Situation générale
En Suisse, le variant Omicron BA.1 est dominant depuis la semaine 51 2021, représentant 97 % des infections en semaine 3, 2022. Le nombre de cas confirmés n’a cessé d’augmenter depuis lors, la valeur R étant significativement supérieure à 1, à l’exception de la première semaine de l’année 2022. Ces derniers jours, l’augmentation du nombre de cas s’est ralentie, alors que le nombre de tests effectués a augmenté. Cela pourrait indiquer que le pic des infections par le sous-variant BA.1 d’Omicron a été atteint et que le nombre de cas n’augmentera plus fortement. Jusqu’à présent, en supposant un nombre de cas non signalés de 3-4, environ 9 à 12 % de la population suisse a été infectée au cours de la semaine où le plus grand nombre d’infections a été enregistré. Le sous-variant d’Omicron BA.2 a augmenté au cours des dernières semaines et représentait désormais 1,3 % des échantillons séquencés en semaine 3.
Dynamique
Au début de l’année 2022, la valeur R est brièvement passée en dessous du seuil de 1. Depuis la semaine 2 de l’année 2022, elle est significativement supérieure à 1.
La moyenne sur sept jours du nombre de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,14 (intervalle de confiance, IC 95 % : 1,06-1,22), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 15.01. au 21.01.2022[1].
Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de :
- 1,11 (IC 95 % : 1,03-1,19) sur la base des cas confirmés au 21.01.2022.
- 1,04 (IC 95 % : 0,93-1,15) sur la base des hospitalisations au 15.01.2022. Comme exposé dans[2], cette estimation est toutefois faussée par des retards de notification. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,21 (IC 95 % : 1,15-1,28) pour le même jour.
- 0,84 (IC 95 % : 0,57-1,17) sur la base des décès (au 09.01.2022). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 1,02 (IC 95 % : 0,91-1,14) pour le même jour. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,05 (IC 95 % : 0,98-1,13) pour le même jour.
Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. En particulier, les notifications concernant les hospitalisations étaient incomplètes ces dernières semaines[2]. Nous soulignons que les valeurs Re reflètent le niveau de circulation du virus avec un décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs Re basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès.
En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours[3]. Les cas confirmés ont augmenté à un taux de 5 % (IC : 18 % à -7 %) par semaine. Les hospitalisations notifiées ont chuté à un taux de 1 % (IC : 11 % à -8 %) par semaine ; ce chiffre pourrait toutefois être faussé en raison des retards de notification2 mentionnés ci-dessus. Le nombre de décès a chuté à un taux de -20 % (IC : 3 % à -38 %) par semaine. Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.
Notre dashboard permet de suivre l’évolution des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge[4]. Le nombre de cas n’a augmenté de manière significative dans aucun des groupes d’âge.
Chiffres absolus
Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 5558 pour 100 000 habitantes et habitants. Le taux de positivité des tests est de 37,2 % (au 28.01.2022, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).
Le nombre de patientes et patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 200 et 257[5] personnes (la variation était de -12 % (IC :-6 % à -17 %) par semaine).
Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 7 et 18 par jour[6].
Variants
Depuis la semaine 51 de 2021, le sous-variant BA.1 d’Omicron est dominant en Suisse ; il a été détecté environ 9000 fois et représentait 97 % de tous les échantillons séquencés à la semaine 3 de 2022.[7]. Le sous-variant BA.2 d’Omicron a été détecté 35 fois et, à la semaine 3, 2022, représentait 1,3 % de tous les échantillons séquencés.
Les études menées jusqu’à présent sur la propagation épidémiologique du sous-variant BA.1 d’Omicron, la protection vaccinale contre ce dernier et la gravité des infections à Omicron ont été examinées dans nos rapports des dernières semaines[8]. Pour l’heure, on dispose de peu d’informations sur les caractéristiques du BA.2, notamment au sujet de sa transmissibilité, de l’éventuelle invasion immunitaire, ou de sa virulence.
Liens:
[1] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/ : Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.
[2] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-25-janvier-2022/
[3] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends : Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.
[4] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/ , dashboard Time Series
[6] https://www.covid19.admin.ch