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Situation générale
Le nombre de cas confirmés a augmenté de manière continue jusqu’à fin janvier 2022 et diminue depuis la semaine 8 de 2022. Ces derniers jours, le nombre de cas a à nouveau augmenté par rapport à la semaine précédente. Cette tendance est également observée dans les échantillons d’eaux usées[1]. Du 22 janvier au 13 février 2022, la valeur R basée sur le nombre de cas était significativement inférieure à 1. Tel n’est plus le cas actuellement. Les occupations des unités de soins intensifs (USI) continuent de diminuer de manière statistiquement significative.
En Suisse, le variant Omicron est dominant depuis la semaine 51 2021. Depuis la semaine 3 de 2022, ce variant a une fréquence de plus de 95 % parmi toutes les infections en Suisse. Les variants BA.1 et BA.2 d’Omicron sont en circulation. BA.1 avait une fréquence de plus de 95 % au cours de la semaine 3. Depuis lors, la fréquence de BA.1 diminue et était de 69 % à la semaine 7 de 2022. Le sous-variant d’Omicron BA.2 a augmenté au cours des dernières semaines et représentait 31 % des échantillons séquencés durant la semaine 7 de 2022.
La nouvelle augmentation des cas déclarés pourrait être due à la propagation de BA.2 ainsi qu’aux étapes d’ouverture de la semaine 7 de 2022.
Dynamique
Selon les estimations les plus récentes, depuis son pic de 1,5 atteint le 25 décembre 2021, la valeur R a été significativement supérieure à 1 encore pendant quelques jours de la première semaine de 2022, puis elle a baissé et, du 22 janvier au 13 février, a été significativement inférieure à 1. Elle n’est plus signficativement inférieure à 1 depuis le 14 février 2022.
La moyenne du nombre de reproduction dans l’ensemble du pays est de 0,92 (intervalle de confiance, IC 95 % : 0,83-1,02), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 12.02.2022 au 18.02.2022[2].
Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de :
- 0,94 (IC 95 % : 0,84-1,04) sur la base des cas confirmés, au 18.02.2022.
- 0,81 (IC 95 % : 0,71-0,93) sur la base des hospitalisations, au 12.02.2022. Comme exposé dans le rapport épidémiologique du 25 janvier 2022[3], cette estimation est toutefois faussée par des retards de notification. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 0,83 (IC 95 % : 0,76-0,91) pour le même jour.
- 0,82 (IC 95 % : 0,53-1,18) sur la base des décès (au 06.02.2022). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 0,85 (95 % IC : 0,75-0,95) pour le même jour. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 0,81 (95 % IC : 0,67-0,94) pour le même jour.
Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. En particulier, les notifications concernant les hospitalisations étaient incomplètes ces dernières semaines[4]. Nous soulignons que les valeurs Re reflètent le niveau de circulation du virus avec un décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs Re basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès.
En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours[5]. Les cas confirmés ont baissé à un taux de -19 % (IC : -7 % à -30 %) par semaine. Les hospitalisations notifiées ont chuté à un taux de -21 % (IC : -12 % à -29 %) par semaine ; ce chiffre pourrait toutefois être faussé en raison des décalages temporels de notification[6] mentionnés ci-dessus. Le nombre de décès a baissé à un taux de -18 % (IC : 9 % à -38 %) par semaine. Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.
Notre dashboard permet de suivre l’évolution des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge[7]. En ces deux dernières semaines, le nombre de cas est en baisse significative dans tous les groupes d’âge sauf chez les 20-29 ans, 70-79 ans et plus de 80 ans.
Chiffres absolus
Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 2563 pour 100 000 habitantes et habitants. Le taux de positivité des tests est de 38,4 % (au 25.02.2022, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).
Le nombre de patientes et patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 140 et 187[8] personnes (la variation était de -14 % (IC :-7 % à -20 %) par semaine).
Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 6 et 16 par jour[9].
Variants
Depuis la semaine 51 2021, le sous-type BA.1 d’Omicron est dominant en Suisse et a été détecté plus de 18 000 fois. Après avoir atteint une fréquence de plus de 95 % en semaine 3 de 2022, la fréquence de BA.1 a chuté à 69 % en semaine 7 de 2022[10]. Le sous-type Omicron BA.2 a été détecté pour la première fois en Suisse durant la semaine 52 de 2021. Depuis lors, le sous-variant BA.2 d’Omicron a été détecté 921 fois et, à la semaine 7 de 2022, représentait 31 % de tous les échantillons séquencés[11].
Les études menées jusqu’à présent sur la propagation épidémiologique du sous-variant BA.1 d’Omicron, la protection vaccinale contre ce dernier et la gravité des infections à Omicron ont été examinées dans nos rapports de la task force des dernières semaines[12]. Le sous-variant BA.2 semble avoir un avantage de transmission par rapport à BA.1 : dans une étude danoise décrite dans une prépublication, les taux d’attaque secondaire de BA.1 et BA.2 ont été estimés à 29 % et 39 % respectivement[13].
Les données préliminaires de réinfection dans la population suggèrent qu’une infection par le sous-variant BA.1 génère une forte immunité croisée contre une infection par BA.2[14]. Selon la UK Health Security Agency (UKHSA), la protection offerte par la vaccination contre l’infection symptomatique par BA.2 est la même que pour BA.1[15]. Par contre, l’anticorps monoclonal Sotrovimab, utilisé en Suisse comme agent thérapeutique, a une activité nettement diminuée face au variant BA.2[16],[17]. Bien que le BA.2 chez le hamster soit plus sévère que le BA.1[18], les données épidémiologiques d’Afrique du Sud[19], de Grande-Bretagne et du Danemark n’indiquent aucune différence en ce qui concerne le niveau de gravité[20].
Actuellement, on observe un changement de tendance potentiel dans le nombre de cas. Cela peut s’expliquer par l’avantage de transmission de BA.2 ainsi que par les effets des étapes d’ouverture de la semaine 7. Selon un rapport d’un groupe de recherche de l’Université technique de Berlin[21], on s’attend également à une nouvelle augmentation du nombre de cas en Allemagne, même dans le cas de scénarios optimistes avec une immunité croisée élevée.
Liens:
[1] https://sensors-eawag.ch/sars/overview.html https://ibz-shiny.ethz.ch/wastewaterRe/
[2] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/ : Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.
[3] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-25-janvier-2022/
[4] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-25-janvier-2022/
[5] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends : Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.
[6] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-25-janvier-2022/
[7] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/ , dashboard Time Series
[9] https://www.covid19.admin.ch
[10] https://cov-spectrum.ethz.ch/
[11] https://cov-spectrum.ethz.ch/
[12] https://sciencetaskforce.ch/fr/page-daccueil/
[13] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.28.22270044v1.full.pdf
[14] https://www.who.int/news/item/22-02-2022-statement-on-omicron-sublineage-ba.2
[15] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1054071/vaccine-surveillance-report-week-6.pdf
[16] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.02.06.22270533v1
[17] https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.02.07.479306v1
[18] https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.02.14.480335v1
[19] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.02.17.22271030v1
[20] https://www.who.int/news/item/22-02-2022-statement-on-omicron-sublineage-ba.2
[21] https://depositonce.tu-berlin.de/bitstream/11303/16461/4/2022-02-23_MODUS-COVID_Bericht.pdf