Évaluation de la situation épidémiologique, 20 décembre 2021

Situation générale

Actuellement, l’épidémie de SARS-CoV-2 est encore majoritairement déterminée par le variant Delta. De mi-octobre à début décembre 2021, le nombre de cas a augmenté de manière significative. Depuis la fin du mois de novembre 2021, l’occupation des unités de soins intensifs par des patientes et patients COVID-19 augmente de manière significative, avec un taux de 10 % (IC 95 % : 3-17 %) par semaine. Le seuil critique de 300 lits de soins intensifs est dépassé depuis la semaine dernière. Au-delà de ce seuil, pratiquement tous les hôpitaux doivent reporter les interventions moins urgentes, un triage silencieux a lieu dans de nombreux hôpitaux et des lits ad hoc sont mis à disposition^[1]. La rapide augmentation des cas observée jusqu’au début du mois de décembre, et de ce fait l’augmentation continue de l’occupation des lits de soins intensifs, est donc très difficile à gérer pour un système de santé fortement sollicité.

Le 26 novembre 2021, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré le nouveau variant, dénommé Omicron, comme préoccupant. En Suisse également, ce variant a déjà été détecté plus de 100 fois par séquençage et la proportion de cas confirmés est estimée à 3-8 % au cours de la semaine 49. À Genève, la fréquence à la fin de la semaine 50 est estimée à 16 % sur la base de tests PCR spécifiques. À Zurich, elle est estimée à 25 %. Ces chiffres sont compatibles avec les données de séquençage, compte tenu de la croissance rapide d’Omicron. Ils sont également compatibles avec les données sur les eaux usées de Zurich. La fréquence d’Omicron a été multipliée par 2 à 3 par semaine depuis son apparition. Nous nous attendons donc à ce que ce variant domine la circulation du virus en fin d’année.

Si la vitesse de transmission reste la même, le nombre de cas par semaine fera plus que doubler une fois qu’Omicron sera dominant. Une augmentation aussi importante des cas serait nettement plus rapide qu’avec les variants précédents et entraînerait de nombreux cas de maladie et donc des arrêts de travail dans des secteurs critiques tels que le système de santé – surchargeant en outre les capacités de dépistage. Si les contacts sont réduits, cette augmentation absolue du nombre de cas peut être freinée. En mettant des autotests à disposition de tous, on faite en sorte que tout le monde puisse continuer à se tester.

Parallèlement à la réduction des contacts, la protection individuelle contre l’infection peut être augmentée d’environ 20-30 % à environ 70-80 %, du moins à court terme, par une réalisation dans les meilleurs délais de la vaccination de rappel. De la sorte, ces troisièmes vaccinations sont un outil efficace supplémentaire pour freiner l’augmentation du nombre de cas. Actuellement, les personnes vaccinées pour la troisième fois représentent 18 % de la population suisse. Compte tenu du fait que, parmi celles-ci, il y a principalement des personnes âgées, cela permet d’éviter les hospitalisations. Pour que, avec la dose de rappel de vaccin, on parvienne à freiner la propagation d’Omicron, il est nécessaire de procéder rapidement à des troisièmes vaccinations dans la population générale.

Dynamique

Depuis fin octobre 2021 et jusqu’à la semaine dernière, l’estimation de la valeur R était significativement supérieure à 1. Cette semaine, la valeur R est inférieure à 1. La moyenne sur 7 jours du nombre de reproduction dans l’ensemble du pays est de 0,98 (intervalle d’incertitude de 95 %, IC : 0,91-1,05), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 04.12. au 10.12.2021^[2].

Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif R_e pour l’ensemble de la Suisse sont de :

0,98 (IC 95 % : 0,91-1,06) sur la base des cas confirmés au 10.12.2021.
0,88 (IC 95 % : 0,76-0,99) sur la base des hospitalisations, au 04.12.2021. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 1,01 (IC 95 % : 0,95-1,06) pour le même jour.
0,98 (IC 95 % : 0,74-1,22) sur la base des décès (au 28.11.2021). Pour une comparaison, sur la base des hospitalisations, le R_e est estimé à 0,94 (IC 95 % : 0,84-1,04) pour le même jour. Sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 1,12 (IC 95 % : 1,06-1,19) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. En particulier, les notifications concernant les hospitalisations ont été incomplètes ces dernières semaines ; pour cette raison, les chiffres seront donc probablement revus à la hausse. Nous soulignons que les valeurs R_e reflètent le niveau de circulation du virus avec un décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs R_e basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès.

En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours^[3]. Le nombre des cas confirmés a reculé à un taux de -13 % (IC : -2 % à -22 %) par semaine, le nombre d’hospitalisations a augmenté à un taux de -14 % (IC : -6 % à -21 %) par semaine et le nombre de décès a augmenté de 1 % (IC : 21 % à -16 %) par semaine. Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.

Notre dashboard permet de suivre l’évolution des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge^[4]. Le nombre de cas est en baisse significative dans tous les groupes d’âge sauf chez les 20-29, 30-39 et 40-49 ans. Les hospitalisations n’ont diminué de manière significative que dans le groupe d’âge des plus de 80 ans. Toutefois, il se pourrait que, comme ce fut le cas la semaine dernière, le nombre d’hospitalisations soit sous-estimé^[5].

Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 1463 pour 100 000 habitantes et habitants. La positivité est de 14 % (au 17.12.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).

Le nombre de patientes et de patients COVID-19 hospitalisé·e·s dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 259 et 314^[6] personnes (la variation était de 10 % (IC : 17 % à 3 %) par semaine).

Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 20 et 32 par jour^[7].

Variants

Delta

Depuis la semaine 26, Delta est le variant viral dominant en Suisse. Ce variant, décrit à l’origine en Inde, a une fréquence de 100 % parmi les cas séquencés de la semaine 38 à la semaine 46. Depuis la semaine 47, nous voyons maintenant de plus en plus de séquences du variant Omicron^[8].

La vaccination est très efficace contre les formes graves de Delta (80 % chez les personnes âgées, 95 % chez les plus jeunes, dans les deux cas, 6 mois après la 2e dose de vaccin) et offre une certaine protection contre l’infection (environ 50 % après 6 mois). Une troisième dose de vaccin augmente à nouveau la protection contre l’infection et l’hospitalisation à au moins 95 %. Pour plus d’informations, voir notre rapport scientifique du 7.12.2021^[9].

Omicron

Le 23 novembre 2021, un nouveau variant du SARS-CoV-2 a été décrit pour la première fois en Afrique du Sud et au Botswana. Il se caractérise par une forte accumulation de modifications dans la protéine de pointe, ou protéine spike. Ce variant est génétiquement le plus proche des variants qui ont circulé au cours du premier semestre 2020 et n’est pas issu d’un autre variant préoccupant^[10]. Ce nouveau variant se distingue des variants circulant à l’origine par une trentaine de mutations dans la protéine spike^[11]. Ces mutations ont considérablement modifié des parties importantes de la protéine spike.

Le 26 novembre 2021, l’Organisation mondiale de la santé a classé ce variant comme préoccupant, le désignant sous le nom d’« Omicron »^[12].

Propagation épidémiologique

Depuis lors, ce variant a été détecté dans 89 pays d’Europe et dans le monde (au 16 décembre 2021) ^[13],^[14],^[15] et cette détection a été initialement associée, dans la majorité des cas, à des voyages en provenance de pays d’Afrique australe. En Suisse, le variant a été détecté 135 fois par séquençage et représentait, au cours de la semaine 49, 7,6 % de tous les échantillons séquencés et 3 % des échantillons séquencés déclarés sur GISAID comme faisant partie du programme de surveillance^[16]. La fréquence a été multipliée par 2 ou 3 par semaine. À Genève, la fréquence à la fin de la semaine 50 est estimée à 16 % sur la base de tests PCR spécifiques^[17] et on observe une augmentation de 40 % en 3 jours. Cela correspond à une augmentation de 2,2 fois par semaine. Cela signifie que les données de Genève et les données du séquençage de toute la Suisse sont compatibles. L’Institut de virologie médicale de Zurich fait état d’une fréquence d’environ 12 % pour la semaine 49 et d’environ 25 % pour la semaine 50. Cette augmentation correspond aux observations des données suisses discutées ci-dessus.

À partir de ces fréquences d’Omicron, il est possible d’estimer le taux de croissance logistique relatif d’Omicron par rapport à Delta^[18]. La croissance relative en Suisse est estimée à 0,17 (0,13-0,21) par jour sur la base de toutes les données de séquences disponibles. Des estimations indépendantes basées sur des échantillons d’eaux usées de Zurich s’élèvent à 0,27 (0,11 – 0,43) (données disponibles sur ^[19] ).

En Grande-Bretagne ^[20] et au Danemark^[21], la proportion d’infections par Omicron augmente très rapidement (doublement tous les 2-4 jours), ce qui suggère un avantage de progression dans les populations majoritairement vaccinées. Les données d’Afrique du Sud permettent d’estimer provisoirement le taux de croissance logistique d’Omicron par rapport à Delta à 0,32 (IC 95 % : 0,09-0,55) par jour^[22], ce qui correspond à un doublement de la proportion d’Omicron dans les nouvelles infections tous les 2 à 8 jours environ. Un rapport de l’Imperial College^[23] estime le taux de croissance exponentielle d’Omicron en Angleterre à 0,34 par jour (IC 95 % : 0,33-0,35), ce qui correspond à un temps de doublement de 2 jours.

Le taux de croissance estimé légèrement inférieur en Suisse par rapport à la Grande-Bretagne et à l’Afrique du Sud peut éventuellement s’expliquer par l’utilisation presque exclusive de vaccins à ARNm avec une forte proportion de vaccination par Moderna et aucune vaccination par Astra Zeneca. D’autres collectes de données permettent d’actualiser en permanence toutes les estimations.

Scénario de propagation épidémiologique en Suisse

Le taux de croissance actuellement estimé pour la Suisse, basé sur les échantillons séquencés entre le 24.11.2021 et le 08.12.2021, permet de calculer un scénario pour l’évolution future du nombre de cas (les échantillons postérieurs au 8.12.2021 sont encore en cours de séquençage et ne sont donc pas inclus ici). Les hypothèses du scénario sont décrites dans la légende de la figure 1. Selon ce scénario, Omicron représentera plus de 50 % des cas dans le scénario entre le 24 décembre 2021 et le 6 janvier 2022, et on s’attend à ce que le nombre de cas atteigne un minimum intermédiaire avant la fin de l’année et recommence à augmenter. Toujours selon ce scénario, un nombre de cas supérieur à 20 000 par jour au cours de la deuxième semaine de janvier est plausible.

En réduisant les contacts et en procédant aux troisièmes vaccinations, il est possible de ralentir la dynamique et donc de retarder l’accélération de la propagation du variant Omicron. Le scénario présenté ici se base sur l’hypothèse que la vitesse de transmission ne change pas. Les calculs sont effectués de manière analogue à nos calculs pour Alpha en janvier 2021 ^[24] et sont décrits en détail sur ^[25].

Le scénario présenté ignore les incertitudes dans la valeur R du variant Delta et dans la fréquence d’Omicron au cours de la semaine 49. L’incertitude du taux de croissance logistique d’Omicron par rapport à Delta est représentée par les lignes en pointillé. Nous supposons une croissance de 0,17 (0,13-0,21) sur la base des échantillons cliniques séquencés. Dans l’ensemble, ce taux de croissance estimé en Suisse est inférieur aux estimations de la Grande-Bretagne et de l’Afrique du Sud (voir ci-dessus). Si nous sous-estimons actuellement le taux de croissance sur la base des points de données suisses disponibles, alors la rapidité de la propagation d’Omicron dans la figure 1 est également une sous-estimation.

Figure 1. Scénario d’évolution du nombre de cas jusqu’au 09.01.2022. Nous supposons qu’au début de la semaine 49, la valeur R de Delta était de 0,9 et qu’elle ne changera plus. Les nombres de cas attendus pour Delta sont indiqués en bleu dans la figure 1. Nous supposons également que la fréquence d’Omicron dans les cas confirmés au début de la semaine 49 était de 4 %. Le taux de croissance logistique d’Omicron par rapport à Delta est estimé à 0,17 (0,13-0,21). Les nombres de cas Omicron ainsi attendus sont représentés en orange (traits pleins avec une croissance de 0,17 ; lignes pointillées avec 0,13 et 0,21).

Effet protecteur de la vaccination

Les analyses de laboratoire des deux dernières semaines^[26],^[27],^[28],^[29] ^[30] montrent une forte diminution de la neutralisation d’Omicron par les sérums de personnes vaccinées ou guéries. Les études sur la neutralisation d’Omicron sont rassemblées dans un document constamment mis à jour et mi ses en contexte.^[31] De manière générale, les sérums provenant de personnes à la fois guéries et vaccinées ont une capacité neutralisante supérieure à ceux des personnes doublement vaccinées. Avec une troisième dose de vaccin, la neutralisation augmente fortement.

Un preprint^[32] a estimé, sur la base de données épidémiologiques, l’efficacité des vaccins d’Oxford/Astra Zeneca et de BioNTech/Pfizer contre l’infection symptomatique par Omicron : la protection de BioNTech/Pfizer est passée de 88 % 2-9 semaines après la deuxième vaccination à environ 35 % (IC 95 % : 10-50 %) après 4 mois. Dans cette étude également, il apparaît qu’une troisième dose de vaccin entraîne une forte augmentation de la protection, à savoir à 60-85 %, du moins à court terme. Une autre étude de l’Imperial College^[33] aboutit à des estimations similaires concernant l’efficacité du vaccin de BioNTech/Pfizer : une troisième vaccination fait passer la protection contre l’infection symptomatique par Omicron de 19 % (IC 95 % : 13-24 %) à 77 % (72-80 %). Cela correspond à peu près à la protection contre le variant Delta des personnes doublement vaccinées. L’effet à long terme ne peut pas encore être évalué.

Les données actuelles suggèrent donc qu’une troisième dose de vaccin pourrait réduire la charge de morbidité attendue des infections à Omicron (voir également ^[34] pour une étude de modélisation suisse). Il est important que la troisième dose de vaccin soit administrée très rapidement à toutes les personnes dont la deuxième vaccination remonte à 4 mois ou plus, afin que la protection soit effective avant qu’elles ne soient infectées par Omicron.

Il n’existe pas encore beaucoup de données sur l’effet protecteur de la vaccination contre les formes graves en cas d’infection par le variant Omicron. Une étude basée sur les données d’une des plus grandes compagnies d’assurance maladie d’Afrique du Sud^[35] estime que les personnes ayant reçu deux doses du vaccin de BioNTech/Pfizer sont protégées à 70 % contre les formes graves de l’infection par Omicron. Selon cette étude, le taux d’hospitalisation après une infection par Omicron est inférieur de 29 % à celui des vagues précédentes, mais supérieur de 20 % chez les enfants (en cas d’évolution principalement bénigne). D’autres études sur la gravité de l’infection par Omicron sont attendues dans les prochaines semaines.

Liens:

[1] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-23-novembre-2021/

[2] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/ :
Les estimations de R_eau cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[3] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends : Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.

[4] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/ , dashboard Time Series

https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-7-decembre-2021/

[6] https://icumonitoring.ch

[7] https://www.covid19.admin.ch

[8] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[9] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-7-decembre-2021/

[10] https://nextstrain.org/

[11] https://www.gisaid.org/hcov19-variants/

[12] https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern

[13] https://bnonews.com/index.php/2021/11/omicron-tracker/

[14] https://www.gisaid.org/hcov19-variants/

[15] https://www.who.int/publications/m/item/enhancing-readiness-for-omicron-(b.1.1.529)-technical-brief-and-priority-actions-for-member-states