ETH Hönggerberg, Werner, fotografiert am Montag (13.11.2017) Bild: Christoph Kaminski, kellenbergerkaminski

Évaluation de la situation épidémiologique, 27 avril 2021

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Situation générale

Différentes souches de SARS-CoV-2 circulent en Suisse; parmi celles-ci, la variante B.1.1.7 est dominante. Les paramètres épidémiologiques généraux – nombre de cas, d’hospitalisations, taux d’occupation des unités de soins intensifs, nombre de décès – donnent une vue d’ensemble sans faire la distinction entre les souches individuelles. Dans l’ensemble, tous ces indicateurs montrent une épidémie stable ou légèrement en hausse au cours des dernières semaines Le groupe d’âge vacciné en priorité – soit les personnes âgées de 75 ans et plus – fait exception avec un nombre de cas en baisse.

La quantification exacte est difficile en ce moment en raison du changement de pratiques envers les tests et de l’avancement des vaccinations. Les données issues de la surveillance des eaux usées constituent un indicateur important, indépendant du changement de pratiques. Les analyses des eaux usées des villes de Zurich1 et de Lausanne2 confirment les tendances épidémiologiques observées sur la base du nombre de cas, à savoir une tendance stable en avril, après une augmentation en février et mars.

Dynamique

Sur la base des données actuelles, nous estimons que la croissance de l’épidémie de SARS-CoV-2 est modérée. La moyenne sur sept jours du taux de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,03 (0,92-1,14), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 10.04 au 16.04.20213.

Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de4 :

  • 1,04 (intervalle de confiance, IC: 95%. 0,92-1,16) sur la base des cas confirmés (au 16.04.2021).
  • 0,96 (IC 95% : 077-1,15) sur la base des hospitalisations (au 11.04.2021). Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,01 (IC 95% : 0,91-1,11) pour le même jour.
  • 0,88 (IC 95% : 0,51-1,36) sur la base des décès (au 04.04.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 0,93 (IC 95%  : 0,81-1,07) pour le même jour. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,08 (IC 95% : 0,98-1,19) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs de Re reflètent le niveau de circulation du virus il y a au moins 10 jours (pour les nombres de cas) jusqu’à 23 jours (pour les décès) en raison du délai entre l’infection et l’apparition d’un événement.

Notre dashboard permet de suivre la variation des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge5. L’effet de la campagne de vaccination est visible dans le groupe d’âge des plus de 75 ans, où nous observons un recul du nombre de cas, d’hospitalisations et de décès. Alors que le groupe des 75 ans et plus représentait environ 50% des hospitalisations lors de la deuxième vague, cette part s’est réduite à 25% environ. Les hospitalisations des moins de 65 ans sont passées, quant à elles, de moins de 30% lors de la deuxième vague à plus de 50% aujourd’hui. Avec l’avancement de la vaccination, nous nous attendons à ce que, dans les semaines à venir, le taux de reproduction basé sur les hospitalisations et les décès sous-estime la dynamique de la transmission.

En parallèle, nous déterminons la période de doublement ou de division par deux des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours6. Le nombre des cas confirmés a varié de 1% (IC : 11% à -8%) par semaine, le nombre d’hospitalisations de -13% (IC : 2% à -25%) et le nombre de décès de 4% (IC : 53% à -29%). Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.

Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 333 pour 100 000 habitants. La positivité est de 8,7% (au 24.04.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).

Le nombre de patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 224 et 2557 personnes (la variation était de 3% (IC : 10% à -3%) par semaine).

Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 3 et 9 par jour8.

Nouvelles variantes

En Suisse, les variantes B.1.1.7 et B.1.351, initialement décrites au Royaume-Uni et en Afrique du Sud, ont été identifiées pour la première fois au cours de la 51e semaine de 2020. La variante P.1 détectée à l’origine au Brésil a été identifiée pour la première fois en Suisse au cours de la sixième semaine de 2021. B.1.1.7 est devenue la variante virale dominante; l’épidémie en Suisse est une épidémie de B.1.1.79,10. La fréquence de B.1.351 et P.1 est inférieure à 2%. La variante B.1.617, décrite à l’origine en Inde, a été identifiée pour la première fois en Suisse au cours de la semaine 16 de 2021 (la semaine dernière).

La variante B.1.1.7, qui a un taux de transmission plus élevé, est celle qui domine désormais. Des recherches menées au Royaume-Uni fin 2020 ont révélé que le taux de transmission de B.1.1.7 est nettement plus élevé que celui des souches de SARS-CoV-2 connues jusque là11. La caractérisation génétique d’échantillons aléatoires provenant de personnes testées positives en laboratoire en Suisse, ainsi que la caractérisation génétique systématique des échantillons dans le laboratoire de référence à Genève, permet de confirmer ce taux de transmission accru également sur la base des données suisses12,13 (43-52% sur la base de 14 (et 42-60% sur la base de 15).

Le risque d’une évolution sévère due à une infection B.1.1.7 est observé dans plusieurs études. Une nouvelle étude16 menée au Royaume-Uni suggère que la mortalité due à l’infection par B.1.1.7 est augmentée de 50%, tous les groupes d’âge confondus. D’autres études menées au Royaume-Uni corroborent ce constat de risque accru inhérent au B.1.1.717,18. Les résultats d’une étude19 menée au Danemark indiquent que, en cas d’infection par B.1.1.7, le risque d’hospitalisation est également accru. Par ailleurs, une nouvelle étude – qui toutefois ne porte que sur les personnes hospitalisées – ne constate aucune augmentation de la mortalité20. Dans une autre étude évaluant les données d’une «COVID symptom study App», aucun passage à des formes plus sévères n’a été observé avec la propagation de B.1.1.721.

Dans les données suisses, on observe une tendance à l’augmentation du risque d’hospitalisation lorsqu’un patient est infecté par B.1.1.7. En conséquence, avec la diffusion de B.1.1.7, les probabilités d’hospitalisation pour un résultat de test positif ont augmenté. Par exemple, une personne âgée de 55 à 64 ans testée positive avait un risque de 4,3% (moyenne de 28 jours) de devoir être hospitalisée au 31.12.2020 (lorsque B.1.1.7 était faible). Au 31.03.2021 (date à laquelle B.1.1.7 était dominant), le risque était de 6,75%22. Les autres groupes d’âge de plus de 35 ans ont connu une évolution similaire (dans les groupes d’âge plus jeunes, les chiffres absolus sont trop faibles pour permettre des déclarations fiables). Les chiffres de décès des suites d’une infection par B.1.1.7 pour la Suisse sont trop faibles pour que nous puissions exprimer notre avis au sujet de la situation dans notre pays.

On s’attend à ce que les vaccins à ARNm actuellement utilisés en Suisse soient également efficaces contre les nouveaux variants23.

Sur la base des données issues de la caractérisation génétique, nous pouvons estimer la variation du nombre absolu de cas causés par B.1.1.7. Depuis début janvier, ce nombre absolu n’a cessé d’augmenter alors que les autres variantes ont diminué24. Dans l’ensemble, le nombre de cas a diminué jusqu’à la mi-février; Depuis lors, B.1.1.7 est désormais dominant et le nombre total de cas ont à nouveau augmenté. Notre modélisation suggère que le nombre actuel de personnes présentant une immunité due à la vaccination ou à une infection antérieure sera encore trop faible au cours des prochaines semaines pour avoir un impact significatif sur la transmission du virus. En outre, on s’attend à ce que toute augmentation des contacts ou de la mobilité entraîne une nouvelle augmentation de l’infection.

Liens:

[1] http://parsivel-eawag.ch/sarscov2/ARA_Werdhoelzli_ddPCR.html

[2] https://sensors-eawag.ch/sarscov2/STEP_Vidy_ddPCR.html

[3] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/  et  https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[4] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[5] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/, Dashboard Time Series

[6] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends: Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.

[7] https://icumonitoring.ch

[8] https://www.covid19.admin.ch

[9] https://cevo-public.github.io/Quantification-of-the-spread-of-a-SARS-CoV-2-variant/

[10] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[11] https://sciencetaskforce.ch/wissenschaftliches-update-09-februar-2021/

[12] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.05.21252520v2

[13] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[14] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.05.21252520v2

[15] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[16] https://www.nature.com/articles/s41586-021-03426-1

[17] https://www.bmj.com/content/bmj/372/bmj.n579.full.pdf

[18] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.04.21252528v2.full.pdf

[19] https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3792894

[20] https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00170-5/fulltext

[21] https://www.thelancet.com/journals/lanpub/article/PIIS2468-2667(21)00055-4/fulltext

[22] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/, Dashboard Time Series

[23] https://sciencetaskforce.ch/wissenschaftliches-update-07-april-2021/

[24] https://cevo-public.github.io/Quantification-of-the-spread-of-a-SARS-CoV-2-variant/