Rapport scientifique, 29 décembre 2020

2.1 Données génétiques, virologiques et épidémiologiques Deux variantes du SARS-CoV-2 sont devenues courantes ces derniers mois au Royaume-Uni et en Afrique du Sud. Les variantes des deux pays partagent une mutation de la protéine Spike en position 501 de N à Y. Cette mutation avait été observée auparavant, mais les deux variantes qui se répandent au Royaume-Uni (B.1.1.7) et en Afrique du Sud (501.V2) présentent un nombre inhabituellement élevé de mutations supplémentaires dans la protéine Spike. Il a été démontré que la mutation 501Y augmente la liaison au récepteur ACE2, ce qui peut augmenter l’entrée du virus dans les cellules (Star et al.). Cette mutation augmente la réplication virale dans un modèle de souris (Gu et al.) et s’est produite chez un patient chroniquement infecté (Choi et al.).  Dans la lignée B.1.1.7, les acides aminés 69 et 70 de la protéine Spike sont supprimés. Ces délétions ont également été récemment observées dans le cadre d’une infection chronique chez un patient immunodéprimé (Kemp et al.). Les variantes chez ce patient présentaient une affinité de liaison réduite pour les anticorps des sérums de convalescents. La variante 501.V2 porte des mutations supplémentaires de la protéine Spike aux positions 417 et 484, qui tombent dans le domaine de liaison au récepteur et réduisent l’affinité de certains anticorps. Ces variantes se sont rapidement répandues dans le sud-est de l’Angleterre et en Afrique du Sud, respectivement, et sont devenues dominantes en quelques semaines. La modélisation épidémiologique et l’analyse d’autres données par les scientifiques britanniques suggèrent que B.1.1.7 se répand beaucoup plus rapidement que les autres souches en circulation. La mesure dans laquelle des effets démographiques auraient également contribué à cette augmentation rapide n’est pas claire. Dans l’ensemble, les données de l’épidémiologie, de l’évolution moléculaire et de la virologie suggèrent un taux de transmission accru par adaptation virale. D’autres études sont en cours pour quantifier plus précisément l’effet sur la transmissibilité. En résumé, on peut dire pour l’instant ce qui suit sur les propriétés biologiques de ces variantes : Pour B.1.1.7, il existe actuellement de bonnes preuves (“confiance élevée”, NERVTAG) que le taux de transmission est accru par rapport aux autres souches du SARS-CoV-2. L’avantage de transmission de B.1.1.7 est estimé par diverses méthodes entre 39% et 71% ¹⁴,¹⁵. Des estimations quantitatives du taux de transmission ne sont pas encore disponibles pour la variante 501.V2. Cependant, la propagation rapide de cette variante et l’augmentation du nombre de cas suggèrent également une augmentation du taux de transmission. Pour les deux variantes, il n’y a pas encore d’informations indiquant que la gravité de la progression de la maladie est différente de celle des autres variantes du SARS-CoV-2. On ne sait pas encore si l’effet des vaccins actuellement approuvés est modifié par rapport aux autres variantes de COVID-19. Même si les mutations dans B.1.1.7 et 501.V2 n’ont aucun effet sur la gravité de la progression de la maladie, il existe un risque d’augmentation des hospitalisations et des décès en raison d’une augmentation de la transmission et donc du nombre de cas. Sans mesures supplémentaires, une augmentation du taux de transmission entraînera une augmentation du nombre de personnes infectées, et donc une augmentation des hospitalisations et des décès. Ce point est illustré par la situation au Royaume-Uni : dans les régions où la variante B.1.1.7 a fortement augmenté en fréquence en novembre et décembre¹⁶, le nombre de cas et d’hospitalisations a fortement augmenté¹⁷. La propagation des variantes avec un taux d’infection accru constitue donc un risque considérable. Si ces variantes deviennent courantes, les infections et donc les maladies et les décès peuvent augmenter. En outre, un taux d’infection accru réduit l’efficacité des mesures de confinement, de sorte que des mesures plus strictes peuvent devenir nécessaires. Celles-ci sont associées à des restrictions encore plus importantes pour la société et l’économie.

2.2 Situation actuelle en Suisse En Suisse, quatre échantillons avec B.1.1.7 et deux échantillons avec 501.V2 ont été identifiés au cours de la semaine 51. Les échantillons contenant la variante B.1.1.7 ont été identifiés grâce à des tests ciblés et au séquençage des individus – et des contacts de ces individus – ayant un lien avec le Royaume-Uni. Les échantillons avec la variante 501.V2 ont été identifiés par l’analyse de 466 échantillons de la semaine du 11 au 17 décembre (dont 362 ont été séquencés avec succès).

2.3 Ralentissement ou évitement de la propagation de ces variantes Sur la base du taux de reproduction estimé, il faut supposer que ces variantes augmenteront rapidement en fréquence en Suisse. Une action rapide et décisive est donc essentielle pour contenir leur propagation. Chaque semaine, il devient de plus en plus difficile d’endiguer la propagation de ces variantes, car le nombre d’infections augmente et les infections s’éloignent des personnes qui ont potentiellement introduit ces variantes en Suisse en venant du Royaume-Uni ou d’Afrique du Sud. Comme nous l’avons déjà écrit dans la déclaration de la ncs-tf du 25 décembre (lien), nous considérons que l’approche suivante est efficace pour prévenir ou retarder de manière décisive la propagation de ces variantes en Suisse : une combinaison de mesures rigoureuses à l’échelle nationale ainsi que des tests ciblés et une recherche intensive des contacts pour les nouvelles variantes. Nous proposons en outre de viser une réduction de moitié toutes les deux semaines des infections par les souches de SARS-CoV-2 actuellement dominantes. Cela peut être réalisé si le taux de reproduction Re pour ces souches est ramené en dessous de 0,8 (plus précisément à 0,78 ou moins). Dans cette situation, il faut cependant supposer que les nouvelles variantes pourraient continuer à augmenter en fréquence en raison de leur taux de reproduction estimé plus élevé. Si le Re des souches du SARS-CoV-2 actuellement dominantes en Suisse est ramené en dessous de 0,8, alors le Re des nouveaux variants sera probablement bien supérieur à 1. Selon l’estimation de Davies et al ¹⁵, à savoir une augmentation du taux de reproduction d’environ 50% pour B.1.1.7, le Re des nouveaux variants serait dans ce cas d’environ 1,2. Autrement dit, les nouvelles variantes se répandraient de manière exponentielle, mais toujours moins rapidement que dans le cadre de mesures moins strictes. Pour prévenir la propagation des nouvelles variantes, il est également important d’interrompre spécifiquement les chaînes d’infection par des tests intensifs, le génotypage et la recherche des contacts. Si un tiers des infections des nouvelles variantes peut être évité par un TTIQ (test, traçage, isolement et quarantaine) ciblé et plus intensif, il est probable que cela permettra également de ramener le taux de reproduction des nouvelles variantes en dessous de 1 et donc d’éviter leur propagation. Ces considérations peuvent être illustrées à l’aide d’un modèle mathématique simple. Ce modèle fait un certain nombre d’hypothèses simplifiantes. Il ne sert donc qu’à illustrer les considérations ci-dessus et ne doit pas être interprété comme une prévision de l’évolution réelle des infections en Suisse. Plus précisément, le modèle fait les hypothèses suivantes :

• Qu’à l’heure actuelle (fin décembre 2020), le nombre d’infections quotidiennes confirmées en Suisse est d’environ 4 000 (le nombre réel d’infections est nettement plus élevé en raison du nombre de cas non signalés).
• que les mesures de confinement ainsi que le comportement de la population ne changeront pas avec le temps.
• que d’ici à la fin décembre 2020, la nouvelle variante représentera 1 % de toutes les infections et qu’aucune autre infection avec la nouvelle variante ne sera introduite en Suisse.
• que les tests intensifs et la recherche ciblée des contacts (dernière ligne de la diapositive) permettront d’éviter un tiers des infections avec la nouvelle variante.

La figure 1 montre l’évolution possible du nombre de cas selon deux scénarios. Dans le scénario A, les mesures de confinement portent à 0,9 le taux de reproduction des souches du SARS-CoV-2 actuellement dominantes en Suisse, de sorte que le nombre d’infections par ces souches est réduit de moitié environ toutes les quatre semaines. Dans le scénario B, les mesures de confinement réduisent le taux de reproduction des souches du SARS-CoV-2 actuellement dominantes en Suisse à 0,8, de sorte que le nombre d’infections par ces souches est réduit de moitié environ toutes les deux semaines. Dans ces hypothèses simplifiantes, la propagation des variantes – et donc une augmentation des infections – peut être évitée grâce aux mesures de confinement du deuxième scénario ainsi qu’à un TTIQ ciblé et intensif, qui peut prévenir 1/3 des infections par la nouvelle variante. Selon ces estimations, sans un TTIQ ciblé et intensif, une propagation des nouvelles variantes et une forte augmentation des infections ne peuvent pas être évitées. Ce résultat illustre le fait que dans la situation actuelle – avec des taux d’infection élevés et la présence de variantes présentant une contagiosité probablement plus élevée – des mesures efficaces à l’échelle nationale ainsi qu’un TTIQ intensif spécifique aux variantes sont nécessaires pour empêcher la propagation de ces variantes – et donc la nécessité de mesures encore plus strictes.