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Rapport scientifique, 9 mars 2021

Résumé

Depuis le début du mois de novembre 2020, l’incidence sur 14 jours pour 100 000 habitants est passée d’environ 1250, la valeur la plus élevée, à 250 en janvier, pour atteindre environ 170 actuellement. Cela signifie que le nombre de cas en Suisse a diminué de moitié à près de trois reprises par rapport à son pic.

En janvier, l’épidémie de SARS-CoV-2 a montré une légère tendance à la baisse, qui a ensuite été stoppée. Depuis la mi-février, les données indiquent une légère tendance à la hausse. Les infections par la variante B.1.1.7, plus contagieuse, ont connu une augmentation constante pendant ce même temps. La poursuite de l’épidémie en Suisse est influencée par plusieurs facteurs. Les facteurs suivants peuvent entraîner une augmentation :
  • La fréquence croissante de la variante B.1.1.7, plus contagieuse ;
  • L’assouplissement des mesures, davantage de contacts et de mobilité.
À l’inverse, ces facteurs contribuent à une diminution :
  • Interrompre les chaînes d’infection relatives aux cas asymptomatiques en procédant à des tests de masse répétés, ou possiblement par des autotests ;
  • L’adoucissement des températures ;
  • Une immunisation accrue de la population par les personnes qui ont contracté la maladie, et surtout grâce à la vaccination.
En raison de l’augmentation de la fréquence de B.1.1.7, des efforts plus importants sont nécessaires pour réduire davantage le nombre d’infections et empêcher une augmentation du nombre de cas. La majorité de la population n’étant pas encore immunisée contre le SARS-CoV-2, le risque subsiste que le nombre d’infections augmente à nouveau, ce qui entraînerait à sa suite une augmentation des maladies et des décès. Dans deux de nos pays voisins, les taux d’infection augmentent avec des temps de doublement d’environ 18 jours (en Italie) et de 34 jours (en Autriche). Une vaccination sur le territoire national, le plus rapidement possible, de toutes les personnes disposées à le faire permet non seulement de réduire le nombre de cas à moyen et long terme : c’est le facteur déterminant pour vaincre l’épidémie de SARS-CoV-2 et réduire ainsi durablement la charge sanitaire, économique et sociale. Les grandes quantités de vaccins qui seront livrées à la Suisse permettront d’élever fortement le taux de vaccinations. Afin de pouvoir se préparer comme il se doit il est utile d’établir un objectif concret de taux maximum quotidien de vaccinations. Parallèlement, la réalisation de tests fréquente et à large échelle est un moyen efficace et peu coûteux de prévenir l’infection et de contribuer à juguler l’épidémie. Il est également important de donner à la population des directives concrètes en matière de lutte contre les infections – des campagnes ciblées sur la manière dont on peut se protéger soi-même et protéger les autres.

1. Situation épidémiologique en Suisse

Différentes souches de SARS-CoV-2 circulent en Suisse. Les paramètres épidémiologiques généraux – nombre de cas, d’hospitalisations et de décès – donnent une vue d’ensemble sans distinguer entre les souches individuelles.

1.1. Dynamique


Depuis la mi-février, les données indiquent une légère tendance à la hausse pour l’épidémie de SARS-CoV-2. La moyenne sur sept jours du taux de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,08 (intervalle de confiance 95% – 0,94-1,23), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 20 au 26 février 2021. Cette dynamique s’observe dans toutes les grandes régions de Suisse. Dans les dernières estimations du taux de reproduction – qui reflètent le niveau de circulation du virus au 26.2. – l’intervalle d’incertitude pour toutes les grandes régions comprend 1 et l’estimateur ponctuel de Re est supérieur à 1 dans toutes les régions. Cela signifie que la légère tendance à la baisse observée au début du mois de février – l’estimation de Re pour la plupart des grandes régions de Suisse et pour l’ensemble du pays était nettement inférieure à 1 – ne se poursuit plus. Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de1:
  • 1,09 (intervalle de confiance 95%, IC : 0,94-1,24) sur la base des cas confirmés (au 26.02.2021).
  • 0,96 (IC 95% : 0,78-1,15) sur la base des hospitalisations (au 21.02.2021). Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,06 (IC 95%  : 0,93-1,2) pour le même jour.
  • 0,8 (IC 95% : 0,45 –1,26) sur la base des décès (au 14.02.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 0,95 (IC 95% : 0,78-1,14) pour le même jour. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1 (IC 95%  : 0,88-1,11) pour le même jour.
Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs de Re reflètent les infections survenues il y a au moins 10 jours (pour les nombres de cas) jusqu’à 23 jours (pour les décès) en raison du délai entre l’infection et l’apparition d’un événement. Compte tenu de la vaccination progressive des groupes à risque, nous prévoyons que dans les prochaines semaines, le taux de reproduction basé sur les hospitalisations et les décès ne reflètera plus de manière fiable la dynamique de la transmission. Notre nouveau dashboard Time Series permet de suivre l’évolution future de ces chiffres stratifiés par âge (Dashboard Time Series,2). En parallèle, nous déterminons la période de doublement ou de division par deux des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours.3 Le nombre des cas confirmés a varié de -1% (IC : 11% à -11%) par semaine, le nombre d’hospitalisations de -13% (IC : 1% à -25%) et le nombre de décès de -22% (IC : 8% à -44%). Ces valeurs reflètent les incidences des infections survenues il y a plusieurs semaines.

1.2. Chiffres absolus


Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 171 pour 100 000 habitants. La positivité est de 4,2% (au 05.03.2021 ; soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues). Le nombre de patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 172 et 1944 personnes (la variation était de -4% (IC : -3% à -10%) par semaine). Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 3 et 13 par jour5. Depuis le 1er octobre 2020, l’Office fédéral de la santé publique a enregistré 7 522 décès confirmés en laboratoire.16 Les cantons ont fait état de 8 116 décès pendant cette même période.7 Les statistiques de mortalité de l’Office fédéral de la statistique montrent une surmortalité dans le groupe d’âge des 65 ans et plus entre la 43e semaine de 2020 et la 3e semaine de l’année 20218. Au total, environ 8 400 décès supplémentaires ont été enregistrés au cours de cette période par rapport aux années précédentes. Aucune surmortalité n’a été observée depuis lors.

1.3. Nouvelles variantes


En Suisse, les variantes B.1.1.7 et B.1.351, initialement décrites au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, ont été identifiées pour la première fois au cours de la 51e semaine de 2020. La variante P.1 détectée à l’origine au Brésil a été identifiée pour la première fois en Suisse au cours de la sixième semaine de 2021. Des recherches menées au Royaume-Uni fin 2020 ont révélé que la variante B.1.1.7 a un taux de transmission nettement plus élevé que les souches de SARS-CoV-2 connues jusque là9. La caractérisation génétique d’échantillons aléatoires provenant de personnes testées positives en laboratoire, ainsi que la caractérisation génétique systématique des échantillons dans le laboratoire de référence à Genève, permet de confirmer ce taux de transmission accru également sur la base des données suisses10. La proportion d’infections par la variante B.1.1.7 par rapport à l’ensemble des infections n’a cessé d’augmenter depuis la première détection. Nous pensons qu’environ 9 infections sur 10 survenant aujourd’hui sont causées par la variante B.1.1.7 (11; ces sites web montrent la dynamique des cas confirmés ; les nouvelles infections du 9.3. seront confirmées à la mi-mars, moment auquel les courbes seront d’environ 90%). La dynamique de la région lémanique a environ une à deux semaines d’avance sur celle du reste de la Suisse. Sur la base des données issues de la caractérisation génétique, nous pouvons estimer la variation du nombre absolu de cas causés par B.1.1.7. Depuis début janvier, ce chiffre absolu a augmenté constamment (figure 1, ligne bleue), tandis que les nombres totaux ont baissé jusqu’à la mi-février (figure 1, ligne verte).
Figure 1 : (Selon la figure 1 du rapport scientifique du 26.2.2021,12) Modification du nombre absolu d’une variante avec augmentation de la transmission – comparaison d’un scénario simple avec les données de B.1.1.7 pour la Suisse. Les zones sombres indiquent les nombres de cas de B.1.1.7 (bleu, délimité par une ligne jaune en haut) et de toutes les autres souches (vert). Les zones claires montrent les chiffres d’un modèle simple13. Les zones vertes rejoignent les zones bleues. La ligne rouge foncé indique le nombre total. Légendes du graphique : Fallzahlen geschätzt/im Modell (Summe) = Nombre de cas estimés/dans le modèle (total) Modell und Daten / Modell = Modèle et données/Modèle alte Varianten : anciennes variantes andere Stämme : autres souches neue Variante : nouvelle variante
de cas basés sur les données de l’OFSP. C’est la somme des nombres de cas, anciennes et nouvelles variantes confondues. La ligne rouge vif est la somme des nombres de cas avec l’ancienne et la nouvelle variante du modèle. Le modèle simple montre la dynamique d’une nouvelle variante (bleu) avec d’anciennes variantes (vert) dans une situation où la valeur R de l’ancienne variante est une constante de 0,84 (correspondant à la valeur observée en Suisse au cours de la première semaine de janvier). Dans ce modèle simple, la nouvelle variante présente un avantage de transmission de 50%. Ce modèle numérique simple fait un certain nombre d’hypothèses simplificatrices ; il ne doit pas être interprété comme une prévision de l’évolution réelle des infections en Suisse. Le modèle simple est basé sur une évaluation à partir de début janvier 2021. La partie modèle ne tient donc compte, en particulier, ni des mesures décidées au 18.1.2021 ni de l’immunisation par vaccination ou par une infection récente. Ce modèle est plutôt destiné à montrer dans quelle mesure il parvient à ralentir la dynamique du début du mois de janvier.   Il perdure un risque d’augmentation du nombre d’infections, d’hospitalisations et de décès dans les semaines et les mois à venir. Comme le montre la figure 1, le nombre absolu d’infections par B.1.1.7 augmente constamment depuis début janvier 2021. La population, dans sa majorité, n’est pas encore immunisée contre le SARS-CoV-2 par la vaccination14 ou par une infection 15: cela signifie que, indépendamment de l’assouplissement des mesures, le risque subsiste que l’épidémie se propage à nouveau en Suisse et que le système de santé subisse à nouveau une pression accrue. Avec l’assouplissement des mesures, les contacts et la mobilité augmentent, ce qui accroît le risque d’infections. Deux de nos pays voisins (l’Italie et l’Autriche) connaissent une augmentation des taux d’infection qui doublent environ tous les 18 jours (pour l’Italie) et tous les 34 jours (pour l’Autriche ; sur la base d’estimations pour Re f sur la base des cas confirmés au 22 et 21 février, respectivement16).

2. L’importance d’une vaccination rapide


La campagne de vaccination en cours et la perspective d’une augmentation du nombre de doses de vaccin disponibles laissent entrevoir une normalisation progressive dans le courant de l’année. Nous résumons dans ces lignes la portée d’une vaccination effectuée le plus tôt possible – facteur décisif qui réduit les contraintes économiques et sociales tout en protégeant la santé. En Suisse, le taux actuel de vaccination est notablement constant. Les données publiques font état d’une augmentation des livraisons et de la disponibilité des vaccins en Suisse et indiquent que tous les cantons vaccinent à un rythme similaire17. Le taux national quotidien de vaccination est actuellement stable à environ 0,22%, ce qui correspond à la moyenne de l’Union européenne ; toutefois il ne représente qu’un tiers des taux quotidiens aux États-Unis (0,62%, et plus) et au Royaume-Uni (valeur maximale de 0,66%), et un dixième du taux maximal d’Israël (valeur maximale de 2,13%) [2]. Le stock actuel de vaccins (au niveau fédéral ou cantonal) est de 422k doses, ce qui équivaut à un approvisionnement de 3 semaines au taux de vaccination actuel. Ces données publiques suggèrent que les taux de vaccination pourraient (et devraient) également augmenter en Suisse dans les prochaines semaines. D’un point de vue scientifique, il est d’une importance cruciale d’atteindre le taux de vaccination le plus élevé possible. D’un point de vue médical, et compte tenu des coûts très élevés que représentent les mesures d’endiguement actuelles pour l’économie et la société, nous recommandons d’envisager tout investissement supplémentaire susceptible d’accélérer la vaccination par les doses de vaccins livrées à la Suisse. Nous estimons qu’un objectif concret établissant le taux de vaccination maximal quotidien de la part de la Confédération permettra de se préparer comme il se doit, et ce afin d’atteindre un taux maximal de vaccination élevé.   Outre la vaccination rapide, des directives concrètes en matière de lutte contre les infections, ainsi que la réalisation de tests répétés et à large échelle constituent des méthodes efficaces et économiques pour prévenir les infections et réduire les mesures d’endiguement sans augmenter l’incidence. Avec l’augmentation des contacts et de la mobilité, il devient de plus en plus important de fournir des conseils concrets sur la manière de prévenir l’infection, avec des campagnes ciblées sur la manière dont on peut se protéger soi-même et protéger les autres. Des tests menés fréquemment et à large échelle, ainsi que l’isolement et la quarantaine, peuvent prévenir toute nouvelle contagion. Ces méthodes ont potentiellement un excellent rapport coût-bénéfice et constituent des mesures importantes pour contrôler l’épidémie.