Genomische Charakterisierung

In der Schweiz ist im März 2021 das „National genomic monitoring programme“ für SARS-CoV-2 (bag.admin) angelaufen. Bis dahin wurden die Genome aufgrund Initiative einzelner Labore erhoben .(zB.. bsse.ethz und biomed.unibas und health2030). Diese Sequenzierung erlaubt uns, die Evolution und Epidemiologie von SARS-CoV-2 zu überwachen.

SARS-CoV-2 Varianten

Die erhobenen schweizer Daten führen wir mit Daten aus dem Ausland zusammen und stellen sie auf https://cov-spectrum.ethz.ch/ visuell dar. So kann in fast Echtzeit die genomische Zusammensetzung der Epidemie in der Schweiz verfolgt werden. Weiter sind für eine Auswahl der schweizer Daten auch klinische Metadaten verfügbar, so dass beispielsweise das Varianten-spezifische Hospitalisierungsrisiko angeschaut werden kann.

B.1.17 in der Schweiz B.1.351 in der Schweiz P.1. in der Schweiz B.1.617 (und Untertypen) in der Schweiz

Phylogenetischer Baum

Im Folgenden zeigen wir den phylogenetischen Baum der Schweizer SARS-CoV-2-Proben. Dieser Baum erlaubt es, die Evolution und epidemische Ausbreitung des Virus visuell zu verfolgen. Um die Schweizer Sequenzen weiter zu erkunden, gehen Sie auf den Link.

Der phylogenetische Baum zeigt evolutionäre Verwandtschaften von SARS-CoV-2-Viren, die im Laufe der COIVD-19 Pandemie in der Schweiz und anderswo sequenziert wurden. Unser Ziel ist es, so viele Genome aus der Schweiz wie möglich einzubeziehen. Darüber hinaus enthält der Baum auch Virusgenome aus anderen europäischen Ländern und dem Rest der Welt, um die Schweizer Viren im internationalen Kontext zu sehen. Dieser Kontext ist wichtig, um zu verstehen, wie die verschiedenen Ausbrüche zusammenhängen. Wir weisen jedoch darauf hin, dass direkte Nachbarschaft im Baum nicht unbedingt bedeutet, dass es eine direkte epidemiologische Verbindung zwischen zwei Fällen gibt. Die Abdeckung des Ausbruchs mit sequenzierten Genomen ist sehr unvollständig und heterogen. Darüber hinaus treten Mutationen im Durchschnitt nur alle zwei Wochen auf. Längere Zeiträume ohne Mutationen sind daher nicht ungewöhnlich und direkte Verbindungen oder die Richtung einer Übertragung können nicht allein aus dem Baum abgeleitet werden.

Hintergrundinformationen zur genomischen Epidemiologie und zur Interpretation phylogenetischer Bäume finden Sie auf nextstrain.org.

Um die Interpretation zu erleichtern, haben wir eine interaktive Erläuterung der Schweizer Daten vorbereitet. Um die Daten selbst eingehend und interaktiv zu erkunden, besuchen Sie nextstrain.org.

Die Daten aus der Schweiz stammen von den folgenden Gruppen:

Alle von uns verwendeten Daten (schweizerische und internationale) stammen aus der GISAID Datenbank. Wir danken den vielen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern auf der ganzen Welt, die Virusgenome und Metadaten via GISAID zur Verfügung stellen. Ohne diese Daten wäre diese Arbeit nicht möglich.