Genomische Charakterisierung
In der Schweiz ist im März 2021 das „National genomic monitoring programme“ für SARS-CoV-2 (bag.admin) angelaufen. Bis dahin wurden die Genome aufgrund Initiative einzelner Labore erhoben .(zB.. bsse.ethz und biomed.unibas und health2030). Diese Sequenzierung erlaubt uns, die Evolution und Epidemiologie von SARS-CoV-2 zu überwachen.
SARS-CoV-2 Varianten
Die erhobenen schweizer Daten führen wir mit Daten aus dem Ausland zusammen und stellen sie auf https://cov-spectrum.ethz.
Phylogenetischer Baum
Im Folgenden zeigen wir den phylogenetischen Baum der Schweizer SARS-CoV-2-Proben. Dieser Baum erlaubt es, die Evolution und epidemische Ausbreitung des Virus visuell zu verfolgen. Um die Schweizer Sequenzen weiter zu erkunden, gehen Sie auf den Link.
Der phylogenetische Baum zeigt evolutionäre Verwandtschaften von SARS-CoV-2-Viren, die im Laufe der COIVD-19 Pandemie in der Schweiz und anderswo sequenziert wurden. Unser Ziel ist es, so viele Genome aus der Schweiz wie möglich einzubeziehen. Darüber hinaus enthält der Baum auch Virusgenome aus anderen europäischen Ländern und dem Rest der Welt, um die Schweizer Viren im internationalen Kontext zu sehen. Dieser Kontext ist wichtig, um zu verstehen, wie die verschiedenen Ausbrüche zusammenhängen. Wir weisen jedoch darauf hin, dass direkte Nachbarschaft im Baum nicht unbedingt bedeutet, dass es eine direkte epidemiologische Verbindung zwischen zwei Fällen gibt. Die Abdeckung des Ausbruchs mit sequenzierten Genomen ist sehr unvollständig und heterogen. Darüber hinaus treten Mutationen im Durchschnitt nur alle zwei Wochen auf. Längere Zeiträume ohne Mutationen sind daher nicht ungewöhnlich und direkte Verbindungen oder die Richtung einer Übertragung können nicht allein aus dem Baum abgeleitet werden.
Hintergrundinformationen zur genomischen Epidemiologie und zur Interpretation phylogenetischer Bäume finden Sie auf nextstrain.org.
Um die Interpretation zu erleichtern, haben wir eine interaktive Erläuterung der Schweizer Daten vorbereitet. Um die Daten selbst eingehend und interaktiv zu erkunden, besuchen Sie nextstrain.org.
Die Daten aus der Schweiz stammen von den folgenden Gruppen:
- Forschungsgruppe „Computational Evolution“ am D-BSSE der ETHZ in Basel. Die Proben wurden von der Viollier AG zur Verfügung gestellt, von der Genomic Facility Basel (Leitung Beisel) auf der Illumina-Technologie sequenziert und mit der V-Pipe-Virusassembly-Pipeline analysiert (Ivan Topolsky, Pedro Ferreira, Philipp Jablonski, Susana Posada-Céspedes, Niko Beerenwinkel).
- Universitätsspital Basel, Klinische Virologie und Klinische Mikrobiologie.
- Labor für Virologie (Universitätsspital Genf HUG). Proben stammen aus verschiedenen Kantonen und wurden auf der Genomik-Plattform iGE3 der Universität Genf (Leitung: M.Docquier) auf einer Illumina HiSeq4000 sequenziert und vom Labor für Virologie der HUG analysiert (Florian Laubscher, Samuel Cordey und Laurent Kaiser).
- Institut für Medizinische Virologie der Universität Zürich. Proben wurden vom Universitätsspital Zürich, vom Triemli-Spital Zürich und von der Klinik Hirslanden Zürich zur Verfügung gestellt, mit Illumina-Technologie sequenziert und mit der viralen metagenomischen VirMet-Pipeline analysiert (Stefan Schmutz, Maryam Zaheri, Verena Kufner, Gabriela Ziltener, Jürg Böni, Michael Huber, Alexandra Trkola)
Alle von uns verwendeten Daten (schweizerische und internationale) stammen aus der GISAID Datenbank. Wir danken den vielen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern auf der ganzen Welt, die Virusgenome und Metadaten via GISAID zur Verfügung stellen. Ohne diese Daten wäre diese Arbeit nicht möglich.