Situation générale
En Suisse, le variant Omicron BA.1 est dominant depuis la semaine 51 2021, avec une fréquence de 86 % à la semaine 6, 2022. Le nombre de cas confirmés a augmenté de manière continue jusqu’à fin janvier 2022 et diminue depuis lors. La valeur R est significativement inférieure à 1 depuis le 22.01.2021. Depuis cette semaine, la diminution des occupations des unités de soins intensifs (USI) sur les deux dernières semaines est statistiquement significative.
Cette diminution du nombre de cas déclarés peut être en partie attribuée à une réduction du nombre de tests effectués au cours des trois dernières semaines. Cependant, le nombre de cas déclarés diminue plus rapidement que le nombre de tests effectués ; actuellement, la valeur R basée sur la positivité des tests est également significativement inférieure à 1. De plus, les mesures d’eaux usées sont en baisse dans toutes les stations d’épuration surveillées[1]. C’est une indication forte du fait que le pic des infections par le sous-type BA.1 d’Omicron a été dépassé au cours des dernières semaines.
Le sous-variant d’Omicron BA.2 a augmenté au cours des dernières semaines et représentait 12,7 % des échantillons séquencés durant la semaine 6 2022.
Dynamique
Selon les estimations les plus récentes, la valeur R a été significativement supérieure à 1 depuis son pic de 1,5 atteint le 25.12.2021, à l’exception de quelques jours au cours de la première semaine de 2022, puis elle a baissé et est significativement inférieure à 1 depuis le 22 janvier 2022.
La moyenne sur 7 jours du nombre de reproduction dans l’ensemble du pays est de 0,8 (intervalle d’incertitude de 95 %, IC : 0,73-0,88), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 05.02. au 11.02.2022[2].
Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de :
- 0,78 (IC 95 % : 0,68-0,87) sur la base des cas confirmés, au 11.02.2022.
- 0,8 (IC 95 % : 0,7-0,9) sur la base des hospitalisations, au 05.02.2022. Comme exposé dans le rapport épidémiologique du 25 janvier 2022 [3], cette estimation est toutefois faussée par des retards de notification. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 0,83 (IC 95 % : 0,78-0,88) pour le même jour.
- 0,79 (IC 95 % : 0,53-1,11) sur la base des décès (au 30.01.2022). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 0,87 (IC 95 % : 0,77-0,97) pour le même jour. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 0,86 (95 % IC : 0,8-0,91) pour le même jour.
Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. En particulier, les notifications concernant les hospitalisations étaient incomplètes ces dernières semaines[4]. Nous soulignons que les valeurs Re reflètent le niveau de circulation du virus avec un décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs Re basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès.
En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours[5]. Les cas confirmés ont baissé à un taux de -32 % (IC : -23 % à -40 %) par semaine. Les hospitalisations notifiées ont chuté à un taux de -26% (IC : -17% à -34%) par semaine ; ce chiffre pourrait toutefois être faussé en raison des décalages temporels de notification[6] mentionnés ci-dessus. Le nombre de décès a baissé à un taux de -14 % (IC : 12 % à -34 %) par semaine. Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.
Notre dashboard permet de suivre l’évolution des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge[7]. Le nombre de cas recule de manière significative dans tous les groupes d’âge.
Chiffres absolus
Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 3220 pour 100 000 habitantes et habitants. Le taux de positivité des tests est de 34,8 % (au 18.02.2022, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).
Le nombre de patientes et patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 159 et 220[8] personnes (la variation était de -16% (IC :-10% à -21%) par semaine).
Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 6 et 16 par jour[9].
Variants
Depuis la semaine 51 de 2021, le sous-variant BA.1 d’Omicron est dominant en Suisse; il a été détecté environ 16 000 fois et représentait 86% de tous les échantillons séquencés à la semaine 6 de 2022[10]. Le sous-variant BA.2 d’Omicron a été détecté 421 fois et, à la semaine 6, 2022, représentait 12,7% de tous les échantillons séquencés[11].
Les études menées jusqu’à présent sur la propagation épidémiologique du sous-variant BA.1 d’Omicron, la protection vaccinale contre ce dernier et la gravité des infections à Omicron ont été examinées dans nos rapports de la task force des dernières semaines[12].
Le sous-variant BA.2 semble avoir un avantage de transmission par rapport à BA.1 : dans une étude danoise décrite dans une prépublication, les taux d’attaque secondaire de BA.1 et BA.2 ont été estimés à 29% et 39% respectivement [13]. Les données in vitro indiquent que BA.2 peut contourner la protection par les anticorps des personnes vaccinées et guéries dans une mesure comparable à BA.1. Par contre, l’anticorps monoclonal Sotrovimab, utilisé en Suisse comme agent thérapeutique, a une activité nettement diminuée face au variant BA.2[14],[15]. Il n’existe pas encore d’informations fiables à propos de la virulence de BA.2.
Liens:
[1] https://sensors-eawag.ch/sars/overview.html
[2] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/ : Les estimations de Re au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.
[3] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-25-janvier-2022/
[4] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-25-janvier-2022/
[5] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends : Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.
[6] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-25-janvier-2022/
[7] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/ , dashboard Time Series
[9] https://www.covid19.admin.ch
[10] https://cov-spectrum.ethz.ch/
[11] https://cov-spectrum.ethz.ch/
[12] https://sciencetaskforce.ch/fr/page-daccueil/
[13] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.28.22270044v1.full.pdf
[14] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.02.06.22270533v1
[15] https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.02.07.479306v1