Évaluation de la situation épidémiologique, 10 août 2021

Depuis la semaine 26, le variant Delta (B.1.617) est majoritaire en Suisse. Ce variant identifié initialement en Inde représentait 1% des cas séquencés dans la semaine 19, 24% des cas dans la semaine 24 et 97% dans la semaine 30^[7]. Le séquençage étant effectué avec un certain décalage dans le temps, cette fréquence est encore susceptible d’évoluer, en particulier pour la semaine 30. L’augmentation de la fréquence du variant Delta permet d’estimer que l’avantage de transmission par rapport à Alpha est de 75 à 83%^[8].

Pour les variants du SARS-CoV-2 observés auparavant en Suisse, parmi lesquels le variant Alpha, dominant de mars à juin 2021, mais aussi les variants Bêta et Gamma, de plus en plus rares, on a enregistré une fréquence totale de moins de 2% ces dernières semaines[25].

Delta domine le tableau de l’épidémie dans de nombreux pays dont la Grande-Bretagne, les Etats-Unis, la France, l’Allemagne, l’Italie et le Portugal. L’avantage de transmission de Delta par rapport à Alpha a été estimé à 56% (intervalle de confiance de 95%: 34%-81%)^[9].

Il apparaît que le variant Delta provoque des manifestations plus graves que les autres souches précédemment majoritaires en Suisse. Selon des données en provenance d’Ecosse^[10], l’infection par Delta multiplie par deux la fréquence d’hospitalisation des patients par rapport au variant Alpha (hazard ratio 1,39-2,47). Une étude canadienne montre que le risque d’hospitalisation augmente de 108% (80-138%) avec Delta par rapport à ce qu’il était avec les souches en circulation en 2020^[11].

Différentes études sont en cours pour mesurer l’efficacité des vaccins à ARN messager contre l’infection (y compris asymptomatique). Selon des chiffres publiés par Israël, le vaccin Pfizer/BioNtech protège à 39% (9-59%) contre la contamination^[12], tandis qu’une étude écossaise fait état d’une protection de 79% (75-82%)^[13]. Un nouveau rapport publié dans le cadre du programme britannique REACT estime à 49% (22-67%) l’efficacité de la vaccination contre l’infection^[14] (l’étude ne distingue pas les différents vaccins administrés au Royaume-Uni).

La protection vaccinale contre les infections symptomatiques par le variant Delta est moindre. Selon une étude de Public Health England^[15], l’efficacité qui atteignait 89% (87-90%) contre le variant Alpha ne s’élève qu’à 79% (78-80%) contre Delta (voir aussi ^[16], ^[17]; Pfizer/BioNtech). Une publication canadienne établit à 85% (78-89%) l’efficacité vaccinale contre les infections symptomatiques au variant Delta^[18] (Pfizer/BioNtech et Moderna). En Israël^[19], des études estiment cette efficacité à 40,5% (8,7-61,2%) seulement. A ce jour, les raisons de cette relative faiblesse de la protection en Israël par rapport à d’autres pays sont incertaines: une efficacité vaccinale qui diminue dans le temps chez les premières personnes vaccinées en Israël, l’utilisation de plusieurs vaccins (le Canada a vacciné avec Pfizer/BioNtech et Moderna) ou l’intervalle prolongé entre les deux doses administrées (en particulier en Angleterre) pourraient être en cause. Il n’en reste pas moins qu’avec une protection de 40% contre l’infection, ce sont tout de même quatre infections sur dix qui sont évitées, ce qui signifie que la vaccination ralentit la propagation du virus.

A ce jour, les études ne quantifient pas encore de manière définitive la capacité de la vaccination à prévenir la transmission. Tandis qu’un nouveau rapport du centre américain de contrôle et de prévention des maladies, le CDC^[20], montre que la charge virale de Delta est similaire chez les personnes vaccinées et non vaccinées, une publication dans le cadre du programme britannique REACT^[21] fait état d’une charge virale inférieure chez les patients vaccinés. Dans tous les cas, étant donné le lien étroit entre charge virale et risque de transmission, ces données soulignent que les personnes vaccinées contaminées par le variant Delta peuvent transmettre le virus.

La vaccination continue d’assurer une protection importante contre les formes symptomatiques graves. L’efficacité est d’environ 96% [91-98%] selon les analyses britanniques^[22], ^[23] et de 88% (78,9-93,2%) d’après les études israéliennes^[24]. Autrement dit, la vaccination permet d’éviter environ neuf hospitalisations sur dix.