Genomische Charakterisierung

Seit März wurden zahlreiche Anstrengungen unternommen, um die in der Schweiz zirkulierenden SARS-CoV-2-Genome zu charakterisieren. Dies erlaubt uns, die Evolution und Epidemiologie von SARS-CoV-2 zu überwachen. Im Folgenden stellen wir die Zahlen dar, mit dem Anteil der Varianten B.1.1.7 und 501Y.V2 in der Schweiz. Zweitens zeigen wir den phylogenetischen Baum mit der gesamten Entwicklung dieses Virus seit März

SARS-CoV-2-Varianten in der Schweiz von Bedeutung

Verschiedene Labors in der Schweiz führen genetische Charakterisierungen von zufällig ausgewählten SARS-CoV-2-Proben durch. Alle diese Proben stammen aus Abstrichen von infizierten Personen. Das Ziel ist es, die Häufigkeit der neuen Varianten B.1.1.7 (zuerst in Grossbritannien beschrieben) und 501Y.V2 (zuerst in Südafrika beschrieben) abzuschätzen. Jede Woche melden uns die Labore die Anzahl der betrachteten Stichproben und die Anzahl der identifizierten B.1.1.7-Stämme und 501Y.V2-Stämme. Wir verwenden dann eine Binomialverteilung und Wilson-Unsicherheitsintervalle, um die Häufigkeit der Varianten zu schätzen. Angesichts der Verzögerung zwischen Infektion und Abstrichentnahme spiegeln die Häufigkeitsschätzungen für eine bestimmte Woche die epidemische Situation etwa ein bis zwei Wochen zuvor wider. Die Daten sind auf Github verfügbar. 

Danksagungen:

Viollier: Die Proben werden von Viollier AG zur Verfügung gestellt. Die Sequenzierung des gesamten Genoms wird durch Swiss Viollier Sequencing Consortium unter Leitung der ETH Zürich durchgeführt.

Risch: Die Proben werden vom Labor Risch bereitgestellt und gescreent. Die vollständige Genomsequenzierung wird vom Universitätsspital Basel (Klinische Mikrobiologie) und den Universitätsspitälern Genf (Gruppe Eckerle und Gruppe Kaiser) durchgeführt.

Phylogenetischer Baum

Im Folgenden zeigen wir den phylogenetischen Baum der Schweizer SARS-CoV-2-Proben. Dieser Baum erlaubt es, die Evolution und epidemische Ausbreitung des Virus visuell zu verfolgen. Um die Schweizer Sequenzen weiter zu erkunden, gehen Sie auf den Link.

Der phylogenetische Baum zeigt evolutionäre Verwandtschaften von SARS-CoV-2-Viren, die im Laufe der COIVD-19 Pandemie in der Schweiz und anderswo sequenziert wurden. Unser Ziel ist es, so viele Genome aus der Schweiz wie möglich einzubeziehen. Darüber hinaus enthält der Baum auch Virusgenome aus anderen europäischen Ländern und dem Rest der Welt, um die Schweizer Viren im internationalen Kontext zu sehen. Dieser Kontext ist wichtig, um zu verstehen, wie die verschiedenen Ausbrüche zusammenhängen. Wir weisen jedoch darauf hin, dass direkte Nachbarschaft im Baum nicht unbedingt bedeutet, dass es eine direkte epidemiologische Verbindung zwischen zwei Fällen gibt. Die Abdeckung des Ausbruchs mit sequenzierten Genomen ist sehr unvollständig und heterogen. Darüber hinaus treten Mutationen im Durchschnitt nur alle zwei Wochen auf. Längere Zeiträume ohne Mutationen sind daher nicht ungewöhnlich und direkte Verbindungen oder die Richtung einer Übertragung können nicht allein aus dem Baum abgeleitet werden.

Hintergrundinformationen zur genomischen Epidemiologie und zur Interpretation phylogenetischer Bäume finden Sie auf nextstrain.org.

Um die Interpretation zu erleichtern, haben wir eine interaktive Erläuterung der Schweizer Daten vorbereitet. Um die Daten selbst eingehend und interaktiv zu erkunden, besuchen Sie nextstrain.org.

Die Daten aus der Schweiz stammen von den folgenden Gruppen:

Alle von uns verwendeten Daten (schweizerische und internationale) stammen aus der GISAID Datenbank. Wir danken den vielen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern auf der ganzen Welt, die Virusgenome und Metadaten via GISAID zur Verfügung stellen. Ohne diese Daten wäre diese Arbeit nicht möglich.