Rapport scientifique, 11 janvier 2022

En ce moment, l’incidence du SARS-CoV-2 en Suisse est plus élevée que lors des précédentes vagues pandémiques et double tous les huit à dix jours environ. Au cours de la première semaine de janvier 2022, environ 150 000 personnes en Suisse ont été testées positives au SARS-CoV-2. Des études menées lors de vagues épidémiques précédentes ont montré que les nombres de cas confirmés ne correspondaient qu’à la moitié, voire à un tiers du nombre réel de contaminations. En supposant que le nombre de cas non déclarés soit resté à peu près le même, cela signifie donc que, au cours de la première semaine de janvier, environ 3,5-5 % de la population suisse a été infectée par le variant Omicron du SARS-CoV-2 . Le nombre de tests positifs augmente actuellement d’environ 50% par semaine^[1]. Le nombre d’infections réelles devrait augmenter encore plus rapidement, car plus l’incidence est élevée, plus le nombre de cas non déclarés augmente en raison de l’épuisement des capacités de dépistage.

Si les contaminations continuent d’augmenter au même rythme, plus de la moitié des personnes en Suisse seront infectées d’ici fin février, selon toute vraisemblance par le variant Omicron majoritairement. C’est ce qui ressort de l’analyse d’un modèle mathématique simple décrivant le nombre de personnes susceptibles à l’infection, de personnes infectées et de personnes guéries (un modèle appelé SIR ; voir section 2 ci-dessous). De tels modèles présentent des simplifications importantes et ne servent ici qu’à faire des estimations approximatives. Pour ce modèle, nous supposons que toutes les personnes, à l’exception d’une partie des personnes triplement vaccinées, peuvent être infectées par Omicron et que Re se situe entre 1,5 et 2. Très approximativement, on s’attend à ce que, en Suisse, le nombre d’infections augmente continuellement jusqu’à ce qu’environ 1/3, voire 1/2 de la population ait été infectée. L’immunité résultant d’une infection empêchera, au moins dans un premier temps, d’autres contaminations de personnes récemment infectées. Pour cette raison, si la fréquence des contacts reste la même, on s’attend à une transition vers une diminution des infections à moyen terme après le dépassement de cette valeur maximale. Une fois la vague passée, 65 à 85 % des personnes seraient alors immunisées contre Omicron, soit par une troisième vaccination, soit par infection. Si les contacts sont davantage réduits dans les jours et semaines à venir, ce pourcentage sera plus bas, car moins de personnes seront infectées par Omicron. Si, en parallèle, de nombreuses personnes reçoivent en plus une troisième dose de vaccin, le pourcentage d’immunité contre Omicron sera plus élevé.

Le pic d’infections est attendu dans les deux prochaines semaines, ce qui signifie que le pic de nouveaux cas confirmés quotidiennement est attendu un peu plus tard, dans environ 1 à 3 semaines. Et ce, si la dynamique observée jusqu’à présent n’a pas changé depuis le début de l’année et ne changera pas dans les semaines à venir. Au plus fort de la vague épidémique Omicron, 10 à 30 % de la population serait contaminée en une seule semaine. Après 2 à 4 semaines supplémentaires, le nombre d’infections mesurées (avec une proportion de cas non déclarés de 2-3) retomberait alors en dessous de 10 000 cas confirmés par jour. En résumé, on s’attend, selon ces estimations simples, à ce que les infections atteignent leur point culminant en janvier et qu’elles diminuent en février.

Si, après cette vague épidémique, les contacts avec le variant Omicron se multiplient à nouveau, la valeur R réaugmentera et une nouvelle vague pourrait survenir parmi les personnes qui ne sont pas encore immunisées contre Omicron. Si le rythme de la vaccination ne s’accélère pas, il y aura donc 15-35 % de la population qui n’aura pas été infectée dans la vague épidémique actuelle et qui n’aura pas décidé de se faire vacciner (ou de recevoir une dose de rappel). Toutefois, une deuxième vague épidémique telle que ce qui vient d’être décrit n’est pas attendue si, avec le début du printemps, la saisonnalité du SARS-CoV-2 maintient la valeur R à moins de 1.

Comme mentionné ci-dessus, cette estimation approximative fait un certain nombre d’hypothèses simplificatrices. Ces hypothèses sont discutées dans la section 2 ci-dessous. En particulier, il est important de noter que la dynamique attendue dépend fortement du comportement de la population. Si, face à la forte circulation du virus, les gens ont adapté leur comportement et réduit leurs contacts, on s’attend à un ralentissement de la dynamique et à un pic d’incidence plus faible. En outre, l’incidence élevée entraînera une augmentation des engorgements dans les procédures de dépistage par tests, de sorte qu’au cours des prochaines semaines, le nombre de cas confirmés s’écartera de plus en plus de celui des infections réelles.

Ces considérations montrent que la Suisse doit se préparer à une situation dans laquelle une partie considérable de la population sera infectée simultanément. Une telle situation affecte directement tous les domaines de la vie publique, y compris le système de santé, les services publics, l’éducation et le secteur privé.

La charge pesant sur le système de santé au cours de cette vague d’Omicron résulte du nombre de personnes infectées et de la gravité de l’évolution de la maladie. Pour le moment, le nombre total d’hospitalisations en Suisse n’a pas encore augmenté. Les données de l’Hôpital universitaire de Genève font état d’une augmentation du nombre de patientes et patients hospitalisés infectés par le variant Omicron et d’une diminution du nombre de patientes et patients hospitalisés infectés par le variant Delta. Nous prévoyons une augmentation des hospitalisations dans toute la Suisse dans les prochains jours, dès lors que la prédominance du variant Omicron affecte également les nouvelles entrées dans les hôpitaux. Nous estimons qu’avec le variant Omicron, environ 20 à 35 personnes sur 10 000 infectées devront être hospitalisées. Pour cela nous nous basons sur l’hypothèse que la double vaccination offre 88% de protection contre l’hospitalisation après une infection par Omicron, que plus de 50% des personnes non vaccinées ont déjà été infectées par le SARS-CoV-2 et que le risque d’hospitalisation après une infection par Omicron est équivalent au risque lié à une infection par le virus de type naturel ou jusqu’à 33% inférieur^[2],^[3]. Nous estimons également qu’environ 1 personne infectée sur 10 000 aura besoin d’un traitement en unité de soins intensifs (USI) ; cette valeur se base sur la probabilité d’un traitement en USI pour les patientes et patients hospitalisés pour une infection par le variant Delta à l’été 2021. Avec le modèle SIR, cette estimation montrerait que le nombre maximum de personnes nécessitant une hospitalisation en une seule semaine peut atteindre 2 500 à 10 000 et qu’il y a 80 à 300 admissions en USI. Si la protection contre l’hospitalisation chez les personnes doublement vaccinées atteignait 95 %, le nombre de personnes nécessitant une hospitalisation en une seule semaine serait réduit à 1500-6000 personnes. Toutes ces estimations reposent sur des hypothèses associées à de grandes incertitudes. Ces chiffres ne représentent donc qu’un ordre de grandeur.

La charge pesant sur les services publics, l’enseignement et le secteur privé résulte du nombre de personnes qui, simultanément, s’absentent du travail et de l’éducation pour cause de maladie, d’isolement ou de quarantaine. Sur la base des scénarios épidémiologiques et en se fondant sur différentes hypothèses concernant le nombre de collaboratrices et collaborateurs que cela implique, leur possibilité de travailler à domicile et la mesure dans laquelle elles ou ils peuvent être remplacés par leurs collègues dans leur travail, le KOF^[4] a calculé de manière approximative les conséquences possibles pour la valeur ajoutée en Suisse. Pour simplifier, on suppose que l’effet de la réduction d’une unité de travail est indépendant du niveau de la perte totale de travail. Les scénarios de pandémie les plus optimistes et les plus pessimistes sont combinés avec des hypothèses sur la durée de l’isolement et de la quarantaine des personnes affectées. Au total, la réduction potentielle de la valeur ajoutée due au recul supposé des heures travaillées oscille entre 1,5 et 3,5 milliards de francs dans cette perspective purement basée sur l’offre. En réduisant la période de quarantaines de 7 à 0 jour et la période d’isolement de 10 à 5 jours, la perte de valeur ajoutée est réduite de 700 millions à 1,4 milliard de francs. La réduction des périodes d’isolement a un impact plus important que la réduction supplémentaire de la période de quarantaine, le nombre de personnes en quarantaine étant plus bas que le nombre de personnes en isolement. Ce ratio est également nettement plus faible qu’auparavant dans le calcul en raison de la réduction du nombre de personnes soumises à une éventuelle quarantaine. Si la seule durée d’isolement est réduite de 10 à 5 jours, la perte de valeur ajoutée est réduite de 600 millions à 1,1 milliard de francs.

Une optimisation de la stratégie TTIQ – tests, traçage des contacts, isolement et quarantaine – permet d’améliorer le rapport coûts-bénéfices de cette stratégie. Une telle optimisation s’impose pour trois raisons. Premièrement, les premières études indiquent qu’avec Omicron la période d’incubation est susceptible d’être plus courte qu’avec Delta ^[5],^[6],^[7]; voir section 4 ci-dessous) ; de plus, il est probable que l’infectiosité diminue plus rapidement chez les personnes vaccinées que chez les personnes non vaccinées^[8]. Cela signifie que dans une population majoritairement vaccinée et dans une situation où le variant Omicron est dominant, la durée de l’isolement et de la quarantaine peut être raccourcie. Deuxièmement, une adaptation des paramètres d’isolement et de quarantaine s’impose également au vu de l’incidence actuellement très élevée. Si l’incidence est très élevée, le rapport coûts-bénéfices de l’isolement et de la quarantaine diminue, comme décrit dans la section 4 ; de plus, si l’incidence est très élevée, il faut moins de temps avant que, à la suite d’une infection confirmée ou suspectée, les personnes ne soient probablement pas plus susceptibles d’être contagieuses que le reste de la population. Troisièmement, une simple estimation montre que, compte tenu de l’incidence élevée actuelle, la quarantaine en particulier ne réduit les infections que dans une faible proportion. Selon cette simple estimation, le traçage des contacts et la quarantaine réduisent pour l’instant le nombre de reproduction de moins de 5 %. En restreignant la quarantaine aux personnes vivant sous le même toit que des personnes infectées, la quarantaine pourrait être circonscrite aux personnes les plus susceptibles d’être infectées. Le dépistage par tests et le port systématique de masques à la fin d’une quarantaine écourtée ou d’un isolement pourraient contribuer à réduire le risque de transmission de l’infection. Un éventuel raccourcissement de l’isolement et de la quarantaine ou une levée de la quarantaine dans certaines situations tendra à contribuer à une augmentation des infections. Il convient donc, parallèlement à d’éventuelles adaptations des conditions d’isolement et de quarantaine, de faire d’autres efforts afin de réduire la vitesse à laquelle les infections se multiplient en Suisse. Un facteur décisif est qu’une proportion aussi grande que possible de personnes infectées soit isolée le plus rapidement possible – que les tests soient effectués à la plus vaste échelle possible et que les personnes présentant des symptômes évitent immédiatement tout contact avec les autres. En outre, l’isolement doit être maintenu au moins jusqu’à ce que les symptômes s’améliorent nettement (pas de fièvre, pas de forte toux, etc.).

Pour réduire le nombre de personnes qui sont infectées et malades au même moment en Suisse, une nouvelle réduction des contacts à fort risque de transmission s’impose. Il s’agit surtout de contacts à l’intérieur sans masque et de situations où de nombreuses personnes sont réunies. Le ralentissement et la réduction de la vague épidémique limiteront les pics de charge dans le système de santé, ainsi que dans les autres aspects de la vie publique, économique et éducative. Dans le même temps, cela permet à davantage de personnes de se faire vacciner contre l’infection par Omicron.

Les vaccins réduisent alors durablement la charge de morbidité, car ces personnes bénéficient d’une certaine protection contre l’infection par Omicron, du moins à court terme. Avec une troisième dose ou, chez les enfants ainsi que chez les plus de 12 ans qui ne se sont pas encore fait vacciner, d’une première et d’une deuxième dose, il est possible d’atteindre une protection contre une infection par Omicron de 30 à 70% pour les 2 à 4 mois suivants^[9],^[10],^[11].