Évaluation de la situation épidémiologique, 21 juin 2021

Situation générale

Différentes souches de SARS-CoV-2 circulent en Suisse; parmi celles-ci, la variante Alpha (B.1.1.7) est dominante. Les paramètres épidémiologiques généraux – nombre de cas, d’hospitalisations, taux d’occupation des unités de soins intensifs, nombre de décès – donnent une vue d’ensemble sans faire la distinction entre les souches individuelles. Dans l’ensemble, tous ces indicateurs pointent vers un recul constant de l’épidémie. Les données issues de la surveillance des eaux usées constituent un indicateur important, indépendant du changement de pratiques. Les analyses des eaux usées de six emplacements^[1] confirment les tendances épidémiologiques observées sur la base du nombre de cas.

Dynamique

Selon nos estimations basées sur les données actuelles, l’épidémie de SARS-CoV-2 a poursuivi sa décroissance au cours des dernières semaines. La moyenne sur sept jours du taux de reproduction dans l’ensemble du pays est de 0,61 (0,51-0,71); ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 05.06. – 11.06.2021^[2]. Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif R_e pour l’ensemble de la Suisse sont de^[3] :

0,53 (intervalle de confiance à 95%, IC : 0,4-0,66) basé sur les cas confirmés, au 11.06.2021.
0,61 (95% IC : 0,36-0,92) basé sur les hospitalisations, au 05.06.2021. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 0,69 (IC 95%: 0,62-0,76) pour le même jour.
0,71 (IC 95% : 0,22-1,49) sur la base des décès (au 30.05.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le R_e est estimé à 0,78 (IC 95% : 0,53-1,06) pour le même jour. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 0,73 (95 % IC : 0,64-0,82) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs R_e reflètent le niveau de circulation du virus avec un certain décalage, car un laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs R_e basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès. En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours^[4]. Le nombre des cas confirmés a varié de -50% (IC : -40% à -57%) par semaine, le nombre d’hospitalisations de -44% (IC : -25% à -58%) et le nombre de décès de -40% (IC : 5% à -66%). Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines. Notre dashboard permet de suivre la variation des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge ^[5]. Nous observons des diminutions statistiquement significatives du nombre de cas dans tous les groupes d’âge. Les taux d’hospitalisation sont à un chiffre pour tous les groupes d’âge, ce qui rend difficile l’estimation d’une tendance temporelle. Dans les groupes des 45-54 ans et des 55-64 ans, la diminution des taux d’hospitalisation est importante.

Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 45 pour 100 000 habitants. La positivité est de 0,6% (au 18.06.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues). Le nombre de patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 66 et 107^[6] personnes (la variation était de -25% (IC : -16% à -33%) par semaine). Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 1 et 6 par jour^[7].

Nouvelles variantes

Depuis mars 2021, Alpha est la variante dominante du virus en Suisse^[8],^[9], dont le taux de transmission est environ 50 % plus élevé que celui du type naturel^[10],^[11],^[12]. Les vaccins à ARNm utilisés en Suisse sont très efficaces contre Alpha ^[13],^[14],^[15]. Les variantes Bêta (B.1.351) et Gamma (P.1), qui ont été détectées pour la première fois en Suisse au premier trimestre 2021, ont été relevées à une fréquence de 0,5% et de 1,6% respectivement sur les 14 derniers jours^[16]. Le variant Delta (B.1.617.2), décrit à l’origine en Inde et classé comme «variant of concern (VOC)» – variant préoccupant – par Public Health England, a été détecté dans 132 cas en Suisse à ce jour et avait une fréquence de 4,5 % au cours de la semaine civile 22, et de 16,5 % au cours de la semaine civile 23 parmi les cas séquencés ^[17]. En raison des délais dans l’enregistrement des séquences, ces fréquences peuvent encore changer, notamment au cours de la semaine civile 23. La variante virale Delta, qui supplante Alpha dans de nombreuses villes britanniques, a probablement un taux de transmission plus élevé^[18]. L’avantage de transmission de Delta par rapport à Alpha a été estimé à 56% (intervalle de confiance de 95%: 34 %-81 %) dans une étude de l’Université de Warwick figurant dans une prépublication^[19] . Selon une prépublication de Public Health England^[20], la protection vaccinale contre le variant Delta est réduite: après l’injection de la première dose de BNT162b2, l’efficacité contre ce variant n’est que d’environ 34% (au lieu de 51% contre le variant Alpha); après l’inoculation de la deuxième dose, l’efficacité est de 88% (au lieu de 93% contre Alpha). L’épidémie, dominée au Royaume-Uni par le variant Delta, augmente de manière significative (la moyenne sur sept jours du taux de reproduction est de 1,25 (1,14-1,35), mesurée du 31 mai 2021 au 6 juin 2021^[21]).

Liens

[1] https://sensors-eawag.ch/sars/overview.html

[2] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de R_eau cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[3] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de R_eau cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[4] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends: Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.

[5] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/, Dashboard Time Series

[6] https://icumonitoring.ch

[7] https://www.covid19.admin.ch

[8] https://cevo-public.github.io/Quantification-of-the-spread-of-a-SARS-CoV-2-variant/

[9] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[10] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-9-janvier-2021/

[11] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.05.21252520v2

[12] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[13] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-7-avril-2021/

[14] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00947-8/fulltext

[15] https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMc2102179?articleTools=true

[16] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[17] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[18] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/994761/18_June_2021_Risk_assessment_for_SARS-CoV-2_variant_DELTA.pdf

[19] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/993358/s1288_Warwick_RoadMap_Step_4.pdf

[20] https://khub.net/documents/135939561/430986542/Effectiveness+of+COVID-19+vaccines+against+the+B.1.617.2+variant.pdf/204c11a4-e02e-11f2-db19-b3664107ac42

[21] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de R_eau cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.