Évaluation de la situation épidémiologique, 7 juin 2021

Texte en attente de traduction - Texte original en allemand

Situation générale

Différentes souches de SARS-CoV-2 circulent en Suisse; parmi celles-ci, la variante B.1.1.7 (désormais appelée Alpha) est dominante. Les paramètres épidémiologiques généraux – nombre de cas, d’hospitalisations, taux d’occupation des unités de soins intensifs, nombre de décès – donnent une vue d’ensemble sans faire la distinction entre les souches individuelles. Dans l’ensemble, tous ces indicateurs pointent vers un recul constant l’épidémie. Les données issues de la surveillance des eaux usées constituent un indicateur important, indépendant du changement de pratiques. Les analyses des eaux usées de six emplacements^[1] confirment les tendances épidémiologiques observées sur la base du nombre de cas.

Dynamique

En nous basant sur les données actuelles, nous estimons que, au cours des dernières semaines, l’épidémie de SARS-CoV-2 a poursuivi sa décroissance. La moyenne sur sept jours du taux de reproduction dans l’ensemble du pays est de 0,77 (0,66-0,87), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 22.05 au 28.05.2021^[2]. Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif R_e pour l’ensemble de la Suisse sont de^[3] :

0,75 (intervalle de confiance, IC de 95%: 0,63-0,87) sur la base des cas confirmés (au 28.05.2021).
0,53 (95% IC : 0,36-0,74) sur la base des hospitalisations, au 22.05.2021. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le R_eest estimé à 0,78 (IC 95%: 0,71-0,86) pour le même jour.
0,49 (IC 95% : 0,11-1,12) sur la base des décès (au 16.05.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le R_e est estimé à 0,74 (95 % IC : 0,57-0,94) pour le même jour. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 0,86 (95 % IC : 0,76-0,97) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs R_e reflètent le niveau de circulation du virus avec un certain décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs R_e basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès. En parallèle, nous déterminons la période de doublement ou de division par deux des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours^[4]. Le nombre des cas confirmés a varié de -30% (IC : -16% à -42%) par semaine, le nombre d’hospitalisations de -41% (IC : -27% à -52%) et le nombre de décès de -45% (IC : -5% à -69%). Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines. Notre dashboard permet de suivre la variation des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge ^[5]. Nous observons des diminutions avec une significativité statistique du nombre de cas dans tous les groupes d’âge (sauf dans les groupes des moins de 7 ans et des plus de 75 ans, où il y a moins de 30 cas par jour) et des diminutions statistiquement significatives du nombre d’hospitalisations dans les groupes des 55-64 ans et des 65-74 ans.

Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 107 pour 100 000 habitants. La positivité est de 1,9% (au 04.06.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues). Le nombre de patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 125 et 152^[6] personnes (la variation était de -10% (IC : -2% à -18%) par semaine). Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 1 et 8 par jour^[7].

Nouvelles variantes

Depuis mars 2021, B.1.1.7 est le variant viral dominant en Suisse^[8],[9]. Par rapport au type naturel, B.1.1.7 a un taux de transmission d’environ 50 % plus élevé ^[10],^[11],^[12], et entraîne des évolutions plus graves de la maladie ^[13],^[14],^[15],^[16]. Dans les données suisses, nous observons une hausse des probabilités d’hospitalisation. Par exemple, une personne de 50 à 59 ans dont le test est positif a un risque de 4,0% d’être hospitalisée en 2021 si elle est infectée par la variante B.1.1.7. Pour une personne infectée par une autre variante, ce risque est d’à peine 1,8%^[17]. Les chiffres de décès des suites d’une infection par B.1.1.7 pour la Suisse sont trop faibles pour que nous puissions exprimer notre avis au sujet de la situation dans notre pays. Les vaccins à ARNm utilisés en Suisse sont très efficaces contre B.1.1.7 ^[18],^[19],^[20]. Les variantes B.1.351 («Beta»), P.1 («Gamma») et B.1.617, qui ont été détectées pour la première fois en Suisse au premier trimestre 2021, sont actuellement présentes à moins de 2% chacune^[21]. La variante B.1.617, décrite à l’origine en Inde, a été identifiée, jusqu’à présent, dans 88 cas pour l’ensemble de la Suisse. La grande majorité de ces cas ont été infectés par la sous-variante B.1.617.2 («Delta»), que Public Health England a classée comme une «variants of concern» (VOC), ou variante préoccupante. B.1.617.2 est en train de supplanter B.1.1.7 dans de nombreuses villes britanniques et a probablement un taux de transmission plus élevé, bien que cela ne puisse pas encore être quantifié^[22]. L’épidémie, dominée par B.1.617.2 au Royaume-Uni, est en forte augmentation (la moyenne sur sept jours du taux de reproduction est de 1,33 (1,21-1,44), mesuré du 17 au 23 mai 2021^[23]). Selon une nouvelle prépublication de Public Health England^[24], la protection vaccinale contre le B.1.617.2 est réduite: après la première dose de BNT162b2 (vaccin à ARNm de Pfizer/BioNTech), l’efficacité contre le B.1.617 n’est que d’environ 34% (au lieu de 51% contre le B.1.1.7); après la deuxième dose, l’efficacité est de 88% (au lieu de 93% contre le B.1.1.7).

Liens:

[1] https://sensors-eawag.ch/sars/overview.html

[2] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de R_eau cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[3] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de R_eau cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[4] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends: Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.

[5] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/ , dashboard Time Series

[6] https://icumonitoring.ch

[7] https://www.covid19.admin.ch

[8] https://cevo-public.github.io/Quantification-of-the-spread-of-a-SARS-CoV-2-variant/

[9] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[10] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-9-janvier-2021/

[11] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.05.21252520v2

[12] https://ispmbern.github.io/covid-19/variants/

[13] https://www.nature.com/articles/s41586-021-03426-1

[14] https://www.bmj.com/content/bmj/372/bmj.n579.full.pdf

[15] https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.04.21252528v2.full.pdf

[16] https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3792894

[17] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[18] https://sciencetaskforce.ch/wissenschaftliches-update-07-april-2021/

[19] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)00947-8/fulltext

[20] https://www.nejm.org/doi/pdf/10.1056/NEJMc2102179?articleTools=true

[21] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[22] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/991135/3_June_2021_Risk_assessment_for_SARS-CoV-2_variant_DELTA.pdf

[23] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: Les estimations de R_eau cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[24] https://khub.net/documents/135939561/430986542/Effectiveness+of+COVID-19+vaccines+against+the+B.1.617.2+variant.pdf/204c11a4-e02e-11f2-db19-b3664107ac42