ETH Hönggerberg, Werner, fotografiert am Montag (13.11.2017) Bild: Christoph Kaminski, kellenbergerkaminski

Évaluation de la situation épidémiologique, 16 novembre 2021

Texte en attente de traduction - Texte original en allemand 

Situation générale

L’épidémie de SARS-CoV-2 est actuellement causée presque exclusivement par le variant Delta, qui a supplanté les variants qui circulaient durant l’été. Le nombre de cas et d’hospitalisations a augmenté entre la fin du mois de juin et mi-août 2021 pour ensuite se stabiliser à un niveau élevé pendant un mois, avant de diminuer à nouveau au début de septembre 2021. Depuis mi-octobre 2021, les cas augmentent à nouveau significativement. Cette progression, depuis la semaine dernière, est significative dans chacune des grandes régions. Depuis cette semaine, l’occupation des unités de soins intensifs pour les patients COVID-19 augmente également de manière significative, à raison de 14 % par semaine (IC 95 % : 3-21 %).

Les études de simulation de l’ECDC prévoient que, pour les pays européens ayant une couverture vaccinale similaire à celle de la Suisse, la charge maximale d’hospitalisations à la fin du mois de novembre 2021 pourrait dépasser celle de l’année dernière[1]. La recrudescence de l’épidémie de cet automne ayant commencé plus tard qu’à l’automne 2020, mais aussi plus tard que dans d’autres pays d’Europe centrale, nous ne prévoyons pas encore de dépassement de la charge maximale à la fin du mois de novembre. Cependant, un tel scénario ne peut être exclu dans le courant de l’hiver. Une augmentation rapide du nombre de cas et, par conséquent, des hospitalisations mettrait fortement en difficulté le système de santé, qui demeure considérablement sous pression.

Dynamique

Depuis le début du mois de septembre jusqu’à fin octobre 2021, l’épidémie de SARS-CoV-2 s’est inscrite en recul (Re<1). Or, depuis fin octobre 2021, l’estimation de la valeur R est à nouveau nettement supérieure à 1. La moyenne sur 7 jours du nombre de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,33 (intervalle d’incertitude de 95 %, IC : 1,2-1,45), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 30.10. au 05.11.2021[2].

Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de :

  • 1,31 (IC 95 % : 1,21-1,41) sur la base des cas confirmés au 05.11.2021.
  • 1,11 (IC 95 % : 0,92-1,31) sur la base des hospitalisations au 31.10.2021. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,35 (IC 95 % : 1,18-1,52) pour le même jour.
  • 1,34 (IC 95 % : 0,86-1,92) sur la base des décès (au 25.10.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 1,08 (IC 95 % : 0,89-1,3) pour le même jour. Sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,29 (IC 95 % : 1,11-1,47) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs Re reflètent le niveau de circulation du virus avec un décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs Re basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès.

En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours[3]. Le nombre des cas confirmés a augmenté de 47 % (IC : 60 % à 34 %) par semaine, le nombre d’hospitalisations de 11 % (IC : 31 % à -5 %) et le nombre de décès de 81 % (IC : 195 % à 13 %).   Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.

Notre dashboard permet de suivre la variation des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge [4]. Le nombre de cas augmente de manière significative dans tous les groupes d’âge. C’est dans les groupes d’âge 0-9 ans et 10-19 ans que cette augmentation est la plus forte, avec respectivement 65 % et 43 % par semaine – alors qu’elle est la plus faible dans le groupe d’âge des 80 ans et plus, à 29%. Les hospitalisations n’ont pas augmenté ou diminué de manière significative dans tous les groupes d’âge au cours des 14 derniers jours enregistrés, sauf dans le groupe des 80 ans et plus, où leur nombre a augmenté de 34 % (IC 95 % : 1-78 %).

Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 477 pour 100 000 habitants. La positivité est de 12,2 % (au 13.11.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).

Le nombre de personnes nouvellement hospitalisées chaque jour est d’environ 20 sur une moyenne de 7 jours. Actuellement, la majorité des personnes hospitalisées ont contracté la maladie en Suisse[5]. La proportion de personnes doublement vaccinées parmi les personnes hospitalisées a fortement augmenté ces dernières semaines chez les plus de 80 ans[6].

Le nombre de patientes et de patients COVID-19 hospitalisé·e·s dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 119 et 157[7] personnes (la variation était de 14 % (IC : 22 % à 6 %) par semaine).

Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 2 et 13 par jour[8].

Nouvelles variantes

Depuis la semaine 26, Delta est le variant viral dominant en Suisse. Cette variante, décrite à l’origine en Inde, a une fréquence de 100 % parmi les cas séquencés depuis la semaine 38[9]. À partir de cette augmentation de la fréquence du variant Delta en Suisse, on peut calculer un avantage de transmission de 58 % (IC 95 %: 56-60 %) par rapport au variant Alpha, ce qui correspond aux estimations de l’avantage de transmission de 56 % (IC 95 % : 34 %-81 %) en Angleterre[10]. En raison de cet avantage de transmission, le variant Delta est désormais dominant dans de nombreuses régions du monde.

Le 20 octobre 2021, Public Health England a déclaré AY.4.2, un sous-variant de Delta, comme « variant under investigation » (VUI-21OCT-01)[11]. En Angleterre, l’avantage de croissance d’AY.4.2 a été estimé à 17 % par rapport à d’autres sous-variants de Delta. Pendant la semaine 40, AY.4.2 avait une fréquence de 5,9%[12]. Ce variant a été retrouvé environ 60 fois en Suisse ces 2 derniers mois, avec une fréquence de 0,6 % pendant la semaine 43[13].

La variante Delta cause des évolutions plus sévères de la maladie que les souches précédemment dominantes en Suisse. Dans une vaste étude menée en Angleterre, on a observé que les patientes et les patients atteints par le variant Delta présentaient un risque d’hospitalisation plus de deux fois supérieur à celui des patients atteints par la variante Alpha[14]. Une augmentation similaire du risque a été observée en Écosse[15] et au Canada[16].

Protection vaccinale dans le temps avec deux doses de vaccin

La vaccination a plusieurs effets : elle protège contre l’infection, contre la transmission de l’infection, contre les évolutions graves et contre les décès dus au COVID-19. Il est important de bien faire la distinction entre ces effets, car ceux-ci diminuent à des rythmes différents dans le temps et selon les groupes d’âge. Les vaccins permettent donc de réduire à la fois la propagation du virus et la charge de morbidité. Le choix de l’un ou l’autre de ces deux objectifs est déterminant pour la stratégie de vaccination, à savoir quels groupes d’âge l’on vaccine et à quel moment, et pour déterminer l’opportunité de recourir à une troisième injection.

Dans ce qui suit, nous présentons brièvement ce que l’on sait de ces effets de la vaccination et de leur diminution dans le temps :

Protection par deux doses de vaccin contre l’infection (symptomatique et asymptomatique)

L’efficacité de la vaccination sur les infections, y compris les infections asymptomatiques, est difficile à évaluer, car les infections asymptomatiques sont particulièrement difficiles à détecter. Les preuves convergent vers une efficacité réduite des vaccins à ARNm contre les infections au variant Delta du SARS-CoV-2, y compris les infections asymptomatiques. Le vaccin de Pfizer/BioNtech a une efficacité de 39 % (IC 95 % : 9-59 %) selon les données fournies par Israël[17] ; et de 79 % (IC 95 % : 75-82 %) selon les données récoltées en Écosse[18]. Un rapport de l’étude REACT a calculé que l’efficacité du vaccin contre l’infection était de 49 % (IC 95 % : 22-67 %) [19] (ce rapport n’opérant pas de distinction entre les différents vaccins utilisés en Angleterre).

Protection par deux doses de vaccin contre l’infection symptomatique

La protection vaccinale contre les infections symptomatiques par le variant Delta est réduite par rapport aux infections par les variants viraux dominants en 2020 et par Alpha. Dans les études pivots, l’efficacité contre les variants viraux dominants en 2020 a été estimée à 95 % (IC 95 % : 90-98 %) pour Pfizer/BioNtech[20] et 94 % (IC 95 % : 89-97 %) pour Moderna[21]. Selon un rapport de Public Health England[22], l’efficacité est passée de 89 % (IC 95 % : 87-90 %) contre le variant Alpha, à 79 % (IC 95 % : 78-80 %) contre la variante Delta (voir également[23],[24] ; Pfizer/BioNtech). D’après les données canadiennes, l’efficacité contre les infections symptomatiques par la variante Delta est de 85 % (IC 95 % : 78-89 %)[25] (Pfizer/BioNtech et Moderna). Une étude réalisée en Californie ([26]) estime que l’efficacité du vaccin Moderna contre l’infection par le virus Delta est de 87 % (IC 95 % : 84-89 %) et contre l’infection par le virus Alpha est de 98 % (IC 95 % : 97-99 %).  Selon cette étude, l’efficacité contre le variant Delta est tombée à 80 % (IC 95 % : 70-87 %) après cinq mois. Des études réalisées en Israël[27] estiment que l’efficacité du vaccin BioNTec/Pfizer n’est que de 40 % (IC 95 % : 9-61 %) 6 mois après la deuxième dose de vaccination. Une nouvelle étude réalisée en Suède[28] estime que, pour le vaccin BioNTec/Pfizer, la protection contre l’infection symptomatique passe de 92 % (IC 95 % : 92-93 %) deux à quatre semaines après la vaccination, à 0 % après 210 jours. Pour le vaccin Moderna, la protection est passée de 96 % (IC 95 % : 94-97 %) deux à quatre semaines après la vaccination, à 59 % (IC 95 % : 18-79 %) après 180 jours. Les estimations de cette étude se réfèrent principalement au variant Delta. En résumé, cela signifie que 6 mois après une double vaccination avec un vaccin à ARNm, le risque de contracter le variant Delta est estimé se réduire de moitié par rapport au risque couru par les personnes non vaccinées.

Protection par deux doses de vaccin contre les évolutions graves/l’hospitalisation

La protection vaccinale contre une évolution grave de la maladie demeure initialement élevée pour le variant Delta également. L’efficacité est d’environ 96 % (IC 95 % : 91-98 %) selon les données récoltées en Grande-Bretagne[29],[30], et de 88 % (IC 95 % : 78,9-93,2 %) selon les données concernant Israël [31]. Ces estimations se réfèrent à la protection dont bénéficient les vaccinés par rapport aux non-vaccinés et ne sont pas ventilées en fonction des différents vaccins utilisés dans ces pays. Selon une prépublication[32] basée sur des données provenant de Californie, le vaccin de Moderna offre une protection de 98 % (IC 95 % : 93-99 %) contre l’hospitalisation suite à une infection par le variant Delta. Selon une prépublication parue en Israël[33], des analyses effectuées par Public Health England[34] et une étude menée en Suède[35], la protection contre les évolutions graves de l’infection semble diminuer avec le temps.

Dans les données suisses, nous avons constaté que le vaccin protège contre l’hospitalisation à hauteur d’environ 90 % ou plus dans tous les groupes d’âge en juillet, août et septembre 2021[36]. Cependant, depuis le mois d’octobre en Suisse, nous constatons une baisse de l’efficacité chez les plus de 80 ans, celle-ci passant de 89-94 % en septembre à 73-87 %[37]. Cette baisse de l’efficacité du vaccin correspond aux données d’autres pays.

Cela signifie que les personnes jeunes doublement vaccinées sont encore environ 20 fois mieux protégées contre l’hospitalisation que les personnes non vaccinées (ce qui correspond à une protection de 95 %). Si la protection a diminué chez les personnes âgées doublement vaccinées, celles-ci sont néanmoins 5 mieux protégées (soit une protection de 80 %).

Protection par deux doses de vaccin contre la transmission du virus

La vaccination prévient la propagation du virus par au moins deux mécanismes : premièrement, en réduisant les infections, tant symptomatiques qu’asymptomatiques, et donc le nombre de personnes infectées (voir ci-dessus) ; et deuxièmement, en réduisant la propagation par les personnes infectées malgré la vaccination. En effet, même lorsqu’elle est infectée, une personne vaccinée est moins susceptible de transmettre le virus qu’une personne non vaccinée. Une prépublication[38] fait état d’une étude selon laquelle le risque de transmission d’une infection post-vaccinale par le variant Delta est environ 66 % plus faible après deux injections du vaccin ARNm de Pfizer/BioNtech que chez les personnes non vaccinées – cela signifie que les personnes infectées non vaccinées transmettent le virus 3 fois autant que les personnes infectées vaccinées. Les raisons exactes de cette protection ne sont pas connues, mais elle pourrait s’expliquer, par exemple, par le fait que la phase infectieuse est plus brève[39] ou que les personnes vaccinées délivrent une plus petite quantité de particules infectieuses du virus [40]. La protection diminue pour atteindre environ 20 % au cours des trois mois et demi qui suivent l’administration de deux doses de vaccin.

Effet de la troisième dose de vaccination

Protection de la troisième dose de vaccination contre l’infection

Deux prépublications[41], [42] décrivent qu’une troisième dose de vaccination multiplie par 10 le niveau d’anticorps neutralisants (par rapport au niveau immédiatement avant la troisième dose de vaccination). Avec une troisième dose de vaccin, la protection contre l’infection passe d’environ 50 % à au moins 95 % dans tous les groupes d’âge [43] et également chez les plus de 60 ans [44]. En même temps, en cas d’infection, la charge virale est réduite[45] et donc probablement aussi la transmission de l’infection après une troisième dose de vaccination.

En résumé, la protection contre l’infection passe d’un multiple de 2 à un multiple de 20 voire davantage chez les personnes ayant reçu une troisième dose de vaccin par rapport aux personnes non vaccinées, et ce, dans tous les groupes d’âge.

Protection contre l’hospitalisation

La protection contre l’hospitalisation par une troisième dose de vaccin a été estimée à 93 % chez les personnes de plus de 40 ans par rapport à un groupe témoin qui avait reçu sa deuxième dose de vaccin il y a plus de 5 mois [46] et à 95 % chez les personnes de plus de 60 ans [47]. Chez les plus de 80 ans en particulier, la protection passe de 80 % à 95 %[48]. Pour la Suisse, cela signifie qu’une troisième dose de vaccination dans cette catégorie d’âge peut prévenir jusqu’à 10 000 hospitalisations (calculs de la task force du 21.9.2021 : annexe A de [49]).

Objectifs d’une campagne de vaccination

La campagne de vaccination suisse avait pour objectif premier de mettre en place rapidement une protection de la population contre les formes graves de la maladie. Par conséquent, deux doses de vaccin ont été administrées à un intervalle très rapproché (généralement 3-4 semaines). Pour d’autres vaccins non réplicatifs, l’immunisation de base n’est considérée comme complète qu’avec une troisième dose après 6-12 mois (par exemple, hépatite A et B, MEVE, Haemophilus influenzae type B, poliovirus, diphtérie, tétanos ou coqueluche). Une troisième dose de vaccination n’a donc rien d’exceptionnel ; elle pourrait conduire à une protection plus durable dans tous les groupes d’âge, rendant les vaccinations de rappel annuelles optionnelles pour l’ensemble de la population. À long terme, après un schéma vaccinal à trois doses, les infections naturelles bénignes pourraient être à même de générer une large protection également contre les nouveaux variants et faciliter la transition vers l’endémicité du SARS-CoV-2.

Si l’objectif principal de la campagne de vaccination est de réduire le risque individuel d’hospitalisation, des troisièmes doses de vaccination pour la population plus âgée sont actuellement indiquées, tant sur la base des données internationales que des données suisses (voir également les calculs de la task force du 21.9.2021) : Annexe A de [50]).

Si l’objectif est de réduire les infections, une troisième vaccination (6 mois après la deuxième dose de vaccination) est indiquée dans tous les groupes d’âge, sur la base des données (voir également le chapitre conclusions de la policy brief du 25.6.2021 [51]). Ces troisièmes doses de vaccination seraient un outil efficace pour réduire le nombre d’infections cet hiver. (La protection contre l’infection, passe d’un multiple de 2 à 20 après la troisième dose par rapport aux personnes non vaccinées, voir ci-dessus). Dans un document de synthèse[52], publié la semaine dernière, des scientifiques allemands – s’appuyant sur des simulations – affirment qu’une campagne de rappel à un taux de vaccination de 7 % par semaine pourrait déjà montrer les premiers effets sur la propagation des infections après un mois. Cette réduction des infections permet de réduire la circulation du virus et donc la pression sur le système de santé. En même temps, les personnes qui ne peuvent pas se protéger par la vaccination (les enfants de moins de 12 ans, par exemple) peuvent être protégées par la troisième vaccination des parents ou des personnes qui s’occupent d’eux: en effet ces personnes, bénéficiant d’une protection 20 fois plus élevée contre l’infection après la troisième vaccination, ont donc un risque moindre d’être porteuses du virus. Le fait d’éviter les infections peut réduire davantage la prévalence des conséquences tardives ou à long terme de COVID-19 (syndrome post-COVID-19, ou COVID long) sur la santé.

Liens:

[1] https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/covid-19-rapid-risk-assessment-16th-update-september-2021.pdf , page 17, figure 9

[2] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/ : Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[3] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends: : Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.

[4] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/, Dashboard Time Series

[5] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[6] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[7] https://icumonitoring.ch

[8] https://www.covid19.admin.ch

[9] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[10] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/993358/s1288_Warwick_RoadMap_Step_4.pdf

[11] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1028113/Technical_Briefing_26.pdf

[12] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1028113/Technical_Briefing_26.pdf

[13] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[14] https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00475-8/fulltext

[15] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01358-1/fulltext

[16] https://doi.org/10.1101/2021.07.05.21260050

[17] https://www.gov.il/BlobFolder/reports/vaccine-efficacy-safety-follow-up-committee/he/files_publications_corona_two-dose-vaccination-data.pdf

[18] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01358-1/fulltext

[19] https://spiral.imperial.ac.uk/bitstream/10044/1/90800/2/react1_r13_final_preprint_final.pdf

[20] https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa2034577

[21] https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa2035389

[22] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1010472/Vaccine_surveillance_report_-_week_32.pdf

[23] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2108891

[24] https://doi.org/10.1101/2021.07.05.21260050

[25] https://www.alberta.ca/stats/covid-19-alberta-statistics.htm#vaccine-outcomes

[26] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.09.29.21264199v1.full.pdf

[27] https://www.gov.il/BlobFolder/reports/vaccine-efficacy-safety-follow-up-committee/he/files_publications_corona_two-dose-vaccination-data.pdf

[28] https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3949410

[29] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1010472/Vaccine_surveillance_report_-_week_32.pdf

[30] https://khub.net/web/phe-national/public-library/-/document_library/v2WsRK3ZlEig/view_file/479607329?_com_liferay_document_library_web_portlet_DLPortlet_INSTANCE_v2WsRK3ZlEig_redirect=https%3A%2F%2Fkhub.net%3A443%2Fweb%2Fphe-national%2Fpublic-library%2F-%2Fdocument_library%2Fv2WsRK3ZlEig%2Fview%2F479607266

[31] https://www.gov.il/BlobFolder/reports/vaccine-efficacy-safety-follow-up-committee/he/files_publications_corona_two-dose-vaccination-data.pdf

[32] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.09.29.21264199v1.full.pdf

[33] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2114228

[34] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1017309/S1362_PHE_duration_of_protection_of_COVID-19_vaccines_against_clinical_disease.pdf

[35] https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3949410

[36] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[37] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[38] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.09.28.21264260v1.full.pdf

[39] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.28.21261295v1.full.pdf

[40] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.08.20.21262158v1

[41] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.09.29.21264089v1.full

[42] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.10.10.21264827v2.full.pdf

[43] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02249-2/fulltext

[44] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2114255

[45] https://www.nature.com/articles/s41591-021-01575-4

[46] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02249-2/fulltext

[47] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2114255

[48] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2114255

[49] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[50] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[51] https://sciencetaskforce.ch/wp-content/uploads/2021/06/74_Protection_duration_Summary_FR.pdf

[52] https://arxiv.org/abs/2111.08000