Caratterizzazione genomica
Da marzo 2021 in Svizzera è stato avviato il «National genomic monitoring programme» per il SARS-CoV-2 (bag.admin). Fino ad allora i genomi venivano rilevati su iniziativa di singoli laboratori (e.g. bsse.ethz and biomed.unibas and health2030). Questo sequenziamento ci consente di monitorare l’evoluzione e l’epidemiologia di SARS-CoV-2.
Varianti di SARS-CoV-2
Uniamo i dati raccolti in Svizzera con i dati provenienti dall’estero e li rappresentiamo visivamente su https://cov-spectrum.ethz.
Albero filogenetico
Qui di seguito mostriamo l’albero filogenetico dei campioni svizzeri di SARS-CoV-2. Questo albero permette di ispezionare visivamente l’evoluzione e la diffusione epidemica del virus. Per esplorare ulteriormente le sequenze svizzere, si prega di andare su link.
L’albero filogenetico mostra le relazioni di parentela evolutiva dei virus della SARS-CoV-2, sequenziati in Svizzera e altrove nel corso della pandemia di COVID-19. L’obiettivo che ci prefiggiamo è includere il numero massimo di genomi della Svizzera. L’albero filogenetico presenta anche genomi di virus provenienti da altri paesi europei e dal resto del mondo, nell’intento di collocare i virus svizzeri in un contesto internazionale. Tale prospettiva è fondamentale, in quanto consente di comprendere i legami tra i diversi focolai della malattia. Tuttavia, è opportuno osservare che una relazione di parentela diretta all’interno dell’albero filogenetico non implica necessariamente un nesso epidemiologico diretto tra due casi. Il sequenziamento dei genomi del focolaio della malattia è estremamente incompleto ed eterogeneo, e inoltre si profilano mutazioni in media soltanto ogni due settimane. Non è quindi inusuale che trascorrano periodi più lunghi senza mutazioni e solo partendo dall’albero non è possibile presumere quali siano i legami diretti tra casi o la direzione di una trasmissione.
Per avere un quadro relativo all’epidemiologia genomica e per un’interpretazione degli alberi filogenetici è possibile consultare nextstrain.org.
Per facilitare la lettura e l’interpretazione abbiamo elaborato una spiegazione interattiva dei dati svizzeri. Se desiderate esplorare personalmente i dati forniti in modo dettagliato e interattivo potete visitare il sito nextstrain.org.
I dati della Svizzera provengono dai seguenti gruppi:
- Swiss Viollier Sequencing Consortium
- ospedale universitario di Basilea, virologia clinica e microbiologia clinica;
- laboratorio di virologia (ospedale universitario di Ginevra HUG). I campioni provengono da diversi cantoni e sono stati sequenziati con il sistema di sequenziamento HiSeq4000 sulla piattaforma genomica iGE3 dell’Università di Ginevra (diretta da M. Docquier) e analizzati dal laboratorio di virologia dello HUG (Florian Laubscher, Samuel Cordey e Laurent Kaiser);
- istituto per la virologia medica dell’Università di Zurigo. I campioni sono stati messi a disposizione dall’Ospedale universitario di Zurigo, dall’ospedale Triemli di Zurigo e dalla clinica Hirslanden di Zurigo, sequenziati con la tecnologia Illumina e analizzati con il pipeline VirMet specifico per la metagenomica virale (Stefan Schmutz, Maryam Zaheri, Verena Kufner, Gabriela Ziltener, Jürg Böni, Michael Huber, Alexandra Trkola).
Tutti i dati che utilizziamo (svizzeri e internazionali) provengono dalla banca dati GISAID. Ringraziamo i numerosi scienziati a livello mondiale che condividono i genomi del virus e i metadati tramite GISAID, perché senza il loro prezioso contributo il nostro lavoro non sarebbe possibile.