Évaluation de la situation épidémiologique, 14 décembre 2021

Situation générale

L’épidémie de SARS-CoV-2 est actuellement causée presque exclusivement par le variant Delta, qui a supplanté les variants qui circulaient durant l’été. Depuis mi-octobre 2021, les cas augmentent significativement. Depuis la fin du mois de novembre 2021, l’occupation des unités de soins intensifs par des patientes et patients COVID-19 augmente également de manière significative, avec un taux de 16 % (IC 95 % : 6-28 %) par semaine. Le deuxième seuil critique de 300 lits de réanimation est quasiment atteint. Au-delà de ce seuil, tous les hôpitaux devront reporter les interventions moins urgentes, un triage silencieux aura lieu dans certains hôpitaux et des lits ad hoc seront mis à disposition^[1]. Depuis deux semaines, le nombre des décès augmente également de manière significative, de 40 % par semaine (IC 95 % : 14-71 %). La rapide augmentation des cas observée et, de ce fait, des hospitalisations et de l’occupation des unités de soins intensifs sera très difficile à gérer pour le système de santé, qui est toujours fortement sous pression.

Le 26 novembre 2021, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré le nouveau variant, dénommé Omicron, comme préoccupant – ce variant été détecté à plusieurs reprises également en Suisse. Nous prévoyons que cette variante deviendra dominante au cours des prochaines semaines et qu’elle sera majoritairement responsable de l’infection au début de 2022.

Dynamique

Depuis fin octobre 2021, l’estimation de la valeur R est à nouveau nettement supérieure à 1. Cette semaine, la valeur R est légèrement inférieure à ce qu’elle était il y a deux semaines, mais toujours nettement supérieure à 1. La moyenne sur sept jours du nombre de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,11 (intervalle de confiance, IC 95 % : 1,02-1,21), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 27.11. – 03.12.2021^[2].

Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif R_e pour l’ensemble de la Suisse sont de :

1,11 (IC 95 % : 1,02-1,19) sur la base des cas confirmés au 03.12.2021.
1 (IC 95 % : 0,89-1,12) sur la base des hospitalisations au 27.11.2021. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 1,11 (IC 95% : 1-1,22) pour le même jour.
1,19 (IC 95 % : 0,95-1,43) sur la base des décès (au 21.11.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le R_e est estimé à 1,05 (IC 95 % : 0,94-1,17) pour le même jour. Sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 1,12 (IC 95 % : 1,02-1,22) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. En particulier, compte tenu des notifications d’hospitalisation incomplètes de ces dernières semaines, les chiffres seront probablement revus à la hausse. Nous soulignons que les valeurs R_e reflètent le niveau de circulation du virus avec un décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs R_e basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès.

En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours^[3]. Le nombre des cas confirmés a augmenté de 2 % (IC : 12 % à -7 %) par semaine, le nombre d’hospitalisations de -4 % (IC : 6 % à -12 %) et le nombre de décès de 17 % (IC : 44 % à -4 %). Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.

Notre dashboard permet de suivre l’évolution des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge^[4]. Le nombre de cas n’augmente de manière significative que dans le groupe d’âge des 0-9 ans. Chez les 70-79 ans et les plus de 80 ans, il diminue de manière significative. Contrairement à la semaine précédente, les hospitalisations n’ont augmenté de manière significative que dans le groupe d’âge des 40-49 ans. Mais il se pourrait que, comme la semaine dernière, le nombre d’hospitalisations soit sous-estimé^[5].

Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 1475 pour 100 000 habitantes et habitants. La positivité est de 16,1 % (au 10.12.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).

Le nombre de patientes et de patients COVID-19 hospitalisé·e·s dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 235 et 293^[6] personnes (la variation était de 17 % (IC : 31 % à 5 %) par semaine).

Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 14 et 32 par jour^[7].

Variants

Depuis la semaine 26, Delta est le variant viral dominant en Suisse. Ce variant, décrit à l’origine en Inde, a une fréquence de 100 % parmi les cas séquencés de la semaine 38 à la semaine 49. Dans la semaine 51 en cours, nous voyons maintenant de plus en plus de séquences du variant Omicron^[8].

La vaccination est très efficace contre les formes graves de Delta (80 % chez les personnes âgées, 95 % chez les plus jeunes après 6 mois) et offre une certaine protection contre l’infection (environ 50 % après 6 mois). Une troisième dose de vaccin augmente à nouveau la protection à au moins 95 %. Pour plus d’informations, voir notre rapport scientifique du 7.12.2021^[9].

Omicron

Le 23 novembre 2021, un nouveau variant du SARS-CoV-2 a été décrit pour la première fois en Afrique du Sud et au Botswana. Il se caractérise par une forte accumulation de modifications dans la protéine de pointe, ou protéine spike. Le 26 novembre 2021, l’Organisation mondiale de la santé a classé ce variant comme préoccupant, le désignant sous le nom d’« Omicron » ^[10]. Depuis lors, ce variant a été détecté dans plusieurs pays d’Europe, en Australie, au Canada et à Hong Kong ^[11],^[12], et cette détection est généralement associée à des voyages en provenance de pays d’Afrique australe. Le variant a été détecté 37 fois en Suisse^[13].

En Grande-Bretagne ^[14] et au Danemark^[15], la proportion d’infections par Omicron augmente très rapidement (doublement tous les 2-4 jours), ce qui suggère un avantage de progression dans les populations majoritairement vaccinées. Les données d’Afrique du Sud permettent d’estimer provisoirement le taux de croissance logistique d’Omicron par rapport à Delta à 0,32 (IC 95 % : 0,09-0,55) par jour^[16], ce qui correspond à un doublement de la proportion d’Omicron dans les nouvelles infections tous les 2 à 8 jours environ.

Omicron est génétiquement le plus proche des variants qui ont circulé au cours du premier semestre 2020 et n’est pas directement issu d’un autre variant préoccupant^[17]. Il se distingue des variants circulant à l’origine par une trentaine de mutations dans la protéine spike^[18]. Ces mutations ont considérablement modifié des parties importantes de la protéine spike.

Les résultats des recherches de la semaine dernière^[19],^[20],^[21],^[22] ^[23] montrent une forte diminution de la neutralisation d’Omicron par les sérums de personnes vaccinées ou guéries. De manière générale, les sérums provenant de personnes à la fois guéries et vaccinées ont une capacité neutralisante supérieure à ceux des personnes doublement vaccinées. Avec une troisième dose de vaccin, la neutralisation augmente fortement.

Un preprint^[24] a estimé, sur la base de données épidémiologiques, l’efficacité des vaccins d’Oxford/Astra Zeneca et de BioNTech/Pfizer contre l’infection symptomatique par Omicron : la protection de BioNTech/Pfizer est passée de 88 % 2-9 semaines après la deuxième vaccination à environ 35 % (IC 95 % : 10-50 %) après 4 mois. Dans cette étude également, il apparaît qu’une troisième dose de vaccin entraîne une forte augmentation de la protection, à savoir à 60-85 %, du moins à court terme. Cela correspond à peu près à la protection contre le variant Delta des personnes doublement vaccinées. L’effet à long terme ne peut pas encore être évalué.

Les données actuelles suggèrent donc qu’une troisième dose de vaccin pourrait réduire la charge de morbidité attendue des infections à Omicron. Une franche accélération du rythme de vaccination et un raccourcissement de l’intervalle à 3-4 mois entre la deuxième et la troisième vaccination permettraient à une plus grande proportion des personnes vaccinées de recevoir leur troisième dose avant d’être contaminées par le variant Omicron.

On ne dispose pas encore de données sur l’effet protecteur de la vaccination contre les formes graves en cas d’infection par le variant Omicron ; elles sont attendues dans les prochaines semaines.

Liens:

[1] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-23-novembre-2021/

[2]https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/ : Les estimations de R_eau cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[3]https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends: Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.

[4] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/, Dashboard Time Series

[5] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-7-decembre-2021/

[6] https://icumonitoring.ch

[7] https://www.covid19.admin.ch

[8] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[9] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-7-decembre-2021/

[10] https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern

[11] https://bnonews.com/index.php/2021/11/omicron-tracker/

[12] https://www.gisaid.org/hcov19-variants/

[13] https://www.gisaid.org/hcov19-variants/

[14] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1040076/Technical_Briefing_31.pdf

[15] https://files.ssi.dk/covid19/omikron/statusrapport/rapport-omikronvarianten-11122021-uy12