Évaluation de la situation épidémiologique, 9 novembre 2021

Texte en attente de traduction - Texte original en allemand

Situation générale

L’épidémie de SARS-CoV-2 est actuellement causée presque exclusivement par le variant Delta, qui a supplanté les variants qui circulaient durant l’été. Le nombre de cas et d’hospitalisations a augmenté entre la fin du mois de juin et mi-août 2021 pour ensuite se stabiliser à un niveau élevé pendant un mois, avant de diminuer à nouveau à partir du début de septembre 2021. Depuis trois semaines, le nombre de cas est à nouveau en forte augmentation, et ce de façon significative dans toutes les grandes régions.

Les études de simulation de l’ECDC prévoient que, pour les pays européens ayant une couverture vaccinale similaire à celle de la Suisse, la charge maximale d’hospitalisations à la fin du mois de novembre 2021 pourrait dépasser celle de l’année dernière^[1]. La recrudescence de l’épidémie à l’automne 2021 ayant commencé plus tard qu’à l’automne 2020, nous ne prévoyons pas encore de dépassement de la charge maximale à la fin du mois de novembre. Cependant, un tel scénario ne peut être exclu dans le courant de l’hiver. Une augmentation rapide des chiffres mettrait fortement en difficulté le système de santé, qui demeure fortement sous pression.

Dynamique

Depuis le début du mois de septembre 2021, l’épidémie de SARS-CoV-2 s’inscrivait en recul (R_e<1). Or, depuis fin octobre 2021, l’estimation de la valeur R est à nouveau nettement supérieure à 1. La moyenne sur sept jours du nombre de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,33 (intervalle de confiance, IC 95% : 1,21-1,46), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 23.10. – 29.10.2021^[2].

Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif R_e pour l’ensemble de la Suisse sont de :

1,33 (IC 95% : 1,23-1,42) sur la base des cas confirmés au 29.10.2021.
1,09 (IC 95% : 0,89-1,31) sur la base des hospitalisations au 24.10.2021. Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 1,33 (IC 95% : 1,16-1,49) pour le même jour.
0,75 (IC 95% : 0,36-1,27) sur la base des décès (au 18.10.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le R_e est estimé à 1,15 (IC 95 % : 0,92-1,39) pour le même jour. Sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 1,2 (IC 95 % : 1,09-1,31) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs R_e reflètent le niveau de circulation du virus avec un décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs R_e basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès.

En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours^[3]. Le nombre des cas confirmés a augmenté de 50% (IC : 64% à 37%) par semaine, le nombre d’hospitalisations de 19% (IC : 44% à -2%). Le nombre de décès a diminué de -28% (IC : 11% à -53%). Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.

Notre dashboard permet de suivre la variation des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge ^[4]. Le nombre de cas augmente de manière significative dans tous les groupes d’âge. C’est dans les groupes d’âge 0-9 ans et 10-19 ans que cette augmentation est la plus forte, avec respectivement 78% et 61% par semaine. Dans aucun groupe d’âge, les hospitalisations n’ont augmenté ou diminué de manière significative au cours des 14 derniers jours observés.

Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 325 pour 100 000 habitants. La positivité est de 9,7% (au 06.11.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).

Le nombre de personnes nouvellement hospitalisées chaque jour est d’environ 20 sur une moyenne de 7 jours. Actuellement, la majorité des personnes hospitalisées ont contracté la maladie en Suisse^[5]. La proportion de personnes doublement vaccinées parmi les personnes hospitalisées a fortement augmenté ces dernières semaines chez les plus de 80 ans^[6].

Le nombre de patientes et de patients COVID-19 nécessitant une hospitalisation dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 119 et 140^[7] personnes (la variation était de 4% (IC : 14% à -5%) par semaine).

Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 2 et 9 par jour^[8].

Nouvelles variantes

Depuis la semaine 26, Delta est le variant viral dominant en Suisse. Cette variante, décrite à l’origine en Inde, a une fréquence de 100 % parmi les cas séquencés depuis la semaine 38^[9]. À partir de cette augmentation de la fréquence du variant Delta, on peut calculer un avantage de transmission de 58% (IC 95 % 56-60% par rapport au variant Alpha, ce qui correspond aux estimations de l’avantage de transmission de 56 % (IC 95 % : 34 %-81 %) en Angleterre^[10]. En raison de cet avantage de transmission, le variant Delta est désormais dominant dans de nombreuses régions du monde.

Le 20 octobre 2021, Public Health England a déclaré AY.4.2, un sous-variant de Delta, comme «variant under investigation» (VUI-21OCT-01)^[11]. En Angleterre, l’avantage de croissance d’AY.4.2 a été estimé à 17% par rapport à d’autres sous-variants de Delta. Pendant la semaine 40, AY.4.2 avait une fréquence de 5,9%^[12]. Ce variant a été retrouvé environ 50 fois en Suisse ces 2 derniers mois, avec une fréquence de 0,8% pendant la semaine 42^[13].

La variante Delta cause des évolutions plus sévères de la maladie que les souches précédemment dominantes en Suisse. Dans une vaste étude menée en Angleterre, on a observé que les patientes et les patients atteints par le variant Delta présentaient un risque d’hospitalisation plus de deux fois supérieur à celui des patients atteints par la variante Alpha^[14]. Une augmentation similaire du risque a été observée en Écosse^[15] et au Canada^[16].

Variant Delta et efficacité des vaccins

Infection : On constate une convergence des preuves vers une efficacité réduite des vaccins à ARNm contre les infections au variant Delta du SARS-CoV-2, y compris les infections asymptomatiques. Le vaccin de Pfizer/BioNtech a une efficacité de 39 % (IC 95 % : 9-59 %) selon les données fournies par Israël^[17] ; et de 79 % (IC 95 % : 75-82 %) selon les données récoltées en Écosse^[18]. Un rapport de l’étude REACT a calculé que l’efficacité du vaccin contre l’infection était de 49 % (IC 95 % : 22-67 %) ^[19] (ce rapport n’opérant pas de distinction entre les différents vaccins utilisés en Angleterre). En résumé, on estime que les vaccins à ARNm permettent de réduire de moitié le risque de contracter la variante Delta du virus.

Infection symptomatique : La protection vaccinale contre les infections symptomatiques par le variant Delta est réduite par rapport aux infections par Alpha. Selon un rapport de Public Health England^[20], l’efficacité est passée de 89 % (IC 95 % : 87-90 %) contre le variant Alpha, à 79 % (IC 95 % : 78-80 %) contre la variante Delta (voir également^[21],^[22] ; Pfizer/BioNtech). D’après les données canadiennes, l’efficacité contre les infections symptomatiques par la variante Delta est de 85 % (IC 95 % : 78-89 %)^[23] (Pfizer/BioNtech et Moderna). Une étude réalisée en Californie^[24] estime que l’efficacité du vaccin Moderna contre l’infection par le virus Delta est de 87 % (IC 95 % : 84-89 %) et contre l’infection par le virus Alpha est de 98 % (IC 95 % : 97-99 %). Selon cette étude, l’efficacité contre le variant Delta est tombée à 80 % (IC 95 % : 70-87 %) après cinq mois. Des études menées en Israël^[25] estiment l’efficacité à 40 % seulement (IC 95 % : 9-61 %). Une nouvelle étude réalisée en Suède^[26] estime que, pour le vaccin BioNTec/Pfizer, la protection contre l’infection symptomatique passe de 92 % (IC 95 % : 92-93 %) deux semaines après la vaccination, à zéro après 211 jours. Pour le vaccin Moderna, la protection est passée à 59% après 211 jours (95% UI : 18-79%).

Évolution grave de la maladie / hospitalisation : La protection vaccinale contre une évolution grave de la maladie demeure initialement élevée pour le variant Delta également. L’efficacité est d’environ 96% (IC 95 % : 91-98 %) selon les données récoltées en Grande-Bretagne^[27],^[28], et de 88 % (IC 95 % : 78,9-93,2 %) selon les données concernant Israël ^[29]. Ces estimations se réfèrent à la protection dont bénéficient les vaccinés par rapport aux non-vaccinés et ne sont pas ventilées en fonction des différents vaccins utilisés dans ces pays. Selon une nouvelle prépublication^[30] basée sur des données provenant de Californie, le vaccin de Moderna offre une protection de 98 % (IC 95 % : 93-99 %) contre l’hospitalisation suite à une infection par le variant Delta. Selon une prépublication parue en Israël^[31], des analyses effectuées par Public Health England^[32] et une étude menée en Suède^[33], la protection contre les évolutions graves de l’infection semble diminuer avec le temps.

Dans les données suisses, nous avons constaté que le vaccin protège contre l’hospitalisation à hauteur d’environ 90 % ou plus dans tous les groupes d’âge en juillet, août et septembre 2021^[34]. Cependant, depuis le mois d’octobre en Suisse, nous constatons une baisse de l’efficacité chez les plus de 80 ans, celle-ci passant de 89-94 % en septembre à 73-87 %^[35]. Cette baisse de l’efficacité du vaccin est cohérente avec les données d’autres pays.

Transmission : La vaccination prévient la propagation du virus par au moins deux mécanismes : premièrement, en réduisant les infections, tant symptomatiques qu’asymptomatiques, et donc le nombre de personnes infectées (voir ci-dessus) ; et deuxièmement, en réduisant la propagation par les personnes infectées malgré la vaccination. En effet, même lorsqu’elle est infectée, une personne vaccinée est moins susceptible de transmettre le virus qu’une personne non vaccinée. Une prépublication^[36] fait état d’une étude selon laquelle le risque de transmission d’une infection post-vaccinale par le variant Delta est environ 66% plus faible après deux injections du vaccin ARNm de Pfizer/BioNtech que chez les personnes non vaccinées. Les raisons exactes de cette protection ne sont pas connues, mais elle pourrait s’expliquer par le fait que la phase infectieuse est plus brève^[37] ou que le virus est moins infectieux chez les personnes vaccinées^[38].

Liens:

[1] https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/covid-19-rapid-risk-assessment-16th-update-september-2021.pdf, page 17, figure

[2] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/ : Les estimations de R_eau cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[3] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends : Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.

[4] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/ , dashboard Time Series

[5] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[6] https://sciencetaskforce.ch/fr/rapport-scientifique-26-octobre-2021/

[7] https://icumonitoring.ch

[8] https://www.covid19.admin.ch

[9] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[10] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/993358/s1288_Warwick_RoadMap_Step_4.pdf

[11] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1028113/Technical_Briefing_26.pdf

[12] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1028113/Technical_Briefing_26.pdf

[13] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[14] https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00475-8/fulltext

[15] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01358-1/fulltext