Situation générale
Différentes souches de SARS-CoV-2 circulent en Suisse. Les paramètres épidémiologiques généraux – nombre de cas, d’hospitalisations et de décès – donnent une vue d’ensemble sans distinguer entre les souches individuelles.
Dynamique
À l’échelle nationale, l’épidémie de SARS-CoV-2 a montré pour les dernières semaines une évolution légèrement en baisse – qui a toutefois été stoppée au cours de ces derniers jours. La moyenne sur sept jours du taux de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,06 (0,94-1,17), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 13 au 19 février 2021.
Début février, le taux de reproduction, sur la base des cas confirmés, était nettement inférieur à 1 pour l’ensemble de la Suisse et dans la plupart des grandes régions. Dans les dernières estimations du taux de reproduction – qui reflètent le niveau de circulation du virus au 19.2. – l’intervalle d’incertitude pour la Suisse et toutes les grandes régions comprend 1. À Zurich seulement, l’estimation ponctuelle de la dernière valeur de Re est inférieure à 1.
Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de1 :
- 1,06 (95% intervalle de confiance, IC : 0,94-1,18) sur la base des cas confirmés (au 19.02.2021).
- 0,89 (95% IC : 0,72-1,09) sur la base des hospitalisations (au 14.02.2021). Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,03 (95% IC : 0,92-1,14) pour le même jour.
- 0,58 (95% IC : 0,33-0,91) sur la base des décès (au 07.02.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 0,88 (95% IC : 0,72-1,05) pour le même jour. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 0,82 (95% IC : 0,73-0,92) pour le même jour.
Chiffres absolus
Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 164 pour 100 000 habitants. La positivité est de 4,1% (au 26.02.2021 ; c’est le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).
Le nombre de patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 179 et 2203 personnes (la variation était de -10% (IC :-4% à -15%) par semaine).
Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 6 et 20 par jour4. Depuis le 1er octobre 2020, l’Office fédéral de la santé publique a enregistré 7’462 décès confirmés en laboratoire.5 Les cantons ont fait état de 8’052 décès pendant cette même période.6 Les statistiques de mortalité de l’Office fédéral de la statistique montrent une surmortalité dans le groupe d’âge des 65 ans et plus entre la 43e semaine de 2020 et la 3e semaine de l’année 20217. Au total, environ 8 400 décès supplémentaires ont été enregistrés au cours de cette période par rapport aux années précédentes. Aucune surmortalité n’a été observée depuis lors.
Nouvelles variantes
En Suisse, les variantes B.1.1.7 et B.1.351, initialement décrites au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, ont été identifiées pour la première fois au cours de la 51e semaine de 2020. La variante P.1 détectée à l’origine au Brésil a été identifiée pour la première fois en Suisse au cours de la sixième semaine de 2021. Des recherches menées au Royaume-Uni fin 2020 ont révélé que B.1.1.7 a un taux de transmission nettement plus élevé que les souches de SARS-CoV-2 connues jusque là8. Des analyses récentes basées sur des données suisses confirment ce taux plus élevé9,10.
La caractérisation génétique d’échantillons aléatoires provenant de personnes testées positives en laboratoire, ainsi que la caractérisation génétique systématique des échantillons dans le laboratoire de référence à Genève, permet de suivre dans le temps la fréquence des infections par ces variantes en Suisse. La proportion d’infections par la variante B.1.1.7 par rapport à l’ensemble des infections n’a cessé d’augmenter depuis la première détection. Au cours de la septième semaine de 2021 (dès le 15.02.2021), la fréquence du B.1.1.7 en Suisse a été estimée à environ 40% (intervalle de confiance de 95 % : 35% à 45% ; reflétant le niveau de circulation du virus environ 10 jours plus tôt11). En ce qui concerne la dynamique, la région lémanique a une ou deux semaines d’avance sur le reste de la Suisse12,13.
Liens:
[1] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations. Elles se produisent en particulier dans les petites régions, lors d’une dynamique changeante ou lors d’un faible nombre de cas.
[2] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends: Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.
[4] https://www.covid19.admin.ch
[5] https://www.covid19.admin.ch
[6] https://github.com/openZH/covid_19 et https://github.com/daenuprobst/covid19-cases-switzerland
[7] https://www.bfs.admin.ch/bfs/fr/home/statistiques/sante/etat-sante/mortalite-causes-deces.html
[8] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-9-janvier-2021/
[9] https://cevo-public.github.io/Quantification-of-the-spread-of-a-SARS-CoV-2-variant/
[10] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/
[11] https://sciencetaskforce.ch/fr/nextstrain-analyses-phylogenetiques/
[12] https://cevo-public.github.io/Quantification-of-the-spread-of-a-SARS-CoV-2-variant/