ETH Hönggerberg, Werner, fotografiert am Montag (13.11.2017) Bild: Christoph Kaminski, kellenbergerkaminski

Évaluation de la situation épidémiologique, 26 juillet 2021

Texte en attente de traduction - Texte original en allemand 

Situation générale

Différentes souches de SARS-CoV-2 circulent en Suisse; parmi celles-ci, la variante Delta (B.1.617.2) est dominante depuis peu. Les paramètres épidémiologiques généraux – nombre de cas, d’hospitalisations, taux d’occupation des unités de soins intensifs, nombre de décès – donnent une vue d’ensemble sans faire la distinction entre les souches individuelles. Jusqu’à fin juin 2021, tous ces indicateurs pointaient vers un recul constant de l’épidémie. Depuis juillet 2021, on relève des éléments indiquant clairement une hausse du nombre de cas.  

Dynamique

Selon nos estimations basées sur les données actuelles, l’épidémie de SARS-CoV-2 est en augmentation constante depuis quelques semaines. La moyenne sur sept jours du taux de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,28 (1,11-1,44), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 10.07. – 16.07.2021 [1].

Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de[2] :

  • 1,25 (intervalle de confiance, IC 95%: 1,11-1,4) sur la base des cas confirmés au 16.07.2021.
  • 1,31 (IC 95%: 0,86-1,86) sur la base des hospitalisations (au 10.07.2021). Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,35 (IC 95%: 1,18-1,53) pour le même jour.
  • 1,53 (IC 95% : 0,07-5,19) sur la base des décès (au 04.07.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 1,55 (IC 95% : 0,93-2,32) pour le même jour. Sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,54 (95% IC: 1,38-1,7) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs Re reflètent le niveau de circulation du virus avec un certain décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs Re basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès.

En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours[3]. Le nombre des cas confirmés a augmenté de 37% (IC : 53% à 23%) par semaine, le nombre d’hospitalisations de 59% (IC : 131% à 10%). En raison de la fréquence sporadique des décès, il n’est guère possible de calculer la tendance temporelle sur la base des 14 derniers jours (veuillez toutefois vous référer au Re basé sur les décès ci-dessus).  Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.

Notre dashboard permet de suivre la variation des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge [4]. Nous observons des augmentations statistiquement significatives du nombre de cas dans tous les groupes d’âge. C’est chez les personnes âgées de 65 à 74 ans que, à 153% (290%-66%), la progression est en ce moment la plus forte. Les taux d’hospitalisation sont inférieurs à 10% pour tous les groupes d’âge, ce qui rend difficile l’estimation d’une tendance temporelle.

Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 95 pour 100 000 habitants. La positivité est de 2,6% (au 23.07.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues). Le nombre de patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 21 et 35[5] personnes (la variation était de 31% (IC : 60% à 8%) par semaine). Au cours des 14 derniers jours, pas plus d’un décès confirmé en laboratoire au maximum a été constaté par jour.

Nouvelles variantes

Depuis la semaine 26, Delta est le variant viral dominant en Suisse. Au cours de la semaine civile 28, la fréquence de Delta était de 96%.

En mars 2021, Alpha devenait la variante dominante du virus en Suisse[6],[7], dont le taux de transmission est environ 50% plus élevé que celui du type naturel[8],[9],[10].     Les vaccins à ARNm utilisés en Suisse sont très efficaces contre Alpha [11],[12],[13].

Les variantes Bêta (B.1.351) et Gamma (P.1), qui ont été détectées pour la première fois en Suisse au premier trimestre 2021, ont été relevées à une fréquence de 0,1% et de 0,5% respectivement sur les 14 derniers jours[14].

Delta, soit la variante décrite à l’origine en Inde et classée comme «variante préoccupante (VOC, pour Variant of concern)» par Public Health England, est désormais la variante dominante en Suisse. Delta avait une fréquence de 67% au cours de la semaine 26, de 85% au cours de la semaine 27 et une fréquence de 96% au cours de la semaine 28 parmi les cas séquencés [15]. En raison des décalages temporels dans l’enregistrement des séquences, ces fréquences peuvent encore changer, notamment au cours de la semaine 28. À partir de cette augmentation de la fréquence du variant Delta, on peut calculer un avantage de transmission par rapport au variant Alpha de 67-75%[16].

Le variant Delta domine désormais l’épidémie dans de nombreux pays, dont le la Grande-Bretagne[17], les États-Unis d’Amérique, la France, l’Allemagne, l’Italie et le Portugal[18]; l’avantage de transmission de Delta par rapport à Alpha a été estimé à 56% (intervalle de confiance de 95%: 34%-81%) dans une étude de l’Université de Warwick incluse dans une prépublication[19]. Selon une prépublication canadienne[20] et une étude écossaise[21] , le taux d’hospitalisation de lié au variant Delta est accru de 74% -85% par rapport à Alpha. Selon une prépublication de Public Health England[22], la protection vaccinale contre le variant Delta est réduite: après l’injection de la première dose de BNT162b2, l’efficacité contre ce variant n’est que d’environ 34% (au lieu de 51% contre le variant Alpha); après l’inoculation de la deuxième dose, l’efficacité est de 88% (au lieu de 93% contre Alpha).  En Grande-Bretagne, le nombre de cas est à nouveau en hausse depuis des semaines; il en va de même, avec un certain décalage temporel, pour le nombre d’admissions à l’hôpital.[23]. Dans les pays voisins tout comme en Suisse, le renversement de tendance vers une augmentation du nombre de cas a eu lieu pendant la seconde quinzaine de juin. La prédominance du variant Delta ainsi que l’augmentation du nombre de contacts font courir le risque d’une nouvelle augmentation significative du nombre de cas au cours des prochaines semaines en Suisse. Nous prévoyons aussi, prochainement, une augmentation des hospitalisations, qui devrait toucher une plus grande partie des personnes infectées en raison de la couverture vaccinale plus faible en Suisse qu’au Royaume-Uni[24].

Liens

[1] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[2] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[3] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends:  Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.

[4] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/, Dashboard Time Series

[5] https://icumonitoring.ch

[6] https://cevo-public.github.io/Quantification-of-the-spread-of-a-SARS-CoV-2-variant/

[7] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[8] https://sciencetaskforce.ch/wissenschaftliches-update-09-februar-2021/

[9] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.05.21252520v2

[10] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[11] https://sciencetaskforce.ch/wissenschaftliches-update-07-april-2021/

[12] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00947-8/fulltext

[13] https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMc2102179?articleTools=true

[14] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[15] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[16] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[17] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/994761/18_June_2021_Risk_assessment_for_SARS-CoV-2_variant_DELTA.pdf

[18] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[19] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/993358/s1288_Warwick_RoadMap_Step_4.pdf

[20] https://doi.org/10.1101/2021.07.05.21260050

[21] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01358-1/fulltext

[22] https://khub.net/documents/135939561/430986542/Effectiveness+of+COVID-19+vaccines+against+the+B.1.617.2+variant.pdf/204c11a4-e02e-11f2-db19-b3664107ac42

[23] https://coronavirus.data.gov.uk/details/healthcare

[24] https://sciencetaskforce.ch/en/scientific-update-of-6-july-2021/