Caratterizzazione genomica

Da marzo 2021 in Svizzera è stato avviato il «National genomic monitoring programme» per il SARS-CoV-2 (bag.admin). Fino ad allora i genomi venivano rilevati su iniziativa di singoli laboratori (e.g. bsse.ethz and biomed.unibas and health2030). Questo sequenziamento ci consente di monitorare l’evoluzione e l’epidemiologia di SARS-CoV-2.

Varianti di SARS-CoV-2

Uniamo i dati raccolti in Svizzera con i dati provenienti dall’estero e li rappresentiamo visivamente su https://cov-spectrum.ethz.ch/. In questo modo è possibile seguire quasi in tempo reale la composizione genomica dell’epidemia in Svizzera. Per una selezione di dati svizzeri sono inoltre disponibili anche metadati clinici, il che permette di esaminare ad esempio il rischio di ospedalizzazione specifico delle varianti.

B.1.17 in der Schweiz B.1.351 in der Schweiz P.1. in der Schweiz B.1.617 (und Untertypen) in der Schweiz

Albero filogenetico

Qui di seguito mostriamo l’albero filogenetico dei campioni svizzeri di SARS-CoV-2. Questo albero permette di ispezionare visivamente l’evoluzione e la diffusione epidemica del virus. Per esplorare ulteriormente le sequenze svizzere, si prega di andare su link.

L’albero filogenetico mostra le relazioni di parentela evolutiva dei virus della SARS-CoV-2, sequenziati in Svizzera e altrove nel corso della pandemia di COVID-19. L’obiettivo che ci prefiggiamo è includere il numero massimo di genomi della Svizzera. L’albero filogenetico presenta anche genomi di virus provenienti da altri paesi europei e dal resto del mondo, nell’intento di collocare i virus svizzeri in un contesto internazionale. Tale prospettiva è fondamentale, in quanto consente di comprendere i legami tra i diversi focolai della malattia. Tuttavia, è opportuno osservare che una relazione di parentela diretta all’interno dell’albero filogenetico non implica necessariamente un nesso epidemiologico diretto tra due casi. Il sequenziamento dei genomi del focolaio della malattia è estremamente incompleto ed eterogeneo, e inoltre si profilano mutazioni in media soltanto ogni due settimane. Non è quindi inusuale che trascorrano periodi più lunghi senza mutazioni e solo partendo dall’albero non è possibile presumere quali siano i legami diretti tra casi o la direzione di una trasmissione.

Per avere un quadro relativo all’epidemiologia genomica e per un’interpretazione degli alberi filogenetici è possibile consultare nextstrain.org.

Per facilitare la lettura e l’interpretazione abbiamo elaborato una spiegazione interattiva dei dati svizzeri. Se desiderate esplorare personalmente i dati forniti in modo dettagliato e interattivo potete visitare il sito nextstrain.org.

I dati della Svizzera provengono dai seguenti gruppi:

  • Swiss Viollier Sequencing Consortium
  • ospedale universitario di Basilea, virologia clinica e microbiologia clinica;
  • laboratorio di virologia (ospedale universitario di Ginevra HUG). I campioni provengono da diversi cantoni e sono stati sequenziati con il sistema di sequenziamento HiSeq4000 sulla piattaforma genomica iGE3 dell’Università di Ginevra (diretta da M. Docquier) e analizzati dal laboratorio di virologia dello HUG (Florian Laubscher, Samuel Cordey e Laurent Kaiser);
  • istituto per la virologia medica dell’Università di Zurigo. I campioni sono stati messi a disposizione dall’Ospedale universitario di Zurigo, dall’ospedale Triemli di Zurigo e dalla clinica Hirslanden di Zurigo, sequenziati con la tecnologia Illumina e analizzati con il pipeline VirMet specifico per la metagenomica virale (Stefan Schmutz, Maryam Zaheri, Verena Kufner, Gabriela Ziltener, Jürg Böni, Michael Huber, Alexandra Trkola).

Tutti i dati che utilizziamo (svizzeri e internazionali) provengono dalla banca dati GISAID. Ringraziamo i numerosi scienziati a livello mondiale che condividono i genomi del virus e i metadati tramite GISAID, perché senza il loro prezioso contributo il nostro lavoro non sarebbe possibile.

Poiché la Swiss National COVID-19 Science Task Force è stata sciolta il 31 marzo 2022, in futuro non verranno pubblicate ulteriori valutazioni epidemiologiche, aggiornamenti scientifici o policy brief. Tutte le precedenti pubblicazioni, pagine e informazioni della Science Task Force rimangono disponibili su questo sito web.