ils ne sont pas suffisants dans la plupart des circonstances.

Lignes directrices pour le diagnostic et le traitement du syndrome inflammatoire multisystémique pédiatrique (PIMS-TS) ¹⁹

Une nouvelle condition médicale dénommée syndrome inflammatoire multisystémique été observée chez les enfants durant la pandémie de COVID-19, les conduisant fréquemment aux soins intensifs. Des lignes directrices nationales pour son diagnostic et son traitement ont été élaborées et sont maintenant disponibles.

Considérations sur l’obligation pour la population de l’utilisation de masques FFP2 ²⁰

Nous évaluons les bénéfices qu’apporte l’obligation pour la population en général de porter les masques FFP2 dans les situations quotidiennes et soulignons l’importance de respecter les mesures recommandées jusqu’ici pour prévenir la transmission du virus.

Adresser le coronascepticisme ²¹

La propagation d’informations erronées et les théories du complot jouent un rôle dans l’opinion publique et la confiance envers les décisions des autorités. Nous analysons les difficultés liées à cette situation et proposons des pistes pour les adresser.