Situation générale
En Suisse, le variant Omicron BA.1 est dominant depuis la semaine 51 2021, avec une fréquence de 96 % à la semaine 4, 2022. Le nombre de cas confirmés a augmenté de manière continue jusqu’à l’avant-dernière semaine ; il enregistre toutefois une baisse depuis la semaine dernière. L’estimation actuelle de la valeur R est également significativement inférieure à 1 cette semaine. Cela pourrait indiquer que le pic des infections par le sous-variant BA.1 d’Omicron a été atteint. Au cours des trois dernières semaines, 700 000 personnes au total ont été testées positives au COVID-19. En supposant un nombre de cas non signalés de 3-4, on estime qu’environ un quart à un tiers de la population suisse a été infectée au cours des trois dernières semaines.
Le sous-variant d’Omicron BA.2 a augmenté au cours des dernières semaines et représentait désormais 2,5 % des échantillons séquencés durant la semaine 4.
Dynamique
Depuis son pic à 1,5 atteint le 25.12.2021, la valeur R a été significativement supérieure à 1 jusqu’à la semaine 1 de 2022. Selon les dernières estimations, cette semaine la valeur R est également significativement inférieure à 1.
La moyenne sur sept jours du nombre de reproduction dans l’ensemble du pays est de 0,92 (intervalle de confiance, IC 95 % : 0,86-0,99), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 22.01 au 28.01.2022[1].
Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de :
- 0,92 (IC 95 % : 0,85-0,99) sur la base des cas confirmés, au 28.01.2022.
- 0,88 (IC 95 % : 0,79-0,99) sur la base des hospitalisations, au 22.01.2022. Comme exposé dans le rapport épidémiologique du 25 janvier 2022[2], cette estimation est toutefois faussée par des retards de notification. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 0,94 (IC 95 %: 0,9-0,99) pour le même jour.
- 1 (IC 95 % : 0,72-1,33) sur la base des décès (au 16.01.2022). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 1 (IC 95 % : 0,9-1,11) pour le même jour. Sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,18 (IC 95 % : 1,1-1,25) pour le même jour.
Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. En particulier, les notifications concernant les hospitalisations étaient incomplètes ces dernières semaines[3]. Nous soulignons que les valeurs Re reflètent le niveau de circulation du virus avec un décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs Re basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès.
En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours[4]. Les cas confirmés ont baissé à un taux de -19 % (IC : -9 % à -28 %) par semaine. Les hospitalisations notifiées ont chuté à un taux de -14% (IC : -4% à -22%) par semaine ; ce chiffre pourrait toutefois être faussé en raison des décalages temporels de notification[5] mentionnés ci-dessus. Le nombre de décès a augmenté à un taux de 2 % (IC : 34 % à -23 %) par semaine. Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.
Notre dashboard permet de suivre l’évolution des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge[6]. Le nombre de cas a baissé de manière significative dans tous les groupes d’âge sauf chez les 60-69 ans, 70-79 ans et plus de 80 ans.
Chiffres absolus
Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 5407 pour 100 000 habitantes et habitants. Le taux de positivité des tests est de 38,7 % (au 04.02.2022, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).
Le nombre de patientes et patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 197 et 223[7] personnes (la variation était de 0% (IC : 6% à -7%) par semaine).
Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 8 et 19 par jour[8].
Variants
Depuis la semaine 51 de 2021, le sous-variant BA.1 d’Omicron est dominant en Suisse; il a été détecté environ 10’000 fois et représentait 96% de tous les échantillons séquencés à la semaine 4 de 2022[9]. Le sous-variant BA.2 d’Omicron a été détecté 67 fois et, à la semaine 4, 2022, représentait 2,5% de tous les échantillons séquencés[10].
Les études menées jusqu’à présent sur la propagation épidémiologique du sous-variant BA.1 d’Omicron, la protection vaccinale contre ce dernier et la gravité des infections à Omicron ont été examinées dans les rapports de la task force des dernières semaines[11]. On dispose encore de peu d’informations sur les caractéristiques du BA.2 – transmissibilité, éventuelle invasion immunitaire, virulence. Cependant, BA.2 semble avoir un avantage de transmission par rapport à BA.1 : dans une étude danoise décrite dans une prépublication, les taux d’attaque secondaire de BA.1 et BA.2 ont été estimés à 29% et 39% respectivement[12].
Liens:
[1] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/ : Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.
[2] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-25-janvier-2022/
[3] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-25-janvier-2022/
[4] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends : Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.
[5] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-25-janvier-2022/
[6] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/ , dashboard Time Series
[8] https://www.covid19.admin.ch
[9] https://cov-spectrum.ethz.ch/
[10] https://cov-spectrum.ethz.ch/
[11] https://sciencetaskforce.ch/fr/page-daccueil/
[12] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.28.22270044v1.full.pdf