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Situation générale
Ces derniers mois, plusieurs souches de SARS-CoV-2 ont circulé en Suisse. Le variant Delta (B.1.617.2) est désormais largement majoritaire (il représente plus de 95% des cas recensés ces trois dernières semaines). Les paramètres épidémiologiques généraux – nombre de cas, d’hospitalisations, de décès, taux d’occupation des soins intensifs – donnent une vue d’ensemble de la situation sans distinction entre les différentes souches. Fin juin 2021, tous ces indicateurs faisaient apparaître un recul continu de l’épidémie. Depuis le mois de juillet 2021, ils dénotent une recrudescence constante.
Dynamique
Sur la base des données actuelles, nous estimons que l’épidémie de SARS-CoV-2 gagne régulièrement du terrain depuis environ six semaines. Depuis début juillet, cette évolution ralentit; la moyenne sur sept jours du taux de reproduction à l’échelle de tout le pays est de 1,22 (1,09-1,34), chiffre reflétant le niveau de circulation du virus dans la semaine du 24 au 30 juillet 2021[1].
Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif Re pour l’ensemble de la Suisse sont de[2]:
- 1,23 (IC, intervalle de confiance, 95%: 1,1-1,35) sur la base des cas confirmés au 30.07.2021.
- 1,25 (IC 95%: 0,97-1,57) sur la base des hospitalisations au 25.07.2021. A titre de comparaison, sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,18 (IC 95%: 1,06-1,3) pour le même jour.
- 0,55 (IC 95%: 0-1,52) sur la base des décès au 19.07.2021. A titre de comparaison, sur la base des hospitalisations, le Re est estimé à 1,22 (IC 95%: 0,9-1,57) pour le même jour. Sur la base des cas confirmés, le Re est estimé à 1,03 (IC 95%: 0,93-1,13) pour le même jour.
Les estimations sont sujettes à rectification en raison des décalages temporels des notifications et de fluctuations dans les données. Nous rappelons que les valeurs de Re reflètent le niveau de circulation du virus avec un certain décalage puisqu’il s’écoule plusieurs jours entre l’infection et le résultat du test ou le décès éventuel. Pour les valeurs de Re établies d’après le nombre de cas, ce décalage est de 10 jours au moins, tandis qu’il peut aller jusqu’à 23 jours pour les valeurs basées sur le nombre de décès.
Nous évaluons par ailleurs le taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès sur les 14 derniers jours[3]. Le nombre de cas confirmés a augmenté de 36% (IC: 52% à 22%) par semaine et celui des hospitalisations, de 41% (IC: 79% à 12%). Les décès sont en recul de 50% (IC: 64% à -88%). Ces valeurs reflètent les infections survenues il y a plusieurs semaines.
Notre tableau de bord permet de suivre l’évolution du nombre de cas, d’hospitalisation et de décès par tranches d’âge[4]. Nous observons que le nombre de cas augmente dans toutes les tranches d’âge; la hausse est conséquente dans toutes les classes d’âge hormis pour les 65-74 ans. Dans toutes les tranches d’âge, on relève des taux d’évolution à un chiffre pour les hospitalisations, si bien qu’il est difficile d’en déduire une tendance au fil du temps. Malgré tout, on constate une augmentation significative des hospitalisations pour les 35-44 ans et les 55-64 ans du 23 juillet au 5 août 2021.
Chiffres absolus
Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 143 pour 100 000 habitants. La positivité est de 6,2% (au 07.08.2021; c’est le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).
Au cours des 14 derniers jours, le nombre de patients COVID-19 en soins intensifs s’est situé entre 35 et 72 personnes[5] (variation de 51% (IC: 73% à 32%) par semaine).
Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours a été de 1 à 5 par jour.[6]
Nouveaux variants
Depuis la semaine 26, le variant Delta (B.1.617) est majoritaire en Suisse. Ce variant identifié initialement en Inde représentait 1% des cas séquencés dans la semaine 19, 24% des cas dans la semaine 24 et 97% dans la semaine 30[7]. Le séquençage étant effectué avec un certain décalage dans le temps, cette fréquence est encore susceptible d’évoluer, en particulier pour la semaine 30. L’augmentation de la fréquence du variant Delta permet d’estimer que l’avantage de transmission par rapport à Alpha est de 75 à 83%[8].
Pour les variants du SARS-CoV-2 observés auparavant en Suisse, parmi lesquels le variant Alpha, dominant de mars à juin 2021, mais aussi les variants Bêta et Gamma, de plus en plus rares, on a enregistré une fréquence totale de moins de 2% ces dernières semaines[25].
Delta domine le tableau de l’épidémie dans de nombreux pays dont la Grande-Bretagne, les Etats-Unis, la France, l’Allemagne, l’Italie et le Portugal. L’avantage de transmission de Delta par rapport à Alpha a été estimé à 56% (intervalle de confiance de 95%: 34%-81%)[9].
Il apparaît que le variant Delta provoque des manifestations plus graves que les autres souches précédemment majoritaires en Suisse. Selon des données en provenance d’Ecosse[10], l’infection par Delta multiplie par deux la fréquence d’hospitalisation des patients par rapport au variant Alpha (hazard ratio 1,39-2,47). Une étude canadienne montre que le risque d’hospitalisation augmente de 108% (80-138%) avec Delta par rapport à ce qu’il était avec les souches en circulation en 2020[11].
Différentes études sont en cours pour mesurer l’efficacité des vaccins à ARN messager contre l’infection (y compris asymptomatique). Selon des chiffres publiés par Israël, le vaccin Pfizer/BioNtech protège à 39% (9-59%) contre la contamination[12], tandis qu’une étude écossaise fait état d’une protection de 79% (75-82%)[13]. Un nouveau rapport publié dans le cadre du programme britannique REACT estime à 49% (22-67%) l’efficacité de la vaccination contre l’infection[14] (l’étude ne distingue pas les différents vaccins administrés au Royaume-Uni).
La protection vaccinale contre les infections symptomatiques par le variant Delta est moindre. Selon une étude de Public Health England[15], l’efficacité qui atteignait 89% (87-90%) contre le variant Alpha ne s’élève qu’à 79% (78-80%) contre Delta (voir aussi [16], [17]; Pfizer/BioNtech). Une publication canadienne établit à 85% (78-89%) l’efficacité vaccinale contre les infections symptomatiques au variant Delta[18] (Pfizer/BioNtech et Moderna). En Israël[19], des études estiment cette efficacité à 40,5% (8,7-61,2%) seulement. A ce jour, les raisons de cette relative faiblesse de la protection en Israël par rapport à d’autres pays sont incertaines: une efficacité vaccinale qui diminue dans le temps chez les premières personnes vaccinées en Israël, l’utilisation de plusieurs vaccins (le Canada a vacciné avec Pfizer/BioNtech et Moderna) ou l’intervalle prolongé entre les deux doses administrées (en particulier en Angleterre) pourraient être en cause. Il n’en reste pas moins qu’avec une protection de 40% contre l’infection, ce sont tout de même quatre infections sur dix qui sont évitées, ce qui signifie que la vaccination ralentit la propagation du virus.
A ce jour, les études ne quantifient pas encore de manière définitive la capacité de la vaccination à prévenir la transmission. Tandis qu’un nouveau rapport du centre américain de contrôle et de prévention des maladies, le CDC[20], montre que la charge virale de Delta est similaire chez les personnes vaccinées et non vaccinées, une publication dans le cadre du programme britannique REACT[21] fait état d’une charge virale inférieure chez les patients vaccinés. Dans tous les cas, étant donné le lien étroit entre charge virale et risque de transmission, ces données soulignent que les personnes vaccinées contaminées par le variant Delta peuvent transmettre le virus.
La vaccination continue d’assurer une protection importante contre les formes symptomatiques graves. L’efficacité est d’environ 96% [91-98%] selon les analyses britanniques[22], [23] et de 88% (78,9-93,2%) d’après les études israéliennes[24]. Autrement dit, la vaccination permet d’éviter environ neuf hospitalisations sur dix.
Hinweise:
[1] https://sciencetaskforce.ch/reproduktionszahl/ und https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Die Schätzungen von Re über die letzten Tage können leichten Schwankungen unterliegen. Diese Schwankungen treten insbesondere in kleinen Regionen, bei sich ändernder Dynamik und bei niederen Fallzahlen auf.
[2] https://sciencetaskforce.ch/reproduktionszahl/ und https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Die Schätzungen von Re über die letzten Tage können leichten Schwankungen unterliegen. Diese Schwankungen treten insbesondere in kleinen Regionen, bei sich ändernder Dynamik und bei niederen Fallzahlen auf.
[3] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends: Aufgrund von Melderverzögerungen werden die letzten 3 respektive 5 Tage für bestätigte Fälle und Hospitalisationen/Todesfälle nicht berücksichtigt.
[4] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/, Dashboard Time Series
[6] https://www.covid19.admin.ch
[7] https://cov-spectrum.ethz.ch/
[8] https://cov-spectrum.ethz.ch/
[9] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/993358/s1288_Warwick_RoadMap_Step_4.pdf
[10] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01358-1/fulltext
[11] https://doi.org/10.1101/2021.07.05.21260050
[12] https://www.gov.il/BlobFolder/reports/vaccine-efficacy-safety-follow-up-committee/he/files_publications_corona_two-dose-vaccination-data.pdf
[13] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01358-1/fulltext
[14] https://spiral.imperial.ac.uk/bitstream/10044/1/90800/2/react1_r13_final_preprint_final.pdf
[15] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1007376/Vaccine_surveillance_report_-_week_30.pdf
[16] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2108891
[17] https://doi.org/10.1101/2021.07.05.21260050
[18] https://www.alberta.ca/stats/covid-19-alberta-statistics.htm#vaccine-outcomes
[19] https://www.gov.il/BlobFolder/reports/vaccine-efficacy-safety-follow-up-committee/he/files_publications_corona_two-dose-vaccination-data.pdf
[20] https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/70/wr/mm7031e2.htm?s_cid=mm7031e2_w
[21] https://spiral.imperial.ac.uk/bitstream/10044/1/90800/2/react1_r13_final_preprint_final.pdf
[22] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1007376/Vaccine_surveillance_report_-_week_30.pdf
[23] https://khub.net/web/phe-national/public-library/-/document_library/v2WsRK3ZlEig/view_file/479607329?_com_liferay_document_library_web_portlet_DLPortlet_INSTANCE_v2WsRK3ZlEig_redirect=https%3A%2F%2Fkhub.net%3A443%2Fweb%2Fphe-national%2Fpublic-library%2F-%2Fdocument_library%2Fv2WsRK3ZlEig%2Fview%2F479607266
[24] https://www.gov.il/BlobFolder/reports/vaccine-efficacy-safety-follow-up-committee/he/files_publications_corona_two-dose-vaccination-data.pdf