ETH Hönggerberg, Werner, fotografiert am Montag (13.11.2017) Bild: Christoph Kaminski, kellenbergerkaminski

Évaluation de la situation épidémiologique, 25 mai 2021

Situation générale

Différentes souches de SARS-CoV-2 circulent en Suisse ; parmi celles-ci, la variante B.1.1.7 est dominante. Les paramètres épidémiologiques généraux – nombre de cas, d’hospitalisations, taux d’occupation des unités de soins intensifs, nombre de décès – donnent une vue d’ensemble sans faire la distinction entre les souches individuelles. Dans l’ensemble, tous ces indicateurs pointent vers un ralentissement de l’épidémie. Les données issues de la surveillance des eaux usées constituent un indicateur important, indépendant du changement de pratiques. Les analyses des eaux usées de six emplacements[1] confirment les tendances épidémiologiques observées sur la base du nombre de cas.

Dynamique

En nous basant sur les données actuelles, nous estimons que, au cours des deux dernières semaines, la diminution de l’épidémie de SARS-CoV-2 est en train de ralentir. La moyenne sur sept jours du taux de reproduction dans l’ensemble du pays est de 0,95 (0,83-1,07), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 08.05. – 14.05.2021[2]. Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de[3] :
  • 0,94 (intervalle de confiance, IC de 95% : 0,8-1,08) sur la base des cas confirmés (au 14.05.2021).
  • 0,85 (IC 95% : 0,68-1,05) sur la base des hospitalisations (au 08.05.2021). Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 0,92 (IC 95% : 0,82-1,01) pour le même jour.
  • 0,74 (IC 95% : 0,32-1,32) sur la base des décès (au 02.05.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 0,81 (95% IC : 0,66-0,98) pour le même jour. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 0,86 (95% IC : 0,76-0,96) pour le même jour.
Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs Re reflètent le niveau de circulation du virus avec un décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs Re basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès. Avec l’avancement de la vaccination, nous nous attendons à ce que, dans les semaines à venir, le nombre de reproduction basé sur les hospitalisations et les décès sous-estime la dynamique de la transmission. En parallèle, nous déterminons la période de doublement ou de division par deux des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours[4]. Le nombre des cas confirmés a varié de -15% (IC : 3% à -29%) par semaine, le nombre d’hospitalisations de -21% (IC : -7% à -33%) et le nombre de décès de -23% (IC : 21% à -51%). Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines. Notre dashboard permet de suivre la variation des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge[5]. Nous constatons une baisse des taux d’hospitalisation pour tous les groupes d’âge. Cette réduction est statistiquement significative pour la tranche d’âge 65-74 ans. L’effet de la campagne de vaccination est visible dans le groupe d’âge des plus de 75 ans, où nous observons un recul du nombre de cas, d’hospitalisations et de décès. Alors que le groupe des 75 ans et plus représentait environ 50% des hospitalisations lors de la deuxième vague (novembre 2020), cette part s’est réduite à 20%-25% environ en avril 2021. Les hospitalisations des moins de 65 ans sont passées, quant à elles, de moins de 30% lors de la deuxième vague (novembre 2020) à plus de 60% en avril 2021.

Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 179 pour 100 000 habitants. La positivité est de 2,9% (au 21.05.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).

Le nombre de patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 161 et 205[6] personnes (la variation était de -13% (IC : -6% à -20%) par semaine).

Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 1 et 9 par jour[7].

Nouvelles variantes

En Suisse, les variantes B.1.1.7 et B.1.351, initialement décrites au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, ont été identifiées pour la première fois au cours de la semaine 51 de 2020. La variante P.1 détectée à l’origine au Brésil a été identifiée pour la première fois en Suisse au cours de la sixième semaine de 2021. B.1.1.7 est désormais, depuis mars 2021, la variante virale dominante ; l’épidémie en Suisse est une épidémie de B.1.1.7[8],[9]. Actuellement B.1.351 et P.1 ont chacun une fréquence inférieure à 2%[10]. La variante B.1.617, décrite à l’origine en Inde, est détectée en Suisse depuis la semaine 16 de 2021. Le premier échantillon avec cette variante est daté de la semaine 11 (mais a été ajouté ultérieurement à la base de données)[11]. À ce jour, 52 cas infectés par cette variante ont été détectés en Suisse. Parmi ceux-ci, 80% sont la sous-variante B.1.617.2, que Public Health England a classée comme une «variant of concern» (VOC), ou variante préoccupante. La variante B.1.1.7, qui a un taux de transmission plus élevé, est celle qui domine désormais. Des recherches menées au Royaume-Uni fin 2020 ont révélé que le taux de transmission de B.1.1.7 est nettement plus élevé que celui des souches de SARS-CoV-2 connues jusque là[12]. La caractérisation génétique d’échantillons aléatoires provenant de personnes testées positives en laboratoire en Suisse, ainsi que la caractérisation génétique systématique des échantillons dans le laboratoire de référence à Genève, permet de confirmer ce taux de transmission accru également sur la base des données suisses[13],[14] (43-52% sur la base de [15] – et 42-60% sur la base de [16]). Le risque d’une évolution sévère due à une infection B.1.1.7 est observé dans plusieurs études. Une nouvelle étude[17] menée au Royaume-Uni suggère que la mortalité due à l’infection par B.1.1.7 est augmentée de 50%, tous les groupes d’âge confondus. D’autres études menées au Royaume-Uni corroborent ce constat de risque accru inhérent au B.1.1.7[18],[19]. Les résultats d’une étude[20] menée au Danemark indiquent que, en cas d’infection par B.1.1.7, le risque d’hospitalisation est également accru. Par ailleurs, une nouvelle étude – qui toutefois ne porte que sur les personnes hospitalisées – ne constate aucune augmentation de la mortalité[21]. Dans une autre étude évaluant les données d’une «COVID symptom study App», aucun passage à des formes plus sévères n’a été observé avec la propagation de B.1.1.7[22]. Dans les données suisses, on observe une tendance à l’augmentation du risque d’hospitalisation lorsqu’un patient est infecté par B.1.1.7[23]. En conséquence, avec la diffusion de B.1.1.7, les probabilités d’hospitalisation pour un résultat de test positif ont augmenté. Par exemple, une personne de 50 à 59 ans dont le test est positif a, en 2021, un risque de 4,5% d’être hospitalisée si elle est infectée par la variante B.1.1.7. Pour une personne infectée par une autre variante, ce risque est presque trois fois plus faible, soit 1,6%[24]. Les autres groupes d’âge de plus de 35 ans ont connu une évolution similaire (dans les groupes d’âge plus jeunes, les chiffres absolus sont trop faibles pour permettre des déclarations fiables). Les chiffres de décès des suites d’une infection par B.1.1.7 pour la Suisse sont trop faibles pour que nous puissions exprimer notre avis au sujet de la situation dans notre pays. On s’attend à ce que les vaccins à ARNm actuellement utilisés en Suisse soient également efficaces contre les nouveaux variants[25].

Liens:

 

[1] https://sensors-eawag.ch/sars/overview.html

[2] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[3] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[4] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends: Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification

[5] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/, Dashboard Time Series

[6] https://icumonitoring.ch

[7] https://www.covid19.admin.ch

[8] https://cevo-public.github.io/Quantification-of-the-spread-of-a-SARS-CoV-2-variant/

[9] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[10] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[11] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[12] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-9-janvier-2021/

[13] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.05.21252520v2

[14] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[15] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.05.21252520v2

[16] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[17] https://www.nature.com/articles/s41586-021-03426-1

[18] https://www.bmj.com/content/bmj/372/bmj.n579.full.pdf

[19] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.04.21252528v2.full.pdf

[20] https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3792894

[21] https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00170-5/fulltext

[22] https://www.thelancet.com/journals/lanpub/article/PIIS2468-2667(21)00055-4/fulltext

[23] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[24] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[25] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-7-avril-2021/