Évaluation de la situation épidémiologique, 18 octobre 2021

Situation générale

L’épidémie de SARS-CoV-2 est actuellement causée presque exclusivement par le variant Delta (B.1.617.2), qui a remplacé les autres variants circulant en Suisse cet été. Le nombre de cas et d’hospitalisations a enregistré une hausse entre fin juin et mi-août 2021, puis s’est stabilisé à un niveau élevé pendant un mois, avant de commencer à reculer début septembre 2021. Aucune baisse n’a été enregistrée cette semaine. La moyenne sur 7 jours du nombre de cas, la positivité et la comparaison du nombre de cas de ces derniers jours avec les chiffres de 7 jours auparavant, laissent à penser que la tendance s’inverse.

Les prévisions tendaient vers une reprise saisonnière de la circulation du virus, ce qui entraînerait une valeur R supérieure à 1. Selon des études de simulation de l’ECDC, la charge maximale des hospitalisations pourrait dépasser celle de l’année dernière d’ici la fin novembre 2021 pour les pays européens ayant une couverture vaccinale similaire à celle de la Suisse^[1]. Une hausse rapide des chiffres serait très difficile à maîtriser pour le système de santé, encore très sollicité.

Dynamique

Depuis début septembre 2021, l’épidémie de SARS-CoV-2 avait reculé (R_e<1). Mais depuis cette semaine, la valeur R est revenue à 1 et le taux de positivité connaît une hausse significative (R_e= 1,12; 95% IC: 1,02-1,21). La moyenne sur 7 jours du nombre de reproduction dans l’ensemble du pays est de 0,99 (intervalle d’incertitude de 95%, IC: 0,92-1,07), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 02.10 au 08.10.2021^[2].

Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif R_e pour l’ensemble de la Suisse sont de:

1 (IC 95%: 0,91-1,09) sur la base des cas confirmés (au 08.10.2021).
0,85 (IC 95%: 0,62-1,11) sur la base des hospitalisations (au 03.10.2021). Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le taux R_e est estimé à 0,97 (IC 95% UI: 0,91-1,03) pour le même jour.
1,05 (IC 95% UI: 0,55-1,72) sur la base des décès (au 27.09.2021). Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 0,89 (IC 95%: 0,67-1,13) pour le même jour. Sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 0,86 (IC 95%: 0,72-0,99) pour le même jour.

Les estimations sont sujettes à rectification en raison des décalages temporels des notifications et de fluctuations dans les données. Nous rappelons que les valeurs de R_e reflètent le niveau de circulation du virus avec un certain décalage puisqu’il s’écoule plusieurs jours entre l’infection et le résultat du test ou le décès éventuel. Pour les valeurs de R_e établies d’après le nombre de cas, ce décalage est de 10 jours au moins, tandis qu’il peut aller jusqu’à 23 jours pour les valeurs basées sur le nombre de décès.

Nous évaluons par ailleurs le taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès sur les 14 derniers jours^[3]. Le nombre de cas confirmés a reculé d’1% (IC: 13% à -9%) par semaine, les hospitalisations de 24% (IC: -5% à -39%) et le nombre de décès a augmenté de 13% (IC: 85% à -31%). Ces valeurs reflètent les infections survenues il y a plusieurs semaines.

Notre tableau de bord permet de suivre l’évolution du nombre de cas, d’hospitalisation et de décès par tranches d’âge^[4]. Aucun groupe d’âge n’enregistre de recul significatif du nombre de cas, à l’exception du groupe des 0-10 ans et de celui des 10-20 ans, ce qui pourrait s’expliquer par la réduction des contacts et des tests pendant les vacances d’automne. Le nombre d’hospitalisations n’a pas non plus connu de baisse significative au cours des 14 derniers jours. Si l’on considère les différents groupes d’âge de manière distincte, cette tendance n’est significative pour aucun d’entre eux.

Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 146 pour 100 000 habitants. La positivité est de 4,3% (au 16.10.2021; c’est le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).

Au cours des 14 derniers jours, le nombre de patients COVID-19 en soins intensifs s’est situé entre 136 et 184^[5] personnes (variation de -17% (IC: -10% à -24%) par semaine).

Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 1 et 9 par jour^[6].

Variants du SARS-CoV-2

Depuis la semaine 26, le variant Delta (B.1.617) est majoritaire en Suisse. Ce variant, décrit à l’origine en Inde, a une fréquence de 100% depuis la semaine 38 parmi les cas séquencés^[7]. A partir de cette augmentation de la fréquence du variant Delta, on peut calculer un avantage de transmission de 58% par rapport au variant Alpha (IC 95%: 56-60%), ce qui correspond aux estimations de l’avantage de transmission de 56% (IC 95%: 34%-81%) en Angleterre^[8]. En raison de cet avantage de transmission, le variant Delta est désormais dominant dans de nombreuses régions du monde.

Delta cause des évolutions plus sévères de la maladie que les souches précédemment dominantes en Suisse. Dans une vaste étude menée en Angleterre, les patients atteints par le variant Delta présentaient un risque d’hospitalisation plus de deux fois supérieur à celui des patients atteints par le variant Alpha^[9]. Une augmentation similaire du risque a été observée en Ecosse^[10] et au Canada^[11].

Variant Delta et efficacité des vaccins

Infection: plusieurs observations concordantes tendent à indiquer une efficacité moindre des vaccins à ARNm contre les infections par le variant Delta, même asymptomatiques. Selon les données fournies par Israël, le vaccin de Pfizer/BioNtech a une efficacité de 39% (IC 95%: 9-59%)^[12]; et de 79% (IC 95%: 75-82%) selon les données en provenance de l’Ecosse^[13]. Un nouveau rapport de l’étude REACT a calculé que l’efficacité du vaccin contre l’infection était de 49% (IC 95%: 22-67%)^[14] (ce rapport n’opère pas de distinction entre les vaccins utilisés en Angleterre). Pour résumer, on peut estimer que les vaccins à ARNm réduisent de moitié le risque d’une infection au variant Delta.

Infection symptomatique: la protection vaccinale contre les infections symptomatiques de Delta, comparée à Alpha, est également réduite. Selon un rapport de Public Health England^[15] l’efficacité est passée de 89% (IC 95%: 87-90%) contre le variant Alpha à 79% (IC 95%: 78-80%) contre le variant Delta (voir également^[16],^[17]; Pfizer/BioNtech). D’après les données canadiennes, l’efficacité contre les infections symptomatiques par le variant Delta est de 85% (IC 95%: 78-89%)^[18] (Pfizer/BioNtech et Moderna). Une nouvelle étude californienne^[19] estime l’efficacité du vaccin de Moderna contre les infections par Delta à 87% (IC 95%: 84-89%), et à 98% (IC 95%: 97-99%) contre les infections par Alpha. Selon cette étude, l’efficacité du vaccin contre le variant Delta passait à 80% (IC 95%: 70-87%) au bout de cinq mois. Des études menées en Israël^[20] estiment l’efficacité à 40% (IC 95%: 9-61%) seulement. Plusieurs facteurs pourraient expliquer la faible efficacité de la vaccination contre le variant Delta en Israël: le temps écoulé depuis la vaccination y est plus long que dans d’autres pays; le délai entre les deux doses était très réduit (3 semaines); et seul le vaccin de Pfizer/BioNtech a été administré, or celui-ci semble moins efficace que celui de Moderna.

Evolution grave de la maladie / hospitalisation: la protection vaccinale contre une évolution grave de la maladie demeure élevée avec le variant Delta. L’efficacité est d’environ 96% (IC 95%: 91-98%) selon les données collectées en Grande-Bretagne^[21],^[22], et de 88% (IC 95%: 78,9-93,2%) selon les données provenant d’Israël^[23]. Ces estimations se réfèrent à la protection dont bénéficient les vaccinés par rapport aux non-vaccinés et ne sont pas ventilées en fonction des différents vaccins utilisés dans ces pays Selon une nouvelle prépublication^[24] se basant sur des données fournies par la Californie, le vaccin de Moderna protège à 98% (IC 95%: 93-99%) d’une hospitalisation après une infection par le variant Delta. Selon une prépublication d’Israël^[25] et les analyses de Public Health England^[26], la protection contre les évolutions graves de la maladie semble diminuer avec le temps. Dans l’ensemble, toutefois, ces données montrent qu’actuellement, environ 9 hospitalisations sur 10 peuvent être évitées par une vaccination complète.

Transmission: La vaccination empêche la propagation du virus par au moins deux mécanismes: elle réduit tout d’abord le nombre d’infections symptomatiques et asymptomatiques, et donc le nombre de personnes infectées (voir ci-dessus); et elle réduit la propagation du virus par les personnes infectées malgré le vaccin. En effet, une personne vaccinée transmet plus rarement le virus qu’une personne non vaccinée, même en cas d’infection. Une nouvelle prépublication^[27] décrit une étude qui estime que le risque de transmission en cas d’infection par le variant Delta est réduit d’environ 2/3 après deux injections du vaccin à ARNm de Pfizer/BioNtech par rapport aux personnes non vaccinées. Les raisons précises de cette protection ne sont pas connues, bien qu’elle pourrait s’expliquer par une phase infectieuse plus courte^[28] ou par une réduction de la contagiosité du virus chez les personnes vaccinées^[29].

Liens:

[1] https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/covid-19-rapid-risk-assessment-16th-update-september-2021.pdf, page 17, figure 9

[2] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/: les estimations de R_e au cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations. Elles se produisent en particulier dans les petites régions, lors d’une dynamique changeante ou lors d’un faible nombre de cas.

[3] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends: du fait des décalages temporels de notification, nous ignorons respectivement les 3 et 5 derniers jours en ce qui concerne le nombres de cas confirmés et le nombre d’hospitalisations/de décès.

[5] https://icumonitoring.ch

[6] https://www.covid19.admin.ch

[7] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[8] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/993358/s1288_Warwick_RoadMap_Step_4.pdf

[9] https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00475-8/fulltext

[10] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01358-1/fulltext

[11] https://doi.org/10.1101/2021.07.05.21260050

[12] https://www.gov.il/BlobFolder/reports/vaccine-efficacy-safety-follow-up-committee/he/files_publications_corona_two-dose-vaccination-data.pdf

[13] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01358-1/fulltext

[14] https://spiral.imperial.ac.uk/bitstream/10044/1/90800/2/react1_r13_final_preprint_final.pdf

[15] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1010472/Vaccine_surveillance_report_-_week_32.pdf

[16] https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2108891