ETH Hönggerberg, Werner, fotografiert am Montag (13.11.2017) Bild: Christoph Kaminski, kellenbergerkaminski

Évaluation de la situation épidémiologique, 15 mars 2021

Texte traduit du texte original en allemand  

Situation générale

Différentes souches de SARS-CoV-2 circulent en Suisse. Les paramètres épidémiologiques généraux – nombre de cas, d’hospitalisations et de décès – donnent une vue d’ensemble sans distinguer entre les souches individuelles.

Dynamique

Selon nos estimations basées sur les données actuelles, l’épidémie de SRAS-CoV-2 connaît une croissance exponentielle. La moyenne sur sept jours du taux de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,12 (intervalle de confiance 95% : 0,99-1,25), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 27.02 au 05.03.2021. Cette dynamique peut être observée dans 5 des 7 grandes régions de Suisse (ce qui signifie que les estimations ponctuelles sont clairement supérieures à 1 ; l’intervalle de confiance est supérieur à 1 ou contient juste 1). Seuls la région lémanique et l’espace Mittelland font toujours état de nombres stables de cas 1.

Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de2 :

  • 1,13 (intervalle de confiance, IC 95% : 1-1,26) sur la base des cas confirmés (au 05.03.2021).
  • 0,98 (IC 95% : 0,81-1,17) sur la base des hospitalisations (au 28.02.2021). Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,1 (IC 95%  : 0,97-1,22) pour le même jour.
  • 1,11 (IC 95% : 0,69-1,63) sur la base des décès (au 21.02.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 1 (IC 95% : 0,82-1,19) pour le même jour. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,06 (IC 95%  : 0,94-1,17) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs de Re reflètent le niveau de circulation du virus il y a au moins 10 jours (pour les nombres de cas) jusqu’à 23 jours (pour les décès) en raison du délai entre l’infection et l’apparition d’un événement.

Compte tenu de la vaccination progressive des groupes à risque, nous prévoyons que dans les prochaines semaines, le taux de reproduction basé sur les hospitalisations et les décès ne reflètera plus de manière fiable la dynamique de la transmission. Notre dashboard permet de suivre l’évolution de ces chiffres stratifiés par âge 3. Depuis des semaines, nous constatons un ralentissement de la dynamique dans le groupe des plus de 80 ans pour ce qui est du nombre de cas ; en outre, nous constatons depuis quelques jours un ralentissement de la dynamique dans ce groupe d’âge en ce qui concerne les hospitalisations par rapport aux groupes d’âge plus jeunes. L’évolution en chiffres absolus peut être consultée ici lien.

En parallèle, nous déterminons la période de doublement ou de division par deux des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours 4. Le nombre des cas confirmés a varié de +6% (IC : 19% à -6%) par semaine, le nombre d’hospitalisations de +/ -0% (IC : 16% à -14%) et le nombre de décès de +5% (IC : 45% à -25%). Ces valeurs reflètent les incidences des infections survenues il y a plusieurs semaines.

Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 186 pour 100 000 habitants. La positivité est de 4,3% (au 12.03.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues). Le nombre de patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 161 et 1875 personnes (la variation était de -4% (IC : 3% à -10%) par semaine). Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 5 et 11 par jour6. Depuis le 1er octobre 2020, l’Office fédéral de la santé publique a enregistré 7’609 décès confirmés en laboratoire.7 Les cantons ont fait état de 8’182 décès pendant cette même période.8 Les statistiques de mortalité de l’Office fédéral de la statistique montrent une surmortalité dans le groupe d’âge des 65 ans et plus entre la 43e semaine de 2020 et la 3e semaine de l’année 20219. Au total, environ 8 400 décès supplémentaires ont été enregistrés au cours de cette période par rapport aux années précédentes.

Nouvelles variantes

En Suisse, les variantes B.1.1.7 et B.1.351, initialement décrites au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, ont été identifiées pour la première fois au cours de la 51e semaine de 2020. La variante P.1 détectée à l’origine au Brésil a été identifiée pour la première fois en Suisse au cours de la sixième semaine de 2021. Selon des recherches menées au Royaume-Uni fin 2020, le B.1.1.7 a un taux de transmission nettement plus élevé (env. 40-80%) que les souches de SARS-CoV-2 connues jusque là10. La caractérisation génétique d’échantillons aléatoires provenant de personnes testées positives en laboratoire, ainsi que la caractérisation génétique systématique des échantillons dans le laboratoire de référence à Genève, permet de confirmer ce taux de transmission accru également sur la base des données suisses11,12 (49-65% selon link et 42-60% selon link).

La proportion d’infections par la variante B.1.1.7 par rapport à l’ensemble des infections n’a cessé d’augmenter depuis la première détection. Nous pensons qu’au moins 9 infections sur 10 survenant actuellement sont causées par la variante B.1.1.7 (13,14 ; ces sites web montrent la dynamique des cas confirmés ; les nouvelles infections du 16.03. seront confirmées fin mars, moment auquel les courbes seront supérieures à 90%). La dynamique de la région lémanique a environ une à deux semaines d’avance par rapport au reste de la Suisse.

Sur la base des données issues de la caractérisation génétique, nous pouvons également estimer la variation du nombre absolu de cas causés par la variante B.1.1.7. Depuis début janvier, ce nombre absolu n’a cessé d’augmenter alors que les autres variantes ont diminué15. Dans l’ensemble, le nombre de cas a diminué jusqu’à la mi-février ; depuis lors, B.1.1.7 est désormais dominant et le nombre total de cas est de nouveau en hausse.

Toutes nos modélisations suggèrent que le nombre actuel de personnes ayant une immunité due à la vaccination ou à une infection antérieure est encore bien trop faible pour ralentir cette tendance à la hausse au cours des prochaines semaines ; en outre, on s’attend à ce que toute augmentation des contacts ou de la mobilité entraîne une nouvelle augmentation de l’infection.

Liens:

[1] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/ : Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations. Elles se produisent en particulier dans les petites régions, lors d’une dynamique changeante ou lors d’un faible nombre de cas.

[2] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations. Elles se produisent en particulier dans les petites régions, lors d’une dynamique changeante ou lors d’un faible nombre de cas.

[3] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/ , dashboard Time Series

[4] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends: Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.

[5] https://icumonitoring.ch

[6] https://www.covid19.admin.ch

[7] https://www.covid19.admin.ch

[8] https://github.com/openZH/covid_19 et https://github.com/daenuprobst/covid19-cases-switzerland

[9] https://www.bfs.admin.ch/bfs/fr/home/statistiques/sante/etat-sante/mortalite-causes-deces.html

[10] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-9-janvier-2021/

[11] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.05.21252520v1?rss=1

[12] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[13] https://cevo-public.github.io/Quantification-of-the-spread-of-a-SARS-CoV-2-variant/

[14] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[15] https://cevo-public.github.io/Quantification-of-the-spread-of-a-SARS-CoV-2-variant/