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Situation générale
En Suisse, le variant Omicron est dominant depuis la semaine 51 2021. Le nombre de cas confirmés a augmenté rapidement au cours des deux semaines suivantes, atteignant un niveau très élevé avec un nombre cumulé sur les 14 derniers jours de plus de 4 000 pour 100 000 habitantes et habitants. L’augmentation s’est maintenant sensiblement stabilisée : la valeur R n’est plus que marginalement supérieure à 1, mais statistiquement significative, et le nombre de cas enregistrés n’a pas augmenté de manière significative au cours des deux dernières semaines. L’aplatissement de la hausse des cas confirmés pourrait indiquer qu’un pic de la vague Omicron a peut-être été atteint. Mais il pourrait aussi être dû aux limites du dépistage par les tests, le nombre de cas et la proportion de tests positifs étant plus élevés que jamais dans la pandémie.
En raison de retards dans les notifications des hospitalisations COVID-19, il n’est actuellement pas possible de déterminer si le nombre de nouvelles hospitalisations par jour est en augmentation ou en diminution. Il faut plus de deux semaines pour que plus de 90% des hospitalisations soient signalées (sur la base d’une analyse des données de [1]). Compte tenu de ces décalages temporels de notification, le nombre de nouvelles hospitalisations annoncé n’est pas un critère pertinent pour mesurer l’évolution actuelle de la charge du système de santé. Dans cette situation, le taux d’occupation des hôpitaux par les patientes et patients COVID-19 reflète plus fidèlement la situation hospitalière. Les données de Zurich[2] et de Genève[3] montrent que l’occupation de ces hôpitaux par des patientes et patients COVID-19 est actuellement en augmentation.
Dynamique
Depuis la mi-décembre 2021, la valeur R est nettement supérieure à 1, culminant à 1,6 fin décembre, et a diminué depuis lors. Cependant, la valeur la plus récente est toujours significativement supérieure à 1.
La moyenne sur sept jours du nombre de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,12 (intervalle de confiance, IC 95 % : 1,04-1,2), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 01.01. au 07.01.2022[4].
Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de :
- 1,12 (IC 95 % : 1,04-1,19) sur la base des cas confirmés au 07.01.2022.
- 0,86 (IC 95% : 0,76-0,97) sur la base des hospitalisations, au 01.01.2022; comme mentionné ci-dessus, cette estimation est toutefois faussée par des décalages temporels de notification. À titre de comparaison, sur la base des cas confirmés, le Re est estimé pour le même jour à 1,17 (IC 95%: 1,08-1,25).
- 0,84 (IC 95% : 0,57-1,17) sur la base des décès (au 26.12.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 1,01 (IC 95% : 0,9-1,13) pour le même jour. Sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,59 (IC 95 % : 1,5-1,68) pour le même jour.
Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. En particulier, les notifications d’hospitalisation sont actuellement incomplètes. Nous soulignons que les valeurs Re reflètent le niveau de circulation du virus avec un décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs Re basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès.
En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours[5]. Les cas confirmés ont augmenté à un taux de 4% (IC : 20% à -10%) par semaine. Les hospitalisations notifiées ont chuté à un taux de -21% (IC : -6% à -33%) par semaine, bien que ce chiffre soit faussé en raison des retards de notification mentionnés ci-dessus. Le nombre de décès a chuté de -23% (IC: 3% à -43%) par semaine. Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.
Notre dashboard permet de suivre l’évolution des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge[6]. Le nombre de cas a augmenté de manière significative dans les groupes d’âge de 0 à 9 ans et de 10 à 19 ans, et ont diminué de manière significative dans les groupes d’âge de 20 à 29 ans. C’est chez les enfants de 0 à 9 ans que, avec un taux de 70% (IC 95%: 55-86%), la progression par semaine a été la plus rapide.
Chiffres absolus
Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 4095 pour 100 000 habitantes et habitants. Le taux de positivité des tests est de 33,1 % (au 14.01.2022, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).
Le nombre de patientes et patients COVID-19 traités dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 266 et 306[7] personnes (la variation était de -4% (IC 2% à -9%) par semaine).
Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 8 et 27 par jour[8].
Variants
Le 23 novembre 2021, un nouveau variant du SARS-CoV-2 a été décrit pour la première fois en Afrique du Sud et au Botswana. Il se caractérise par une forte accumulation de modifications dans la protéine de pointe, ou protéine spike. Ce variant est génétiquement le plus proche des variants qui ont circulé au cours du premier semestre 2020 et n’est pas directement issu d’un autre variant préoccupant[9]. Ce nouveau variant se distingue des variants circulant à l’origine par une trentaine de mutations dans la protéine spike[10]. Ces mutations ont considérablement modifié des parties importantes de cette dernière.
Le 26 novembre 2021, l’Organisation mondiale de la santé a classé ce variant comme préoccupant, le désignant sous le nom d’« Omicron » [11].
Propagation épidémiologique
Depuis lors, ce variant a été détecté dans 89 pays d’Europe et dans le monde (au 16 décembre 2021) [12],[13],[14] et cette détection a été initialement associée, dans la majorité des cas, à des voyages en provenance de pays d’Afrique australe. En Suisse, le variant a été détecté plus de 3000 fois et représentait 83% de tous les échantillons séquencés à la semaine 51, 2022 [15].
À partir de ces fréquences d’Omicron, il est possible d’estimer le taux de croissance logistique relatif d’Omicron par rapport à Delta[16]. La croissance relative en Suisse est estimée à 0,22 (0,20-0,23) par jour sur la base de toutes les données de séquences disponibles. Des estimations indépendantes basées sur les données «S gene target failure» de Genève arrivent à 0,26-0,32[17]. Des estimations basées sur des échantillons d’eaux usées donnent 0,23 (0,19 – 0,28) pour Zurich et 0,27 (0,20-0,34) pour Genève [18],[19].
En Grande-Bretagne [20] et au Danemark[21], la proportion d’infections par Omicron augmente très rapidement (doublement tous les 2-4 jours), ce qui suggère un avantage de progression dans les populations majoritairement vaccinées. Les données d’Afrique du Sud permettent d’estimer le taux de croissance logistique d’Omicron par rapport à Delta à 0,32 (IC 95 % : 0,09-0,55) par jour[22], ce qui correspond à un doublement de la proportion d’Omicron dans les nouvelles infections tous les 2 à 8 jours environ. Un rapport de l’Imperial College[23] estime le taux de croissance exponentielle d’Omicron en Angleterre à 0,34 par jour (IC 95 % : 0,33-0,35), ce qui correspond à un temps de doublement de 2 jours.
Pour la Suisse, les valeurs estimées du taux de croissance, soit 0,17 (IC 95% : 0,16-0,18) par jour, sont inférieures aux estimations de l’Afrique du Sud et de la Grande-Bretagne. L’avantage de croissance relative par rapport à Delta semble être un peu plus faible en Suisse qu’au Royaume-Uni – soit 126% (IC 95%: 120-132%) – probablement parce que les vaccinations y ont été faites majoritairement avec le produit de Moderna, et qu’aucune vaccination n’a été faite avec le produit Oxford/AstraZeneca[24] .
Effet protecteur de la vaccination
Les analyses de laboratoire des deux dernières semaines montrent une forte diminution de la neutralisation d’Omicron par les sérums de personnes vaccinées ou guéries. Les études sur la neutralisation d’Omicron sont rassemblées et mises en relation dans un document constamment mis à jour[25]. De manière générale, les sérums provenant de personnes à la fois guéries et vaccinées ont une capacité neutralisante supérieure à ceux des personnes doublement vaccinées. Avec une troisième dose de vaccin, la neutralisation augmente fortement. Selon une nouvelle prépublication, les réponses des cellules T chez les personnes vaccinées et guéries contre la protéine spike d’Omicron ne sont que légèrement plus faibles que celles contre le variant original[26].
Une prépublication[27] a estimé, sur la base de données épidémiologiques, l’efficacité des vaccins d’Oxford/Astra Zeneca et de BioNTech/Pfizer contre l’infection symptomatique par Omicron : la protection de BioNTech/Pfizer est passée de 88 % 2-9 semaines après la deuxième vaccination à environ 35 % (IC 95 % : 10-50 %) après 4 mois. Dans cette étude également, il apparaît qu’une troisième dose de vaccin augmente fortement la protection, à savoir à 60-85 %, du moins à court terme. Une autre étude de l’Imperial College[28]aboutit à des estimations similaires concernant l’efficacité du vaccin de BioNTech/Pfizer : une troisième vaccination fait passer la protection contre l’infection symptomatique par Omicron de 19 % (IC 95 % : 13-24 %) à 77 % (72-80 %). Cela correspond à peu près à la protection contre le variant Delta des personnes doublement vaccinées. L’effet à long terme ne peut pas encore être évalué.
Les données actuelles suggèrent donc qu’une troisième dose de vaccin pourrait réduire la charge de morbidité attendue des infections à Omicron. Il est important que la troisième dose de vaccin soit administrée aussitôt que possible à toutes les personnes dont la deuxième vaccination remonte à 4 mois, afin que la protection soit effective avant qu’elles ne soient infectées par Omicron.
Il n’existe pas encore beaucoup de données sur l’effet protecteur de la vaccination contre les formes graves en cas d’infection par le variant Omicron. Une étude basée sur les données d’une des plus grandes compagnies d’assurance maladie d’Afrique du Sud[29] estime que les personnes ayant reçu deux doses du vaccin de BioNTech/Pfizer sont protégées à 70 % contre les formes graves de l’infection par Omicron. L’agence britannique de sécurité sanitaire UKHSA[30] estime que le risque d’hospitalisation d’une personne symptomatique infectée par Omicron est réduit de 68% (IC 95% : 42-82%) par rapport à une personne infectée par Delta. Selon ce rapport, le risque d’hospitalisation après une infection à Omicron est 65% moins élevé chez les personnes ayant reçu deux doses de vaccin et 81% moins élevé chez les personnes ayant reçu trois doses de vaccin que chez les personnes non vaccinées.
Gravité de l’infection
Selon une étude du CDC[31] sur 6 personnes, qui étaient en partie vaccinées ou qui étaient guéries de l’infection, la période d’incubation d’une infection par Omicron, d’environ 3 jours, est plus courte que celle des variants qui circulaient auparavant. Selon un rapport de l’Université de Harvard[32] , la durée moyenne de l’infection par Omicron est de 9,9 jours (IC 95 % : 8,8-10,9 jours), soit environ un jour de moins que l’infection Delta et la charge virale de pointe est plus faible. L’analyse dans cette étude n’a pas été ajustée en fonction du statut immunitaire des sujets.
L’évaluation de la gravité d’une infection par Omicron par rapport à une infection par un variant antérieur est rendue difficile par le fait qu’Omicron provoque davantage de contaminations chez les personnes vaccinées ou guéries, qui sont protégées, du moins partiellement, par leur immunité contre les évolutions graves de la maladie. Séparer statistiquement la virulence intrinsèque de la virulence observable constitue un défi particulier, surtout dans les pays où de nombreuses personnes ont été immunisées par une infection, comme l’Afrique du Sud. En effet, l’immunité due à une infection n’est souvent pas enregistrée.
Sans correction des données pour le statut vaccinal, on arrive à la conclusion que les infections par Omicron entraînent moins souvent une hospitalisation que les infections par Delta. Dans une prépublication d’Afrique du Sud[33] , l’odds ratio (ajusté en fonction des cofacteurs démographiques et cliniques et de la guérison documentée, mais pas du statut vaccinal) de l’hospitalisation après une infection probable par Omicron (basé sur les données «absence de détection du gène S» ; comparé aux infections par Delta) est de 0,2 (IC 95%: 0,1-0,3). Une nouvelle étude menée en Afrique du Sud[34] estime que la probabilité d’une hospitalisation en soins intensifs et d’un décès après une hospitalisation est 4 fois plus faible. Une nouvelle étude menée aux États-Unis sur un large échantillon, qui n’a pas encore été évaluée par des pairs [35] , estime que les infections par le variant Omicron sont deux fois moins graves que les infections par le variant Delta par rapport à de nombreux critères appliqués. En particulier, le taux d’hospitalisation est de 1,8 % dans la cohorte Omicron, alors qu’il est de 4,0 % dans la cohorte Delta, et le taux d’hospitalisation en soins intensifs est de 0,3 % après une infection avec Omicron au lieu de 0,8 % avec Delta[36].
Après correction concernant le statut vaccinal, l’étude mentionnée ci-dessus menée par l’assurance sud-africaine[37] estime que le taux d’hospitalisation suite à des infections par Omicron est inférieur de 29% à celui de la première vague en 2020, mais supérieur de 20% chez les enfants. Selon une étude de l’UKHSA [38] , le rapport de risque d’une hospitalisation après une infection par Omicron est de 0,33 (IC 95% : 0,30 à 0,37), ce qui correspond à un taux d’hospitalisation inférieur de 67%. Selon une étude[39] de l’Imperial College (basée sur des sources de données similaires à l’étude UKHSA[40]), le rapport de risque est de 0,8 (IC 95% 0,75-0,85). Ces estimations ne sont pas corrigées des infections non diagnostiquées. On s’attend à ce qu’une telle correction réduise les différences entre Delta et Omicron.
Il est important de souligner que le taux d’hospitalisation plus faible lié à Omicron dans la population générale pourrait être rapidement compensé par la forte augmentation de la propagation. D’autres études plus détaillées sur la gravité de l’infection par Omicron sont attendues dans les prochaines semaines.
Liens:
[1] https://www.covid19.admin.ch/fr/overview
[2] https://www.zh.ch/content/dam/zhweb/bilder-dokumente/themen/gesundheit/corona/hauptseite/gd_zh_corona_lagebulletin.pdf
[3] https://www.hug.ch/covid/situation-aux-hug
[4] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/ : Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique.
[5] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends : Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.
[6] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/ , dashboard Time Series
[8] https://www.covid19.admin.ch
[10] https://www.gisaid.org/hcov19-variants/
[11] https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)– sars-cov-2-variant-of-concern
[12] https://bnonews.com/index.php/2021/11/omicron-tracker/
[13] https://www.gisaid.org/hcov19-variants/
[14] https://www.who.int/publications/m/item/enhancing-readiness-for-omicron-(b.1.1.529)-technical-brief-and-priority-actions-for-member-states
[15] https://cov-spectrum.ethz.ch/
[16] https://cov-spectrum.org/explore/Switzerland/Surveillance/Past6M/variants/chen-2021-fitness?pangoLineage=B.1.1.529*
[17] https://twitter.com/C_Althaus/status/1475404257155297281
[18] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.22.21262024v1
[19] https://www.eawag.ch/fr/departement/sww/projets/sars-cov-2-dans-les-eaux-usees/
[20] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1040076/Technical_Briefing_31.pdf
[21] https://files.ssi.dk/covid19/omikron/statusrapport/rapport-omikronvarianten-11122021-uy12
[22] https://www.mcid.unibe.ch/unibe/portal/fak_vetmedizin/vetsuisse_kzen/micro_mcidi/content/e1047007/e1047011/e1047016/e1153060/e1155633/files1155634/MCID-OmicronEvent_Althaus_eng.pdf
[23] https://spiral.imperial.ac.uk/bitstream/10044/1/93038/32/2021-12-16%20COVID19%20Report%2049.pdf
[24] https://www.covid19.admin.ch/fr/vaccination/persons
[25] https://docs.google.com/presentation/d/13NFT3GjMluTbDQZRSl7VIua6G3FvwSHYgbU9gMoWI4U/edit#slide=id.g1075171e1cf_6_372.
[26] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.26.21268380v1
https://khub.net/documents/135939561/430986542/Effectiveness+of+COVID-19+vaccines+against+Omicron+variant+of+concern.pdf/f423c9f4-91cb-0274-c8c5-70e8fad50074
[28] https://spiral.imperial.ac.uk/bitstream/10044/1/93038/32/2021-12-16%20COVID19%20Report%2049.pdf
[29] https://www.bmj.com/content/375/bmj.n3104
[30] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1044481/Technical-Briefing-31-Dec-2021-Omicron_severity_update.pdf
[31] https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm705152e3.htm
[32] https://dash.harvard.edu/bitstream/handle/1/37370587/omicron_ct.1-13-22.4.pdf?sequence=1&isAllowed=y
[33] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.21.21268116v1.full.pdf
[34] https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S120197122101256X
[35] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.12.30.21268495v1.full.pdf
[36] https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S120197122101256X
[37] https://www.bmj.com/content/375/bmj.n3104
[38] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1044481/Technical-Briefing-31-Dec-2021-Omicron_severity_update.pdf
[39] https://www.imperial.ac.uk/media/imperial-college/medicine/mrc-gida/2021-12-22-COVID19-Report-50.pdf
[40] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1044481/Technical-Briefing-31-Dec-2021-Omicron_severity_update.pdf