Situation générale
Le nombre de cas confirmés a augmenté de manière continue jusqu’à la fin janvier 2022, puis a ensuite diminué jusqu’à la semaine 8, 2022. Depuis trois semaines, on enregistre une remontée du nombre de cas. Cette tendance est également observée dans les échantillons d’eaux usées [1],[2]. L’estimation la plus récente de la valeur R, qui reflète l’état des infections jusqu’au 4.3.2022, se situe à un niveau significativement supérieur au 1er Omicron BA.2, qui est devenu entre-temps le variant dominant.
L’augmentation du nombre de cas concerne le plus fortement les plus de 60 ans. En lien avec cette évolution du nombre de cas, on enregistre une augmentation significative du nombre des hospitalisations.
La propagation du variant BA.2 ainsi que les étapes d’ouverture de la semaine 7 de 2022 semblent toutes deux contribuer considérablement à la nouvelle augmentation du nombre de cas d’infections.
Dynamique
Selon les estimations les plus récentes, depuis son pic de 1,5 atteint le 25 décembre 2021, la valeur R se situait à un niveau significativement supérieur à 1 encore pendant quelques jours de la première semaine de 2022, puis elle a baissé et, du 21 janvier au 13 février 2022, a été significativement inférieure à 1. Elle est à nouveau significativement supérieure à 1 depuis le 19 février 2022.
La moyenne sur 7 jours du taux de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,27 (intervalle de confiance IC 95%: 1,17-1,36), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré du 26.02. au 04.03.2022[3].
Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour la Suisse sont de:
- 1,24 (IC 95%: 1,16-1,33) sur la base des cas confirmés, au 04.03.2022.
- 1,13 (IC 95%: 1,01-1,26) sur la base des hospitalisations, au 26.02.2022. Comme exposé dans le rapport épidémiologique du 25 janvier 2022[4], cette estimation est toutefois faussée par des retards de notification. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,3 (IC 95%: 1,18-1,42) pour le même jour.
- 0,75 (IC 95%: 0,43-1,15) sur la base des décès ( au 20.02.2022). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 1,06 (IC 95%: 0,94-1,2) pour le même jour. Sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,16 (IC 95%: 1,09-1,23) pour le même jour.
Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. En particulier, les notifications concernant les hospitalisation étaient incomplètes ces dernières semaines[5]. Nous soulignons que les valeurs Re reflètent le niveau de circulation avec un décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs Re basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès.
En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours[6]. Les cas confirmés ont augmenté à un taux de 30% (IC: 45% à 16%) par semaine. Les hospitalisations notifiées ont augmenté à un taux de 24% (IC: 43% à 8%) par semaine; ce chiffre pourrait toutefois être faussé en raison des décalages temporels de notification mentionnés ci-dessus[7]. Le nombre de décès a baissé à un de -21% (IC: 9% à -43%) par semaine. Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.
Notre dashboard permet de suivre l’évolution des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge[8]. En ces deux dernières semaines, le nombre de cas est en hausse significative dans tous les groupes d’âges sauf chez les 0 à 9 ans. L’augmentation la plus forte concerne les plus de 80 ans avec un taux de 67% (IC 95%: 44-94%) par semaine, suivi par les 70 à 79 ans (66%; IC 95%: 42-94% par semaine) et par les 60 à 69 ans (56%; IC: 95%: 37-77% par semaine).Le nombre d’hospitalisation a augmenté significativement pour les 0 à 9 ans (82%; IC 95%: 28-162%) et pour les 60 à 69 ans (54%; IC 95%: 19-102%).
Chiffres absolus
Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 3819 pour 100’000 habitantes et habitants. Le taux de positivité des tests est de 50% (au 11.03.2022, soit le dernier jours pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).
Le nombre de patientes et patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 138 et 151[9] personnes (la variation était de 4% (IC: 25% à -13%) par semaine).
Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 5 et 13 par jour[10].
Variants
Depuis la semaine 9 2022, le sous-type BA.2 d’Omicron est dominant en Suisse. Après que le sous-variant BA.1 a atteint une fréquence supérieure à 95% pendant la semaine 3 2022, cette fréquence a chuté à 43% pendant la semaine 9 2022[11]. Le sous-type BA.2 d’Omicron a été détecté pour la première fois en Suisse pendant la semaine 52 2021. Depuis lors, ce sous-variant a été détecté plus de 2500 fois et, à la semaine 9 2022, représentait 57% de tous les échantillons séquencés[12].
Propagation épidémiologique de BA.2
Le sous-variant BA.2 semble avoir un avantage de transmission par rapport à BA.1: dans une étude danoise décrite dans une prépublication, les taux d’attaque secondaire de BA.1 et de BA.2 ont été estimés à 29% et 39% respectivement [13]; et dans une étude plus récente provenant de Grande-Bretagne (prépublication [14]), on estime que le BA.2 accroît le taux de reproduction effectif (Re) de 0.40 (IC 95%: 0.36–0.43).
Pour les données suisses (nombres de cas[15]; variants[16]), nous calculons pour le BA.2 un taux de reproduction effectif qui a augmenté de 35 à 50% par rapport à celui du BA.1 (valeur moyenne, graphique 1A). Le taux de reproduction effectif de BA.2 après la décision d’assouplissement des mesures du 17.02.2022 a augmenté de 1.1 à environ 1.3 (valeur moyenne), ce qui correspond à une augmentation de près de 20%. Cette analyse fait penser que tant le BA.2 que les mesures d’assouplissement, avec les adaptations comportementales allant de pair avec ces mesures, ont considérablement contribué à l’augmentation du taux de reproduction en Suisse.
Graphique 1. À gauche: Quotient résultant du taux de reproduction effectif de BA.2 et BA.1. À droite: taux de reproduction effectif de BA.1 et de BA.2 ainsi que de tous les variants en circulation. La ligne continue est chaque fois la médiane, et les surfaces grisées représentent l’intervalle de confiance. Pour l’intervalle sériel, on a pris pour hypothèse une répartition gamma (valeur moyenne 3.3 jours; écart-type 2.4 jours) , et pour la période d’incubation, on a pris pour hypothèse une répartition gamma (valeur moyenne 3.2 Tage; écart-type 2.2 jours)[17].
Gravité des affections dues au BA.2, immunité contre le BA.2 et options de traitement pour l’infection au BA.2
Bien que le sous-variant BA.2 chez le hamster ait causé des affections qui se sont déroulées de manière plus sévère que le BA.1[18], des données clinico-épidémiologiques d’Afrique du Sud[19], de Grande-Bretagne et du Danemark n’indiquent aucune différence en ce qui concerne le niveau de gravité[20].
Les données préliminaires de réinfection dans la population suggèrent qu’une infection par sous-variant BA.1 génère une forte immunité croisée contre une infection par BA.2[21]. Selon la UK Health Security Agency (UKHSA), la protection offerte par la vaccination contre l’infection symptomatique par BA.2 (non ventilée par types de vaccins) est la même que pour BA.1[22]. Une nouvelle étude en provenance du Qatar[23], qui n’analyse que des vaccins de type mRNA, n’a trouvé aucune différence dans l’efficacité contre l’infection symptomatique par BA.1 et BA.2. Par contre, l’anticorps monoclonal Sotrovimab, utilisé en Suisse comme agent thérapeutique, a une activité nettement diminuée face au variant BA.2[24],[25] ce qui limite ainsi fortement, à l’heure actuelle, les options de traitement antiviral en Suisse.
Source:
[1] https://sensors-eawag.ch/sars/overview.html
[2] https://ibz-shiny.ethz.ch/wastewaterRe/
[3] https://sciencetaskforce.ch/reproduktionszahl/ und https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changement survenant dans la dynamique ou lorsque le nombre de cas est faible.
[4] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifque-25-janvier-2022/
[5] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-25-janvier-2022/
[6] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends: Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisation/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.
[7] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport.scientifique-25-janvier-2022/
[8] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/, Dashboard Time Series
[10] https://www.covid19.admin.ch
[11] https://cov-spectrum.ethz.ch/
[12] https://cov-spectrum.ethz.ch/
[13] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.28.22270044v1.full.pdf
[14] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.03.10.22272177v1
[15] https://www.covid19.admin.ch/fr/overview
[16] https://cov-spectrum.org/explore/Switzerland/AllSamples/Past6M
[17] https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2022.27.6.2200042
[18] https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.02.14.480335v1
[19] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.02.17.22271030v1
[20] https://www.who.int/news/item/22-02-2022-statement-on-omicron-sublineage-ba.2
[21] https://www.who.int/news/item/22-02-2022-statement-on-omicron-sublineage-ba.2
[22] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1054071/vaccine-surveillance-report-week-6.pdf
[23]https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.03.13.22272308v1
[24] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.02.06.22270533v1
[25] https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.02.07.479306v1