Évaluation de la situation épidémiologique, 14 septembre 2021

Texte en attente de traduction - Texte original en allemand

Situation générale

L’épidémie de SARS-CoV-2 est actuellement causée presque exclusivement par le variant Delta (B.1.617.2), qui a remplacé les autres variants circulant en Suisse au cours des deux derniers mois. Le nombre de cas et d’hospitalisations a enregistré une nette hausse entre fin juin et mi-août, puis s’est stabilisé à un niveau élevé.

Dynamique

L’épidémie de SARS-CoV-2 a fortement augmenté entre fin juin et mi-août 2021. Depuis lors, le nombre de nouvelles infections s’est stabilisé à un niveau élevé : au cours des dernières semaines, une moyenne d’environ 2500 nouveaux cas par jour ont été diagnostiqués. La moyenne sur 7 jours du nombre de reproduction dans l’ensemble du pays est de 1,07 (intervalle d’incertitude de 95 %, IC : 0,96-1,18), ce chiffre reflétant le niveau de circulation du virus enregistré dans la semaine du 27.08. au 02.09.2021^[1].

Les estimations sur une base journalière du taux de reproduction effectif R_e pour l’ensemble de la Suisse sont de :

1,07 (IC 95%: 0,96-1,18) sur la base des cas confirmés au 02.09.2021.
0,79 (95% IC:0,65-0,94) sur la base des hospitalisations (au 27.08.2021). Pour une comparaison sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 1,06 (IC 95%: 0,97-1,15) pour le même jour.
1,09 (IC 95% :0,72-1,54) sur la base des décès (au 21.08.2021). Pour une comparaison sur la base des hospitalisations, le R_e est estimé à 0,86 (IC 95 % : 0,74-1) pour le même jour. Sur la base des cas confirmés, le R_e est estimé à 1,01 (IC 95% : 0,89-1,14) pour le même jour.

Les estimations pourraient être rectifiées en raison des décalages temporels des notifications et des fluctuations dans les données. Nous soulignons que les valeurs R_e reflètent le niveau de circulation du virus avec un certain décalage, car un certain laps de temps s’écoule entre l’infection et le résultat du test ou, éventuellement, le décès. Pour les valeurs R_e basées sur le nombre de cas, ce délai est d’au moins 10 jours, et jusqu’à 23 jours pour les décès.

En parallèle, nous déterminons les taux de variation des cas confirmés, des hospitalisations et des décès au cours des 14 derniers jours^[2]. Le nombre des cas confirmés a reculé de -5% (IC : 5% à -14 %) par semaine, le nombre d’hospitalisations de -30 % (IC : -20% à -38%) et le nombre de décès a augmenté de 8% (IC : 59% à -27 %). Ces valeurs reflètent l’incidence de l’infection survenue il y a plusieurs semaines.

Notre dashboard permet de suivre la variation des chiffres pour le nombre de cas, d’hospitalisations et de décès, stratifiés par âge ^[3]. Le nombre de cas est stable ou en légère diminution dans tous les groupes d’âge, sauf chez les personnes de plus de 80 ans, où l’on observe une progression légère, mais significative. Les hospitalisations ont sensiblement diminué au cours des 14 derniers jours enregistrés. Dans la plupart des groupes d’âge, la diminution n’est pas significative, sauf dans les groupes d’âge 30-40 et 60-70.

Chiffres absolus

Le nombre cumulé de cas confirmés au cours des 14 derniers jours est de 430 pour 100 000 habitants. La positivité est de 6,9% (au 10.09.2021, soit le dernier jour pour lequel seules quelques notifications tardives sont attendues).

Le nombre de personnes atteintes de COVID-19 et hospitalisées dans les unités de soins intensifs s’est situé, au cours des 14 derniers jours, entre 277 et 297^[4] (la variation était de 0% (IC : 7% à -6%) par semaine).

Le nombre de décès confirmés en laboratoire au cours des 14 derniers jours s’est situé entre 3 et 11 par jour^[5].

Nouvelles variantes

Depuis la semaine 26, Delta (B.1.617) est le variant viral dominant en Suisse. Cette variante, décrite à l’origine en Inde, avait une fréquence de 1% au cours de la semaine 19, de 24% au cours de la semaine 24 et une fréquence de 97% au cours de la semaine 35 parmi les cas séquencés ^[6]. À partir de cette augmentation de la fréquence du variant Delta, on peut calculer un avantage de transmission de 56-64% par rapport au variant Alpha, ce qui correspond aux estimations de l’avantage de transmission de 56 % (IC 95 % : 34 %-81 %) en Angleterre^[7]. En raison de cet avantage de transmission, le variant Delta est désormais dominant dans de nombreuses régions du monde.

Delta cause des évolutions plus sévères de la maladie que les souches précédemment dominantes en Suisse. Dans une vaste étude menée en Angleterre, les patients atteints par la variante Delta présentaient un risque d’hospitalisation plus de deux fois supérieur à celui des patients atteints par la variante Alpha^[8]. Une augmentation similaire du risque a été observée en Écosse^[9] et au Canada^[10] .

Variant Delta et efficacité des vaccins

Infection : des études quantifiant l’efficacité des vaccins à ARNm contre l’infection par le variant Delta (même asymptomatique) sont en cours. Le vaccin de Pfizer/BioNtech a une efficacité de 39% (IC 95% : 9-59%) selon les données fournies par Israël^[11]; et de 79% (IC 95% : 75-82%) selon les données récoltées en Écosse^[12]. Un nouveau rapport de l’étude REACT a calculé que l’efficacité du vaccin contre l’infection était de 49 % (IC 95% : 22-67 %) ^[13] (ce rapport n’opère pas de distinction entre les vaccins utilisés en Angleterre).

Infection symptomatique : la protection vaccinale contre les infections symptomatiques de Delta, comparée à Alpha, est également réduite. Selon un rapport de Public Health England^[14] , l’efficacité est passée de 89% (IC 95%: 87-90%) contre le variant Alpha, à 79% (IC 95%: 78-80%) contre la variante Delta (voir également^[15],^[16]; Pfizer/BioNtech). D’après les données canadiennes, l’efficacité contre les infections symptomatiques par la variante Delta est de 85% (IC 95% : 78-89%)^[17] (Pfizer/BioNtech et Moderna). Des études menées en Israël^[18] estiment l’efficacité à 40 % seulement (IC 95 % : 9-61 %). Un facteur important qui pourrait expliquer la faible efficacité de la vaccination contre le variant Delta en Israël est que le temps écoulé depuis la vaccination est plus long que dans d’autres pays.

Évolution grave de la maladie / hospitalisation : La protection vaccinale contre une évolution grave de la maladie demeure élevée. L’efficacité est d’environ 96 % [91-98 %] selon les données récoltées au Royaume-Uni^[19],^[20] et de 88 % (IC 95 % : 78,9-93,2 %) selon les données provenant d’Israëll^[21],^[22]. (Ces estimations se réfèrent à la protection dont bénéficient les vaccinés par rapport aux non-vaccinés et ne sont pas ventilées en fonction des différents vaccins utilisés dans ces pays.) Selon la nouvelle prépublication d’Israël^[23] , la protection contre les évolutions graves de l’infection semble diminuer avec le temps. Dans l’ensemble, toutefois, environ 9 hospitalisations sur 10 peuvent être évitées par une vaccination complète.

Transmission : Comme décrit ci-dessus, la vaccination permet d’éviter – à hauteur de 40 % au moins – qu’une personne vaccinée ne contracte une infection. La vaccination semble également réduire la transmission par une personne vaccinée infectée (parce que la phase infectieuse^[24] ,^[25] est plus courte, et que les symptômes sont plus légers^[26]). L’ampleur exacte de cette réduction ne peut pas encore être quantifiée. Si d’une part un rapport du CDC^[27] indique que la charge virale de la variante Delta chez les personnes vaccinées est similaire à celle des personnes non vaccinées, de l’autre les données de l’étude REACT en Angleterre^[28] indiquent que les personnes vaccinées ont une charge virale plus faible. Des données de Singapour résolues dans le temps^[29] suggèrent que la charge virale chez les personnes vaccinées commence à un niveau aussi élevé que chez les non vaccinées, mais qu’elle diminue ensuite plus rapidement. Selon des données provenant des Pays-Bas, les personnes vaccinées sont moins susceptibles d’être porteuses de virus infectieux, même avec des charges virales similaires^[30]. Quoi qu’il en soit, ces données suggèrent que les personnes vaccinées infectées par Delta peuvent transmettre le virus, mais moins fréquemment – la charge virale étant un corrélat important de la transmissibilité.

Liens:

[1] https://sciencetaskforce.ch/fr/taux-de-reproduction/ et https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/Les estimations de R_eau cours des derniers jours peuvent être sujettes à de légères fluctuations, lesquelles se produisent en particulier dans les petites régions, lors de changements survenant dans la dynamique, ou lorsque le nombre de cas est faible.

[2] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/trends: Les nombres de cas confirmés et d’hospitalisations/décès des 3 et 5 derniers jours respectivement ne sont pas pris en compte en raison des décalages temporels de notification.

[3] https://ibz-shiny.ethz.ch/covidDashboard/, Dashboard Time Series

[4] https://icumonitoring.ch

[5] https://www.covid19.admin.ch

[6] https://cov-spectrum.ethz.ch/

[7] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/993358/s1288_Warwick_RoadMap_Step_4.pdf

[8] https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00475-8/fulltext

[9] https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)01358-1/fulltext

[10] https://doi.org/10.1101/2021.07.05.21260050

[11] https://www.gov.il/BlobFolder/reports/vaccine-efficacy-safety-follow-up-committee/he/files_publications_corona_two-dose-vaccination-data.pdf

[12] https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re-international/

[13] https://spiral.imperial.ac.uk/bitstream/10044/1/90800/2/react1_r13_final_preprint_final.pdf

[14] https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1010472/Vaccine_surveillance_report_-_week_32.pdf