Évaluation de la situation épidémiologique, 3 janvier 2022

Texte en attente de traduction - Texte original en allemand

Situation générale

Les mois passés, l’actualité épidémiologique avait été dominée par le variant Delta. Le 26 novembre 2021, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré le nouveau variant, dénommé Omicron, comme préoccupant. En Suisse, ce variant a été détecté pour la première fois dans un échantillon prélevé le 22 novembre 2021 et s’est propagé très rapidement au cours des six dernières semaines, si bien qu’il représente désormais la majorité des nouvelles infections. Depuis la semaine 51, 2021, nous constatons une augmentation du nombre de cas et la valeur R est désormais significativement supérieure à 1 dans toutes les grandes régions.

Si la fréquence des contacts reste la même, la progression d’Omicron entraînera une augmentation de plus en plus rapide du nombre absolu de cas. Le nombre de cas augmente actuellement d’environ 45 % par semaine. Un nouvel accroissement du nombre de cas entraînerait de nombreux cas de maladie et donc des arrêts de travail dans des secteurs critiques tels que le système de santé – surchargeant en outre les capacités de dépistage. Si les contacts sont réduits, cette augmentation absolue du nombre de cas peut être freinée. En mettant des autotests à disposition de tout le monde, on faite en sorte que chacun et chacune puisse continuer à se tester – et que les contacts nécessaires soient plus sûrs.

En outre, le port systématique et permanent de masques à l’intérieur des bâtiments réduit très efficacement le nombre de nouvelles infections. Une étude en laboratoire a montré que le risque de transmission du SARS-CoV-2 en l’espace de 20 minutes dans une situation d’exposition donnée s’élevait à plus de 90% sans masque, à 10% avec des masques médicaux correctement portés, et à 0,14% avec des masques FFP2 correctement portés^[1]. Les auteurs partent du principe que dans la vie quotidienne – en dehors du laboratoire – les probabilités d’infection sont encore 10 à 100 fois plus faibles^[2]. Les masques FFP2 réduisent donc le risque résiduel d’infection de 0,1-1 % pour les masques médicaux, à 0,001-0,014 %, offrant ainsi une protection supplémentaire, notamment dans les situations d’exposition accrue. Un masque FFP2 correctement porté gênant davantage la respiration qu’un masque médical correctement porté^[3], les masques FFP2 sont particulièrement indiqués dans les situations où l’activité physique est nulle ou légère (dans les transports en commun, lors d’événements publics, etc.) Dans le même temps, il convient de veiller à une bonne ventilation.

En plus de la réduction des contacts, un déploiement rapide de la vaccination de rappel peut augmenter la protection individuelle contre l’infection d’environ 20-30% à environ 70-80%, au moins à court terme ^[4]. De la sorte, ces troisièmes vaccinations sont un outil efficace supplémentaire pour freiner l’augmentation du nombre de cas. Actuellement, 25% de la population suisse a été vaccinée pour la troisième fois^[5]. Compte tenu du fait qu’il s’agit majoritairement de personnes âgées, des hospitalisations peuvent ainsi être évitées. Pour parvenir, avec la dose de rappel de vaccin, à freiner la propagation d’Omicron, il est nécessaire de procéder rapidement à la troisième vaccination dans la population générale.

Dynamique

Depuis fin octobre 2021 et jusqu’au début de décembre 2021, l’estimation de la valeur R était significativement supérieure à 1. Après une brève chute de la valeur R en dessous de 1 à la mi-décembre 2021, elle est à nouveau significativement supérieure à 1 depuis fin décembre 2021.

La moyenne sur sept jours du nombre de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,38 (intervalle de confiance, IC 95 % : 1,27-1,49), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 18.12. au 24.12.2021^[6].

Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif R_e pour l’ensemble de la Suisse sont de :

1,36 (IC 95 % : 1,26-1,46) sur la base des cas confirmés au 24.12.2021.
0,89 (IC 95 % : 0,79-1,01) sur la base des hospitalisations (au 18.12.2021). Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 1,33 (IC 95 % : 1,25-1,4) pour le même jour.
0,66 (IC 95 % : 0,42-0,9) sur la base des décès (au 12.12.2021) Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le R_e est estimé à 0,9 (IC 95 % : 0,8-1,01) pour le même jour. Sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 0,97 (IC 95 % : 0,9-1,04) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. En particulier, les notifications d’hospitalisation, incomplètes ces dernières semaines, donneront probablement lieu à une révision à la hausse des chiffres. Nous soulignons que les valeurs R_e reflètent le niveau de circulation du virus avec un décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs R_e basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès.

En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours^[7]. Les cas confirmés ont augmenté à un taux de 45 % (IC : 66 % à 26 %) par semaine. Les hospitalisations ont chuté à un taux de -12 % (IC : -2 % à -21 %) par semaine et les décès à un taux de -30 % (IC : -13 % à -43 %) par semaine. Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.

Notre dashboard permet de suivre l’évolution des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge^[8]. Le nombre de cas est en baisse significative dans tous les groupes d’âge sauf chez les 0-9 ans. Les hospitalisations ont augmenté de manière significative dans les groupes d’âge de 10 à 19 ans et de 20 à 29 ans, et ont diminué de manière significative dans les groupes d’âge de 50 à 59 ans et de plus de 80 ans. Toutefois, il se pourrait que, comme ce fut le cas en décembre 2021, le nombre d’hospitalisations soit sous-estimé^[9].

Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 1945 pour 100 000 habitantes et habitants. Le taux de positivité des tests est de 29,4 % (au 31.12.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).

Le nombre de patientes et de patients COVID-19 dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 309 et 336^[10] personnes (la variation était de -2% (IC: 4% à -7%) par semaine).

Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 11 et 28 par jour^[11].

Variants

Delta

Delta était le variant viral dominant en Suisse à compter de la semaine 26 de 2021 ; de la semaine 38 à la semaine 46 il avait une fréquence de 100 % parmi les cas séquencés. Depuis la semaine 47, nous voyons maintenant de plus en plus de séquences du variant Omicron^[12].

La vaccination est très efficace contre les formes graves de Delta (80 % chez les personnes âgées, 95 % chez les plus jeunes, dans les deux cas, 6 mois après la deuxième dose de vaccin) et offre une certaine protection contre l’infection (environ 50 % après 6 mois). Avec une troisième dose de vaccin, la protection contre l’infection et l’hospitalisation revient à au moins 95 %. Pour plus d’informations, voir notre rapport scientifique du 7.12.2021^[13].

Omicron

Le 23 novembre 2021, un nouveau variant du SARS-CoV-2 a été décrit pour la première fois en Afrique du Sud et au Botswana. Il se caractérise par une forte accumulation de modifications dans la protéine de pointe, ou protéine spike. Ce variant est génétiquement le plus proche des variants qui ont circulé au cours du premier semestre 2020 et n’est pas directement issu d’un autre variant préoccupant^[14]. Ce nouveau variant se distingue des variants circulant à l’origine par une trentaine de mutations dans la protéine spike^[15]. Ces mutations ont considérablement modifié des parties importantes de la protéine Spike.

Le 26 novembre 2021, l’Organisation mondiale de la santé a classé ce variant comme préoccupant, le désignant sous le nom d’« Omicron »^[16].

Propagation épidémiologique

Depuis lors, ce variant a été détecté dans 89 pays d’Europe et dans le monde (au 16 décembre 2021) ^[17],^[18],^[19] et cette détection a été initialement associée, dans la majorité des cas, à des voyages en provenance de pays d’Afrique australe. En Suisse, le variant a été détecté 779 fois et, à la semaine 51, 2021, représentait 67% de tous les échantillons séquencés ^[20]. Des données dites «S gene target failure» (absence de détection du gène S) provenant de laboratoires de Genève^[21], Zurich et du Tessin indiquent également qu’Omicron est désormais dominant.

À partir de ces fréquences d’Omicron, il est possible d’estimer le taux de croissance logistique relatif d’Omicron par rapport à Delta^[22]. La croissance relative en Suisse est estimée à 0,22 (0,20-0,23) par jour sur la base de toutes les données de séquences disponibles. Des estimations indépendantes basées sur les données «S gene target failure» de Genève arrivent à 0,26-0,32^[23]. Des estimations basées sur des échantillons d’eaux usées donnent 0,23 (0,19 – 0,28) pour Zurich et 0,27 (0,20-0,34) pour Genève ^[24]^,[25].

En Grande-Bretagne ^[26] et au Danemark^[27], la proportion d’infections par Omicron augmente très rapidement (doublement tous les 2-4 jours), ce qui suggère un avantage de progression dans les populations majoritairement vaccinées. Les données d’Afrique du Sud ont permis d’estimer le taux de croissance logistique d’Omicron par rapport à Delta à 0,32 (IC 95 % : 0,09-0,55) par jour^[28]– ce qui correspondait à un doublement de la proportion d’Omicron dans les nouvelles infections tous les 2 à 8 jours environ. Un rapport de l’Imperial College^[29] estime le taux de croissance exponentielle d’Omicron en Angleterre à 0,34 par jour (IC 95 % : 0,33-0,35), ce qui correspond à un temps de doublement de 2 jours.

Pour la Suisse, les valeurs estimées du taux de progression se situent dans la fourchette des valeurs de l’Afrique du Sud^[30]. La croissance relative en Suisse semble être un peu plus lente qu’au Royaume-Uni, probablement parce que les vaccinations y ont été faites majoritairement avec le produit de Moderna, et qu’aucune vaccination n’ y a été faite avec le produit Oxford/AstraZeneca^[31] .

Scénario de propagation épidémiologique en Suisse

Avec le taux de croissance actuellement estimé pour la Suisse sur la base des échantillons séquencés du 24.11.2021 au 27.12.2021, des scénarios pour l’évolution future du nombre de cas peuvent être calculés sur la base d’une valeur R = 0,9 de Delta jusqu’au 20.12.2021, de la fréquence d’Omicron début décembre et du taux de croissance relatif d’Omicron par rapport à Delta (fig. 1).

En réduisant les contacts et en réalisant les vaccinations de rappel dans les meilleurs délais, il est possible de ralentir la dynamique et donc de retarder l’accélération de la propagation du variant Omicron. De nouvelles mesures ont été introduites à partir du 20 décembre 2021. Nous faisons trois hypothèses différentes pour la valeur R de Delta après le 20.12.2021 : scénario 1 : la valeur R pour Delta reste à 0,9 ; scénario 2 : la valeur R pour Delta diminue à 0,7 ; scénario 3 : la valeur R pour delta tombe à 0,5.

Les calculs sont effectués de manière analogue à nos calculs pour le variant Alpha en janvier 2021 ^[32]et sont décrits en détail sur ^[33].

Le scénario présenté ignore les incertitudes dans la valeur R du variant Delta et dans la fréquence d’Omicron au cours de la semaine 49, 2021. L’incertitude du taux de croissance logistique d’Omicron par rapport à Delta est représentée par les zones orange foncé. Nous supposons une progression du variant Omicron de 0,21 (0,20-0,22) par jour sur la base des échantillons cliniques séquencés. Dans l’ensemble, ce taux de croissance estimé en Suisse est inférieur aux estimations de la Grande-Bretagne et de l’Afrique du Sud (voir ci-dessus).

Figure 1. Scénario d’évolution du nombre de cas jusqu’au 09.01.2022. Nous supposons qu’au début de la semaine 49, 2021, la valeur R de Delta était de 0,9 et n’a pas changé jusqu’au 20 décembre 2021. Dans le scénario 1, la valeur R pour le variant Delta reste à 0,9 après le 20 décembre 2021, dans le scénario 2 à 0,7 et dans le scénario 3 à 0,5. Les nombres de cas attendus pour Delta sont indiqués en bleu dans la figure 1. Nous supposons également que la fréquence d’Omicron dans les cas confirmés au début de la semaine 49 était de 4 %. Le taux de croissance logistique d’Omicron par rapport à Delta est estimé à 0,21 (0,20-0,22) par jour. Les nombres de cas Omicron ainsi attendus sont représentés en orange (traits pleins avec une croissance de 0,21 par jour ; lignes pointillées avec 0,20 et 0,22 par jour).

Effet protecteur de la vaccination

Les analyses de laboratoire des deux dernières semaines^[34],^[35],^[36],^[37] ^[38] montrent une forte diminution de la neutralisation d’Omicron par les sérums de personnes vaccinées ou guéries. Les études sur la neutralisation d’Omicron sont rassemblées et mises en relation dans un document constamment mis à jour^[39]. De manière générale, les sérums provenant de personnes à la fois guéries et vaccinées ont une capacité neutralisante supérieure à ceux des personnes doublement vaccinées. Avec une troisième dose de vaccin, la neutralisation augmente fortement.

Un preprint^[40] a estimé, sur la base de données épidémiologiques, l’efficacité des vaccins d’Oxford/Astra Zeneca et de BioNTech/Pfizer contre l’infection symptomatique par Omicron : la protection de BioNTech/Pfizer est passée de 88 % 2-9 semaines après la deuxième vaccination à environ 35 % (IC 95 % : 10-50 %) après 4 mois. Dans cette étude également, il apparaît qu’une troisième dose de vaccin augmente fortement la protection, à savoir à 60-85 %, du moins à court terme. Une autre étude de l’Imperial College^[41] aboutit à des estimations similaires concernant l’efficacité du vaccin de BioNTech/Pfizer : une troisième vaccination fait passer la protection contre l’infection symptomatique par Omicron de 19 % (IC 95 % : 13-24 %) à 77 % (72-80 %). Cela correspond à peu près à la protection contre le variant Delta des personnes doublement vaccinées. L’effet à long terme ne peut pas encore être évalué.

Les données actuelles suggèrent donc qu’une troisième dose de vaccin pourrait réduire la charge de morbidité attendue des infections à Omicron. Il est important que la troisième dose de vaccin soit administrée aussitôt que possible à toutes les personnes dont la deuxième vaccination remonte à 4 mois, afin que la protection soit effective avant qu’elles ne soient infectées par Omicron.

Il n’existe pas encore beaucoup de données sur l’effet protecteur de la vaccination contre les formes graves en cas d’infection par le variant Omicron. Une étude basée sur les données d’une des plus grandes compagnies d’assurance maladie d’Afrique du Sud^[42] estime que les personnes ayant reçu deux doses du vaccin de BioNTech/Pfizer sont protégées à 70 % contre les formes graves de l’infection par Omicron. L’Agence britannique de sécurité sanitaire (UKHSA) estime que le risque d’hospitalisation d’une personne symptomatiquement infectée par le variant Omicron est réduit de 68% (IC 95% : 42-82%)^[43].

Gravité de l’infection

Selon une étude du CDC^[44] , la période d’incubation d’une infection par Omicron, d’environ 3 jours, est plus courte que celle des variants qui circulaient auparavant.

L’évaluation de la gravité d’une infection par Omicron par rapport à une infection par un variant antérieur est rendue difficile par le fait qu’Omicron provoque davantage de contaminations chez les personnes vaccinées ou guéries, qui sont protégées, du moins partiellement, par leur immunité contre les évolutions graves de la maladie. Séparer statistiquement la virulence intrinsèque de la virulence observable constitue un défi particulier, surtout dans les pays où de nombreuses personnes ont été immunisées par une infection, comme l’Afrique du Sud. En effet, l’immunité due à une infection n’est souvent pas enregistrée.

Sans correction des données pour le statut vaccinal, on arrive à la conclusion que les infections par Omicron entraînent moins souvent une hospitalisation. Dans une étude menée en Afrique du Sud^[45] , l’odds ratio (ajusté en fonction des cofacteurs démographiques et cliniques et de la guérison documentée, mais pas du statut vaccinal) de l’hospitalisation après une infection probable par Omicron (basé sur les données «absence de détection du gène S» ; comparé aux infections par Delta) est de 0,2 (IC 95%: 0,1-0,3) . Une nouvelle étude menée aux États-Unis sur un large échantillon, qui n’a pas encore été évaluée par des pairs ^[46] , estime que les infections par le variant Omicron sont deux fois moins graves que les infections par le variant Delta par rapport à de nombreux critères appliqués. En particulier, le taux d’hospitalisation est de 1,8 % dans la cohorte Omicron, alors qu’il est de 4,0 % dans la cohorte Delta, et le taux d’hospitalisation en soins intensifs est de 0,3 % après une infection avec Omicron au lieu de 0,8 % avec Delta.

Après correction concernant le statut vaccinal, l’étude mentionnée ci-dessus menée par l’assurance sud-africaine^[47] estime que le taux d’hospitalisation suite à des infections par Omicron est inférieur de 29% à celui de la première vague en 2020, mais supérieur de 20% chez les enfants. Selon une étude de l’UKHSA ^[48] , le rapport de risque d’une hospitalisation après une infection par Omicron est de 0,33 (IC 95% : 0,30 à 0,37), ce qui correspond à un taux d’hospitalisation inférieur de 67%. Selon une étude^[49] de l’Imperial College (basée sur des sources de données similaires à l’étude UKHSA^[50]), le rapport de risque est de 0,8 (IC 95% 0,75-0,85). Ces estimations ne sont pas corrigées des infections non diagnostiquées. On s’attend à ce qu’une telle correction réduise les différences entre Delta et Omicron.

Il est important de souligner que le taux d’hospitalisation plus faible lié à Omicron dans la population générale pourrait être rapidement compensé par la forte augmentation de la propagation. D’autres études plus détaillées sur la gravité de l’infection par Omicron sont attendues dans les prochaines semaines.

Liens:

[1] https://www.pnas.org/content/118/49/e2110117118

[2] https://www.mpg.de/17915640/corona-risiko-maske-schutz

[3] https://medcraveonline.com/JLPRR/effects-of-long-duration-wearing-of-n95-respirator-and-surgical-facemask-a-pilot-study.html

[4] https://khub.net/documents/135939561/430986542/Effectiveness+of+COVID-19+vaccines+against+Omicron+variant+of+concern.pdf/f423c9f4-91cb-0274-c8c5-70e8fad50074

[5] https://www.covid19.admin.ch/fr/overview

[6] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/ : Les estimations de R_eau cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[7] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends : Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.

[8] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/ , dashboard Time Series

[9] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-7-decembre-2021/

[10] https://icumonitoring.ch

[11] https://www.covid19.admin.ch

[12] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[13] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-7-decembre-2021/

[14] https://nextstrain.org/

[15] https://www.gisaid.org/hcov19-variants/

[16] https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)– sars-cov-2-variant-of-concern

[17] https://bnonews.com/index.php/2021/11/omicron-tracker/

[18] https://www.gisaid.org/hcov19-variants/

[19] https://www.who.int/publications/m/item/enhancing-readiness-for-omicron-(b.1.1.529)-technical-brief-and-priority-actions-for-member-states